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当前共找到 37491 篇文献，本页显示第 5481 - 5500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5481 | 2025-12-15 |
Nicheformer: a foundation model for single-cell and spatial omics
2025-Dec, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02814-z
PMID:41168487
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研究论文 | 本文介绍了Nicheformer，一个基于Transformer的基础模型，用于单细胞和空间组学分析，旨在捕获细胞的空间上下文信息 | Nicheformer是首个在人类和小鼠的单细胞及空间转录组数据上训练的基础模型，能够学习捕获空间上下文的细胞表示，并支持空间组成和标签预测等下游任务 | 仅使用解离数据训练的模型无法恢复空间微环境的复杂性，强调了多尺度整合的必要性 | 开发一个基础模型以改善单细胞和空间组学数据的分析，特别是空间上下文的预测和整合 | 人类和小鼠的细胞，包括解离单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | Transformer | 单细胞和空间转录组数据 | 超过5700万解离细胞和5300万空间解析细胞，涵盖73个组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5482 | 2025-12-15 |
Cancer-associated fibroblast miR-148a-5p/CALD1/collagen VI pathway promotes proliferation in Helicobacter pylori-positive gastric cancer
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01116-y
PMID:41171370
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研究论文 | 本研究揭示了幽门螺杆菌通过激活癌症相关成纤维细胞中的TLR/miR-148a-5p/CALD1/胶原VI通路促进胃癌细胞增殖的机制 | 首次在幽门螺杆菌阳性胃癌中鉴定出CAFs通过miR-148a-5p/CALD1/胶原VI轴促进肿瘤增殖的新信号通路，并证明miR-148a-5p激动剂可作为化疗增敏剂 | 未明确说明样本量大小，且研究主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证 | 探究幽门螺杆菌如何通过影响癌症相关成纤维细胞促进胃癌增殖，并寻找潜在治疗靶点 | 幽门螺杆菌阳性胃癌、癌症相关成纤维细胞、胃癌细胞 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | microRNA测序、转录组测序、单细胞测序、分子生物学实验、体外细胞共培养、体内CDX和PDX模型 | NA | 测序数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 5483 | 2025-12-15 |
Characteristics linking ischemia-reperfusion to chronic lung allograft dysfunction in lung transplantation: A single-cell bioinformatics analysis
2025-Dec, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2025.102326
PMID:41232781
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA-seq数据集，揭示了肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系 | 首次使用单细胞生物信息学方法系统描绘了IRI到CLAD过程中的细胞动态变化、代谢抑制、铜死亡激活及巨噬细胞向肌成纤维细胞转变等关键机制 | 研究结果需要进一步在动物模型和临床样本中进行验证 | 探究肺移植中缺血再灌注损伤与慢性肺移植物功能障碍之间的细胞和分子联系 | 肺移植相关的细胞群体，包括上皮细胞、Club细胞和髓系细胞 | 生物信息学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA-seq | Louvain聚类、UMAP可视化、Augur方法、CellChat、MEBOCOST、pySCENIC | 单细胞RNA-seq数据 | 整合自GSE220797和GSE224210数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5484 | 2025-12-15 |
Spatially resolved multi-omics of human metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2025-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02407-8
PMID:41286103
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研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学及代谢组学技术，绘制了人类代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的空间多组学图谱 | 首次在人类MASLD中整合单细胞与空间转录组学及代谢组学数据，识别了MITF作为脂质相关巨噬细胞的关键调控因子，并揭示了其通过肝细胞生长因子分泌的肝保护作用 | 样本量相对有限（共61例），且主要基于观察性数据，需要进一步功能验证 | 探究人类代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）的分子机制和空间异质性 | 人类肝脏组织，包括对照组、代谢功能障碍相关脂肪肝（MASL）和代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）患者 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 代谢组学, 质谱成像 | NA | 转录组数据, 代谢组数据, 空间数据 | 61例人类肝脏样本（对照组10例, MASL 17例, MASH 34例） | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 5485 | 2025-12-15 |
Presynaptic Changes in Mouse Rod Photoreceptors During Early Retinitis Pigmentosa
2025-Dec-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.15.4
PMID:41324324
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，探讨了P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠早期视杆细胞突触前分子变化 | 首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，揭示了视网膜色素变性早期视杆细胞突触SNARE复合体和囊泡蛋白的分子上调机制 | 研究仅使用1月龄小鼠模型，未涵盖疾病晚期阶段；样本量有限，且主要基于动物模型，人类临床相关性需进一步验证 | 探究视网膜色素变性早期视杆细胞突触可塑性的分子机制 | P23H/Gnat2-/-视网膜色素变性小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜组织 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 蛋白质组数据, 图像数据 | 1月龄P23H/Gnat2-/- RP小鼠和Gnat2-/-对照小鼠的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 5486 | 2025-12-15 |
Antiviral and immune modulatory activities of STING agonists in a mouse model of persistent hepatitis B virus infection
2025-Dec, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1013709
PMID:41364734
|
研究论文 | 本文研究了STING激动剂在持续HBV感染小鼠模型中的抗病毒和免疫调节活性 | 首次使用STING敲除和人类STING敲入小鼠模型，证明STING激动剂治疗以STING依赖性方式激活免疫反应并抑制HBV复制，为慢性乙型肝炎治疗提供了新策略 | 研究仅基于小鼠模型，人类应用效果未验证；样本量较小，HBs-Ab仅在1/4小鼠中检测到 | 评估STING激动剂作为免疫疗法治疗慢性乙型肝炎的潜力 | AAV-HBV转导的小鼠模型 | 免疫学 | 乙型肝炎 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 未明确指定，但涉及小鼠模型和单细胞RNA-seq分析 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5487 | 2025-12-12 |
Fibroblasts in the tumor microenvironment: heterogeneity and dynamic interactions in tumor progression revealed by spatial transcriptomics
2025-Dec, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands)
DOI:10.1007/s13402-025-01108-y
PMID:41129052
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5488 | 2025-12-15 |
Integrating Functional Genomic Screens and Multi-Omics Data to Construct a Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma and Validating SPC25
2025-Nov-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17233844
PMID:41375045
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研究论文 | 本研究通过整合功能基因组筛选和多组学数据，构建了一个用于肺腺癌的预后风险评分模型，并验证了核心基因SPC25的致癌作用 | 整合了CRISPR-Cas9功能基因组筛选数据与患者多组学数据来构建预后模型，并通过体内外实验和单细胞RNA-seq分析验证了核心基因SPC25的生物学功能 | 模型验证主要依赖于公共数据集（如TCGA和GEO），未来需要在更大规模的前瞻性临床队列中进一步验证 | 开发可靠的肺腺癌预后生物标志物和发现新的治疗靶点 | 肺腺癌细胞系、患者肿瘤样本（来自TCGA和GEO数据库）以及小鼠异种移植模型 | 生物信息学与计算生物学 | 肺腺癌 | CRISPR-Cas9筛选、转录组学分析、单细胞RNA-seq | LASSO回归、多变量Cox回归模型 | 基因组筛选数据、转录组数据、单细胞RNA-seq数据 | TCGA-LUAD队列患者数据、独立GEO数据集、真实世界免疫治疗队列以及体内外实验样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5489 | 2025-12-15 |
Single-Cell Omics in Legumes: Research Trends and Applications
2025-Nov-27, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants14233615
PMID:41375325
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综述 | 本文综述了单细胞组学在豆科植物中的应用进展，重点关注其在植物发育、病原体响应、应激可塑性及根瘤共生建立中的作用 | 强调了从批量组学到单细胞多组学的转变，并展望了构建整合豆科植物细胞图谱的未来方向 | 当前单细胞组学技术在豆科植物研究中仍存在局限性，如技术整合不足和样本覆盖有限 | 探讨单细胞组学在豆科植物研究中的应用趋势，以支持转化研究和作物改良 | 豆科植物，包括特定物种如Medicago truncatula、Lotus japonicus、Glycine max和Phaseolus vulgaris | 植物生物学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学、单细胞表观基因组学 | NA | 基因表达数据、表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 5490 | 2025-12-15 |
A spatially informed matrix normal model for gene co-expression analysis in spatial transcriptomics studies
2025-Nov-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1264
PMID:41370198
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研究论文 | 本文提出了一种名为spMOCA的统计框架，用于在空间转录组学研究中推断基因共表达网络，同时显式建模空间依赖性 | 引入矩阵正态模型，联合考虑基因-基因和空间协方差，将内在共表达关系与空间诱导效应分离，相比现有方法能更准确、无偏地估计基因间相关性 | 未明确提及具体局限性，但可能依赖于模拟和现有数据集的验证，未涉及所有潜在空间转录组学技术或组织类型 | 开发一种统计方法以改进空间转录组学数据中的基因共表达分析，捕捉基因相互作用和空间依赖性的联合影响 | 基因共表达网络、空间转录组学数据 | 空间转录组学 | 肿瘤、神经退行性疾病 | 空间转录组学技术 | 矩阵正态模型 | 空间转录组学数据 | 九个空间转录组学数据集，涵盖不同技术、组织和物种 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5491 | 2025-12-15 |
Single-Cell Sequencing Reveals Novel Tumor Populations and Their Interplay with the Immune Microenvironment in a Pleomorphic Rhabdomyosarcoma
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311420
PMID:41373578
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了多形性横纹肌肉瘤中肿瘤细胞群的异质性及其与免疫微环境的相互作用 | 首次通过单细胞测序识别出pRMS中肌源性和非肌源性肿瘤细胞群，并发现非肌源性群与免疫细胞有更多通讯联系，揭示了MIF-CD74等关键免疫抑制通路 | 研究为单病例分析，缺乏多患者队列验证，且需蛋白质水平验证和体内外实验确认临床可行性 | 探究多形性横纹肌肉瘤的肿瘤异质性和免疫微环境特征 | 多形性横纹肌肉瘤肿瘤组织 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 单病例样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5492 | 2025-12-15 |
De Novo Detection of Clonal Structure and Evolution in Single-Cell and Spatial Transcriptomes
2025-Nov-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311428
PMID:41373592
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scClone的计算工具包，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中检测克隆结构和进化 | 开发了scClone工具包，整合变异检测和基因型推断，解决了scRNA-seq数据中的表达丢失和等位基因不平衡问题，并支持空间转录组数据的克隆结构分析 | 未明确提及具体局限性，但可能受限于单细胞测序的成本和数据质量 | 揭示肿瘤的克隆结构和动态进化，建立基因型与表型的关联 | 肿瘤细胞，包括骨髓瘤、肝细胞癌、胰腺癌、卵巢癌和皮肤鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 多个数据集，涉及多种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 5493 | 2025-12-15 |
A Comprehensive Analysis of Novel Variations Associated with Bile Duct Cancer: Insights into Expression, Methylation, and 3D Protein Structure
2025-Nov-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms262311244
PMID:41373405
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研究论文 | 本研究通过整合基因组、转录组、单细胞、甲基化和分子动力学数据，全面分析胆管癌中的新变异，揭示其表达、甲基化和3D蛋白质结构变化 | 首次将多组学数据（包括单细胞RNA-seq、甲基化阵列和分子动力学模拟）与公共数据集结合，系统识别胆管癌的致病性变异及其功能影响 | 研究主要依赖公共数据集，样本量有限（如23个肿瘤样本），且未进行实验验证 | 识别胆管癌的致病性变异，为诊断和治疗策略提供新见解 | 胆管癌（胆道上皮癌） | 生物信息学 | 胆管癌 | 基因组学、转录组学、单细胞RNA-seq、甲基化分析、分子动力学模拟 | DESeq2、limma、DMRcate、AlphaFold3、GROMACS、FoldX5 | 基因组变异数据、RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、甲基化阵列数据、蛋白质结构数据 | 23个肿瘤样本（TCGA）、52个肿瘤和12个正常肝脏样本（甲基化数据）、23,782个细胞（单细胞RNA-seq） | Illumina | 单细胞RNA-seq、甲基化分析 | Illumina 450 K甲基化阵列 | Illumina 450 K甲基化阵列用于分析52个肿瘤和12个正常肝脏样本的甲基化模式 |
| 5494 | 2025-12-15 |
Bioinformatics frameworks for single-cell long-read sequencing: unlocking isoform-level resolution
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf655
PMID:41378880
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综述 | 本文综述了单细胞长读长测序技术及其生物信息学框架在解锁异构体水平分辨率方面的应用 | 探讨了单细胞长读长测序技术如何结合单细胞分辨率与第三代测序技术，以解决传统短读长测序在重构全长转录本异构体方面的限制 | NA | 探索单细胞长读长测序技术在理解异构体调控和异常剪接在人类疾病中的作用，并揭示其诊断和治疗潜力 | 单细胞长读长测序数据及其生物信息学分析工具 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞长读长RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 长读长RNA-seq | NA | NA |
| 5495 | 2025-12-15 |
A Multi-omics Exploration Revealing SLIT2 as a Prime Therapeutic Target for Peripheral Facial Paralysis: Integrating Single-Cell Transcriptomics and Plasma Proteome Data
2025-Oct-16, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-025-01607-4
PMID:41099890
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化分析和单细胞转录组测序，探索了外周性面瘫的潜在治疗靶点，并首次在面神经损伤后检测到SLIT2的改变 | 首次将孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序相结合，系统地从宏观遗传关联到微观细胞功能研究外周性面瘫，并首次在面神经损伤后检测到SLIT2的改变 | 研究主要基于动物模型，且动物与人类在面运动核方面存在显著差异 | 识别外周性面瘫的治疗靶点并理解其分子和细胞机制 | 外周性面瘫患者（通过公开血浆蛋白数据）及SD大鼠面神经损伤模型 | 单细胞组学 | 神经系统疾病（外周性面瘫） | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 免疫荧光分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 图像数据 | 1925个公开可用的血浆蛋白顺式遗传力工具；SD大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5496 | 2025-12-15 |
Single-cell multiomics identifies Tcf1 and Lef1 as key initiators of early thymic progenitor fate
2025-Sep-12, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adq8970
PMID:40938954
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术揭示了Tcf1和Lef1作为早期胸腺祖细胞命运的关键启动因子 | 首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序解析小鼠早期胸腺祖细胞的异质性，并发现Tcf1和Lef1在Notch通路上游调控ETP形成 | 研究主要基于小鼠模型，人类ETP形成机制可能有所不同 | 探究调控早期胸腺祖细胞形成的分子机制 | 小鼠早期胸腺祖细胞 | 单细胞多组学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 5497 | 2025-12-15 |
Regulatory KIR+CD8+ T cells are elevated during human pregnancy
2025-Aug-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adm7697
PMID:40768597
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研究论文 | 本研究探讨了表达抑制性杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIR）的CD8+ T细胞在人类妊娠期间的作用及其与母胎耐受性的关系 | 首次发现KIR+CD8+ T细胞在妊娠期间频率升高，特别是在怀有男性胎儿的孕妇中，并揭示了该细胞亚群通过抑制针对胎儿特异性抗原的母体T细胞反应来促进母胎耐受的新机制 | 研究主要基于外周血和早期妊娠蜕膜组织样本，缺乏对妊娠全过程及更多妊娠并发症的系统性分析 | 探究KIR+CD8+ T细胞在人类妊娠免疫调节中的作用及其与妊娠结局的关联 | 孕妇外周血、脐带血细胞及早期妊娠蜕膜组织中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序、体外细胞共培养实验、纵向分析 | NA | 基因表达数据、细胞频率数据 | 妊娠期女性外周血样本、早期妊娠蜕膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5498 | 2025-12-15 |
Antlers on does: An unexpected role of macrophages in deer biology
2025-Jun-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2424448122
PMID:40512783
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研究论文 | 本研究揭示了雄激素通过调控巨噬细胞来调节鹿角生长的分子机制 | 首次发现巨噬细胞在鹿角生成中的关键作用，并证明雄激素通过上调AP细胞中的CCL2表达来招募巨噬细胞 | 雄激素调控巨噬细胞的具体信号通路尚未完全阐明 | 探索雄激素调控鹿角再生的分子机制 | 梅花鹿（雄性及雌性）及裸鼠移植模型 | 发育生物学 | NA | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据, 组织学图像 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5499 | 2025-12-15 |
Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression
2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931
PMID:40184234
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研究论文 | 本研究通过整合代谢组学和空间转录组学分析囊性胰腺癌前病变，揭示了多胺代谢失调作为疾病进展的生物标志物 | 首次在胰腺癌前病变中结合囊液代谢组学与组织空间转录组学，识别出多胺代谢通路作为恶性风险的关键生物标志物 | 样本量相对有限（125例），且为回顾性研究，需要前瞻性验证 | 识别胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险相关的代谢标志物 | 胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者囊液及组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 非靶向代谢组学，空间转录组学，单细胞转录组学 | NA | 代谢组数据，转录组数据 | 125例患者囊液样本 | NA | 空间转录组学，单细胞转录组学 | NA | NA |
| 5500 | 2025-12-15 |
Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis
2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229
PMID:40198272
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研究论文 | 本研究评估了阿扎胞苷、维奈托克和magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病患者中的安全性和疗效 | 首次在临床研究中评估针对CD47的macrophage检查点抑制剂magrolimab与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的三联疗法，并进行了单细胞RNA测序的相关分析 | 研究为Ib/II期试验，样本量相对较小，且未与标准疗法进行直接比较，生存结果未显示出显著优势 | 评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的安全性和疗效，并探索生物标志物 | 成人急性髓系白血病患者，包括一线治疗（不适合强化化疗）和复发/难治性患者 | NA | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 一线队列54名患者，复发/难治队列52名患者，单细胞RNA测序分析11名TP53突变患者的27个纵向样本 | NA | NA | NA | NA |