单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5441	2024-12-12	Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585637 PMID:38562882	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTRACE 2的可解释深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中绝对尺度上表征细胞潜能和分化状态	CytoTRACE 2在31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集中，表现优于现有方法，能够恢复实验确定的潜能水平和分化状态，并重建小鼠胚胎发生的时间层次结构	NA	开发一种新的方法来表征单细胞的潜能和分化状态，并应用于健康和疾病中的单细胞分化景观	单细胞RNA测序数据中的细胞潜能和分化状态	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	RNA测序数据	31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集
5442	2024-12-12	Chronic SIV-Induced neuroinflammation disrupts CCR7+ CD4+ T cell immunosurveillance in the rhesus macaque brain 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175332 PMID:38470479	研究论文	研究慢性SIV感染引发的神经炎症如何破坏恒河猴大脑中CCR7+ CD4+ T细胞的免疫监视功能	首次结合单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学和流式细胞术，揭示了CCR7+ CD4+ T细胞在脑中的独特亚群及其功能特性	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性SIV感染对大脑中CCR7+ CD4+ T细胞免疫监视功能的影响	恒河猴大脑中的CCR7+ CD4+ T细胞及其在神经炎症中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学、流式细胞术	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	恒河猴样本
5443	2024-12-12	Common mitochondrial deletions in RNA-Seq: evaluation of bulk, single-cell, and spatial transcriptomic datasets 2024-02-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05877-4 PMID:38368460	研究论文	本文评估了在批量、单细胞和空间转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	首次应用Splice-Break2管道对RNA-Seq数据进行常见线粒体DNA缺失的定量分析，并比较了不同类型转录组数据中的检测结果	研究仅限于已有的RNA-Seq数据集，未涉及其他类型的数据	评估在不同类型转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	常见线粒体DNA缺失在不同组织和疾病中的分布	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	1570个样本
5444	2024-12-12	Molecularly stratified hypothalamic astrocytes are cellular foci for obesity 2024-Feb-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3748581/v1 PMID:38405925	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的特征识别算法，用于分子分层下丘脑星形胶质细胞，并揭示了它们在肥胖中的作用	本文创新性地引入了一种基于机器学习的特征识别算法，利用已发表的单细胞RNA测序数据作为参考图谱，逐步消除多效性和可诱导的细胞特征，揭示了健康下丘脑中基因调控网络（GRNs），并证明了不同表达的线粒体基因在胰岛素感应星形胶质细胞中的作用	本文主要集中在健康下丘脑星形胶质细胞的研究，未涉及其他脑区和病理状态下的星形胶质细胞	研究星形胶质细胞在健康大脑中的分子分层及其在肥胖中的作用	下丘脑星形胶质细胞及其与神经元的相互作用	神经科学	肥胖	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠模型
5445	2024-12-12	Single-cell analysis of uterosacral ligament revealed cellular heterogeneity in women with pelvic organ prolapse 2024-02-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05808-3 PMID:38326542	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术分析了子宫骶韧带中的细胞异质性，揭示了盆腔器官脱垂（POP）的分子机制	首次构建了盆腔器官脱垂患者和对照组子宫骶韧带的单细胞转录组图谱，并发现了与细胞外基质和细胞粘附相关的受体-配体对的显著减少	NA	探讨盆腔器官脱垂的分子机制	盆腔器官脱垂患者和对照组的子宫骶韧带细胞	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞RNA测序	NA	转录组	30,452个单细胞
5446	2024-12-12	Endothelial Erg Regulates Expression of Pulmonary Lymphatic Junctional and Inflammation Genes in Mouse Lungs Impacting Lymphatic Transport 2024-Jan-24, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3808970/v1 PMID:38343832	研究论文	研究探讨了ERG转录因子在肺淋巴内皮细胞中的作用，揭示了其对淋巴运输和炎症基因表达的影响	首次通过单细胞转录组学和CellChatDB整合分析，揭示了ERG下调对肺淋巴内皮细胞功能和通信途径的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	探讨ERG在肺淋巴内皮细胞中的作用及其对淋巴运输和炎症的影响	ERG在肺淋巴内皮细胞中的表达及其对基因表达和淋巴运输的影响	NA	肺纤维化	单细胞转录组学，流式细胞术，qPCR，FITC-Dextran示踪分析	NA	基因表达数据	小鼠模型
5447	2024-12-12	Skin treatment with non-thermal plasma modulates the immune system through miR-223-3p and its target genes 2024-01, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2024.2361571 PMID:38828710	研究论文	研究非热等离子体对小鼠耳部皮肤的治疗效果及其通过miR-223-3p及其靶基因调节免疫系统的机制	首次通过非编码RNA测序和单细胞血液测序揭示了非热等离子体对miRNA表达的特定影响及其在伤口愈合和组织再生中的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证其效果	探讨非热等离子体在皮肤治疗中的分子机制及其对免疫系统的影响	小鼠耳部皮肤及血液中的miRNA和靶基因	NA	NA	非编码RNA测序，单细胞血液测序	NA	RNA	小鼠耳部皮肤样本及血液样本
5448	2024-12-12	Pan-cancer dissection of vasculogenic mimicry characteristic to provide potential therapeutic targets 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1346719 PMID:38694917	研究论文	本研究基于多组学数据分析了不同癌症类型中血管拟态（VM）的特征，并提供了潜在的治疗靶点和策略	首次全面解析了跨癌症类型的血管拟态特征，揭示了其与肿瘤侵袭性、转移潜力、恶性程度和预后的相关性，并发现了与免疫抑制微环境的关系	研究主要基于现有数据库数据，缺乏实验验证，且样本量和数据类型可能限制了结果的普适性	阐明不同癌症类型中血管拟态的特征及其调控机制，并提供潜在的治疗靶点	跨癌症类型的血管拟态特征及其与肿瘤侵袭性、免疫微环境的关系	数字病理学	多种癌症	多组学数据分析、单细胞转录组数据分析	NA	多组学数据、转录组数据、药物反应数据	来自The Cancer Genome Atlas的多组学数据和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的转录组及药物反应数据
5449	2024-12-12	Identification of early Alzheimer's disease subclass and signature genes based on PANoptosis genes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1462003 PMID:39650656	研究论文	本研究基于PANoptosis基因识别阿尔茨海默病（AD）的早期亚类和特征基因	本研究首次基于PANoptosis基因识别了AD的两个亚类，并预测了针对早期AD的治疗候选药物	本研究的样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析，可能存在数据偏倚	识别阿尔茨海默病的不同分子亚型并探索潜在的治疗药物	阿尔茨海默病及其相关PANoptosis基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的三个数据集（GSE48350, GSE5281, GSE122063）
5450	2024-12-11	Comprehensive Analysis of circRNA-Related mRNAs as Prognostic Factors in Non-Smoking Women with Lung Adenocarcinoma 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S490478 PMID:39650787	研究论文	本文研究了circRNA相关的mRNA作为非吸烟女性肺腺癌的预后标志物	构建了circRNA-miRNA-mRNA网络，并基于相关mRNA创建了预后风险评分模型	样本量较小，仅16对肿瘤和癌旁组织样本	探讨circRNA相关的mRNA在非吸烟女性肺腺癌中的预后价值	非吸烟女性肺腺癌患者的肿瘤和癌旁组织样本	数字病理学	肺癌	高通量测序、免疫组织化学	NA	RNA	16对肺腺癌组织及其对应的癌旁组织
5451	2024-12-12	Integrating multi-omics techniques and in vitro experiments reveals that GLRX3 regulates the immune microenvironment and promotes hepatocellular carcinoma cell proliferation and invasion through iron metabolism pathways 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1496886 PMID:39654899	研究论文	本研究通过整合多组学技术和体外实验，揭示了GLRX3通过铁代谢途径调控免疫微环境并促进肝细胞癌细胞增殖和侵袭	首次系统分析了肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并揭示了GLRX3在铁代谢调控中的关键作用及其对肿瘤细胞增殖和免疫逃逸的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	系统分析肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并探讨铁代谢调控对肝癌患者生存的影响	肝细胞癌患者的单细胞测序数据以及GLRX3基因的表达和功能	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序技术	NA	基因组数据	来自GEO数据库的肝细胞癌患者单细胞测序数据
5452	2024-12-12	scMIC: A Deep Multi-Level Information Fusion Framework for Clustering Single-Cell Multi-Omics Data 2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3317272 PMID:37725723	研究论文	提出了一种名为scMIC的深度多层次信息融合框架，用于聚类单细胞多组学数据	该框架能够整合细胞的属性信息和潜在的结构关系，减少不同组学之间的冗余信息，并通过多重协同监督聚类策略提高聚类精度	NA	提高单细胞多组学数据聚类的准确性	单细胞多组学数据	机器学习	NA	单细胞测序	深度学习框架	多组学数据	七个单细胞多组学数据集
5453	2024-12-12	scGCC: Graph Contrastive Clustering With Neighborhood Augmentations for scRNA-Seq Data Analysis 2023-12, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3319551 PMID:37751336	研究论文	本文提出了一种名为scGCC的图对比聚类模型，用于单细胞RNA测序数据分析，旨在解决高维度、稀疏性和批次效应等问题	引入图注意力网络（GAT）进行细胞表示学习，并提出了五种数据增强方法以提高聚类性能和鲁棒性	未提及具体局限性	开发一种新的图自监督对比学习模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型识别	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图对比学习模型	数据	14个真实世界数据集
5454	2024-12-12	Single-cell transcriptomics suggest distinct upstream drivers of IL-17A/F in hidradenitis versus psoriasis 2023-09, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.05.012 PMID:37271319	研究论文	研究比较了化脓性汗腺炎（HS）和银屑病中T17细胞的转录组及其与邻近免疫细胞亚群的配体-受体相互作用	首次揭示了HS和银屑病中T17细胞的不同上游驱动因素，特别是IL-1β在HS中的主导作用	研究仅限于皮肤样本，未涵盖全身免疫反应	探讨化脓性汗腺炎和银屑病中T17细胞的转录组特征及其驱动机制	化脓性汗腺炎和银屑病中的T17细胞及其与邻近免疫细胞的相互作用	数字病理学	皮肤病	单细胞转录组	NA	转录组数据	12,300个来自8个化脓性汗腺炎皮肤样本的免疫细胞，19,525个来自11个银屑病皮肤样本的细胞，以及11,920个来自10个对照皮肤样本的细胞
5455	2024-12-12	Cell Type- and Tissue-specific Enhancers in Craniofacial Development 2023-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.26.546603 PMID:37425964	研究论文	本文结合组蛋白修饰和染色质可及性分析以及单细胞分析，创建了人类面部发育的调控景观图谱	首次系统性地绘制了人类面部发育过程中细胞类型和组织特异性增强子的全面目录，并验证了其在小鼠中的功能保守性	研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未来需要进一步扩展到其他发育阶段和更多物种	揭示颅面发育的遗传基础，特别是增强子在不同细胞类型和组织中的作用	人类面部发育过程中的增强子及其在不同细胞类型和组织中的活性	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、单核ATAC-seq、转基因小鼠报告基因分析	NA	基因组数据、单细胞数据	约14,000个增强子，跨越人类胚胎面部发育的七个阶段，以及小鼠颅面组织的单细胞数据
5456	2024-12-12	Antigen-driven colonic inflammation is associated with development of dysplasia in primary sclerosing cholangitis 2023-Jun, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02372-x PMID:37322120	研究论文	研究探讨了原发性硬化性胆管炎（PSC）患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的关联	通过结合流式细胞术、bulk和单细胞转录组学以及T和B细胞受体 repertoire 分析，识别出与PSC患者更高风险和更短时间至发育不良相关的独特适应性炎症转录特征	研究样本量有限，且仅限于特定患者群体，可能无法完全代表所有PSC患者的炎症特征	探讨PSC患者中抗原驱动的结肠炎症与发育不良发展的机制，并提供分子见解以指导结直肠癌的预防	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体的右结肠组织	NA	原发性硬化性胆管炎	流式细胞术、bulk和单细胞转录组学、T和B细胞受体 repertoire 分析	NA	转录组数据	65名PSC患者、108名IBD患者和48名健康个体
5457	2024-12-12	Novel Candidate Regulators and Developmental Trajectory of Pituitary Thyrotropes 2023-04-17, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqad076 PMID:37183548	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析幼鼠垂体细胞，识别了调控甲状腺激素分泌细胞发育的新因子	首次通过单细胞RNA测序揭示了垂体甲状腺激素分泌细胞的发育轨迹，并发现了新的调控因子	研究仅限于幼鼠垂体细胞，未涉及其他物种或成年动物	揭示垂体甲状腺激素分泌细胞的发育机制及其调控因子	幼鼠垂体细胞中的甲状腺激素分泌细胞及其亚型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	幼鼠P7垂体细胞
5458	2024-12-12	Tick innate immune responses to hematophagy and Ehrlichia infection at single-cell resolution 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1305976 PMID:38274813	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了孤星蜱在未进食、部分进食和感染埃立克体时的血细胞反应	首次在单细胞分辨率下揭示了蜱对埃立克体感染和吸血的先天免疫反应	NA	深入了解血细胞在蜱与蜱传微生物相互作用中的作用，揭示其在媒介传播能力中的功能	孤星蜱的血细胞及其在不同状态下的基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未进食、部分进食和感染埃立克体的孤星蜱血细胞样本
5459	2024-12-12	Single-cell transcriptomics identifies conserved regulators of neuroglandular lineages 2022-09-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111370 PMID:36130520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了刺胞动物Nematostella vectensis中神经和腺体细胞谱系的共同起源和调控机制	首次揭示了神经元、刺细胞和腺细胞来自一个共同的多能祖细胞，并发现了保守的转录因子SoxC在调控这些谱系中的关键作用	研究仅限于刺胞动物Nematostella vectensis，可能无法完全代表所有生物的神经和腺体细胞谱系	探讨神经元与其他分泌细胞类型的进化起源及其关系	刺胞动物Nematostella vectensis中的神经元、刺细胞和腺细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5460	2024-12-12	A dynamic single cell-based framework for digital twins to prioritize disease genes and drug targets 2022-05-06, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01048-4 PMID:35513850	研究论文	本文提出了一种基于动态单细胞的框架，用于数字孪生模型中优先筛选疾病基因和药物靶点	本文的创新点在于开发了一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，并在细胞组和全基因组范围内优先筛选上游调控基因（URs），以用于生物标志物和药物发现	本文的局限性在于多向网络的缺乏线性层次结构和时间依赖性变化，增加了URs优先筛选的复杂性	本文的研究目的是开发一种可扩展的框架，用于模拟数字孪生模型中的动态变化，以优先筛选上游调控基因（URs），用于生物标志物和药物发现	本文的研究对象是季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多细胞网络模型（MNMs）	时间序列单细胞RNA测序数据	季节性过敏性鼻炎（SAR）患者的体外过敏原刺激的外周血单核细胞（PBMC）