单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5441	2025-01-12	Are oligodendrocytes bystanders or drivers of Parkinson's disease pathology? 2025-Jan, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002977 PMID:39777410	评论	本文探讨了少突胶质细胞在帕金森病病理中的潜在作用，强调了其在疾病早期阶段的重要性	提出了少突胶质细胞在帕金森病早期阶段可能扮演重要角色的新观点，挑战了传统上认为帕金森病仅是神经元疾病的观点	目前对少突胶质细胞在帕金森病中的实际功能角色仍高度推测性，需要更多科学研究来深入理解	探讨少突胶质细胞在帕金森病病理中的作用，以寻找有效的疾病修饰疗法	少突胶质细胞	神经科学	帕金森病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
5442	2025-01-12	Inhibition of Abdominal Aortic Aneurysm Progression Through the CXCL12/CXCR4 Axis via MiR206-3p Sponge 2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70328 PMID:39779470	研究论文	本文研究了通过MiR206-3p海绵抑制CXCL12/CXCR4轴对腹主动脉瘤（AAA）进展的影响	提出MiR206-3p海绵作为一种创新治疗策略，通过抑制CXCL12/CXCR4信号通路来减缓AAA的进展和破裂风险	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	探讨CXCL12/CXCR4信号通路在AAA发展中的具体作用及其作为治疗靶点的潜力	腹主动脉瘤（AAA）小鼠模型和人类AAA患者	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序分析、血清ELISA、体内外实验	小鼠模型	RNA测序数据、血清数据	人类AAA患者和小鼠模型
5443	2025-01-12	Lactylation-driven TNFR2 expression in regulatory T cells promotes the progression of malignant pleural effusion 2024-Dec-25, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010040 PMID:39721754	研究论文	本研究探讨了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2在调节性T细胞中的表达及其在恶性胸腔积液（MPE）进展中的作用	揭示了乳酸通过组蛋白H3K18乳酸化调控TNFR2表达的机制，并提出了针对Treg细胞乳酸代谢的MPE治疗新策略	研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型，尚未在更大规模的人体临床试验中验证	探究TNFR2在调节性T细胞中的表达调控机制及其在MPE进展中的作用	TNFR2+和TNFR2-调节性T细胞，以及人类和小鼠的恶性胸腔积液	肿瘤免疫学	恶性胸腔积液	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类和小鼠的恶性胸腔积液样本
5444	2025-01-12	Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279430.124 PMID:39578100	研究论文	本文提供了一个关于小鼠和人类中宿主/嵌套基因对的最新目录，揭示了这些基因对在组织特异性转录中的相互作用	首次全面注释了宿主/嵌套基因对的位置及其表达模式，并发现这些基因对的转录共现具有组织特异性，尤其是在睾丸中	研究主要集中在小鼠和人类，未涉及其他哺乳动物	研究宿主/嵌套基因对在哺乳动物基因组中的转录相互作用	小鼠和人类的宿主/嵌套基因对	基因组学	NA	scRNA-seq分析	NA	基因序列数据	小鼠和人类的基因数据
5445	2025-01-12	Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships 2024-Dec-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279037.124 PMID:39438113	研究论文	本文介绍了modENCODE和modERN联盟在果蝇和线虫中系统测定转录因子（TF）结合事件的研究成果	揭示了TF与染色质结合形成“metapeaks”的现象，并结合ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据，通过机器学习模型识别了在特定细胞类型中促进目标基因表达的TF	研究主要局限于果蝇和线虫两种模式生物，可能不适用于其他生物	解析转录因子在基因组中的结合位点，以揭示调控关系	果蝇和线虫的转录因子	基因组学	NA	ChIP-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	基因组数据, 单细胞RNA-seq数据	605个果蝇TF和356个线虫TF，分别识别了360万和90万个结合位点
5446	2025-01-12	Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections 2024-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420 PMID:39535916	研究论文	本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议	除了10× Genomics验证的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和新鲜冷冻切片外，固定冷冻薄脑切片也与Xenium平台兼容，并提供出色的成像和定量结果	NA	开发一种用于Xenium空间转录组学研究的协议	固定冷冻小鼠脑切片	数字病理学	NA	Xenium空间转录组学	NA	图像	NA
5447	2025-01-12	Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma 2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001191 PMID:39666875	研究论文	本研究通过全外显子测序和单细胞RNA测序，深入解析了多灶性肝细胞癌（HCC）中肿瘤微环境（TME）的异质性	首次在单细胞分辨率下对多灶性HCC的TME进行全外显子测序和单细胞RNA测序的综合分析，揭示了IM和MO之间TME的显著差异	样本量较小，仅包括7名患者的23个样本，可能限制结果的普遍性	解析多灶性肝细胞癌中肿瘤微环境的异质性，以改善诊断和治疗策略	多灶性肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	全外显子测序，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据，单细胞RNA数据	7名患者的23个样本
5448	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Sheds Light on Tumor Evolution: Perspectives from City of Hope's Clinical Trial Teams 2024-Dec-10, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm13247507 PMID:39768430	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在肿瘤进化研究中的应用，特别是其在临床试验设计中的实施挑战和技术考虑	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，在个体细胞水平上分析肿瘤异质性，从而更深入地理解肿瘤生长、进展和药物反应	实施单细胞方法在临床试验中面临挑战，如获取高质量细胞、技术变异性和需要复杂的计算分析	研究肿瘤异质性如何影响肿瘤进化和治疗反应，以开发更有效的治疗方法并改善患者预后	乳腺癌、脑癌和卵巢癌的肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌、脑癌、卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
5449	2025-01-12	Deciphering progressive lesion areas in breast cancer spatial transcriptomics via TGR-NMF 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae707 PMID:39780487	研究论文	本研究通过开发三图正则化非负矩阵分解（TGR-NMF）方法，旨在解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	提出了TGR-NMF方法，通过整合基因表达邻域拓扑和空间位置邻域拓扑，构建了可解释的低维空间转录组数据表示，并揭示了乳腺癌进展的病变区域	NA	解析乳腺癌空间转录组学中与疾病进展相关的空间区域	乳腺癌组织	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	TGR-NMF	基因表达数据	NA
5450	2025-01-12	Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117 PMID:38744443	研究论文	本研究探讨了角鲨烯环氧化酶（SQLE）在代谢功能障碍相关脂肪性肝炎诱导的肝细胞癌（MASH-HCC）中的作用，特别是其在调节肿瘤免疫微环境中的角色	首次揭示了SQLE通过影响CD8+ T细胞功能和增加免疫抑制性髓源性抑制细胞（MDSCs）来抑制抗肿瘤反应，并证明靶向SQLE可以恢复抗PD-1治疗在MASH-HCC模型中的疗效	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨SQLE在MASH-HCC中的免疫调节作用及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞特异性SQLE转基因和敲除小鼠，以及MASH-HCC模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据，细胞表型数据	未明确提及具体样本数量
5451	2025-01-12	Single-cell transcriptional atlas of human breast cancers and model systems 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70044 PMID:39417215	研究论文	本研究整合了单细胞RNA测序数据，创建了一个包含117个样本和506,719个细胞的人类乳腺癌及其模型系统的转录图谱	通过单细胞分辨率研究乳腺癌亚型的遗传变异，深入理解癌症进展，并探索基于亚型比例的治疗药物效果	研究主要依赖于模型系统，可能无法完全反映人类乳腺癌的复杂性	提高对乳腺癌细胞多样性的理解，以识别有效治疗方法	乳腺癌患者肿瘤、匹配的淋巴结转移、乳腺缩小术样本、乳腺癌患者来源的异种移植模型（PDXs）、PDX来源的类器官（PDXOs）和细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	117个样本，总计506,719个细胞
5452	2025-01-12	Loss of p53 and SMAD4 induces adenosquamous subtype pancreatic cancer in the absence of an oncogenic KRAS mutation 2024-Sep-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101711 PMID:39232498	研究论文	本研究通过基因工程小鼠模型，探讨了在无致癌KRAS突变情况下，Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失诱导自发性胰腺癌的机制	首次在无致癌KRAS突变背景下，通过Trp53/Smad4或Trp53/Tgfbr2缺失成功诱导出胰腺癌，并揭示了其独特的组织学特征和肿瘤免疫微环境	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺癌中验证这些发现	探讨无致癌KRAS突变情况下胰腺癌的发生机制	基因工程小鼠模型（Trp53;Smad4;Pdx1-Cre和Trp53;Tgfbr2;Pdx1-Cre）	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	基因工程小鼠模型	基因表达数据	两种基因工程小鼠模型（PPSSC和PPTTC）
5453	2025-01-12	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨了损伤和β-肾上腺素能激活对小鼠创伤后骨关节炎（PTOA）模型中代谢和炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在女性小鼠中对PTOA相关炎症的抑制作用，并发现这种作用具有性别依赖性	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本，且未探讨长期治疗效果	研究β-肾上腺素能受体激活对PTOA炎症和代谢的影响	12周龄的雄性和雌性小鼠	骨关节炎研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达分析、滑液代谢组学分析	小鼠PTOA模型	基因表达数据、代谢组学数据、行为学数据	未明确说明具体样本数量，但涉及雄性和雌性小鼠
5454	2025-01-12	The Effect of Exposure to Neighborhood Violence on Glucocorticoid Receptor Signaling in Lung Tumors 2024-07-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0032 PMID:38912926	研究论文	本研究探讨了社区暴力暴露对肺肿瘤中糖皮质激素受体信号的影响	首次将社区暴力犯罪率与肺肿瘤中糖皮质激素受体结合及靶基因表达水平联系起来	样本量较小（15个肺肿瘤样本），且仅针对芝加哥地区	研究社会压力暴露与肺肿瘤基因表达之间的关系	肺肿瘤样本	数字病理学	肺癌	空间转录组学、CUT&RUN（一种ChIP测序技术）	NA	基因表达数据、社区暴力犯罪率数据	15个肺肿瘤样本
5455	2025-01-12	Comprehensive single-cell atlas of the mouse retina 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109916 PMID:38812536	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞图谱，涵盖了超过330,000个细胞，并识别了12个主要类别和138种细胞类型	生成了迄今为止最大的小鼠视网膜单细胞RNA测序数据集，整合了公共数据集，构建了小鼠视网膜细胞图谱（MRCA），并识别了新的细胞类型	数据集主要来自C57BL/6J小鼠，可能不适用于其他品系或物种	构建一个全面的小鼠视网膜单细胞图谱，以促进视网膜研究	C57BL/6J小鼠视网膜细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约190,000个单细胞，整合后超过330,000个细胞
5456	2025-01-12	Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples 2024-May-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759 PMID:38626768	研究论文	本文介绍了一种基于Nextflow DSL2的管道STQ，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像，特别针对患者来源的异种移植（PDX）癌症样本进行优化	该管道能够对测序转录本进行分类以解析小鼠和人类物种，并将转录本映射到参考转录组，同时将H&E WSI与Visium载玻片的空间布局对齐，为每个Visium点生成成像和定量形态学特征	NA	开发一种用于处理空间转录组数据和H&E染色图像的管道，以支持PDX癌症样本的多模态分析	患者来源的异种移植（PDX）癌症样本	数字病理学	黑色素瘤	10x Genomics Visium空间转录组技术，H&E染色	NA	空间转录组数据，H&E染色全切片图像	四个黑色素瘤PDX样本
5457	2025-01-12	Circulating cancer-specific CD8 T cell frequency is associated with response to PD-1 blockade in Merkel cell carcinoma 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101412 PMID:38340723	研究论文	本文研究了Merkel细胞癌（MCC）患者中MCPyV特异性CD8 T细胞的频率与抗PD-1治疗反应之间的关系	通过使用MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学和T细胞受体（TCR）测序，首次在MCC患者中详细分析了MCPyV特异性T细胞的特征及其与抗PD-1治疗反应的关系	样本量较小（27名患者），且仅针对病毒驱动的MCC，可能不适用于其他类型的癌症	探讨MCPyV特异性CD8 T细胞在抗PD-1治疗中的作用及其与治疗反应的关系	Merkel细胞癌（MCC）患者	癌症免疫学	Merkel细胞癌	MCPyV肽-HLA-I多聚体、26色流式细胞术、单细胞转录组学、T细胞受体（TCR）测序	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据、TCR测序数据	27名MCC患者
5458	2025-01-12	Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection 2024-02-05, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01290-y PMID:38317183	研究论文	本文通过研究不同致病性的慢病毒感染模型，揭示了促炎性反馈回路在免疫反应中的作用	利用单细胞转录组学和细胞间通讯技术，揭示了高致病性慢病毒感染导致炎症通路延迟、广泛且持续激活的机制	研究主要基于猪尾猕猴模型，可能无法完全反映人类HIV感染的情况	探讨慢病毒致病性的免疫机制	猪尾猕猴和不同致病性的SIV病毒变体	免疫学	艾滋病	单细胞转录组学、单细胞分辨率细胞间通讯技术	NA	单细胞转录组数据	猪尾猕猴感染不同致病性SIV病毒变体的队列
5459	2025-01-12	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	本文研究了CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并探讨了通过细胞因子工程克服这一问题的可能性	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术研究了CAR-NK细胞的异质性及其在体内的演化过程，揭示了代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出通过IL-15工程化CAR结构部分克服这一问题	研究主要基于临床前模型和少量患者样本，结果需要更大规模的临床试验验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制，并寻找克服方法	CAR-NK细胞及其在体内的演化过程	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	RNA测序数据，质谱流式细胞数据	临床前模型和两名患者样本
5460	2025-01-12	Single-Cell Transcriptomics Reveals Global Markers of Transcriptional Diversity across Different Forms of Cellular Senescence 2023, Aging biology DOI:10.59368/agingbio.20230008 PMID:39781544	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了不同形式细胞衰老中的转录多样性全局标记	首次通过单细胞转录组学技术全面分析了不同形式细胞衰老中的细胞亚群及其表达谱，揭示了共同的转录特征和次级衰老现象	研究主要基于体外实验，未涉及体内复杂环境的影响	探究不同形式细胞衰老中的转录多样性及其共同特征	基因同源的克隆细胞系，包括癌基因诱导衰老、复制性衰老和DNA损伤诱导衰老	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	RNA测序数据	多种形式的衰老细胞系