单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5541	2025-02-13	Aberrant Chitinase 3-Like 1 Expression in Basal Cells Contributes to Systemic Sclerosis Fibrosis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202310169 PMID:39686726	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了系统性硬化症（SSc）中基底细胞异常表达的几丁质酶3样1（Chi3L1）在纤维化过程中的作用，并探讨了其作为潜在生物标志物和治疗靶点的可能性	首次在SSc患者中识别出高表达Chi3L1的基底细胞亚群，并揭示了Chi3L1通过IL-17RA介导的纤维化机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证Chi3L1和IL-17RA作为治疗靶点的有效性和安全性	探讨系统性硬化症纤维化的分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	系统性硬化症患者的皮肤细胞和小鼠模型	生物医学研究	系统性硬化症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	SSc患者和健康对照的皮肤细胞样本
5542	2025-02-13	A Bi-Specific T Cell-Engaging Antibody Shows Potent Activity, Specificity, and Tumor Microenvironment Remodeling in Experimental Syngeneic and Genetically Engineered Models of GBM 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.18.628714 PMID:39763755	研究论文	本文研究了一种双特异性T细胞接合抗体（BTE）在实验性同源和基因工程胶质母细胞瘤（GBM）模型中的活性、特异性及肿瘤微环境重塑效果	在具有完整免疫系统的原位和基因工程小鼠模型中评估BTE的功能，填补了以往研究主要在免疫缺陷动物模型中进行的空白	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨BTE在胶质母细胞瘤中的治疗机制和效果	胶质母细胞瘤（GBM）	生物医学	胶质母细胞瘤	多色流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、多重免疫荧光、多参数磁共振成像（MRI）	NA	实验数据	多个GBM临床前模型中的小鼠
5543	2025-01-23	Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics 2025-Jan-22, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000632 PMID:39836482	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5544	2025-02-13	TGFBR2 High mesenchymal glioma stem cells phenocopy regulatory T cells to suppress CD4+ and CD8+ T cell function 2025-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.07.631757 PMID:39829747	研究论文	本研究通过多方面的分析方法，揭示了TGFBR2高表达的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）通过模仿调节性T细胞（Tregs）来抑制CD4+和CD8+ T细胞功能的机制	首次发现并描述了TGFBR2驱动的免疫抑制性GSC状态，并确定了其与TGF-β II型受体的特异性关联	研究主要基于体外实验和患者来源的细胞，尚未在体内模型中验证这些发现	探索胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤微环境的免疫抑制机制，特别是GSCs在其中的作用	胶质母细胞瘤中的间充质胶质瘤干细胞（GSCs）	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞测序，生物信息学分析，分子和药理学操作	NA	临床和实验数据集，单细胞测序数据	患者来源的GBM神经球和临床GBM标本
5545	2025-02-13	Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma 2025-Jan, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00298-9 PMID:39548236	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达，并通过免疫组织化学、空间转录组学和功能实验验证了关键观察结果	研究发现APOBEC3A的表达主要局限于终末分化细胞，并需要grainyhead-like转录因子3（GRHL3），而在鳞状细胞癌中，GRHL3的表达和活性扩展到一部分进行DNA复制的细胞，同时APOBEC3A的表达也扩展到增殖细胞	研究未涉及APOBEC3A和APOBEC3B在其他类型癌症中的表达和作用	研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康和恶性黏膜上皮中的表达及其在肿瘤发展中的作用	健康和恶性黏膜上皮细胞	分子生物学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、空间转录组学	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、空间转录组数据	NA
5546	2025-02-13	Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes 2025-Jan-01, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.050883 PMID:39878507	研究论文	本文通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞之间基因调控机制的差异	首次揭示了AP-1因子与肝细胞特异性转录因子（如HNF4A）在调控区域共定位的潜在合作机制，并发现ELF3在肝类器官来源的肝细胞中独特表达且与肝标志基因表达负相关	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内肝细胞的复杂调控网络	研究肝细胞发育和疾病的基因调控机制	原代人肝细胞和肝类器官来源的肝细胞	基因组学	肝病	单细胞转录组分析，染色质可及性分析	NA	单细胞RNA-seq数据，染色质可及性数据	NA
5547	2025-02-13	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	研究论文	本文介绍了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于推断单细胞转录组学背后的生物学机制	iGTP框架能够建模转录程序空间和不同生物状态之间的蛋白质-蛋白质相互作用的重要性，超越了其他深度学习模型和传统生物信息学方法	未明确提及具体限制	开发一种能够推断单细胞转录组学背后生物学机制的深度学习模型	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	深度学习，图神经网络	Variational AutoEncoder, 图神经网络	单细胞转录组数据	未明确提及样本数量
5548	2025-02-13	Spatial transcriptomic revealed intratumor heterogeneity and cancer stem cell enrichment in colorectal cancer metastasis 2024-Oct-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217181 PMID:39159882	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了结直肠癌（CRC）原发和转移组织中的肿瘤内异质性，并发现转移组织中癌症干细胞（CSCs）的富集	首次应用空间转录组学技术全面分析CRC原发和转移组织的转录组，发现FOXD1作为新的转移性CSCs标志物，并揭示了转移过程中的去分化-分化过程	研究样本量较小，仅包括两对原发和转移组织，可能限制结果的普适性	探索结直肠癌转移的机制，特别是肿瘤内异质性和癌症干细胞的作用	结直肠癌原发组织和匹配的肝转移组织	数字病理学	结直肠癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	两对原发和转移组织
5549	2025-02-13	Inferring pattern-driving intercellular flows from single-cell and spatial transcriptomics 2024-Oct, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02380-w PMID:39187683	研究论文	本文提出了一种名为FlowSig的方法，通过图形因果建模和条件独立性，从单细胞RNA测序（scRNA-seq）或空间转录组学（ST）数据中推断出由通信驱动的细胞间流动	FlowSig方法首次结合图形因果建模和条件独立性，从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动，填补了现有方法论的空白	NA	开发一种能够从scRNA-seq或ST数据中推断出由通信驱动的细胞间流动的方法	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, 空间转录组学	图形因果建模	基因表达数据	新生成的实验性皮质器官样数据和数学建模生成的合成数据
5550	2025-02-13	Endothelial Heterogeneity in the Response to Autophagy Drives Small Vessel Muscularization in Pulmonary Hypertension 2024-Aug-06, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.068726 PMID:38873770	研究论文	本文研究了内皮细胞在缺氧条件下对自噬的不同反应如何导致肺动脉高压中的小血管肌肉化	揭示了自噬激活在肺动脉内皮细胞（PAECs）和微血管内皮细胞（MVECs）中的不同作用，以及这种差异如何导致血管重塑	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探讨内皮细胞在肺动脉高压中的异质性反应及其对血管重塑的影响	小鼠、大鼠和人类的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、组织样本	小鼠、大鼠和人类肺组织样本
5551	2025-02-13	Single-cell RNA sequencing reveals placental response under environmental stress 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50914-9 PMID:39095385	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠胎盘在砷暴露下的反应，揭示了细胞类型特异性基因表达、功能和病理变化	首次在26种胎盘细胞类型中发现Prap1基因显著上调，并揭示了PRAP1在砷暴露下的性别偏向性增加及其在胎盘中的定位	研究主要基于小鼠模型，人类胎盘的反应可能有所不同	研究环境压力（如砷暴露）对胎盘的影响	小鼠胎盘细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠胎盘细胞
5552	2025-02-13	Identifying proteomic risk factors for overall, aggressive, and early onset prostate cancer using Mendelian Randomisation and tumour spatial transcriptomics 2024-Jul, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105168 PMID:38878676	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和肿瘤空间转录组学方法，识别与前列腺癌总体、侵袭性和早发性风险相关的蛋白质组学风险因素	结合孟德尔随机化和空间转录组学数据，首次系统性地识别了与前列腺癌风险相关的蛋白质，并验证了其在肿瘤侵袭性中的作用	研究依赖于遗传预测的蛋白质水平，可能无法完全反映实际蛋白质表达情况	揭示循环蛋白质在前列腺癌风险中的作用，识别新的癌症预防靶点	前列腺癌患者（总体、侵袭性和早发性）	生物信息学	前列腺癌	孟德尔随机化（MR）、空间转录组学	NA	遗传数据、转录组数据	2002种遗传预测的循环蛋白质水平，两个独立的癌症GWAS数据集（欧洲和非洲血统）
5553	2025-02-13	Hofbauer cells and fetal brain microglia share transcriptional profiles and responses to maternal diet-induced obesity 2024-06-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114326 PMID:38848212	研究论文	本研究探讨了母体饮食诱导的肥胖对胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞转录组的影响，并发现它们具有共同的转录程序和反应	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞在母体肥胖条件下的共同转录变化，并提出了霍夫鲍尔细胞作为胎儿大脑小胶质细胞编程的非侵入性生物标志物的潜力	研究主要基于小鼠模型，尽管与人类数据集进行了比较，但仍需进一步验证其在人类中的适用性	探索母体肥胖对胎儿大脑小胶质细胞编程的影响，并寻找非侵入性生物标志物以早期识别易患神经发育障碍的后代	小鼠模型中的胎儿大脑小胶质细胞和胎盘霍夫鲍尔细胞	生物医学	神经发育障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及小鼠模型和人类数据集的比较
5554	2025-02-13	Apolipoprotein E controls Dectin-1-dependent development of monocyte-derived alveolar macrophages upon pulmonary β-glucan-induced inflammatory adaptation 2024-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01830-z PMID:38671323	研究论文	本文研究了肺部低度炎症环境下，载脂蛋白E（ApoE）依赖的单核细胞源性肺泡巨噬细胞（ApoECD11b AMs）的发育及其功能	揭示了ApoE信号在单核细胞向ApoECD11b AMs分化中的关键作用，并发现这些细胞在肺部适应性和组织韧性中的重要性	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨肺部巨噬细胞在环境刺激下的功能和发育适应机制	小鼠模型中的单核细胞源性肺泡巨噬细胞	免疫学	肺部疾病	单细胞转录组学、高维成像、流式细胞术	NA	基因表达数据、图像数据	小鼠模型
5555	2025-02-13	Bulk and single-cell transcriptome datasets of the mouse fetal and adult rete ovarii and surrounding tissues 2024-Apr-13, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03227-x PMID:38615064	研究论文	本文介绍了小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织的批量、单细胞和核水平转录组数据集	首次对小鼠胎儿和成年卵巢网进行转录组分析，揭示了其在卵巢发育和女性成熟中的潜在作用	研究局限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示卵巢网在卵巢发育和女性成熟中的功能	小鼠胎儿和成年卵巢网及其周围组织	转录组学	NA	转录组分析	NA	转录组数据	Pax8-rtTA; Tre-H2B-GFP小鼠的胎儿和成年卵巢网组织
5556	2025-02-13	Targeting metabolic sensing switch GPR84 on macrophages for cancer immunotherapy 2024-Feb-13, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03603-3 PMID:38349405	研究论文	本文探讨了通过靶向巨噬细胞上的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的潜力	发现并验证了GPR84作为调控肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）抗肿瘤表型的重要代谢感应开关，并展示了其激动剂6-OAU在增强抗肿瘤免疫反应中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证GPR84激动剂的效果	探索通过调控巨噬细胞的代谢感应开关GPR84来增强癌症免疫治疗的策略	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢感应开关GPR84	癌症免疫治疗	癌症	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	多个肿瘤模型的小鼠数据
5557	2025-02-13	A model of human neural networks reveals NPTX2 pathology in ALS and FTLD 2024-Feb, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07042-7 PMID:38355792	研究论文	本文通过建立人类神经网络模型，揭示了ALS和FTLD中NPTX2的病理机制	通过诱导多能干细胞生成的iCoMoNSCs，建立了长期存活的功能性神经网络模型，揭示了TDP-43病理与NPTX2积累的直接联系	模型依赖于体外培养的细胞系统，可能无法完全模拟体内复杂的微环境	探索TDP-43病理的出现及其后果，特别是其在ALS和FTLD中的作用	诱导多能干细胞衍生的神经网络模型	神经科学	肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶变性（FTLD）	单细胞转录组学	iCoMoNSCs和iNets	单细胞转录组数据	NA
5558	2025-02-13	Innovative super-resolution in spatial transcriptomics: a transformer model exploiting histology images and spatial gene expression 2024-01-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae052 PMID:38436557	研究论文	本文介绍了一种名为TransformerST的创新无监督模型，基于Transformer架构，用于提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平	TransformerST模型无需参考单细胞RNA测序数据，通过视觉Transformer编码器识别图像-基因表达的潜在共表示，并利用自适应图Transformer模块增强空间相关性，显著提高了模型的准确性	NA	提升空间转录组学数据的分辨率至单细胞水平，并优化利用组织学图像和基因表达数据	空间转录组学数据，特别是Visium平台的数据	数字病理学	NA	空间转录组学	Transformer	图像，基因表达数据	NA
5559	2025-02-13	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:38898928	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了它们在血管疾病中的潜在作用	研究主要基于体外实验和计算模型，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMC）	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学、表观遗传分析	基因调控网络	单细胞RNA测序数据、表观遗传数据	NA
5560	2025-02-13	Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957 PMID:38779688	研究论文	本文研究了血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	首次通过流式细胞术和单细胞RNA测序技术，识别并描述了血吸虫病引起的肺动脉高压中三种不同的间质巨噬细胞亚群及其功能	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨血吸虫病引起的肺动脉高压中，间质巨噬细胞亚群的作用及其表型变化	小鼠模型中的间质巨噬细胞亚群	生物医学	肺动脉高压	流式细胞术, 单细胞RNA测序 (scRNAseq)	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据	未暴露和暴露于血吸虫卵后第1、3、7天的小鼠肺部和血液样本