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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5481 | 2025-10-06 |
OTUD1 exacerbates sepsis-associated encephalopathy by promoting HK2 mitochondrial release to drive microglia pyroptosis
2025-Jun-11, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03480-w
PMID:40500776
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研究论文 | 本研究揭示了OTUD1通过促进HK2从线粒体解离驱动小胶质细胞焦亡,从而加剧脓毒症相关脑病的机制 | 首次发现OTUD1-HK2轴在SAE中的调控作用,阐明OTUD1通过选择性K63连接去泛素化促进HK2从线粒体解离的新机制 | NA | 探讨OTUD1在脓毒症相关脑病发病机制中的作用 | 小鼠模型、原代小胶质细胞、BV2细胞系、临床样本 | 生物医学 | 脓毒症相关脑病 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 共免疫沉淀, 免疫荧光, 蛋白质印迹, ELISA, qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 行为学数据, 组织学数据 | OTUD1基因敲除小鼠和野生型小鼠,原代细胞和细胞系,临床样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5482 | 2025-10-06 |
C5a/C5aR pathway blocking promoted CuS-mediated cancer therapy effect by inhibiting cuproptosis resistance
2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011472
PMID:40484643
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研究论文 | 本研究揭示了C5a/C5aR通路通过Wnt/β-catenin途径上调ATP7B表达导致铜死亡抵抗的机制,并证明联合CuS纳米颗粒与C5a受体拮抗剂可显著增强癌症治疗效果 | 首次证明C5a/C5aR通路介导的铜死亡抵抗机制,并开发了联合CuS纳米颗粒与C5aRA的新型协同治疗策略 | NA | 研究铜死亡抵抗机制并开发增强铜死亡治疗效果的新策略 | 乳腺癌细胞和异种移植小鼠模型 | 癌症治疗 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 生物信息学分析, 免疫组化, 流式细胞术, ELISA, 实时定量PCR, 蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5483 | 2025-10-06 |
Targeting TBK1 potentiates oncolytic virotherapy via amplifying ICAM1-mediated NK cell immunity in chemo-resistant colorectal cancer
2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011455
PMID:40484646
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研究论文 | 本研究探索了通过联合使用溶瘤病毒和TBK1抑制剂治疗化疗耐药结直肠癌的新策略 | 首次揭示TBK1在化疗耐药结直肠癌中介导I型干扰素通路激活并损害病毒复制的机制,发现TBK1抑制剂与溶瘤病毒联合可增强ICAM1介导的NK细胞免疫 | 研究主要基于临床前模型,尚未在大型临床试验中验证 | 探索化疗耐药性对溶瘤病毒疗效的影响及联合治疗策略 | 化疗耐药结直肠癌 | 肿瘤免疫治疗 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RNA测序分析,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 临床样本,体外和体内模型,患者来源类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5484 | 2025-10-06 |
Preclinical and clinical evaluation of intratumoral injection of an IL-12 expressing SKV-012 oncolytic virus for advanced solid tumors
2025-Jun-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011642
PMID:40484644
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研究论文 | 评估表达IL-12的溶瘤病毒SKV-012通过瘤内注射治疗晚期实体瘤的临床前和临床研究 | 开发了新型工程化溶瘤病毒SKV-012,结合了由Survivin启动子转录的ICP34.5基因和由CMV启动子驱动的IL-12基因 | 一期临床试验样本量较小,需要更大规模研究验证疗效 | 评估SKV-012溶瘤病毒在晚期实体瘤中的安全性和有效性 | 晚期实体瘤患者和临床前动物模型 | 肿瘤免疫治疗 | 实体瘤 | 溶瘤病毒治疗、免疫组织化学、单细胞转录组分析 | NA | 临床数据、实验室检测数据 | 6例晚期实体瘤患者(临床试验) | NA | 单细胞转录组分析 | NA | NA |
5485 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals a lack of CXCL13+ T cell subsets associated with the recurrence of cervical squamous cell carcinoma following concurrent chemoradiotherapy
2025-Jun-04, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04083-3
PMID:40464813
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析宫颈鳞状细胞癌肿瘤微环境,揭示CXCL13+ T细胞亚群与CCRT治疗后复发的关系 | 首次在宫颈鳞癌中发现CXCL13+ T细胞亚群与肿瘤不复发的关联,并构建了基于CXCL13 T细胞特征的预测模型 | 样本量较小(仅6例患者),需要在更大队列中验证 | 探究宫颈鳞状细胞癌在同步放化疗后复发的免疫机制 | 宫颈鳞状细胞癌患者的肿瘤微环境细胞 | 单细胞测序分析 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 6例宫颈鳞癌患者(3例复发,3例未复发) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞测序平台 |
5486 | 2025-10-06 |
OrthologAL: a Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf311
PMID:40392208
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研究论文 | 开发了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序,用于将非人类临床前高维基因表达数据转换为人类直系同源基因数据 | 首个能够在不编写代码的情况下将非人类单细胞和空间转录组数据转换为人类直系同源基因数据的交互式应用程序 | 依赖Ensembl数据库的基因集,需要用户提供Seurat格式的数据 | 促进临床前研究中非人类转录组数据向人类直系同源基因的转换,以应用于药物转录组学分析 | 单细胞、单核和空间转录组数据,包括髓母细胞瘤患者来源的异种移植模型以及小鼠和大鼠脊髓损伤模型 | 生物信息学 | 髓母细胞瘤, 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个数据集,包括GSE129730、E-MTAB-11720、GSE213240和GSE234774 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组技术 |
5487 | 2025-10-06 |
Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis
2025-Jun, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13752
PMID:39425259
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研究论文 | 本研究通过整合空间代谢组学和空间转录组学技术,揭示了RACK1通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进脂肪酸合成并推动宫颈癌细胞生长的机制 | 首次结合空间代谢组学和空间转录组学技术,系统阐明了RACK1在宫颈癌脂质代谢中的调控作用及其分子机制 | 研究主要聚焦于宫颈癌,未验证在其他癌症类型中的普适性 | 探究RACK1在宫颈癌脂质代谢调控中的作用机制 | 宫颈癌样本和宫颈癌细胞 | 空间多组学 | 宫颈癌 | 空间代谢组学, 空间转录组学, 染色质免疫沉淀, 免疫共沉淀, 蛋白质印迹 | NA | 代谢组数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 空间代谢组学, 空间转录组学 | NA | NA |
5488 | 2025-10-06 |
Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma
2025-Jun, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358
PMID:40378566
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研究论文 | 本研究基于自噬相关基因构建了肝细胞癌预后预测模型,并筛选出核心基因SQSTM1 | 结合机器学习与蛋白质相互作用网络分析筛选核心基因SQSTM1,发现其在肿瘤相关巨噬细胞中显著分布 | 机制研究尚不完善,需要进一步实验验证 | 构建肝细胞癌预后预测模型并探索治疗靶点 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 生物信息学分析,机器学习,单细胞测序 | 预后风险模型,机器学习 | 基因表达数据 | TCGA、GEO和ICGC数据库中的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5489 | 2025-10-06 |
Novel PAP-targeted CAR-T therapy enhances antitumor efficacy through CoupledCAR approach
2025-May-31, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2024-011238
PMID:40449956
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研究论文 | 本研究开发了靶向前列腺酸性磷酸酶(PAP)的CAR-T疗法,并通过CoupledCAR方法增强抗肿瘤效果 | 首次证明PAP是前列腺癌CAR-T治疗的可行靶点,开发了无需肿瘤抗原即可扩增CAR-T细胞的CoupledCAR平台技术 | 研究主要聚焦于前列腺癌,对其他实体瘤的适用性需要进一步验证 | 开发针对实体瘤的新型CAR-T治疗方法 | 前列腺癌细胞和CAR-T细胞 | 免疫治疗 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 免疫组织化学染色, 抗体筛选 | CAR-T细胞疗法 | 基因表达数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5490 | 2025-10-06 |
Chaperonin containing TCP1 subunit 5 as a novel pan-cancer prognostic biomarker for tumor stemness and immunotherapy response: insights from multi-omics data, integrated machine learning, and experimental validation
2025-May-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04071-7
PMID:40423850
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研究论文 | 本研究通过多组学数据和机器学习方法,揭示了CCT5作为泛癌预后生物标志物在肿瘤干细胞性和免疫治疗反应中的作用 | 首次系统性地分析了CCT5在33种癌症类型中的表达模式,并开发了基于CCT5共表达基因的机器学习模型来预测免疫检查点阻断治疗反应 | 研究结果需要进一步的实验验证,且样本量在某些癌症类型中可能有限 | 探索CCT5在泛癌进展中的生物学功能及其作为免疫治疗反应预测标志物的潜力 | 33种癌症类型的肿瘤组织和细胞 | 机器学习 | 泛癌分析 | 多组学分析、机器学习、单细胞RNA测序、空间转录组学 | 机器学习模型 | RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | 23个免疫检查点阻断队列,共1394个样本,涵盖8种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
5491 | 2025-10-06 |
Analyses of single-cell RNA sequencing uncover the role of intratumoral Helicobacter pylori in shaping tumor progression and immunity in gastric cancer
2025-May-24, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04048-6
PMID:40411560
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示胃内幽门螺杆菌在胃癌进展和免疫调节中的作用 | 开发SAHMI流程系统性地恢复和去噪人类临床组织中的微生物信号,首次在单细胞转录组水平研究肿瘤-微生物相互作用 | 研究仅限于胃癌样本,未验证其他癌症类型中类似机制的普适性 | 探究胃内微生物群特别是幽门螺杆菌在胃癌发生发展中的作用机制 | 胃癌组织样本中的细胞群体和幽门螺杆菌 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,荧光原位杂交,免疫组织化学 | SAHMI分析流程 | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 大型胃癌队列(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5492 | 2025-10-06 |
Low-Strength Type I Interferon Signaling Promotes CAR T-Cell Treatment Efficacy
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.13.653878
PMID:40463198
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析发现低强度I型干扰素信号可增强CAR-T细胞疗效 | 首次揭示低强度IFN-I信号可增强CAR-T细胞杀伤活性和体内疗效,且与共刺激域无关 | 样本量较小(8例患者),需更大规模研究验证 | 探索提高CD19靶向CAR-T细胞治疗r/r DLBCL疗效的新策略 | 复发/难治性弥漫大B细胞淋巴瘤患者和CAR-T细胞 | 单细胞组学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 8例r/r DLBCL患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5493 | 2025-10-06 |
ARHGDIB as a prognostic biomarker and modulator of the immunosuppressive microenvironment in glioma
2025-May-15, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04063-7
PMID:40372473
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研究论文 | 本研究探讨ARHGDIB作为胶质瘤预后生物标志物及其在免疫抑制微环境调控中的作用 | 首次揭示ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控机制,发现其与CD163相似的表达模式并能诱导M2巨噬细胞极化 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要更多临床样本验证 | 探究ARHGDIB在胶质瘤免疫微环境中的调控作用及其预后价值 | 胶质瘤组织和细胞 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 胶质瘤 | qPCR, IHC, 单细胞测序, 免疫荧光, 生物信息学分析 | LASSO-Cox回归, Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据, 临床数据, 免疫组化图像 | 公共数据库数据及自建队列样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
5494 | 2025-10-06 |
Din Oversees Mesenchymal Stem Cell Homeostasis in Mouse Incisors
2025-May-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6568233/v1
PMID:40470223
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研究论文 | 本研究通过新开发的基因敲除小鼠模型揭示了Din基因在小鼠切牙间充质干细胞稳态调控中的关键作用 | 首次发现并验证了预测基因Din在牙髓间充质干细胞稳态维持中的核心功能,并阐明其通过Rho GTPases通路调控的分子机制 | 研究仅限于小鼠切牙模型,在人类牙齿中的功能尚需验证 | 探究Din基因在牙齿干细胞稳态调控中的作用机制 | 小鼠切牙中的间充质干细胞和上皮干细胞 | 干细胞生物学 | 牙齿发育异常 | 基因敲除模型,单细胞RNA测序,转录组学,蛋白质组学,GLISA分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质数据 | 未明确样本数量的小鼠切牙组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5495 | 2025-10-06 |
scATD: a high-throughput and interpretable framework for single-cell cancer drug resistance prediction and biomarker identification
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf268
PMID:40501071
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研究论文 | 提出一种基于大语言模型的高通量单细胞癌症耐药性预测框架scATD | 采用双向风格迁移实现无需模型参数训练的新患者预测,并通过知识蒸馏提升性能 | NA | 开发高通量单细胞癌症耐药性预测和生物标志物识别方法 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 大语言模型, 知识蒸馏, 迁移学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5496 | 2025-10-06 |
Showcasing the Comprehensive Understanding of Cellular Profiling and Human Neurophysiology
2025-May, Journal of pharmacy & bioallied sciences
DOI:10.4103/jpbs.jpbs_46_25
PMID:40511047
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研究论文 | 本文系统整合细胞谱系分析与人类神经生理学,探索两者在理解神经过程、细胞反应和疾病机制中的相互作用 | 采用跨领域整合方法,结合单细胞RNA测序与电生理技术解析细胞异质性与神经生理表型的关联 | NA | 揭示细胞亚型在特定神经生理功能中的作用,为精准治疗提供理论基础 | 人类标本中的细胞异质性与神经生理表型 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 电生理记录 | NA | 基因表达数据, 电生理信号 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5497 | 2025-10-06 |
A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7
2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568
PMID:40316021
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研究论文 | 本研究揭示了人内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中通过肿瘤坏死因子-α响应性隐蔽启动子驱动的过表达机制 | 发现了ERVK-7的两个新型转录本及其细胞谱系特异性表达模式,阐明了炎症信号通路对ERVK-7表达的差异性调控机制 | 主要聚焦于肺腺癌,对其他癌症类型的适用性需要进一步验证 | 探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其作为生物标志物的潜力 | 人内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达调控 | 基因组学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,表观遗传图谱 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5498 | 2025-10-06 |
From spots to cells: Cell segmentation in spatial transcriptomics with BOMS
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0311458
PMID:40504785
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研究论文 | 提出了一种基于均值漂移的空间转录组学细胞分割新方法BOMS,无需辅助图像即可实现准确的细胞分割 | 首次提出仅利用mRNA斑点的空间位置和基因标签进行细胞分割,无需依赖DAPI/Poly(A)等辅助染色图像 | 论文未明确说明方法在极端组织密度或复杂细胞排列情况下的性能表现 | 开发更准确高效的空间转录组学细胞分割方法 | 空间转录组学数据中的细胞分割 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,均值漂移算法 | 均值漂移聚类 | 空间基因表达数据,mRNA斑点图像 | 多个公开可用数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5499 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics for immune profiling of cerebrospinal fluid in neurological diseases
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1599303
PMID:40510352
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综述 | 本文系统综述了利用单细胞转录组学研究脑脊液免疫特征在神经系统疾病中的应用 | 整合了单细胞RNA测序、T细胞受体测序和B细胞受体测序技术,首次全面总结这些技术在神经系统疾病脑脊液免疫分析中的综合应用 | 主要基于已发表研究进行总结,缺乏原始实验数据验证 | 探讨单细胞转录组学在神经系统疾病脑脊液免疫分析中的应用价值 | 脑脊液中的免疫细胞 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
5500 | 2025-10-06 |
Integrative Analysis of Shared Pathogenic Genes and Potential Mechanisms in Gardnerella vaginalis and Persistent HPV16 Infection
2025, Mediators of inflammation
IF:4.4Q2
DOI:10.1155/mi/2582989
PMID:40510586
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研究论文 | 本研究通过整合加德纳菌感染和HPV16持续感染的转录组数据,揭示了RSAD2和IFIT1作为宫颈病变潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次整合GV感染和HPV16持续感染的转录组数据,识别共享致病机制,并通过单细胞转录组学揭示基因表达模式 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 阐明加德纳菌和HPV16持续感染的共享致病机制 | 加德纳菌和HPV16感染的分子机制 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 转录组分析,单细胞转录组学,孟德尔随机化分析 | 随机森林,ROC分析 | 基因表达数据 | GEO数据集GSE75132和体外GV感染实验数据 | NA | 单细胞RNA-seq,转录组测序 | NA | NA |