单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5521	2024-12-12	Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.21.624653 PMID:39605709	研究论文	本文提出了一种基于谱图理论的方法，通过投影到与形态学相关的曲线来识别空间变异基因	引入了一种新的坐标系统，更好地反映了组织形态，并开发了一种广义加性模型（GAM）来检测基因在新的坐标系统中的变异表达	NA	改进空间转录组数据分析方法，以更有效地识别空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	广义加性模型（GAM）	基因表达数据	多个平台（如Slide-seq和MERFISH）的实验数据
5522	2024-12-12	From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling 2024-Nov, Progress in lipid research IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302 PMID:39396711	综述	本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制	提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用	NA	探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略	输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5523	2024-12-12	scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy 2024-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638 PMID:39585902	研究论文	提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间	通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性	NA	研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	最小生成树算法	基因表达数据	八个不同的真实单细胞RNA测序数据集
5524	2024-12-12	Mapping epidermal and dermal cellular senescence in human skin aging 2024-Oct-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14358 PMID:39370688	研究论文	研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了皮肤细胞衰老图谱，并提出了SenSkin™基因集，揭示了光老化和自然老化中细胞衰老的差异	研究主要集中在皮肤细胞的衰老机制，未深入探讨其他组织或器官的细胞衰老情况	探讨人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制及其对皮肤功能的影响	表皮和真皮中的衰老细胞，特别是黑色素细胞和网状真皮成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
5525	2024-12-12	The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq 2024-Apr-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05788-5 PMID:38689234	研究论文	研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响，并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响	数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大，每个数据集的最优方法不同	研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器模型、原型网络	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
5526	2024-12-12	NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing 2024-Apr-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10335-w PMID:38689254	研究论文	本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法，用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体	创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序，以富集胰腺内分泌细胞的核，并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序	研究仅限于胰腺内分泌细胞群体，未涵盖其他细胞类型	开发一种新的方法，利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序，以富集胰岛内分泌细胞群体	人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本
5527	2024-12-12	Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358 PMID:38689972	研究论文	本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用	首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用，揭示了平台间的差异	研究仅限于局部前列腺癌样本，未涵盖其他类型的癌症或组织	比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现，为选择合适的测序平台提供依据	局部前列腺癌患者的样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本
5528	2024-12-12	Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585637 PMID:38562882	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTRACE 2的可解释深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中绝对尺度上表征细胞潜能和分化状态	CytoTRACE 2在31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集中，表现优于现有方法，能够恢复实验确定的潜能水平和分化状态，并重建小鼠胚胎发生的时间层次结构	NA	开发一种新的方法来表征单细胞的潜能和分化状态，并应用于健康和疾病中的单细胞分化景观	单细胞RNA测序数据中的细胞潜能和分化状态	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	RNA测序数据	31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集
5529	2024-12-12	Chronic SIV-Induced neuroinflammation disrupts CCR7+ CD4+ T cell immunosurveillance in the rhesus macaque brain 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175332 PMID:38470479	研究论文	研究慢性SIV感染引发的神经炎症如何破坏恒河猴大脑中CCR7+ CD4+ T细胞的免疫监视功能	首次结合单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学和流式细胞术，揭示了CCR7+ CD4+ T细胞在脑中的独特亚群及其功能特性	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性SIV感染对大脑中CCR7+ CD4+ T细胞免疫监视功能的影响	恒河猴大脑中的CCR7+ CD4+ T细胞及其在神经炎症中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学、流式细胞术	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	恒河猴样本
5530	2024-12-12	Common mitochondrial deletions in RNA-Seq: evaluation of bulk, single-cell, and spatial transcriptomic datasets 2024-02-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05877-4 PMID:38368460	研究论文	本文评估了在批量、单细胞和空间转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	首次应用Splice-Break2管道对RNA-Seq数据进行常见线粒体DNA缺失的定量分析，并比较了不同类型转录组数据中的检测结果	研究仅限于已有的RNA-Seq数据集，未涉及其他类型的数据	评估在不同类型转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	常见线粒体DNA缺失在不同组织和疾病中的分布	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	1570个样本
5531	2024-12-12	Molecularly stratified hypothalamic astrocytes are cellular foci for obesity 2024-Feb-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3748581/v1 PMID:38405925	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的特征识别算法，用于分子分层下丘脑星形胶质细胞，并揭示了它们在肥胖中的作用	本文创新性地引入了一种基于机器学习的特征识别算法，利用已发表的单细胞RNA测序数据作为参考图谱，逐步消除多效性和可诱导的细胞特征，揭示了健康下丘脑中基因调控网络（GRNs），并证明了不同表达的线粒体基因在胰岛素感应星形胶质细胞中的作用	本文主要集中在健康下丘脑星形胶质细胞的研究，未涉及其他脑区和病理状态下的星形胶质细胞	研究星形胶质细胞在健康大脑中的分子分层及其在肥胖中的作用	下丘脑星形胶质细胞及其与神经元的相互作用	神经科学	肥胖	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠模型
5532	2024-12-12	Single-cell analysis of uterosacral ligament revealed cellular heterogeneity in women with pelvic organ prolapse 2024-02-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05808-3 PMID:38326542	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术分析了子宫骶韧带中的细胞异质性，揭示了盆腔器官脱垂（POP）的分子机制	首次构建了盆腔器官脱垂患者和对照组子宫骶韧带的单细胞转录组图谱，并发现了与细胞外基质和细胞粘附相关的受体-配体对的显著减少	NA	探讨盆腔器官脱垂的分子机制	盆腔器官脱垂患者和对照组的子宫骶韧带细胞	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞RNA测序	NA	转录组	30,452个单细胞
5533	2024-12-12	Endothelial Erg Regulates Expression of Pulmonary Lymphatic Junctional and Inflammation Genes in Mouse Lungs Impacting Lymphatic Transport 2024-Jan-24, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3808970/v1 PMID:38343832	研究论文	研究探讨了ERG转录因子在肺淋巴内皮细胞中的作用，揭示了其对淋巴运输和炎症基因表达的影响	首次通过单细胞转录组学和CellChatDB整合分析，揭示了ERG下调对肺淋巴内皮细胞功能和通信途径的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	探讨ERG在肺淋巴内皮细胞中的作用及其对淋巴运输和炎症的影响	ERG在肺淋巴内皮细胞中的表达及其对基因表达和淋巴运输的影响	NA	肺纤维化	单细胞转录组学，流式细胞术，qPCR，FITC-Dextran示踪分析	NA	基因表达数据	小鼠模型
5534	2024-12-12	Skin treatment with non-thermal plasma modulates the immune system through miR-223-3p and its target genes 2024-01, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2024.2361571 PMID:38828710	研究论文	研究非热等离子体对小鼠耳部皮肤的治疗效果及其通过miR-223-3p及其靶基因调节免疫系统的机制	首次通过非编码RNA测序和单细胞血液测序揭示了非热等离子体对miRNA表达的特定影响及其在伤口愈合和组织再生中的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证其效果	探讨非热等离子体在皮肤治疗中的分子机制及其对免疫系统的影响	小鼠耳部皮肤及血液中的miRNA和靶基因	NA	NA	非编码RNA测序，单细胞血液测序	NA	RNA	小鼠耳部皮肤样本及血液样本
5535	2024-12-12	Pan-cancer dissection of vasculogenic mimicry characteristic to provide potential therapeutic targets 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1346719 PMID:38694917	研究论文	本研究基于多组学数据分析了不同癌症类型中血管拟态（VM）的特征，并提供了潜在的治疗靶点和策略	首次全面解析了跨癌症类型的血管拟态特征，揭示了其与肿瘤侵袭性、转移潜力、恶性程度和预后的相关性，并发现了与免疫抑制微环境的关系	研究主要基于现有数据库数据，缺乏实验验证，且样本量和数据类型可能限制了结果的普适性	阐明不同癌症类型中血管拟态的特征及其调控机制，并提供潜在的治疗靶点	跨癌症类型的血管拟态特征及其与肿瘤侵袭性、免疫微环境的关系	数字病理学	多种癌症	多组学数据分析、单细胞转录组数据分析	NA	多组学数据、转录组数据、药物反应数据	来自The Cancer Genome Atlas的多组学数据和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的转录组及药物反应数据
5536	2024-12-12	Identification of early Alzheimer's disease subclass and signature genes based on PANoptosis genes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1462003 PMID:39650656	研究论文	本研究基于PANoptosis基因识别阿尔茨海默病（AD）的早期亚类和特征基因	本研究首次基于PANoptosis基因识别了AD的两个亚类，并预测了针对早期AD的治疗候选药物	本研究的样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析，可能存在数据偏倚	识别阿尔茨海默病的不同分子亚型并探索潜在的治疗药物	阿尔茨海默病及其相关PANoptosis基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的三个数据集（GSE48350, GSE5281, GSE122063）
5537	2024-12-11	Comprehensive Analysis of circRNA-Related mRNAs as Prognostic Factors in Non-Smoking Women with Lung Adenocarcinoma 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S490478 PMID:39650787	研究论文	本文研究了circRNA相关的mRNA作为非吸烟女性肺腺癌的预后标志物	构建了circRNA-miRNA-mRNA网络，并基于相关mRNA创建了预后风险评分模型	样本量较小，仅16对肿瘤和癌旁组织样本	探讨circRNA相关的mRNA在非吸烟女性肺腺癌中的预后价值	非吸烟女性肺腺癌患者的肿瘤和癌旁组织样本	数字病理学	肺癌	高通量测序、免疫组织化学	NA	RNA	16对肺腺癌组织及其对应的癌旁组织
5538	2024-12-12	Integrating multi-omics techniques and in vitro experiments reveals that GLRX3 regulates the immune microenvironment and promotes hepatocellular carcinoma cell proliferation and invasion through iron metabolism pathways 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1496886 PMID:39654899	研究论文	本研究通过整合多组学技术和体外实验，揭示了GLRX3通过铁代谢途径调控免疫微环境并促进肝细胞癌细胞增殖和侵袭	首次系统分析了肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并揭示了GLRX3在铁代谢调控中的关键作用及其对肿瘤细胞增殖和免疫逃逸的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	系统分析肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并探讨铁代谢调控对肝癌患者生存的影响	肝细胞癌患者的单细胞测序数据以及GLRX3基因的表达和功能	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序技术	NA	基因组数据	来自GEO数据库的肝细胞癌患者单细胞测序数据
5539	2024-12-12	scMIC: A Deep Multi-Level Information Fusion Framework for Clustering Single-Cell Multi-Omics Data 2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3317272 PMID:37725723	研究论文	提出了一种名为scMIC的深度多层次信息融合框架，用于聚类单细胞多组学数据	该框架能够整合细胞的属性信息和潜在的结构关系，减少不同组学之间的冗余信息，并通过多重协同监督聚类策略提高聚类精度	NA	提高单细胞多组学数据聚类的准确性	单细胞多组学数据	机器学习	NA	单细胞测序	深度学习框架	多组学数据	七个单细胞多组学数据集
5540	2024-12-12	scGCC: Graph Contrastive Clustering With Neighborhood Augmentations for scRNA-Seq Data Analysis 2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3319551 PMID:37751336	研究论文	本文提出了一种名为scGCC的图对比聚类模型，用于单细胞RNA测序数据分析，旨在解决高维度、稀疏性和批次效应等问题	引入图注意力网络（GAT）进行细胞表示学习，并提出了五种数据增强方法以提高聚类性能和鲁棒性	未提及具体局限性	开发一种新的图自监督对比学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型识别	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图对比学习模型	数据	14个真实世界数据集