单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5501	2024-12-19	Catalytic activity of Setd2 is essential for embryonic development in mice: establishment of a mouse model harboring patient-derived Setd2 mutation 2024-Oct, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1095-1 PMID:39115793	研究论文	本文研究了Setd2的催化活性对小鼠胚胎发育的重要性，并建立了一个携带患者来源Setd2突变的小鼠模型	首次建立了携带患者来源催化失活Setd2突变的小鼠模型，揭示了Setd2催化活性对小鼠胚胎发育的必要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类疾病的具体机制	探讨Setd2催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	Setd2基因及其催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Setd2和Setd2-CD小鼠模型
5502	2024-12-19	A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics 2024-09-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06814-1 PMID:39266614	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合	ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应	NA	开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据	空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境	数字病理学	NA	图神经网络	图神经网络	基因表达数据	10个使用不同技术获取的空间转录组数据集
5503	2024-12-19	SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology 2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0532 PMID:39117342	研究论文	本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法	提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver	现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学	克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究	人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	转录组数据	1.8百万个细胞和12,900个伪斑点
5504	2024-12-19	A single-cell transcriptomic landscape of cadmium-hindered brain development in mice 2024-08-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06685-6 PMID:39147853	研究论文	本文研究了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响，通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞亚群对镉暴露的反应	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的多层次影响，包括细胞亚群的变化和神经行为的改变	研究仅限于小鼠模型，且仅探讨了低剂量镉暴露的影响，可能无法完全反映人类情况	探讨镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响及其机制	小鼠胚胎大脑中的不同细胞亚群及其对镉暴露的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	怀孕小鼠及其胚胎大脑样本
5505	2024-12-19	High-mobility group box 1 fragment ameliorates chronic pancreatitis induced by caerulein in mice 2024-08, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02112-z PMID:38727823	研究论文	研究探讨了高迁移率族蛋白1片段（HMGB1）在治疗小鼠胆囊素诱导的慢性胰腺炎（CP）中的潜在疗效	首次研究了HMGB1片段通过系统给药在CP小鼠模型中的治疗效果，并验证了其通过动员间充质干细胞（MSCs）减轻胰腺纤维化的潜力	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨HMGB1片段在治疗慢性胰腺炎中的潜在疗效	胆囊素诱导的慢性胰腺炎小鼠模型	NA	慢性胰腺炎	免疫组织化学、实时PCR、血清分析、单细胞转录组分析	NA	组织、血清、基因表达	小鼠模型
5506	2024-12-19	A point cloud segmentation framework for image-based spatial transcriptomics 2024-07-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06480-3 PMID:38971915	研究论文	本文介绍了一种基于图像的空间转录组学的点云分割框架ComSeg，用于在复杂组织中进行单细胞RNA定位和细胞类型识别	ComSeg算法直接在单个RNA位置上操作，无需对细胞形状进行隐式或显式先验假设，适用于具有任意细胞形状的复杂组织	NA	解决在缺乏高质量膜标记的情况下，组织数据中准确细胞分割的挑战	单细胞RNA定位和细胞类型识别	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	模拟和实验数据集
5507	2024-12-19	A single-cell sequence analysis of mouse subcutaneous white adipose tissue reveals dynamic changes during weaning 2024-06-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06448-3 PMID:38951550	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和其他分子及组织学检测方法，全面比较了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	首次详细描述了断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织中前脂肪细胞的发育轨迹，并揭示了具有米色潜能的前脂肪细胞的转化过程，同时发现了断奶期特有的免疫细胞及其对前脂肪细胞的潜在调控作用	研究仅限于小鼠皮下白色脂肪组织，且样本量较小，可能无法完全代表所有脂肪组织的发育变化	探讨断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织的发育重塑过程及其潜在调控机制	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠皮下白色脂肪组织样本
5508	2024-12-19	Single-cell transcriptional profiling of clear cell renal cell carcinoma reveals a tumor-associated endothelial tip cell phenotype 2024-06-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06478-x PMID:38942917	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，揭示了肿瘤相关内皮尖端细胞表型	发现了与上皮-间质转化相关的未被描述的血管亚群，并揭示了肿瘤血管与基质细胞在肿瘤微环境中对免疫细胞的抑制性相互作用	研究主要集中在单细胞RNA测序数据的分析，未涉及实验验证	探讨透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境特征及其与疾病进展和治疗反应的关系	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，包括血管和免疫细胞的相互作用	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	50,236个来自配对肿瘤和健康邻近肾组织的转录组
5509	2024-12-19	Regulation of endocrine cell alternative splicing revealed by single-cell RNA sequencing in type 2 diabetes pathogenesis 2024-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06475-0 PMID:38937540	研究论文	本研究通过重新分析已存档的全长单细胞RNA测序数据，探讨了在非糖尿病（ND）和2型糖尿病（T2D）个体中，人类胰腺内分泌细胞类型的可变剪接（AS）调控机制	首次揭示了在糖尿病进展过程中，胰腺胰岛细胞的可变剪接对β细胞功能障碍的影响，并提出了通过调控可变剪接来调节β细胞功能的机制	研究依赖于已存档的数据，可能无法涵盖所有可能的变异和情况	探讨在2型糖尿病病理过程中，胰腺内分泌细胞的可变剪接调控机制	人类胰腺内分泌细胞在非糖尿病和2型糖尿病个体中的可变剪接调控	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	非糖尿病和2型糖尿病个体的胰腺内分泌细胞
5510	2024-12-19	A Fusion Learning Model Based on Deep Learning for Single-Cell RNA Sequencing Data Clustering 2024-06, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0512 PMID:38758925	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的融合学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类	创新点在于将深度学习技术应用于单细胞RNA测序数据的聚类任务，并提出了一个融合学习模型	NA	旨在开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性和效率	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	深度学习模型	RNA测序数据	NA
5511	2024-12-19	Deciphering the molecular pathways underlying dopaminergic neuronal damage in Parkinson's disease associated with SARS-CoV-2 infection 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108200 PMID:38428099	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子通路	揭示了COVID-19与帕金森病在多巴胺能神经元中的共同发病机制，并开发了疾病诊断和进展预测模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认研究结果的可靠性和应用性	探讨SARS-CoV-2感染与帕金森病中多巴胺能神经元损伤的分子机制	COVID-19和帕金森病患者的多巴胺能神经元	数字病理学	帕金森病	转录组分析、单细胞测序、分子对接模拟、分子动力学模拟	机器学习模型	转录组数据	包括COVID-19和帕金森病患者的样本以及MPTP诱导的帕金森病小鼠模型
5512	2024-12-19	SinCWIm: An imputation method for single-cell RNA sequence dropouts using weighted alternating least squares 2024-03, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108225 PMID:38442556	研究论文	本文提出了一种基于加权交替最小二乘法（WALS）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据缺失值填补方法SinCWIm	SinCWIm方法利用Pearson相关系数和层次聚类量化零值的置信度，并结合WALS进行矩阵分解，通过异常值去除和数据校正操作使填补结果接近实际数值	NA	解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的缺失值	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	加权交替最小二乘法（WALS）	基因表达矩阵	8个单细胞测序数据集
5513	2024-12-19	Single-cell transcriptome analysis reveals status changes of immune cells in chronic kidney disease 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1434535 PMID:39691368	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析揭示了慢性肾病中免疫细胞的状态变化	构建了慢性肾病肾脏的免疫细胞图谱，并发现了SPP1巨噬细胞作为一种独特的细胞类型	NA	深入了解慢性肾病中免疫细胞的组成和功能变化，发现新的治疗靶点	慢性肾病患者的肾脏免疫细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	42个正常样本和23个慢性肾病样本
5514	2024-12-19	A new perspective on macrophage-targeted drug research: the potential of KDELR2 in bladder cancer immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1485109 PMID:39691708	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和临床数据，构建了膀胱癌的RNA转录组图谱，并验证了KDELR2在膀胱癌免疫治疗中的潜在作用	本研究首次强调了KDELR2在促进细胞增殖、侵袭和迁移中的作用，并提出了其在膀胱癌免疫治疗中的新治疗见解	NA	探讨KDELR2在膀胱癌免疫治疗中的潜在作用	膀胱癌细胞及其与骨髓细胞的相互作用	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5515	2024-12-19	Identification of SPP1 + macrophages as an immune suppressor in hepatocellular carcinoma using single-cell and bulk transcriptomics 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1446453 PMID:39691723	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用	首次通过整合批量和单细胞RNA测序数据，确定了SPP1+巨噬细胞在肝细胞癌中的免疫抑制作用，并提出了SPP1作为肝细胞癌免疫治疗潜在靶点的可能性	研究主要基于数据分析，缺乏体内实验验证	探讨肝细胞癌中巨噬细胞和T细胞的功能多样性，并确定潜在的免疫治疗靶点	肝细胞癌中的巨噬细胞和T细胞	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	NA	转录组数据	两个大规模肝细胞癌队列的RNA测序数据，以及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据
5516	2024-12-19	CD8+ T-Cell Signatures as Prognostic and Immunotherapy Response Predictors in Non-Small Cell Lung Cancer 2024, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2024070040196 PMID:39692574	研究论文	本研究旨在通过单细胞和批量RNA测序技术，基于CD8+ T细胞标记基因识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应	本研究首次结合单细胞和批量RNA测序技术，生成了基于CD8+ T细胞的生物标志物特征，强调了其在非小细胞肺癌预后和治疗中的关键作用	本研究的样本量虽然较大，但仍需在更多临床试验中验证该生物标志物特征的普适性和准确性	识别并验证一种新的生物标志物特征，用于预测非小细胞肺癌患者的治疗反应	非小细胞肺癌患者的CD8+ T细胞标记基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	1200个样本，包括4个非小细胞肺癌样本通过单细胞RNA测序分析，1000个来自TCGA的非小细胞肺癌样本，以及196个来自GSE37745队列的非小细胞肺癌样本
5517	2024-12-18	A bipolar disorder-associated missense variant alters adenylyl cyclase 2 activity and promotes mania-like behavior 2025-Jan, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02663-w PMID:39003412	研究论文	本文研究了与双相情感障碍相关的单核苷酸多态性rs13166360对腺苷酸环化酶2（ADCY2）活性和小鼠狂躁样行为的影响	首次展示了ADCY2错义突变通过改变亚细胞定位降低酶生成第二信使cAMP的能力，并建立了携带该突变的小鼠模型，揭示了其与狂躁样行为和认知障碍的关系	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨ADCY2基因突变与双相情感障碍的关联及其潜在机制	ADCY2基因突变对小鼠行为和神经生物学过程的影响	NA	双相情感障碍	CRISPR/Cas9基因编辑、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	携带ADCY2基因突变的小鼠
5518	2024-12-18	Blockade of purine metabolism reverses macrophage immunosuppression and enhances anti-tumor immunity in non-small cell lung cancer 2025-Jan, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101175 PMID:39608215	研究论文	本研究探讨了非小细胞肺癌中巨噬细胞通过嘌呤代谢介导的免疫抑制作用及其对免疫治疗效果的影响	首次揭示了嘌呤代谢在巨噬细胞免疫抑制中的关键作用，并提出阻断嘌呤代谢与免疫检查点阻断联合治疗可能产生协同效应	研究主要基于小鼠模型，需进一步验证在人体中的效果	评估巨噬细胞通过与癌细胞的代谢交流调节非小细胞肺癌进展及其对免疫治疗效果的影响	非小细胞肺癌中的巨噬细胞及其代谢调控机制	数字病理学	肺癌	单细胞测序、流式细胞术、免疫荧光、ELISA、RNA测序	NA	单细胞数据、组织样本	C57BL/6 J小鼠模型
5519	2024-12-18	CFTR represses a PDX1 axis to govern pancreatic ductal cell fate 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111393 PMID:39687022	研究论文	本研究探讨了CFTR蛋白在胰腺导管细胞命运中的调控作用，揭示了CFTR通过抑制PDX1轴来影响胰腺重塑的机制	首次揭示了CFTR蛋白通过维持PTEN和GSK3β的激活来限制PDX1表达，从而调控胰腺导管细胞命运的细胞自主机制	研究仅基于CF小动物模型，结果的临床相关性需要进一步验证	探讨CFTR蛋白在胰腺导管细胞命运中的调控作用及其对胰腺重塑的影响	CF小动物模型中的胰腺导管细胞和胰岛功能	NA	囊性纤维化	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	CF小动物模型
5520	2024-12-18	Single-cell transcriptomic reveals the peritoneal microenvironmental change in long-term peritoneal dialysis patients with ultrafiltration failure 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111383 PMID:39687014	研究论文	研究揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化	首次通过单细胞转录组测序揭示了长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境中中性粒细胞和巨噬细胞亚群的变化	研究样本量较小，可能无法全面代表所有长期腹膜透析患者的微环境变化	探讨长期腹膜透析患者在超滤失败情况下腹膜微环境的变化及其机制	长期腹膜透析患者的腹膜微环境，包括中性粒细胞、巨噬细胞和间皮细胞	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本量未在摘要中提及