单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5481	2025-01-25	DNA replication in early mammalian embryos is patterned, predisposing lamina-associated regions to fragility 2024-Jun-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49565-7 PMID:38898078	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，表明晚期复制区域在受精后的第一个细胞周期中与B区室和核纤层相关联	首次展示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，并揭示了晚期复制区域与染色体断裂的关联	研究主要基于牛和小鼠胚胎，可能不适用于所有哺乳动物	探讨哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式及其对基因组组织的影响	牛和小鼠的早期胚胎	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	牛和小鼠的早期胚胎样本
5482	2025-01-25	LMNA -Related Dilated Cardiomyopathy: Single-Cell Transcriptomics during Patient-derived iPSC Differentiation Support Cell type and Lineage-specific Dysregulation of Gene Expression and Development for Cardiomyocytes and Epicardium-Derived Cells with Lamin A/C Haploinsufficiency 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.12.598335 PMID:38915555	研究论文	本文研究了与LMNA相关的扩张型心肌病（DCM），通过患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）分化过程中的单细胞转录组学，支持了心肌细胞和心外膜来源细胞在Lamin A/C单倍体不足情况下的基因表达和发育的细胞类型和谱系特异性失调	使用患者来源的iPSC模型，结合单细胞RNA测序技术，揭示了Lamin A/C单倍体不足对心肌细胞和心外膜来源细胞的基因表达和发育的影响	研究中识别的影响表观遗传和分化的其他因素需要进一步改进方法来深入研究	探讨LMNA相关扩张型心肌病的分子机制	患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）及其分化过程中的心肌细胞和心外膜来源细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	iPSC模型	RNA测序数据	12个样本（4个患者样本和8个对照样本）
5483	2025-01-25	Hyperoxia impairs induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells and drives an atherosclerosis-like transcriptional phenotype 2024, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2024.100193 PMID:38770110	研究论文	本文研究了高氧条件对诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs）的影响，并探讨了其在血管疾病再生医学中的应用潜力	揭示了高氧条件下iPSC-ECs会发展出内皮-间质表型，并与动脉粥样硬化内皮细胞的转录表型有重叠	生理性4%氧浓度培养条件虽能改善高传代细胞的线粒体功能，但不足以保持其血管生成能力	探讨不同氧浓度对iPSC-ECs的生物能量学、细胞标志物表达、增殖和血管生成能力的影响	诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（iPSC-ECs）	再生医学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5484	2025-01-25	SGSM2 in Uveal Melanoma: Implications for Survival, Immune Infiltration, and Drug Sensitivity 2024, Protein and peptide letters IF:1.0Q4 DOI:10.2174/0109298665341953240926041613 PMID:39501960	研究论文	本研究探讨了SGSM2在葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的表达及其与生存率、免疫浸润和药物敏感性的关系	首次揭示了SGSM2在UVM中的高表达及其与不良预后的关联，并探讨了其与免疫浸润、免疫检查点基因和药物敏感性的关系	研究主要基于生物信息学分析和实验验证，需要进一步的大样本临床研究来验证这些发现	阐明SGSM2在UVM中的作用及其临床意义	葡萄膜黑色素瘤（UVM）细胞系和患者数据	生物信息学	葡萄膜黑色素瘤	定量实时PCR（qRT-PCR）、单细胞测序	NA	基因表达数据、临床数据	UVM细胞系和TCGA数据库中的UVM患者数据
5485	2025-01-25	Integration of single-cell transcriptomics and bulk transcriptomics to explore prognostic and immunotherapeutic characteristics of nucleotide metabolism in lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1466249 PMID:39845190	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和批量转录组学数据，探索了核苷酸代谢在肺腺癌中的预后和免疫治疗特性	首次构建了基于核苷酸代谢相关基因的预后风险模型，并验证了其在肺腺癌预后预测和免疫治疗响应中的准确性	研究主要依赖于公共数据库的转录组和临床数据，缺乏多中心验证和更大样本量的独立验证	探索核苷酸代谢在肺腺癌中的预后价值和免疫治疗特性	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	转录组测序	Lasso + Stepcox	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的肺腺癌患者数据
5486	2025-01-25	DNA replication in early mammalian embryos is patterned, predisposing lamina-associated regions to fragility 2023-Dec-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.25.573304 PMID:38234839	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，发现晚期复制区域与核层相关联，并倾向于发生染色体断裂	首次揭示了哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式，并发现晚期复制区域与染色体断裂的关联	研究主要基于牛和小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物或人类胚胎	研究哺乳动物早期胚胎中DNA复制的模式及其对基因组稳定性的影响	牛和小鼠的早期胚胎	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	牛和小鼠的早期胚胎样本
5487	2025-01-25	Mural cell-derived chemokines provide a protective niche to safeguard vascular macrophages and limit chronic inflammation 2023-10-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.08.002 PMID:37652021	研究论文	本文研究了血管巨噬细胞维持机制，揭示了壁细胞通过分泌趋化因子CCL2和MIF保护巨噬细胞存活及其稳态功能，从而限制慢性炎症	发现了壁细胞通过分泌趋化因子CCL2和MIF维持血管巨噬细胞的稳态功能，并揭示了这一机制在动脉粥样硬化中的保护作用	研究主要关注动脉粥样硬化，未涉及其他慢性炎症疾病	研究血管巨噬细胞的维持机制及其在慢性炎症中的作用	血管巨噬细胞和壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	生物医学	动脉粥样硬化	单细胞转录组学、共培养实验、基因敲除实验	NA	图像、基因表达数据	NA
5488	2025-01-25	Endothelial CCRL2 induced by disturbed flow promotes atherosclerosis via chemerin-dependent β2 integrin activation in monocytes 2023-08-07, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvad085 PMID:37279540	研究论文	本文研究了内皮CCRL2在动脉粥样硬化中的作用及其通过chemerin依赖的β2整合素激活机制	揭示了CCRL2-chemerin-β2整合素轴在动脉粥样硬化中的新机制	研究主要基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探讨CCRL2及其配体chemerin在动脉粥样硬化中的作用及其机制	内皮细胞、单核细胞、ApoE-/-小鼠	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq、Di-E-GSSG测定、邻近连接测定	小鼠模型	基因表达数据、血清数据	ApoE-/-小鼠、急性动脉粥样硬化性卒中患者和健康个体的血清样本
5489	2024-08-07	RNA visualization and single-cell transcriptomics: methods and applications 2023 Jun-Oct, Transcription DOI:10.1080/21541264.2023.2286761 PMID:38047544	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5490	2025-01-25	Single-Cell RNA sequencing investigation of female-male differences under PAD conditions 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1251141 PMID:37745110	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了在PAD条件下男女之间的差异，特别是内皮细胞在受到不同机械刺激下的基因表达变化	首次结合d-flow和硬度两个因素，研究其对内皮细胞表型的影响，并探讨了性别在这些过程中的作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证	探索性别对PAD相关促动脉粥样硬化通路的影响	内皮细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
5491	2025-01-25	Low-ratio somatic NLRC4 mutation causes late-onset autoinflammatory disease 2022-08, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2021-221708 PMID:35428651	研究论文	本文研究了一例以关节炎、反复发热和皮疹为特征的晚发性自身炎症性疾病的遗传基础	发现了一种低比例体细胞NLRC4突变导致晚发性自身炎症性疾病，并揭示了其致病机制及潜在治疗策略	研究仅基于一例患者，样本量较小	探究晚发性自身炎症性疾病的遗传基础及致病机制	一例晚发性自身炎症性疾病患者	基因组学	自身炎症性疾病	全外显子/基因组测序、数字液滴PCR、单细胞RNA测序、细胞内细胞因子染色、定量PCR、免疫组化、Western blotting	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	一例患者
5492	2025-01-25	Differential responses to immune checkpoint inhibitor dictated by pre-existing differential immune profiles in squamous cell carcinomas caused by same initial oncogenic drivers 2022-Apr-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-022-02337-x PMID:35366939	研究论文	本研究通过建立两种具有TP53缺失和PIK3CA过度激活的鳞状细胞癌（SCC）模型，探讨了不同肿瘤对免疫检查点抑制剂（ICI）反应的差异	揭示了肿瘤内在差异如何影响ICI反应，并提出了结合肿瘤特异性或肿瘤相关巨噬细胞（TAM）特异性靶点的联合免疫疗法	研究主要基于小鼠模型，结果在人类HNSCC中的适用性尚需进一步验证	探讨鳞状细胞癌对免疫检查点抑制剂反应的差异机制	两种具有TP53缺失和PIK3CA过度激活的鳞状细胞癌模型（TAb2和TCh3）	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠SCC模型	RNA测序数据、流式细胞术数据	两种SCC肿瘤模型（TAb2和TCh3）
5493	2025-01-25	Sox13 is a novel flow-sensitive transcription factor that prevents inflammation by repressing chemokine expression in endothelial cells 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.979745 PMID:36247423	研究论文	本文研究了SOX13作为一种新型的流动敏感转录因子，在稳定血流条件下通过抑制内皮细胞中趋化因子的表达来预防炎症	首次发现SOX13作为一种新型的流动敏感转录因子，其在稳定血流条件下通过抑制趋化因子的表达来预防内皮炎症	研究主要基于小鼠模型和培养的人主动脉内皮细胞，尚未在人体内进行验证	探索SOX13在血流调节内皮炎症中的作用	小鼠动脉和培养的人主动脉内皮细胞（HAECs）	生物医学	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）、染色质可及性测序（scATACseq）、RNA测序（RNAseq）、qPCR、ELISA	小鼠部分颈动脉结扎模型	基因表达数据、染色质可及性数据	小鼠动脉和培养的人主动脉内皮细胞（HAECs）
5494	2025-01-24	Inhibition of programmed cell death by melanoma cell subpopulations reveals mechanisms of melanoma metastasis and potential therapeutic targets 2025-Jan-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01789-9 PMID:39832036	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了黑色素瘤转移的特定机制，并探讨了程序性细胞死亡在黑色素瘤发展中的作用	通过单细胞测序技术细分黑色素瘤细胞亚群，揭示了C0 SOD3+黑色素瘤细胞亚群与氧化途径在转移性肿瘤组织中的密切关系，并构建了与黑色素瘤预后相关的预测模型	研究中未提及样本量，可能影响结果的普遍性	探讨黑色素瘤转移的机制及潜在治疗靶点	黑色素瘤细胞亚群	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序	预测模型	基因表达数据	NA
5495	2025-01-24	Revolutionizing ESCC prognosis: the efficiency of tumor-infiltrating immune cells (TIIC) signature score 2025-Jan-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01709-3 PMID:39833504	研究论文	本文开发了一种基于肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）特征评分的模型，用于预测食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后	首次开发了TIIC特征评分模型，为ESCC的预后和免疫治疗提供了新的策略和指导	NA	评估TIIC特征评分在ESCC预后中的有效性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	数字病理学	食管癌	转录组数据、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法	转录组数据、单细胞RNA测序数据	从GEO和TCGA数据库中提取的ESCC样本
5496	2025-01-24	Integrative single-cell and multi-omics analyses reveal ferroptosis-associated gene expression and immune microenvironment heterogeneity in gastric cancer 2025-Jan-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01798-8 PMID:39831925	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了胃癌中铁死亡相关基因表达和免疫微环境异质性	首次在胃癌中系统性地研究了铁死亡相关基因的表达及其与免疫微环境的关联，并利用机器学习算法构建了高预测准确性的模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探索胃癌中铁死亡相关基因的表达及其在肿瘤微环境中的作用	胃癌细胞及其微环境中的免疫细胞	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、ssGSEA分析、机器学习算法	机器学习模型	RNA测序数据	未明确提及样本数量
5497	2025-01-24	Differential impact of TIM-3 ligands on NK cell function 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010618 PMID:39773563	研究论文	本研究探讨了TIM-3配体对自然杀伤（NK）细胞功能的不同影响，特别是在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中的应用	揭示了TIM-3配体对NK细胞功能的复杂影响，特别是galectin-9在TIM-3和CD44信号传导中的作用，并提出了针对TIM-3的免疫治疗策略的局限性	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序，未涉及大规模临床试验验证	评估TIM-3+ NK细胞在HNSCC患者中的普遍性和功能，确定四种TIM-3配体对TIM-3+ NK细胞功能的不同影响，并评估靶向配体介导的TIM-3信号传导是否能增强NK细胞的效应功能	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者中的TIM-3+ NK细胞	免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、体外杀伤实验、增殖实验、细胞因子产生实验	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	HNSCC患者的肿瘤和血液样本
5498	2025-01-24	Chemotherapy-induced cellular senescence promotes stemness of aggressive B-cell non-Hodgkin's lymphoma via CCR7/ARHGAP18/IKBα signaling activation 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009356 PMID:39773566	研究论文	本研究探讨了化疗诱导的细胞衰老如何通过CCR7/ARHGAP18/IKBα信号通路促进侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤的干细胞特性	首次发现CCR7在化疗诱导的衰老B细胞非霍奇金淋巴瘤中的关键作用，并揭示了其通过ARHGAP18/IKBα信号通路促进干细胞特性的机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨化疗诱导的细胞衰老如何影响B细胞非霍奇金淋巴瘤的干细胞特性和耐药性	侵袭性B细胞非霍奇金淋巴瘤细胞	癌症研究	B细胞非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序、免疫组化、流式细胞术、免疫荧光、Western blot、共免疫沉淀、细胞增殖检测、衰老相关β-半乳糖苷酶染色、集落和球体形成实验、Transwell实验	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	NA
5499	2025-01-24	Disruption of tumor-intrinsic PGAM5 increases anti-PD-1 efficacy through the CCL2 signaling pathway 2025-Jan-07, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009993 PMID:39773565	研究论文	本研究探讨了肿瘤内源性PGAM5通过CCL2信号通路对免疫治疗效果的调控作用	揭示了肿瘤内源性PGAM5通过调控线粒体动力学影响肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的极化，进而影响免疫治疗效果的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体临床试验中验证	探索肿瘤内源性PGAM5对肿瘤微环境中免疫细胞的影响，并评估其作为肝细胞癌（HCC）免疫治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、免疫荧光、染色质免疫共沉淀、ELISA、质谱分析	小鼠皮下和原位HCC模型	基因表达数据、蛋白质组学数据	基于GEO和TCGA-LIHC数据集的分析，以及两个独立队列的肿瘤组织阵列
5500	2025-01-24	Comprehensive Analysis of Programmed Cell Death-Related Genes in Diagnosis and Synovitis During Osteoarthritis Development: Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491203 PMID:39839184	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，全面分析了程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎（OA）发展和滑膜炎中的诊断作用	首次系统探讨了程序性细胞死亡（PCD）相关基因与OA滑膜炎的关系，并构建了基于Hub PCD-DEGs的诊断模型	研究主要基于公共数据库的转录组数据，需要进一步实验验证	探讨PCD相关基因在OA滑膜炎中的作用及其作为诊断标志物或治疗靶点的潜力	OA患者的滑膜组织	生物信息学	骨关节炎	RNA测序，qRT-PCR	机器学习算法，诊断模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了GEO数据库中的OA滑膜样本