单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 5501 - 5520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5501 | 2024-12-19 |
Enhancing immuno-oncology investigations through multidimensional decoding of tumor microenvironment with IOBR 2.0
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100910
PMID:39626665
|
研究论文 | 本文介绍了IOBR 2.0工具包，用于通过多组学数据对肿瘤微环境进行多维解码，以增强免疫肿瘤学研究 | IOBR 2.0通过多组学数据整合和单细胞RNA测序数据构建基因特征和参考矩阵，提供了更全面的肿瘤-免疫相互作用分析 | 研究结果仍需在大规模临床队列中进行验证 | 通过多组学数据整合推进肿瘤微环境研究 | 肿瘤微环境及其与免疫疗法的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5502 | 2024-12-19 |
A statistical approach for systematic identification of transition cells from scRNA-seq data
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100913
PMID:39644902
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CellTran的统计方法，利用配对基因表达相关性从scRNA-seq数据中识别过渡细胞 | 该方法无需明确解析基因调控网络，即可检测过渡细胞，并揭示其独特的基因表达特征 | NA | 揭示驱动细胞状态转换的分子机制，并增强识别疾病干预治疗靶点的能力 | 从scRNA-seq数据中识别过渡细胞及其基因表达特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计方法 | 基因表达数据 | 涉及多种生物学背景的样本，包括组织再生、胚胎发育、癌前病变和疫苗接种后的体液反应 |
| 5503 | 2024-12-19 |
Single-cell RNA sequencing algorithms underestimate changes in transcriptional noise compared to single-molecule RNA imaging
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100933
PMID:39662473
|
研究论文 | 本文通过小分子扰动和单细胞RNA测序算法，比较了转录噪音在单细胞RNA测序和单分子RNA荧光原位杂交中的量化差异 | 首次通过单分子RNA荧光原位杂交验证了单细胞RNA测序算法在量化转录噪音时的系统性低估 | 所有单细胞RNA测序算法在量化噪音变化时均存在系统性低估 | 评估和比较不同单细胞RNA测序算法在量化转录噪音方面的准确性 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单分子RNA荧光原位杂交（smFISH） | NA | 基因表达数据 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据以及代表性基因的单分子RNA荧光原位杂交数据 |
| 5504 | 2024-12-19 |
Expanding the landscape of antibody discovery
2024-Dec-16, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100936
PMID:39689694
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术的方法，用于筛选多样化的抗体基因库 | 本文创新性地将抗体-核糖体-mRNA复合物、抗原细胞表面展示和单细胞RNA测序技术结合，成功筛选出多样化的抗体基因库 | NA | 开发一种新的方法用于抗体-抗原配对发现 | 抗体基因库和病毒受体蛋白库 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 5505 | 2024-12-19 |
Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches
2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385
PMID:39691517
|
研究论文 | 本研究整合多组学数据，利用机器学习方法筛选EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其有效性 | 本研究创新性地结合了多组学数据和机器学习方法，筛选出具有潜在抗乳腺癌活性的EGFR抑制剂，并通过计算结构生物学方法验证其分子相互作用和构象动力学 | 本研究主要基于细胞系数据和计算模型，尚未进行体内实验验证 | 筛选和验证针对乳腺癌中EGFR过表达的有效治疗化合物 | 乳腺癌细胞系中的EGFR抑制剂 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 支持向量机、人工神经网络、随机森林 | 多组学数据 | 使用了来自Cancer Cell Line Encyclopedia和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的乳腺癌细胞系数据 |
| 5506 | 2024-12-19 |
Association of circulating cytokine levels and tissue-infiltrating myeloid cells with achalasia: results from Mendelian randomization and validation through clinical characteristics and single-cell RNA sequencing
2024-12, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-024-02155-2
PMID:39377966
|
研究论文 | 本文研究了食管失弛缓症与循环细胞因子水平及组织浸润髓系细胞之间的关系，通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序验证了潜在机制 | 首次通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序结合的方法，揭示了食管失弛缓症中特定细胞因子和髓系细胞的作用机制 | 研究样本量较小，且仅基于FinnGen数据库的数据，可能存在地域和人群的局限性 | 探讨食管失弛缓症的免疫失调机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 循环细胞因子水平、组织浸润髓系细胞、食管失弛缓症患者 | NA | 食管失弛缓症 | 孟德尔随机化、单细胞RNA测序、酶联免疫吸附测定 | NA | 基因组数据、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | 47种细胞因子的cis-eQTLs/pQTLs数据，以及来自FinnGen的食管失弛缓症GWAS数据 |
| 5507 | 2024-12-19 |
Gastric Cancer Actively Remodels Mechanical Microenvironment to Promote Chemotherapy Resistance via MSCs-Mediated Mitochondrial Transfer
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404994
PMID:39392399
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研究论文 | 本文研究了胃癌通过间充质基质细胞介导的线粒体转移重塑机械微环境以促进化疗耐药的机制 | 首次揭示了胃癌细胞通过间充质基质细胞介导的线粒体转移，利用细胞外基质的机械信号促进化疗耐药的机制 | 研究仅限于体外实验和部分患者的样本分析，需要进一步的临床验证 | 探讨胃癌对奥沙利铂耐药的机制，并寻找可能的干预策略 | 胃癌患者的肿瘤组织和间充质基质细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 组织 | 部分奥沙利铂耐药的胃癌患者 |
| 5508 | 2024-12-19 |
Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02471-8
PMID:39482463
|
研究论文 | 本文提出了一种结合速度场和流形估计的贝叶斯RNA速度模型，用于研究细胞周期中的基因调控动态 | 引入了一种新的贝叶斯模型，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，提供了统计控制，并识别了显式动力系统的参数 | NA | 解决现有RNA速度算法缺乏统计控制和动态一致性的问题，并研究细胞周期中的基因调控动态 | 细胞周期中的基因表达动态 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA速度分析 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | NA |
| 5509 | 2024-12-19 |
Molecular Lineages and Spatial Distributions of Subplate Neurons in the Human Fetal Cerebral Cortex
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407137
PMID:39495628
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元（SPNs）的分子谱系和空间分布 | 首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，揭示了人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系 | 研究仅涵盖了妊娠10至25周的胎儿大脑皮层，未涉及更早或更晚的发育阶段 | 揭示人类胎儿大脑皮层中子板神经元的分子起源和发育谱系 | 人类胎儿大脑皮层中的子板神经元（SPNs） | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 妊娠10至25周的人类胎儿大脑皮层样本 |
| 5510 | 2024-11-07 |
Mapping out multiple sclerosis with spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01798-x
PMID:39501034
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5511 | 2024-12-19 |
IL1RAP Blockade With a Monoclonal Antibody Reduces Cardiac Inflammation and Preserves Heart Function in Viral and Autoimmune Myocarditis
2024-Dec, Circulation. Heart failure
|
研究论文 | 本文研究了通过单克隆抗体阻断IL1RAP（IL-1受体辅助蛋白）在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗效果 | 本文首次提出通过阻断IL1RAP来治疗心肌炎，相较于单独阻断IL-1，这种方法更为高效 | 本文的研究仅在BALB/c小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其疗效 | 探索IL1RAP阻断在病毒性和自身免疫性心肌炎中的治疗潜力 | BALB/c小鼠模型中的病毒性和自身免疫性心肌炎 | NA | 心血管疾病 | 空间转录组学（Visium 10× Genomics） | NA | 基因表达数据 | 每组10-11只BALB/c小鼠 |
| 5512 | 2024-12-19 |
Ionizing radiation inhibits zebrafish embryo hatching through induction of tissue inhibitors of metalloproteinases (TIMPs) expression
2024-Dec, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.17318
PMID:39547957
|
研究论文 | 研究探讨了电离辐射对斑马鱼胚胎孵化过程中组织金属蛋白酶抑制剂（TIMPs）表达的影响 | 首次揭示了电离辐射通过诱导TIMPs表达抑制斑马鱼胚胎孵化的分子机制 | 研究仅在斑马鱼胚胎中进行了实验，未涉及其他物种 | 探究电离辐射对水生生物和人类发育的生物学影响 | 斑马鱼胚胎及其孵化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 暴露于5 Gy电离辐射的斑马鱼胚胎 |
| 5513 | 2024-12-19 |
Probe set selection for targeted spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02496-z
PMID:39558096
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Spapros的端到端探针集选择管道，用于优化基因集的特异性和细胞内表达变异，以解析空间上不同的细胞群体 | Spapros能够优化基因集的特异性和细胞内表达变异，从而在细胞类型识别和表达变异恢复方面优于其他选择方法 | NA | 开发一种新的方法来选择用于空间转录组学的最佳探针集，以捕捉组织中的空间信号 | 探针集选择方法及其在空间转录组学中的应用 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年肺组织样本 |
| 5514 | 2024-12-19 |
Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue
2024-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002912
PMID:39621752
|
meta-analysis | 本文通过单细胞RNA测序数据的meta分析，研究了人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的变异性和复现性 | 提出了一个保留共表达框架，为不同神经类器官提供细胞类型特异性的保真度测量，有助于揭示异质性神经类器官实验中的统一变异轴 | 未明确指出具体的局限性 | 研究人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的精确性 | 人类初级脑组织和神经类器官的单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 初级脑组织包含295万细胞，51个数据集；神经类器官包含159万细胞，173个数据集 |
| 5515 | 2024-12-19 |
Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Pathological Processes and Crucial Targets for Vascular Endothelial Injury in Diabetic Hearts
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405543
PMID:39475009
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病心脏中血管内皮损伤的病理过程和关键靶点 | 首次通过单细胞测序技术揭示了糖尿病心脏中血管内皮细胞损伤的异质性和关键转录因子Ets1的保护作用 | 研究仅在db/db糖尿病小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证 | 揭示糖尿病心脏中血管内皮损伤的机制及其异质性 | 糖尿病心脏中的血管内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | db/db糖尿病小鼠心脏组织样本 |
| 5516 | 2024-12-19 |
AIP1 Regulates Ocular Angiogenesis Via NLRP12-ASC-Caspase-8 Inflammasome-Mediated Endothelial Pyroptosis
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405834
PMID:39527457
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研究论文 | 本研究揭示了AIP1通过NLRP12-ASC-Caspase-8炎症小体介导的血管内皮细胞焦亡调控病理性眼血管生成的机制 | 首次发现AIP1通过抑制NLRP12-ASC-Caspase-8炎症小体介导的血管内皮细胞焦亡来抑制病理性眼血管生成 | 研究仅在氧诱导的视网膜病变模型中进行，需进一步验证在其他眼血管疾病中的适用性 | 探讨炎症在病理性眼血管生成中的调控机制 | 血管内皮细胞和病理性眼血管生成 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 5517 | 2024-12-19 |
Spatiotemporal Molecular Architecture of Lineage Allocation and Cellular Organization in Tooth Morphogenesis
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403627
PMID:39535354
|
研究论文 | 本文描述了牙齿形态发生中谱系分配和细胞组织的时空分子结构，通过整合空间转录组和单细胞RNA测序构建了高分辨率的基因组范围分子模式 | 发现了牙乳头类似发芽的图案模式，揭示了牙结节在时间和空间上的连续分化层次，建立了指导牙齿形态发生的调控网络，并成功追踪了导致牙齿发育不良的基因到特定的时间点和细胞类型 | NA | 研究牙齿形态发生中的时空组织 | 牙齿形态发生中的谱系分配和细胞组织 | NA | NA | 空间转录组和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 5518 | 2024-12-19 |
A composite scaling network of EfficientNet for improving spatial domain identification performance
2024-11-25, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-07286-z
PMID:39587274
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于EfficientNet复合缩放网络的EfNST方法，用于提高空间转录组学中空间域识别的性能 | EfNST方法利用EfficientNet学习多尺度图像特征，相比其他算法在多个数据集上表现出更高的精度和更强的数据扩展性和操作效率 | NA | 提高空间转录组学中空间域识别的精确性 | 空间转录组学中的图像数据和基因表达数据 | 计算机视觉 | NA | EfficientNet | EfficientNet | 图像 | 六个数据集来自三个测序平台 |
| 5519 | 2024-12-19 |
Single-Cell Analysis: A Method for In-Depth Phenotyping of Cells Involved in Asthma
2024-Nov-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312633
PMID:39684345
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞分析技术在哮喘相关细胞表型研究中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）深入研究哮喘的病理机制，并发现了多种新的免疫细胞亚型和集群 | 仍存在一些局限性，需要在未来研究中进一步完善 | 深入了解哮喘的病理机制及其相关免疫细胞的功能 | 哮喘相关的免疫细胞，包括树突状细胞、嗜酸性粒细胞、固有淋巴细胞、淋巴细胞、肥大细胞和中性粒细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 5520 | 2024-12-19 |
A novel computational model ITHCS for enhanced prognostic risk stratification in ESCC by correcting for intratumor heterogeneity
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae631
PMID:39690882
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研究论文 | 本文开发了一种名为ITHCS的计算模型，通过校正肿瘤内异质性来提高食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后风险分层准确性 | 本文的创新点在于结合多区域bulk和单细胞RNA测序数据，识别出在不同肿瘤区域表达模式一致但在患者间差异显著的基因，并利用多种机器学习算法进行特征选择和模型构建，显著提高了预后模型的准确性和泛化能力 | NA | 提高食管鳞状细胞癌（ESCC）预后风险分层的准确性 | 食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的预后风险 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA |