单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 5461 - 5480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5461 | 2024-12-17 |
Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095
PMID:39312205
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研究论文 | 本文研究了SHCBP1在导管癌中的作用，发现SHCBP1的缺失通过恢复纤毛生成抑制肿瘤进展 | 首次揭示了SHCBP1与导管癌中纤毛生成之间的联系，并通过SHCBP1缺失恢复纤毛生成，抑制肿瘤进展 | 研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，需进一步验证在人类患者中的疗效 | 探讨SHCBP1在导管癌中的作用机制及其对纤毛生成的影响，寻找潜在的治疗策略 | 导管癌中的SHCBP1和纤毛生成 | NA | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 小鼠模型和大量导管癌患者样本 |
| 5462 | 2024-12-17 |
A transcriptome-wide association study integrating multi-omics bioinformatics and Mendelian randomization reveals the prognostic value of ADAMDEC1 in colon cancer
2024-Dec-16, Archives of toxicology
IF:4.8Q1
DOI:10.1007/s00204-024-03910-3
PMID:39680087
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研究论文 | 本研究通过整合多组学生物信息学和孟德尔随机化方法，揭示了ADAMDEC1基因在结肠癌中的预后价值 | 本研究创新性地使用了scissor算法整合单细胞测序数据和bulk转录组数据，并结合孟德尔随机化方法，首次确定了ADAMDEC1基因作为结肠癌患者的预后保护因子 | 本研究依赖于现有的数据集和分析方法，可能存在数据偏倚和方法局限性 | 研究结肠癌的预后标志物，为临床试验和药物靶点研究提供线索 | 结肠癌患者的预后相关细胞和基因 | 数字病理学 | 结肠癌 | 单细胞测序 RNA-seq 孟德尔随机化 | NA | 转录组数据 基因组数据 | 使用了两个独立的外部验证数据集GSE17536和GSE39582，以及一个包含免疫组织化学实验的真实世界组织数据集 |
| 5463 | 2024-12-17 |
Combined Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis to Reveal the Potential Influences of Intestinal Inflammatory Disease on Multiple Sclerosis
2024-Dec-16, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02195-z
PMID:39680254
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研究论文 | 本研究通过结合批量和单细胞转录组分析，揭示了肠道炎症疾病对多发性硬化症的潜在影响 | 首次通过结合批量和单细胞转录组数据，识别出IBD和MS之间的共同差异表达基因（DEGs），并验证了这些基因在两种疾病中的免疫特性 | 研究主要依赖于公共数据集，缺乏对患者的直接实验验证 | 探讨肠道炎症疾病与多发性硬化症之间的共同病理生理机制 | 多发性硬化症（MS）和炎症性肠病（IBD）的共同差异表达基因及其在免疫系统中的作用 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | RNA测序、单细胞转录组测序、质谱流式细胞术（CyTOF） | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 多个公共数据集，包括GSE126124、GSE9686、GSE36807、GSE21942、GSE17048、GSE75214、GSE16879和PRJCA003980 |
| 5464 | 2024-12-17 |
SpatialCVGAE: Consensus Clustering Improves Spatial Domain Identification of Spatial Transcriptomics Using VGAE
2024-Dec-16, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00676-1
PMID:39680300
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpatialCVGAE的共识聚类框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域识别的稳定性和准确性 | SpatialCVGAE通过结合多个空间图和变分图自编码器（VGAE）学习多个潜在表示，并使用共识聚类方法整合这些结果，从而提高了模型的稳定性和鲁棒性 | NA | 解决空间转录组数据分析中由于数据稀疏和高噪声导致的聚类不稳定问题 | 空间转录组数据的空间域识别 | 数字病理学 | NA | 变分图自编码器（VGAE） | 变分图自编码器（VGAE） | 空间转录组数据 | NA |
| 5465 | 2024-12-17 |
A human forebrain organoid model reveals the essential function of GTF2IRD1-TTR-ERK axis for the neurodevelopmental deficits of Williams syndrome
2024-Dec-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98081
PMID:39671308
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研究论文 | 本文研究了Williams综合征患者前脑类器官模型中GTF2IRD1-TTR-ERK轴对神经发育缺陷的关键作用 | 首次揭示了GTF2IRD1通过调节TTR-ERK通路在前脑类器官和小鼠模型中调控神经发育的关键功能 | 研究主要集中在体外类器官模型和小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探讨Williams综合征神经发育缺陷的分子机制 | Williams综合征患者的前脑类器官和小鼠模型 | 数字病理学 | Williams综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 健康对照和Williams综合征类器官的13个细胞集群 |
| 5466 | 2024-12-17 |
Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters†
2024-Dec-12, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae132
PMID:39239833
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研究论文 | 本文研究了Dcaf17在金黄地鼠精子发生中的重要作用，通过单细胞RNA测序分析了Dcaf17缺失对不同精子发生阶段转录水平的影响 | 本文首次通过CRISPR-Cas9技术创建了Dcaf17缺陷的金黄地鼠模型，揭示了Dcaf17在精子发生中的关键调控作用，并提供了新的动物模型用于研究Dcaf17 | 本文仅在金黄地鼠模型中研究了Dcaf17的作用，未来需要进一步在其他物种中验证其普遍性 | 探讨Dcaf17在雄性生殖系统中的作用及其在精子发生中的分子机制 | Dcaf17缺陷的金黄地鼠及其精子发生过程 | NA | 男性不育 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Dcaf17缺陷的金黄地鼠 |
| 5467 | 2024-12-17 |
Evaluating the Utilities of Foundation Models in Single-cell Data Analysis
2024-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.08.555192
PMID:38464157
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研究论文 | 本文评估了基础模型在单细胞数据分析中的性能 | 提出了一个评估框架，用于评估单细胞基础模型的超参数、初始设置和训练稳定性，并提供了预训练和微调的指南 | 单细胞基础模型在所有任务中并不总是优于任务特定方法，这挑战了开发单细胞分析基础模型的必要性 | 评估基础模型在单细胞数据分析中的性能，并提供改进方法开发的指南 | 单细胞测序数据分析中的基础模型 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 基础模型（如scGPT、Geneformer、CellPLM） | 单细胞数据 | NA |
| 5468 | 2024-12-17 |
Bgee in 2024: focus on curated single-cell RNA-seq datasets, and query tools
2024-Dec-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1118
PMID:39656924
|
研究论文 | 本文介绍了Bgee数据库的更新，重点是整合了经过精心筛选的单细胞RNA测序数据集，并提供了新的查询工具 | Bgee现在能够提供跨物种的基因表达模式比较，直至细胞分辨率，并且扩展了物种数量，增加了对鱼类、农业和兽医重要物种以及非人类灵长类动物的支持 | NA | 更新Bgee数据库，整合单细胞RNA测序数据，并提供新的查询工具 | 跨物种的基因表达模式 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及52个物种的单细胞RNA测序数据 |
| 5469 | 2024-12-17 |
Identification of Key Genes in Fetal Gut Development at Single-Cell Level by Exploiting Machine Learning Techniques
2024-Dec, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202400104
PMID:39324223
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研究论文 | 本研究利用机器学习技术在单细胞水平上识别胎儿肠道发育的关键基因 | 首次在单细胞水平上利用机器学习技术对胎儿肠道发育的细胞进行分类，并识别出关键基因 | 研究仅限于特定的单细胞测序数据集，可能无法全面代表所有胎儿肠道发育情况 | 通过机器学习技术增强对胎儿肠道发育的理解 | 胎儿肠道发育中的细胞分类和关键基因识别 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因特征数据 | 62,849个样本，每个样本具有33,694个不同的基因特征 |
| 5470 | 2024-12-17 |
Exploring the Role of EBV Infection in EBV-T/NKLPD With EBV Capture Technology Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70094
PMID:39679761
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5471 | 2024-12-17 |
Inferring single-cell resolution spatial gene expression via fusing spot-based spatial transcriptomics, location, and histology using GCN
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae630
PMID:39656774
|
研究论文 | 提出了一种基于Vision Transformer和图卷积网络的多模态信息融合方法scstGCN，用于推断单细胞分辨率的空间基因表达 | scstGCN通过融合组织学图像、基于spot的空间转录组数据和空间位置信息，实现了单细胞水平的空间基因表达超分辨率推断 | NA | 提高空间转录组技术的分辨率，以更准确地推断基因表达水平 | 不同组织类型的空间转录组数据，包括疾病和健康样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | 图卷积网络（GCN） | 图像和文本 | 多种组织的ST数据集 |
| 5472 | 2024-12-17 |
Cell-specific priors rescue differential gene expression in spatial spot-based technologies
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae621
PMID:39679437
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学技术中差异基因表达分析的算法性能，并提出了一种基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案 | 提出了基于细胞类型特异性先验知识的基因选择方案，显著提高了差异基因的恢复率和可靠性 | 本文主要基于模拟数据进行研究，实际应用中的效果需要进一步验证 | 评估现有算法在空间转录组数据中识别差异基因的性能，并提出改进方案 | 空间转录组数据中的差异基因表达 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 模拟数据 |
| 5473 | 2024-10-09 |
Correction to: Single-cell RNA sequencing reveals the important role of Dcaf17 in spermatogenesis of golden hamsters
2024-Nov-11, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae144
PMID:39376075
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5474 | 2024-12-17 |
Advancements in Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Central Nervous System Disease
2024-Oct-10, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-024-01499-w
PMID:39387975
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在中枢神经系统（CNS）疾病研究中的应用 | 通过scRNA-seq和ST技术，揭示了CNS疾病的细胞异质性和功能特异性，发现了新的细胞类型或亚型，提出了新的病理生理机制，并发现了潜在的治疗靶点和生物标志物 | NA | 探讨单细胞RNA测序和空间转录组学在中枢神经系统疾病研究中的应用 | 中枢神经系统疾病，包括慢性神经退行性疾病和急性中枢神经系统损伤等 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | NA |
| 5475 | 2024-12-17 |
A Bibliometric Analysis of the Spatial Transcriptomics Literature from 2006 to 2023
2024-Jun-10, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-024-01484-3
PMID:38856921
|
综述 | 本文对2006年至2023年间的空间转录组学文献进行了文献计量分析，揭示了该领域的研究前沿和趋势 | 首次对空间转录组学领域进行了全面的文献计量分析，揭示了该领域的研究热点和全球合作网络 | 文献计量分析主要基于已发表的文献，可能无法全面反映该领域的所有研究动态 | 分析空间转录组学领域的研究前沿和趋势 | 2006年至2023年间发表的空间转录组学相关文献 | NA | NA | 文献计量分析 | NA | 文本 | 1467篇论文和综述 |
| 5476 | 2024-12-17 |
PhyloVelo enhances transcriptomic velocity field mapping using monotonically expressed genes
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01887-5
PMID:37524958
|
研究论文 | PhyloVelo通过使用单调表达基因（MEGs）增强转录组速度场映射 | 引入PhyloVelo框架，利用单调表达基因（MEGs）估计转录组动力学的速度，并通过整合单细胞RNA测序数据与谱系信息重建转录组速度场 | NA | 提高在疾病条件下准确追踪细胞命运转变的能力 | 单细胞RNA测序数据和谱系信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 七个谱系追踪的单细胞RNA测序数据集 |
| 5477 | 2024-12-17 |
Single-cell transcriptomics unveil profiles and interplay of immune subsets in rare autoimmune childhood Sjögren's disease
2024-04-19, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06124-6
PMID:38641668
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了儿童罕见自身免疫性疾病Sjögren病的免疫亚群特征及其相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出儿童Sjögren病中的关键免疫细胞亚群，包括IFN基因富集的单核细胞、CD4 T效应记忆细胞和XCL1 NK细胞，并发现这些细胞在伴有复发性腮腺炎的儿童患者中尤为显著 | 研究仅限于儿童Sjögren病的外周免疫细胞，未涉及其他组织或器官的免疫细胞 | 揭示儿童Sjögren病的免疫细胞亚群及其相互作用，为精准医学奠定基础 | 儿童Sjögren病患者的免疫细胞亚群及其相互作用 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 5478 | 2024-12-17 |
SPADE: spatial deconvolution for domain specific cell-type estimation
2024-04-17, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06172-y
PMID:38632414
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SPADE的空间反卷积方法，用于在特定领域中估计细胞类型的组成 | SPADE通过整合空间模式到细胞类型组成的分析中，显著提升了对空间基因表达模式的理解 | NA | 理解不同细胞类型在其空间背景下的基因表达 | 细胞类型的组成及其在不同位置的比例 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学、组织学数据 | 空间反卷积 | 基因表达数据 | 合成数据和真实数据集 |
| 5479 | 2024-12-17 |
Leveraging single-cell ATAC-seq and RNA-seq to identify disease-critical fetal and adult brain cell types
2024-Jan-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44742-0
PMID:38233398
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研究论文 | 本文通过整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和基因表达（scRNA-seq）数据，识别了与疾病相关的重要胎儿和成人脑细胞类型 | 首次将GWAS与scATAC-seq数据整合，识别出更多与疾病相关的重要脑细胞类型 | 研究仅限于28种脑相关疾病/特征，且样本量和细胞类型数量有限 | 通过整合GWAS与单细胞功能数据，优先识别与疾病相关的重要细胞类型 | 胎儿和成人脑细胞类型 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | 28种脑相关疾病/特征的GWAS汇总统计数据（平均N=298K），320万scATAC-seq和scRNA-seq数据，83种细胞类型 |
| 5480 | 2024-12-17 |
Cellular mechanisms of oligoclonal vascular smooth muscle cell expansion in cardiovascular disease
2023-05-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac138
PMID:35994249
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研究论文 | 本文研究了心血管疾病中寡克隆血管平滑肌细胞扩展的细胞机制 | 揭示了健康动脉中罕见的血管平滑肌细胞表现出与病理性血管重塑相似的表型转换，并且这种特性在鼠和人类健康动脉中是保守的 | NA | 理解寡克隆血管平滑肌细胞生成的细胞机制 | 血管平滑肌细胞及其在血管疾病中的扩展 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 共聚焦显微镜、单细胞转录组学 | NA | 图像、RNA-seq数据 | 使用血管平滑肌细胞系追踪的动物模型进行研究 |