单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5441	2024-12-20	LINC02257 regulates malignant phenotypes of colorectal cancer via interacting with miR-1273g-3p and YB1 2024-Dec-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07259-4 PMID:39695079	研究论文	本研究通过多层次生物信息学分析和功能验证，揭示了LINC02257在结直肠癌中的潜在致病作用及其调控机制	首次揭示了LINC02257通过与miR-1273g-3p和YB1相互作用调控结直肠癌恶性表型的机制	实验主要在体外细胞模型中进行，缺乏体内实验验证	识别结直肠癌中的潜在致病性长链非编码RNA并研究其功能	LINC02257在结直肠癌中的作用及其分子机制	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5442	2024-12-20	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-Dec-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式技术分析了复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境	首次揭示了复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中恶性T滤泡辅助细胞的增殖机制及其与不良预后的关联，并发现了B细胞的恶性转化中间状态以及髓系细胞的功能障碍	研究仅限于复发/难治性病例与新诊断病例的比较，未涉及其他类型淋巴瘤的分析	揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征及潜在治疗靶点	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤与新诊断病例的细胞组成和空间结构	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、成像质谱流式技术（IMC）	NA	转录组数据、图像数据	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤与新诊断病例的样本
5443	2024-12-20	Prion protein regulates invasiveness in glioblastoma stem cells 2024-Dec-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13285-4 PMID:39695426	研究论文	本文研究了朊蛋白（PrPC）在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性的影响	首次揭示了PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤迁移、增殖和自我更新等关键肿瘤进展途径的调控作用	研究主要基于体外实验和基因组数据分析，缺乏体内实验验证	探讨PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性和增殖的影响	胶质母细胞瘤干细胞及其朊蛋白表达	数字病理学	脑肿瘤	CRISPR-Cas9技术、RNA测序、免疫荧光、Western blot、流式细胞术、Transwell实验、生长曲线实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	U87和U251胶质母细胞瘤细胞系，以及来自TCGA和Broad Institute的单细胞数据
5444	2024-12-20	Vitamin D binding protein and receptor prevalence in a large population with periodontitis: single nucleotide polymorphism and transcriptomic profiling 2024-Dec-18, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-05227-0 PMID:39695565	研究论文	本文研究了维生素D结合蛋白（VDBP）和受体（VDR）基因在牙周炎患者中的单核苷酸多态性（SNP）及其转录组表达情况	首次通过大规模人群样本和转录组分析，揭示了VDR和VDBP基因的SNP与慢性牙周炎（CP）易感性的关系	研究仅分析了部分SNP位点，未涵盖所有可能的相关位点，且样本量有限	探讨VDR和VDBP基因的SNP及其转录组表达与慢性牙周炎易感性的关系	600名受试者（包括307名慢性牙周炎患者和293名健康对照）的基因组DNA和牙龈组织的转录组数据	NA	牙周炎	单核苷酸多态性检测（MassARRAY系统），转录组测序	回归分析模型	基因组数据，转录组数据	600名受试者（307名慢性牙周炎患者，293名健康对照）
5445	2024-12-20	Intestinal metaplasia key molecules and UPP1 activation via Helicobacter pylori /NF-kB: drivers of malignant progression in gastric cancer 2024-Dec-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03598-6 PMID:39695769	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序分析，研究了胃癌发展过程中的分子和细胞动态变化	首次构建了详细的单细胞图谱，揭示了胃上皮细胞在肠化生过程中获得类肠干细胞表型的现象，并发现了UPP1作为关键癌基因在胃癌进展中的作用	研究仅限于胃窦黏膜活检样本，未涵盖其他部位的胃黏膜	揭示胃癌发生过程中分子和细胞的动态变化，探索癌前病变的关键分子	胃窦黏膜的单细胞RNA测序数据，涵盖非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠化生和早期胃癌等多个阶段	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26,028个高质量的胃窦黏膜细胞
5446	2024-12-20	Spall: accurate and robust unveiling cellular landscapes from spatially resolved transcriptomics data using a decomposition network 2024-Dec-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-06003-1 PMID:39695962	研究论文	本文提出了一种名为Spall的新型分解网络，用于从空间转录组数据中准确推断细胞类型比例，并揭示细胞分布模式	Spall引入了GATv2模块，采用灵活的动态注意力机制来捕捉spots之间的关系，并结合跳跃连接以减少细胞特异性信息的丢失，从而提高了对稀有细胞类型的预测能力	NA	解决现有计算方法在细胞分布的空间连续性与细胞特异性特征保留之间的平衡问题	空间转录组数据中的细胞分布模式	机器学习	胰腺导管腺癌	空间转录组学	分解网络	转录组数据	多个数据集，包括人类胰腺导管腺癌样本、小鼠大脑皮层和小鼠小脑样本
5447	2024-12-20	New insights into the role of mitophagy related gene affecting the metastasis of osteosarcoma through scRNA-seq and CRISPR-Cas9 genome editing 2024-Dec-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01989-w PMID:39696352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，探讨了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤转移中的作用	首次通过整合单细胞测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，识别出与骨肉瘤转移相关的线粒体自噬关键基因，并构建了预测患者预后的mitophagy_score模型	研究主要集中在细胞和动物实验层面，尚未在临床试验中验证这些发现	揭示线粒体自噬在骨肉瘤转移过程中的作用，并开发相关的预后模型和治疗策略	骨肉瘤细胞中的线粒体自噬相关基因及其在转移中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序数据、批量测序数据	数百个配体-受体相互作用、细胞生物学实验和动物研究
5448	2024-12-20	Spatial transcriptome profiling identifies DTX3L and BST2 as key biomarkers in esophageal squamous cell carcinoma tumorigenesis 2024-Dec-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01422-4 PMID:39696540	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定了关键的生物标志物DTX3L和BST2	首次通过数字空间分析（DSP）和单细胞空间转录组学（SMI）技术，系统性地研究了ESCC从正常组织到癌变的分子和免疫特征，并发现了与ESCC进展相关的关键生物标志物DTX3L和BST2	研究样本量较小，且主要集中在早期ESCC（pT1）患者，可能无法完全代表所有ESCC患者的特征	揭示食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定临床上有意义的生物标志物	食管鳞状细胞癌（ESCC）的转录和免疫变化，以及相关的生物标志物	数字病理学	食管癌	数字空间分析（DSP）、单细胞空间转录组学（SMI）、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	11名早期ESCC（pT1）患者和4名pT1 ESCC患者的单细胞空间转录组数据，以及20名pT1 ESCC患者的免疫组化分析
5449	2024-12-20	Cell Type Differentiation Using Network Clustering Algorithms 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626793 PMID:39677670	研究论文	本文研究了使用网络聚类算法在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的方法	本文引入了Infomap算法，并发现其在单细胞RNA测序数据中对细胞类型的分类效果优于其他方法	本文仅使用了PBMC和ROSMAP两个数据集进行验证，可能需要更多数据集来进一步验证方法的普适性	开发和比较不同的算法以准确识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（scGNN）	基因表达数据	两个独立数据集：PBMC和ROSMAP
5450	2024-12-20	MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626766 PMID:39677693	研究论文	本文介绍了一种名为MerQuaCo的计算工具，用于图像为基础的空间转录组学数据的质量控制	开发了MerQuaCo，这是一种开源代码，能够自动检测和量化数据中的缺陷，无需用户输入，从而简化了数据质量评估过程	本文主要集中在新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集上，可能限制了其在其他类型样本或实验中的应用	开发和验证一种自动化的工具，用于评估和提高空间转录组学数据的质量	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	图像	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片
5451	2024-12-20	Endoplasmic Reticulum Stress Induces ROS Production and Activates NLRP3 Inflammasome Via the PERK-CHOP Signaling Pathway in Dry Eye Disease 2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.14.34 PMID:39699913	研究论文	本研究探讨了内质网（ER）应激在干眼病（DED）发展中的潜在作用	首次揭示了内质网应激通过PERK-CHOP信号通路诱导ROS产生并激活NLRP3炎症小体，从而在干眼病中发挥作用	研究主要基于小鼠模型和细胞模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨内质网应激在干眼病发展中的作用及其潜在治疗靶点	干眼病小鼠模型和人类角膜上皮细胞	NA	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括干眼小鼠模型的角膜组织和人类角膜上皮细胞（HCECs和HCE-2细胞）
5452	2024-12-20	A novel multi-omics approach for identifying key genes in intervertebral disc degeneration 2024-Dec, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.slast.2024.100223 PMID:39528158	研究论文	本文采用多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，研究了椎间盘退变的关键基因	首次通过多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，揭示了椎间盘退变的遗传基础，并识别出可能调控椎间盘退变的关键基因	研究依赖于公开的单细胞数据集，可能存在数据偏倚；基因网络分析和功能富集分析的结果需要进一步实验验证	揭示椎间盘退变的遗传基础，并识别可能的调控基因	椎间盘退变相关的不同细胞类型及其分子通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	1,164个差异表达基因，涉及四种与椎间盘退变相关的重要细胞类型
5453	2024-12-20	Formation of CSE-YAP complex drives FOXD3-mediated transition of neurotoxic astrocytes in Parkinson's disease 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107507 PMID:39547464	研究论文	本文揭示了胱硫醚γ-裂解酶（CSE）在帕金森病（PD）中通过形成CSE-YAP复合物驱动FOXD3介导的神经毒性星形胶质细胞转变的作用	首次揭示了CSE在PD中通过形成CSE-YAP复合物驱动神经毒性星形胶质细胞转变的作用，并发现了FOXD3作为调控星形胶质细胞表型的新型转录因子	研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验验证	探讨帕金森病进展中神经毒性星形胶质细胞的分子机制	帕金森病中的星形胶质细胞及其分子机制	NA	帕金森病	单细胞测序，RNA测序，无标记质谱	NA	基因表达数据	来自PD患者的单细胞测序数据和MPP处理的星形胶质细胞的RNA测序数据
5454	2024-12-20	Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids 2024-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002965 PMID:39693319	研究论文	本文通过大规模的单细胞RNA测序数据集的整合分析，研究了脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性	本文首次通过大规模的单细胞RNA测序数据的元分析，评估了不同脑类器官协议的可靠性	本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和代表性的限制	研究脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性	脑类器官与人类发育中大脑的基因共表达关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因共表达网络	百万级单细胞RNA测序数据集
5455	2024-12-20	Changes in AXL and/or MITF melanoma subpopulations in patients receiving immunotherapy 2024-Dec, Immuno-oncology technology DOI:10.1016/j.iotech.2024.101009 PMID:39697983	研究论文	本研究分析了接受免疫治疗的黑色素瘤患者中AXL和/或MITF亚群的变化	首次通过NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序和多重免疫荧光原位杂交技术，研究了AXL+和MITF+黑色素瘤亚群在免疫治疗中的变化	研究样本量较小，且免疫治疗对AXL+或MITF+肿瘤细胞丰度的变化与生存率无显著相关性	探讨免疫治疗对黑色素瘤患者中AXL+和MITF+亚群的影响	接受免疫治疗的黑色素瘤患者中的AXL+和MITF+亚群	NA	黑色素瘤	NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光原位杂交	NA	mRNA、蛋白质	NA
5456	2024-12-20	STING Activation in Macrophages and Microglia Drives Poststroke Inflammation: Implications for Neuroinflammatory Mechanisms and Therapeutic Interventions 2024-Dec, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70106 PMID:39698742	研究论文	本研究探讨了STING激活在小胶质细胞和巨噬细胞中的作用，揭示了其在驱动中风后炎症中的关键机制	首次揭示了STING激活通过I型干扰素信号通路驱动中风后小胶质细胞和巨噬细胞向促炎表型的转变	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类样本中验证	探讨中风后小胶质细胞和巨噬细胞的表型转变机制及其潜在的治疗干预策略	小胶质细胞、巨噬细胞和中风后神经炎症	NA	中风	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了C57BL/6雄性小鼠进行实验，并进行了体外培养的小胶质细胞和骨髓来源的巨噬细胞实验
5457	2024-12-20	Neuroepithelial cell transforming 1 as a key regulator in non-small cell lung cancer: unveiling causal links and therapeutic potentials 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-587 PMID:39697721	研究论文	本研究探讨了神经上皮细胞转化1（NET1）在非小细胞肺癌（NSCLC）进展中的关键调控作用，并通过生物信息学分析和实验室实验揭示了其因果关系和治疗潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化算法揭示了NET1在NSCLC中的因果关系，并验证了其在细胞增殖和铁死亡抑制中的作用	本研究主要基于实验室实验和生物信息学分析，未来需要进一步的临床试验验证其治疗潜力	揭示NET1在非小细胞肺癌中的分子机制及其治疗潜力	NET1在非小细胞肺癌中的作用及其对细胞增殖和铁死亡的影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）算法、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、细胞活力测定、丙二醛（MDA）检测、分子对接分析	NA	基因表达数据	非恶性肺组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，以及实验室实验中的细胞样本
5458	2024-12-20	Identification of the CD8+ T-cell exhaustion signature of hepatocellular carcinoma for the prediction of prognosis and immune microenvironment by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-650 PMID:39697729	研究论文	本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了肝细胞癌的CD8+ T细胞耗竭特征，用于预测患者的预后和免疫微环境	首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了CD8+ T细胞耗竭特征，为评估肝细胞癌患者的预后和免疫微环境提供了新方法	研究结果需要在更多独立数据集和临床试验中进一步验证	构建基于CD8+ T细胞耗竭特征的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫微环境	肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量RNA测序（RNA-seq）	Cox回归分析模型	RNA测序数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者RNA-seq数据，以及来自GSE149614的10× scRNA数据
5459	2024-12-20	Multi-omics decipher the immune microenvironment and unveil therapeutic strategies for postoperative ovarian cancer patients 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-656 PMID:39697734	研究论文	本研究通过多组学数据分析，揭示了卵巢癌术后患者的免疫微环境特征，并提出了新的治疗策略	本研究首次利用12种程序性细胞死亡模式构建了新的分类和预后模型，并建立了基于8基因签名的程序性细胞死亡指数（PCDI），用于预测卵巢癌术后患者的预后和药物敏感性	本研究的样本量相对较小，且依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏倚	探讨程序性细胞死亡模式在卵巢癌术后患者预后和药物敏感性预测中的应用	卵巢癌术后患者的免疫微环境和治疗反应	数字病理学	卵巢癌	转录组学、基因组学、单细胞转录组学	机器学习算法	基因表达数据、临床信息	使用了来自TCGA和GEO数据库的多个数据集，包括批量转录组、基因组和临床信息，以及单细胞转录组数据
5460	2024-12-20	Elucidating the molecular and immune interplay between head and neck squamous cell carcinoma and diffuse large B-cell lymphoma through bioinformatics and machine learning 2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1064 PMID:39697749	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用	本研究首次通过生物信息学和机器学习方法，识别出头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的共享生物标志物和潜在治疗靶点	本研究主要基于现有数据库的数据进行分析，未来需要进一步的实验验证	阐明头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用	头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	机器学习	NA	基因表达数据	2040个差异表达基因和1983个模块相关基因