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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5481 | 2025-10-06 |
Molecular Characterization of Atypical Fibroxanthoma and Pleomorphic Dermal Sarcoma
2025-May-27, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111785
PMID:40507266
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综述 | 本文综述非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤的分子特征研究进展 | 首次整合单细胞RNA测序数据并鉴定新生物标志物 | 因肿瘤罕见性导致研究样本量有限 | 阐明AFX和PDS的分子驱动机制和预后生物标志物 | 非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤肿瘤组织 | 数字病理学 | 皮肤肉瘤 | 外显子组测序, bulk RNA测序, 靶向DNA测序, DNA甲基化分析, 拷贝数分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5482 | 2025-10-06 |
Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study
2025-May-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002342
PMID:40146255
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研究论文 | 本研究评估基于患者来源类器官(PDOs)的新辅助化疗在临界可切除胰腺癌中的临床疗效和安全性 | 首次将PDOs药物敏感性测试应用于BRPC患者的新辅助化疗方案调整,并通过单细胞RNA测序分析吉西他滨耐药机制 | 单臂试点研究,样本量较小(19例),缺乏对照组 | 评估基于PDOs的新辅助化疗在临界可切除胰腺癌中的疗效和安全性 | 临界可切除胰腺癌(BRPC)患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),患者来源类器官(PDOs)培养,药物敏感性测试 | NA | 基因表达数据,临床数据 | 25例筛查患者,19例符合条件,16例接受手术切除 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5483 | 2025-10-06 |
A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics
2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638726
PMID:40027680
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组数据差异表达分析的新统计方法GST,并与现有方法进行了比较 | 在广义估计方程框架中提出广义得分检验(GST),有效整合空间相关性以提高差异表达分析的准确性 | 方法验证主要基于模拟数据和特定癌症类型,在其他组织和疾病中的适用性需要进一步验证 | 开发更稳健的统计方法来识别空间转录组数据中的差异表达基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | 乳腺癌,前列腺癌 | 空间转录组学 | 广义估计方程(GEEs),广义得分检验(GST),Wilcoxon秩和检验 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5484 | 2025-10-06 |
Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3
PMID:40515898
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综述 | 本章全面概述了病毒示踪技术在疼痛研究中的方法、方案和应用 | 整合病毒示踪与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序等新兴技术 | NA | 解析疼痛处理的神经回路机制 | 疼痛相关神经回路(如PAG-DR通路和杏仁核回路) | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 病毒示踪技术,单细胞RNA测序 | NA | 神经回路数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5485 | 2025-10-06 |
Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9
PMID:40515904
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用、优势及实验流程 | 利用单细胞分辨率揭示病毒感染过程中传统方法难以发现的细胞异质性和动态变化机制 | NA | 深入探究病毒与宿主细胞之间的相互作用机制 | 病毒感染过程中的宿主细胞和病毒转录本 | 单细胞组学 | 病毒感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5486 | 2025-10-06 |
Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms
2025-Jul, Cardiovascular toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1007/s12012-025-09999-x
PMID:40346414
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研究论文 | 本研究通过挖掘转录组和单细胞测序数据,探索干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制 | 首次通过整合单细胞RNA测序数据和干扰素-γ通路相关基因,鉴定出Myd88和Trp53作为MIRI的关键生物标志物 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的作用机制 | 心肌缺血再灌注损伤样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 无监督聚类分析 | 基因表达数据 | 三个数据集(GSE160516, GSE83472, GSE227088) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5487 | 2025-10-06 |
From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics
2025-Jul, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001
PMID:40510239
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综述 | 探讨单细胞RNA测序技术在骨科研究中的应用及其对临床实践的影响 | 系统阐述单细胞转录组学如何为骨科疾病研究提供新视角,推动精准医疗发展 | NA | 评估单细胞RNA测序技术对骨科研究和临床实践的推动作用 | 骨关节炎、类风湿关节炎、椎间盘退变、骨肉瘤等骨科疾病 | 单细胞组学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5488 | 2025-10-06 |
Endothelial CLEC5A drives barrier dysfunction and vascular leakage responsible for lung injury in bacterial pneumonia and sepsis
2025-Jun-13, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt7589
PMID:40498836
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研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞CLEC5A在细菌性肺炎和脓毒症中驱动屏障功能障碍和血管渗漏导致肺损伤的机制 | 首次发现内皮细胞CLEC5A在调节内皮屏障功能中的关键作用,并证明其作为肺炎或脓毒症治疗靶点的潜力 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究CLEC5A在内皮屏障功能障碍和血管渗漏中的作用机制 | 小鼠内皮细胞、单核细胞/中性粒细胞 | 分子生物学 | 肺炎、脓毒症 | 单细胞RNA测序、基因敲除、体外细胞培养 | NA | 基因表达数据、生理指标数据 | 基因工程小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5489 | 2025-10-06 |
Early differentiation of committed erythroid cells defined by miR-144/451 expression
2025-Jun-12, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjae057
PMID:39777529
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研究论文 | 本研究通过miR-144/451-eGFP敲入小鼠模型揭示了红系祖细胞早期分化的新标志物 | 首次发现miR-144/451表达可作为CMP中红系祖细胞早期分化的定义标志 | 研究仅限于小鼠模型,人类红系分化机制可能有所不同 | 阐明红系祖细胞在CMP发育阶段的早期分化机制 | miR-144/451-eGFP敲入小鼠的骨髓造血祖细胞 | 发育生物学 | 红细胞发育相关疾病 | 单细胞RNA测序,基因敲入技术 | NA | 单细胞转录组数据 | 敲入小鼠模型的红系祖细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5490 | 2025-10-06 |
Spatial organization, chromatin accessibility and gene-regulatory programs defining mouse sensory neurons
2025-Jun-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08315-1
PMID:40500276
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,构建了小鼠感觉神经元的综合图谱,揭示了细胞类型特异性染色质可及性和基因调控程序 | 首次结合高质量scRNA-seq数据集和MERFISH空间转录组学技术,识别了先前未知的神经元类型,并揭示了神经元和非神经元细胞的空间分区模式 | 研究仅限于小鼠模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证 | 解析感觉神经元异质性的调控机制和空间组织特征 | 小鼠背根神经节中的44,000多个神经元 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,染色质可及性分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,染色质可及性数据 | 超过44,000个神经元 | Vizgen | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | MERSCOPE | MERSCOPE空间转录组技术 |
5491 | 2025-10-06 |
Loss of LAPTM4A inhibits M2 polarization of tumor-associated macrophages in glioblastoma, promoting immune activation and enhancing anti-PD1 therapy
2025-Jun-11, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08147-z
PMID:40500284
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研究论文 | 本研究探讨LAPTM4A缺失对胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞极化的影响及其在调节抗肿瘤免疫中的作用 | 首次揭示LAPTM4A通过促进TAMs向M2表型极化驱动胶质瘤进展,并证明其缺失可增强抗PD-1治疗敏感性 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索LAPTM4A在胶质瘤免疫微环境调节中的功能机制 | C57BL/6雄性小鼠原位胶质瘤模型及肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,体外共培养系统,体内抗PD-1治疗实验 | 小鼠原位胶质瘤模型 | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5492 | 2025-10-06 |
Mechanisms of organotropism in breast cancer and predicting metastasis to distant organs using deep learning
2025-Jun-11, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02905-5
PMID:40500539
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和深度学习技术探索乳腺癌器官趋向性转移的分子机制 | 结合单细胞RNA测序、bulk RNA测序、ChIP-seq数据和深度神经网络模型系统分析乳腺癌器官特异性转移机制 | 仅分析了骨、脑、肝、肺四个转移器官,未涵盖其他可能的转移部位 | 探索乳腺癌器官趋向性转移的分子机制并开发预测模型 | 乳腺癌及其向骨、脑、肝、肺的转移病灶 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,ChIP-seq,深度学习 | 深度神经网络(DNN) | 基因表达数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,ChIP-seq | NA | NA |
5493 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome reveals the reprogramming of immune microenvironment during the transition from MASH to HCC
2025-Jun-11, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02370-2
PMID:40500691
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了从代谢功能障碍相关脂肪性肝炎向肝细胞癌转变过程中免疫微环境的重编程过程 | 首次在单细胞水平描绘MASH向HCC转变过程中的免疫景观变化,并发现ApoE在MASH驱动肝癌发生中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 阐明MASH驱动HCC转变过程中的免疫学景观变化,识别导致MASH相关HCC发病机制的关键基因 | STAM小鼠模型中的CD45+免疫细胞,包括正常饮食、MASH以及配对癌旁和癌组织 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,多重免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据 | 31,822个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5494 | 2025-10-06 |
OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis
2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03480-w
PMID:40500776
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研究论文 | 本研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体解离驱动小胶质细胞焦亡,从而加剧脓毒症相关脑病的机制 | 首次发现OTUD1-HK2轴在SAE中的调控作用,阐明OTUD1通过选择性K63连接去泛素化促进HK2从线粒体解离的新机制 | NA | 探讨OTUD1在脓毒症相关脑病发病机制中的作用 | 小鼠模型、原代小胶质细胞、BV2细胞系、临床样本 | 生物医学 | 脓毒症相关脑病 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 共免疫沉淀, 免疫荧光, 蛋白质印迹, ELISA, qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 行为学数据, 组织学数据 | OTUD1基因敲除小鼠和野生型小鼠,原代细胞和细胞系,临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5495 | 2025-10-06 |
C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance
2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011472
PMID:40484643
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研究论文 | 本研究揭示了C5a/C5aR通路通过Wnt/β-catenin途径上调ATP7B表达导致铜死亡抵抗的机制,并证明联合CuS纳米颗粒与C5a受体拮抗剂可显著增强癌症治疗效果 | 首次证明C5a/C5aR通路介导的铜死亡抵抗机制,并开发了联合CuS纳米颗粒与C5aRA的新型协同治疗策略 | NA | 研究铜死亡抵抗机制并开发增强铜死亡治疗效果的新策略 | 乳腺癌细胞和异种移植小鼠模型 | 癌症治疗 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 生物信息学分析, 免疫组化, 流式细胞术, ELISA, 实时定量PCR, 蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5496 | 2025-10-06 |
Targeting TBK1 potentiates oncolytic virotherapy via amplifying ICAM1-mediated NK cell immunity in chemo-resistant colorectal cancer
2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011455
PMID:40484646
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研究论文 | 本研究探索了通过联合使用溶瘤病毒和TBK1抑制剂治疗化疗耐药结直肠癌的新策略 | 首次揭示TBK1在化疗耐药结直肠癌中介导I型干扰素通路激活并损害病毒复制的机制,发现TBK1抑制剂与溶瘤病毒联合可增强ICAM1介导的NK细胞免疫 | 研究主要基于临床前模型,尚未在大型临床试验中验证 | 探索化疗耐药性对溶瘤病毒疗效的影响及联合治疗策略 | 化疗耐药结直肠癌 | 肿瘤免疫治疗 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序分析,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 临床样本,体外和体内模型,患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5497 | 2025-10-06 |
Preclinical and clinical evaluation of intratumoral injection of an IL-12 expressing SKV-012 oncolytic virus for advanced solid tumors
2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011642
PMID:40484644
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研究论文 | 评估表达IL-12的溶瘤病毒SKV-012通过瘤内注射治疗晚期实体瘤的临床前和临床研究 | 开发了新型工程化溶瘤病毒SKV-012,结合了由Survivin启动子转录的ICP34.5基因和由CMV启动子驱动的IL-12基因 | 一期临床试验样本量较小,需要更大规模研究验证疗效 | 评估SKV-012溶瘤病毒在晚期实体瘤中的安全性和有效性 | 晚期实体瘤患者和临床前动物模型 | 肿瘤免疫治疗 | 实体瘤 | 溶瘤病毒治疗、免疫组织化学、单细胞转录组分析 | NA | 临床数据、实验室检测数据 | 6例晚期实体瘤患者(临床试验) | NA | 单细胞转录组分析 | NA | NA |
5498 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals a lack of CXCL13+ T cell subsets associated with the recurrence of cervical squamous cell carcinoma following concurrent chemoradiotherapy
2025-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04083-3
PMID:40464813
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析宫颈鳞状细胞癌肿瘤微环境,揭示CXCL13+ T细胞亚群与CCRT治疗后复发的关系 | 首次在宫颈鳞癌中发现CXCL13+ T细胞亚群与肿瘤不复发的关联,并构建了基于CXCL13 T细胞特征的预测模型 | 样本量较小(仅6例患者),需要在更大队列中验证 | 探究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的免疫机制 | 宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞 | 单细胞测序分析 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 6例宫颈鳞癌患者(3例复发,3例未复发) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞测序平台 |
5499 | 2025-10-06 |
OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311
PMID:40392208
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研究论文 | 开发了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序,用于将非人类临床前高维基因表达数据转换为人类直系同源基因数据 | 首个能够在不编写代码的情况下将非人类单细胞和空间转录组数据转换为人类直系同源基因数据的交互式应用程序 | 依赖Ensembl数据库的基因集,需要用户提供Seurat格式的数据 | 促进临床前研究中非人类转录组数据向人类直系同源基因的转换,以应用于药物转录组学分析 | 单细胞、单核和空间转录组数据,包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤, 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个数据集,包括GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
5500 | 2025-10-06 |
Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis
2025-Jun, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13752
PMID:39425259
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研究论文 | 本研究通过整合空间代谢组学和空间转录组学技术,揭示了RACK1通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进脂肪酸合成并推动宫颈癌细胞生长的机制 | 首次结合空间代谢组学和空间转录组学技术,系统阐明了RACK1在宫颈癌脂质代谢中的调控作用及其分子机制 | 研究主要聚焦于宫颈癌,未验证在其他癌症类型中的普适性 | 探究RACK1在宫颈癌脂质代谢调控中的作用机制 | 宫颈癌样本和宫颈癌细胞 | 空间多组学 | 宫颈癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 染色质免疫沉淀, 免疫共沉淀, 蛋白质印迹 | NA | 代谢组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |