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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5461 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202416921
PMID:40231585
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研究论文 | 利用单细胞DNA测序指导的罕见肿瘤细胞标注开发深度学习模型,用于早期肺癌的细胞病理学诊断 | 首次将单细胞DNA测序作为客观金标准用于肿瘤细胞标注,解决了传统细胞学诊断中肿瘤细胞稀少和形态差异细微的难题 | 样本量相对有限,需要进一步的外部验证和临床推广 | 开发基于深度学习的支气管肺泡灌洗液细胞病理学诊断模型,提高早期肺癌诊断准确性 | 支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞DNA测序 | 深度学习模型 | 细胞图像 | 训练集包含580个ETCs和1106个良性细胞,发现队列156例,验证队列158例,外部验证队列141例 | NA | 单细胞DNA测序 | NA | NA |
5462 | 2025-10-06 |
Embryological cellular origins and hypoxia-mediated mechanisms in PIK3CA-driven refractory vascular malformations
2025-Jun, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1038/s44321-025-00235-1
PMID:40234712
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研究论文 | 本研究通过在小鼠心脏咽中胚层表达Pik3ca基因探究血管畸形的发病机制 | 首次揭示胚胎细胞起源和缺氧信号通路在PIK3CA驱动难治性血管畸形中的关键作用 | 动物模型研究结果需在人类中进一步验证 | 探究先天性血管畸形的发病机制 | 小鼠模型和人类血管畸形样本 | 发育生物学 | 血管畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5463 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals the interaction between fibroblasts and activated immune cells: an exploratory bioinformatics study of pro-inflammatory mechanisms in slow transit constipation
2025-Jun-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002415
PMID:40265474
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序探索慢传输型便秘中成纤维细胞与活化免疫细胞相互作用的促炎机制 | 首次在STC患者中鉴定出特异性XCL2+CD8+T细胞,并揭示其通过IFNG和TNFSF14信号通路增强成纤维细胞促炎因子分泌的新机制 | 样本量较小(6例STC患者和6例对照),属于探索性生物信息学研究 | 阐明慢传输型便秘患者免疫微环境特征及免疫细胞与基质细胞相互作用的分子机制 | 慢传输型便秘患者和对照个体的肠道组织样本 | 生物信息学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例STC患者和6例对照个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5464 | 2025-10-06 |
Extended culture of 2D gastruloids to model human mesoderm development
2025-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02669-4
PMID:40335707
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研究论文 | 本研究开发了一种可延长培养至10天的2D胃泌体模型,用于模拟人类中胚层发育过程 | 将2D胃泌体培养时间从2天延长至10天,发现了第2-4天高度可重复的形态发生阶段 | 未明确说明样本规模和技术重复次数 | 建立扩展的2D胃泌体模型以研究人类中胚层发育 | 人类多能干细胞衍生的2D胃泌体 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | 2D胃泌体模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5465 | 2025-10-06 |
Microglial MS4A4A Protects against Epileptic Seizures in Alzheimer's Disease
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417733
PMID:40349168
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研究论文 | 本研究揭示了微胶质细胞中MS4A4A基因通过增强吞噬作用对阿尔茨海默病中癫痫发作的保护机制 | 首次发现MS4A4A在癫痫脑损伤组织中特异性高表达于微胶质细胞,并阐明其通过调节钙内流和线粒体代谢功能介导吞噬作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究MS4A4A基因在阿尔茨海默病相关癫痫发作中的保护作用机制 | 淀粉样β蛋白驱动的阿尔茨海默病小鼠模型和癫痫患者脑组织 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5466 | 2025-10-06 |
Influenza A virus dissemination and infection leads to tissue resident cell injury and dysfunction in viral sepsis
2025-Jun, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105738
PMID:40367638
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研究论文 | 本研究通过建立小鼠病毒性败血症模型,揭示了甲型H1N1流感病毒通过血液传播感染肺外器官导致细胞死亡和器官功能障碍的机制 | 首次通过单细胞测序技术系统比较病毒性败血症和细菌性败血症中肺部和肝脏细胞组成及基因表达差异,揭示流感病毒通过血液传播感染肺外器官的特异性病理机制 | 研究仅使用C57BL/6J雄性小鼠模型,未涉及其他品系或雌性动物;样本量相对有限 | 探究流感病毒引起的病毒性败血症中肺外器官损伤的病理机制 | C57BL/6J雄性小鼠 | 单细胞生物学 | 病毒性败血症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多组小鼠在不同感染时间点的肺部和肝脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5467 | 2025-10-06 |
Integrating Spatial and Single-Nucleus Transcriptomic Data to Assess the Effects of Intrauterine Hyperglycemia on Fetal Pancreatic Development
2025-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202411126
PMID:40387171
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据,评估宫内高血糖对胎儿胰腺发育的影响 | 首次结合单核RNA测序和空间转录组学技术,系统揭示母体糖尿病对胎儿胰腺细胞功能和细胞间通讯的空间特异性影响 | 研究仅针对E16.5和E18.5两个发育时间点,未能覆盖更完整的发育过程 | 探究母体糖尿病对胎儿胰腺发育的分子机制和空间变化 | E16.5和E18.5胎鼠胰腺组织 | 空间转录组学 | 糖尿病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | E16.5和E18.5两个发育阶段的胎儿胰腺样本 | NA | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5468 | 2025-10-06 |
DeepDeconUQ estimates malignant cell fraction prediction intervals in bulk RNA-seq tissue
2025-Jun, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013133
PMID:40465796
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研究论文 | 开发了一种名为DeepDeconUQ的深度神经网络模型,用于基于bulk RNA-seq数据估计恶性细胞比例的预测区间 | 首次将不确定性量化整合到恶性细胞比例预测中,使用保形化分位数回归方法生成可靠的预测区间 | NA | 提高癌症组织中恶性细胞比例估计的准确性,并量化预测不确定性 | 癌症组织中的恶性细胞比例 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 深度神经网络,分位数回归神经网络 | RNA测序数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5469 | 2025-06-16 |
Integrating spatial transcriptomics and single-cell RNA-seq dissects immune microenvironment in fatty liver regeneration
2025-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70365
PMID:40515443
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
5470 | 2025-10-06 |
scDown: A Pipeline for Single-Cell RNA-Seq Downstream Analysis
2025-May-30, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26115297
PMID:40508102
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研究论文 | 开发了一个名为scDown的单细胞RNA测序下游分析流程,用于自动化细胞分化和细胞通讯分析 | 整合了多种下游分析工具,能够同时处理Seurat和Scanpy注释的数据,并在罕见疾病研究中发现了新的神经元炎症信号特征 | 仅支持单细胞RNA测序数据,功能集中于细胞分化和通讯分析 | 开发自动化单细胞RNA测序下游分析流程 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表数据集(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5471 | 2025-10-06 |
Modeling the Transitional Phase of Epithelial Cells Reveals Prognostic and Therapeutic Targets in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-May-29, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111813
PMID:40507294
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中处于过渡期的上皮细胞亚群,并构建基因风险评分模型用于预后预测 | 首次识别并表征了PDAC进展过程中经历过渡期的高度增殖上皮细胞亚群,揭示了基质-上皮细胞通过胶原信号传导的相互作用机制 | 研究样本量有限,需要更大规模队列验证模型的临床适用性 | 探索胰腺导管腺癌进展过程中的关键转折点,寻找预后标志物和治疗靶点 | 胰腺导管腺癌患者样本中的上皮细胞和肿瘤微环境细胞 | 单细胞基因组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, qPCR, Lasso Cox回归分析 | Lasso Cox回归模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5472 | 2025-10-06 |
Single-Cell Sequencing: An Emerging Tool for Biomarker Development in Nuclear Emergencies and Radiation Oncology
2025-May-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111801
PMID:40507282
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在核应急和放射肿瘤学中生物标志物开发的应用前景 | 强调单细胞测序技术相比传统批量测序在识别辐射敏感和剂量响应生物标志物方面的独特优势,能够提供细胞水平的高分辨率信息 | 单细胞RNA测序技术在辐射研究领域仍处于新兴阶段,技术应用尚未成熟 | 探讨辐射剂量测定方法和辐射暴露相关生物标志物的开发 | 辐射暴露相关的生物标志物和细胞特征 | 生物信息学 | 放射相关疾病 | 单细胞测序,下一代测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
5473 | 2025-10-06 |
Potential Role of SESN3 in Linking Heart Failure with Preserved Ejection Fraction and Chronic Obstructive Pulmonary Disease via Autophagy Dysregulation
2025-May-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26115174
PMID:40507985
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研究论文 | 本研究探讨SESN3通过自噬失调在射血分数保留型心力衰竭和慢性阻塞性肺疾病之间的潜在联系机制 | 首次发现SESN3介导的自噬失调可能是HFpEF和COPD的共同发病机制,揭示了HFpEF可能是一种涉及多器官的系统性疾病 | 研究主要基于动物模型和生物信息学分析,需要在人类临床样本中进一步验证 | 识别HFpEF和COPD之间的共同致病机制并验证其系统性作用 | HFpEF心脏组织和COPD肺组织的转录组数据,以及HFpEF小鼠模型的心脏和肺组织 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组分析,差异表达基因分析,加权基因共表达网络分析,LASSO回归,免疫细胞浸润分析,单细胞RNA测序,免疫荧光,定量PCR,Western blotting,透射电子显微镜 | LASSO回归模型 | 转录组数据,单细胞RNA测序数据,实验数据 | HFpEF和COPD转录组数据集,HFpEF小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5474 | 2025-10-06 |
Molecular Characterization of Atypical Fibroxanthoma and Pleomorphic Dermal Sarcoma
2025-May-27, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111785
PMID:40507266
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综述 | 本文综述非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤的分子特征研究进展 | 首次整合单细胞RNA测序数据并鉴定新生物标志物 | 因肿瘤罕见性导致研究样本量有限 | 阐明AFX和PDS的分子驱动机制和预后生物标志物 | 非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤肿瘤组织 | 数字病理学 | 皮肤肉瘤 | 外显子组测序, bulk RNA测序, 靶向DNA测序, DNA甲基化分析, 拷贝数分析, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5475 | 2025-10-06 |
Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study
2025-May-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002342
PMID:40146255
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研究论文 | 本研究评估基于患者来源类器官(PDOs)的新辅助化疗在临界可切除胰腺癌中的临床疗效和安全性 | 首次将PDOs药物敏感性测试应用于BRPC患者的新辅助化疗方案调整,并通过单细胞RNA测序分析吉西他滨耐药机制 | 单臂试点研究,样本量较小(19例),缺乏对照组 | 评估基于PDOs的新辅助化疗在临界可切除胰腺癌中的疗效和安全性 | 临界可切除胰腺癌(BRPC)患者 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),患者来源类器官(PDOs)培养,药物敏感性测试 | NA | 基因表达数据,临床数据 | 25例筛查患者,19例符合条件,16例接受手术切除 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5476 | 2025-10-06 |
A comparative study of statistical methods for identifying differentially expressed genes in spatial transcriptomics
2025-Feb-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.17.638726
PMID:40027680
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研究论文 | 本文提出了一种用于空间转录组数据差异表达分析的新统计方法GST,并与现有方法进行了比较 | 在广义估计方程框架中提出广义得分检验(GST),有效整合空间相关性以提高差异表达分析的准确性 | 方法验证主要基于模拟数据和特定癌症类型,在其他组织和疾病中的适用性需要进一步验证 | 开发更稳健的统计方法来识别空间转录组数据中的差异表达基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | 乳腺癌,前列腺癌 | 空间转录组学 | 广义估计方程(GEEs),广义得分检验(GST),Wilcoxon秩和检验 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5477 | 2025-10-06 |
Viral Circuit Tracing in Biomedical Pain Research: Methods, Protocols, and Applications
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_3
PMID:40515898
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综述 | 本章全面概述了病毒示踪技术在疼痛研究中的方法、方案和应用 | 整合病毒示踪与光遗传学、化学遗传学和单细胞RNA测序等新兴技术 | NA | 解析疼痛处理的神经回路机制 | 疼痛相关神经回路(如PAG-DR通路和杏仁核回路) | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 病毒示踪技术,单细胞RNA测序 | NA | 神经回路数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5478 | 2025-10-06 |
Application of Single-Cell RNA Sequencing in Investigating Virus-Host Interactions
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4615-1_9
PMID:40515904
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在病毒-宿主相互作用研究中的应用、优势及实验流程 | 利用单细胞分辨率揭示病毒感染过程中传统方法难以发现的细胞异质性和动态变化机制 | NA | 深入探究病毒与宿主细胞之间的相互作用机制 | 病毒感染过程中的宿主细胞和病毒转录本 | 单细胞组学 | 病毒感染性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5479 | 2025-10-06 |
Biomarkers Related to Interferon-γ Pathway in Myocardial Ischemia-Reperfusion Injury and the Potential Molecular Mechanisms
2025-Jul, Cardiovascular toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1007/s12012-025-09999-x
PMID:40346414
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研究论文 | 本研究通过挖掘转录组和单细胞测序数据,探索干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的分子机制 | 首次通过整合单细胞RNA测序数据和干扰素-γ通路相关基因,鉴定出Myd88和Trp53作为MIRI的关键生物标志物 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证 | 阐明干扰素-γ通路在心肌缺血再灌注损伤中的作用机制 | 心肌缺血再灌注损伤样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 无监督聚类分析 | 基因表达数据 | 三个数据集(GSE160516, GSE83472, GSE227088) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5480 | 2025-10-06 |
From cells to clinic: Single-cell transcriptomics shaping the future of orthopedics
2025-Jul, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2025.05.001
PMID:40510239
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综述 | 探讨单细胞RNA测序技术在骨科研究中的应用及其对临床实践的影响 | 系统阐述单细胞转录组学如何为骨科疾病研究提供新视角,推动精准医疗发展 | NA | 评估单细胞RNA测序技术对骨科研究和临床实践的推动作用 | 骨关节炎、类风湿关节炎、椎间盘退变、骨肉瘤等骨科疾病 | 单细胞组学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |