单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28534 篇文献，本页显示第 5421 - 5440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5421 | 2025-02-20 |
NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data
2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae747
PMID:39705170
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研究论文 | 本文介绍了一种基于非负最小二乘的新型细胞类型反卷积方法NLSDeconv及其Python包，用于空间转录组数据的细胞类型贡献估计 | NLSDeconv是一种新的基于非负最小二乘的细胞类型反卷积方法，具有竞争性的统计性能和卓越的计算效率 | NA | 开发一种高效的空间转录组数据细胞类型反卷积方法 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 非负最小二乘法 | 基因表达数据 | 多种空间转录组数据集 |
| 5422 | 2025-02-20 |
Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels
2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae727
PMID:39705183
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scope+的开源、高度优化且可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据 | Scope+架构支持细胞级别的元分析，并采用了细胞为单位的数据建模、新颖的数据库优化技术和创新的软件架构设计 | 现有细胞图谱门户大多不开源且不可适应，不支持细胞级别的元分析 | 开发一种开源架构，以便研究人员能够快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据 | 单细胞RNA测序图谱数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 500万COVID-19血液和免疫细胞 |
| 5423 | 2025-02-20 |
Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data
2024-Dec-18, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-02085-8
PMID:39696422
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研究论文 | 本文介绍了一种名为VeloVGI的新方法，用于在批量单细胞RNA测序数据中准确估计RNA速度，以揭示复杂的细胞谱系 | VeloVGI通过使用最优传输（OT）和互近邻（MNN）方法在批量数据中构建邻居，并改进VeloVI的速度估计，将图结构整合到编码器中以进行更有效的特征提取 | 现有RNA速度方法受限于批量效应，无法直接校正输入数据中的批量效应，可能导致速度流估计错误 | 改进RNA速度估计方法，以更好地理解细胞发育过程 | 小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNA-seq | VeloVGI | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠脊髓和嗅球组织，以及多个公共数据集 |
| 5424 | 2025-02-20 |
B-Cell Activation Gene Signature in Blood and Liver of Hepatitis B e Antigen-Positive Patients With Immune Active Chronic Hepatitis B
2024-Dec-16, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae280
PMID:38847286
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研究论文 | 本文研究了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态 | 首次通过RNA测序和流式细胞术分析了慢性HBV患者血液和肝脏中B细胞的基因表达特征，揭示了B细胞在免疫活跃慢性HBV中的激活状态 | 研究样本量有限，且未涉及其他免疫细胞类型的比较分析 | 探讨慢性HBV感染患者B细胞的激活状态及其基因表达特征 | 慢性HBV感染患者的血液和肝脏B细胞 | 免疫学 | 乙型肝炎 | RNA测序、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 慢性HBV患者和健康对照的血液和肝脏B细胞样本 |
| 5425 | 2025-02-20 |
Heavy Metal Exposure-Mediated Dysregulation of Sphingolipid Metabolism
2024-Aug-12, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox13080978
PMID:39199224
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研究论文 | 本研究探讨了特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）局部高浓度对鞘脂代谢稳态和氧化应激的影响，使用体外模型系统和三维离体人体组织模型进行评估 | 研究首次揭示了局部高浓度重金属暴露对鞘脂代谢途径的差异调节作用，并识别了氧化应激的转录组特征 | 研究主要基于体外和离体模型，可能无法完全反映体内复杂环境 | 探讨重金属暴露对鞘脂代谢和氧化应激的影响及其在哮喘中的作用 | 特定重金属（NaAsO、MnCl和CdCl）暴露的细胞和人体肺组织 | 生物医学 | 哮喘 | 空间转录组学、定量实时PCR | 体外模型系统、三维离体人体组织模型 | 基因表达数据、代谢物数据 | 未明确说明样本数量 |
| 5426 | 2025-02-20 |
Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine
2024-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601271
PMID:38979337
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子 | 通过单细胞RNA测序分析，识别了与细胞迁移相关的转录途径，并预测了年龄依赖性修复反应程序的上游调节因子，如CSF-1 | 研究机制尚不明确，且仅在猪模型中进行验证，未涉及人类样本 | 研究缺血损伤肠道中上皮修复的潜在调节机制，特别是年龄依赖性的修复反应 | 幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 肠道缺血损伤 | 单细胞RNA测序 | 猪模型 | RNA测序数据 | 幼年和新生猪的缺血损伤肠道上皮细胞 |
| 5427 | 2025-02-20 |
Elevated phagocytic capacity directs innate spinal cord repair
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598515
PMID:38915507
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研究论文 | 本文研究了斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力及其在脊髓修复中的作用 | 发现斑马鱼脊髓损伤后免疫细胞的高效吞噬能力是其修复的关键，并通过跨物种比较识别了相关基因 | 研究主要基于斑马鱼模型，结果在哺乳动物中的适用性尚需进一步验证 | 探讨脊髓损伤后免疫细胞的吞噬能力对修复的影响 | 斑马鱼和哺乳动物的脊髓损伤模型 | 生物医学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组学、诱导性基因敲除 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5428 | 2025-02-20 |
Single-cell analyses reveal transient retinal progenitor cells in the ciliary margin of developing human retina
2024-Apr-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47933-x
PMID:38670973
|
研究论文 | 本文通过单细胞分析揭示了人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的转录和染色质可及性变化 | 结合单细胞RNA测序和空间转录组学，首次展示了人类视网膜发育过程中早期视网膜祖细胞在睫状缘区的短暂存在 | 研究仅涵盖人类视网膜发育至中期，未涉及后期发育阶段 | 揭示人类视网膜发育过程中视网膜祖细胞的规范和分化机制 | 人类视网膜发育过程中的视网膜祖细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类早期眼组织样本 |
| 5429 | 2025-02-20 |
Deciphering the spatiotemporal transcriptional and chromatin accessibility of human retinal organoid development at the single-cell level
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109397
PMID:38510120
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次展示了人类视网膜类器官发育的单细胞时空转录组 | 首次结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了类器官发育各阶段细胞类型特异性转录因子结合位点，并展示了染色质可及性与发育中人类视网膜的高度相关性 | 研究中使用的视网膜类器官与真实人类视网膜在部分视网膜神经元的时间出现和丰度上存在差异 | 研究人类视网膜早期发育的分子信息 | 多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 单细胞ATAC测序数据 | NA |
| 5430 | 2025-02-20 |
High-Quality Brain and Bone Marrow Nuclei Preparation for Single Nuclei Multiome Assays
2023-12-22, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/65715
PMID:38189499
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研究论文 | 本文描述了为10X Genomics多组学分析流程准备高质量脑和骨髓样本的两种协议 | 提供了针对脑和骨髓样本的标准化样本准备协议，确保生成高质量的细胞和核悬浮液，适用于下游的多组学分析 | 协议主要针对脑和骨髓样本，可能不适用于其他类型的组织 | 开发适用于10X Genomics多组学分析流程的高质量样本准备方法 | 脑和骨髓样本 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、单核RNA测序（snRNA-Seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-Seq）、多组学分析 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 5431 | 2025-02-20 |
Integrative single-cell meta-analysis reveals disease-relevant vascular cell states and markers in human atherosclerosis
2023-11-28, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113380
PMID:37950869
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研究论文 | 本文通过整合22个单细胞RNA测序库的数据，生成了一个包含118,578个细胞的人类动脉粥样硬化综合图谱，揭示了疾病相关的血管细胞状态和标志物 | 首次整合多个单细胞RNA测序数据集，创建了一个全面的人类动脉粥样硬化细胞图谱，并揭示了平滑肌细胞表型在冠状动脉疾病中的关键作用 | 研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据，可能受到数据质量和样本选择的限制 | 揭示人类动脉粥样硬化的细胞状态和标志物，以促进心血管疾病的机制和转化研究 | 人类动脉粥样硬化中的血管和免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 118,578个细胞 |
| 5432 | 2025-02-20 |
Elevated levels of MMP12 sourced from macrophages are associated with poor prognosis in urothelial bladder cancer
2023-Jun-30, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11100-0
PMID:37391708
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研究论文 | 本研究探讨了源自巨噬细胞的MMP12水平与尿路上皮膀胱癌不良预后的关联 | 首次将MMP12与尿路上皮膀胱癌的预后联系起来，并发现其来源于肿瘤浸润的巨噬细胞 | 在转录组微阵列数据集中未能验证MMP12血浆水平与较短总生存期的关联 | 寻找尿路上皮膀胱癌患者分层的生物标志物，以避免不必要的干预并指示必要的积极措施 | 90名新诊断且未接受治疗的膀胱癌患者的血浆和尿液样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 多重邻近延伸分析、单细胞RNA测序、微阵列 | 随机森林生存分析、多变量回归分析 | 血浆、尿液、单细胞RNA测序数据、微阵列数据 | 90名患者的血浆样本和40名患者的尿液样本 |
| 5433 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals gonadal dynamic changes during sex differentiation in hermaphroditic protogynous orange-spotted grouper ( Epinephelus coioides)
2023-03-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5434 | 2025-02-20 |
Single-cell RNA sequencing reveals evolution of immune landscape during glioblastoma progression
2022-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01215-0
PMID:35624211
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）进展过程中免疫景观的演变 | 揭示了GBM进展过程中免疫细胞组成的大规模纵向变化，并识别了不同阶段的特定免疫细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限 | 研究GBM进展过程中免疫微环境的变化 | 胶质母细胞瘤（GBM）小鼠模型和患者活检样本 | 数字病理 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA测序数据, 流式细胞数据 | 小鼠模型和患者活检样本 |
| 5435 | 2025-02-19 |
Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2025-Mar, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04893-y
PMID:39636551
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了与原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞中甲氨蝶呤耐药相关的多种分子特征 | 首次在单细胞水平上对甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞进行了基因表达网络分析，并识别出关键基因和潜在的治疗药物 | 研究局限于体外培养的PCNSL细胞，未涉及体内模型或临床试验 | 探索甲氨蝶呤耐药的分子机制，为复发性PCNSL的挽救性化疗提供新策略 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）细胞 | 生物信息学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及亲代和甲氨蝶呤耐药的PCNSL细胞 |
| 5436 | 2025-02-07 |
Correction to: Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2025-Mar, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04922-w
PMID:39913048
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5437 | 2025-02-19 |
Deconer: An Evaluation Toolkit for Reference-based Deconvolution Methods Using Gene Expression Data
2025-Feb-18, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf009
PMID:39963994
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研究论文 | 本文介绍了Deconer，一个用于评估基于参考的去卷积方法的全面工具包 | Deconer提供了多种模拟和真实的基因表达数据集，并提供了多个可视化界面，系统地比较了16种基于参考的去卷积方法 | 目前缺乏对现有基于参考的去卷积方法的全面评估和指导 | 评估和比较基于参考的去卷积方法在细胞比例去卷积分析中的表现 | 基于参考的去卷积方法 | 生物信息学 | NA | 基因表达数据分析 | NA | 基因表达数据 | 多种模拟和真实的基因表达数据集，包括批量测序和单细胞测序数据 |
| 5438 | 2025-02-19 |
SpaDCN: Deciphering Spatial Functional Landscape from Spatially Resolved Transcriptomics by Aligning Cell-Cell Communications
2025-Feb-17, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202402111
PMID:39962819
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研究论文 | 本文提出了一种名为SpaDCN的空间动态图卷积网络框架，用于从空间分辨转录组学数据中解析细胞间通信和基因表达，以揭示具有一致细胞组织的空间功能区域 | SpaDCN通过生成空间图表示的节点层和边层，并采用动态图卷积来切换节点图和边图的传播，从而有效地转移细胞间通信对表达变异的影响 | NA | 解决在组织微环境中识别病理相关空间功能景观的挑战 | 空间分辨转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间分辨转录组学 | 动态图卷积网络 | 基因表达数据 | NA |
| 5439 | 2025-02-19 |
CCL19+ Fibroblasts Promote Tertiary Lymphoid Structure in Oral Lichen Planus: A Retrospective Study
2025-Feb-17, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15266
PMID:39962879
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色技术，探讨了口腔扁平苔藓（OLP）中诱导性三级淋巴结构（iTLSs）的作用及其与疾病严重程度的关系 | 首次揭示了CCL19+成纤维细胞在T细胞趋化及iTLSs形成中的关键作用，并发现iTLSs的存在与OLP疾病严重程度显著相关 | 研究为回顾性研究，样本量有限，且未进行长期随访以评估iTLSs对疾病预后的影响 | 阐明口腔扁平苔藓中适应性免疫的启动机制，特别是iTLSs和基质-免疫微环境的作用 | 口腔扁平苔藓患者 | 数字病理学 | 口腔疾病 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 回顾性收集的口腔扁平苔藓患者临床数据 |
| 5440 | 2025-02-19 |
Landscape of four different stages of human gastric cancer revealed by single-cell sequencing
2025-Feb-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v17.i2.97125
PMID:39958562
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类胃癌四个不同阶段的细胞分布和动态变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面分析胃癌不同阶段的肿瘤微环境中的细胞分布和相互作用 | 样本量较小，仅涉及四名患者的八个组织样本 | 探索胃癌肿瘤微环境中细胞群体的分布和动态变化 | 胃癌患者的癌组织和癌旁组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），定量实时聚合酶链反应（qRT-PCR），流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 四名患者的八个组织样本，共73645个单细胞 |