单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5421	2024-12-23	Low expression of CCKBR in the acinar cells is associated with insufficient starch hydrolysis in ruminants 2024-Dec-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07406-9 PMID:39706905	研究论文	本文研究了成年山羊和新生山羊胰腺外分泌功能的差异，并探讨了CCKBR受体表达与反刍动物淀粉消化能力的关系	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析，揭示了成年山羊胰腺外分泌功能优于新生山羊，并发现CCKBR受体在腺泡细胞中的低表达与淀粉水解不足有关	研究仅限于山羊，未探讨其他反刍动物的情况	探讨反刍动物淀粉消化能力低下的生理机制，为提高淀粉利用率提供理论依据	成年山羊和新生山羊的胰腺外分泌功能及CCKBR受体表达	NA	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学分析	NA	RNA, 蛋白质	成年山羊和新生山羊
5422	2024-12-23	Crosstalk between CD180-overexpression macrophages and glioma cells worsens patient survival through malignant phenotype promotion and immunosuppressive regulation 2024-Dec-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-01029-w PMID:39707188	研究论文	研究探讨了CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞之间的相互作用，揭示了其通过促进恶性表型和免疫抑制调控来恶化患者生存的机制	首次揭示了CD180在胶质瘤中的预后作用及其在免疫抑制调控和恶性表型促进中的作用，为胶质瘤的免疫治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨CD180在胶质瘤中的分子机制及其对患者预后的影响	CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞的相互作用	数字病理学	脑肿瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	使用了三个胶质瘤细胞系进行共培养实验
5423	2024-12-23	Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation 2024-Dec-20, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03791-4 PMID:39707349	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织，揭示了FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少与功能性二尖瓣反流的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了功能性二尖瓣反流患者中FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少，并验证了FABP4在促进瓣膜内皮细胞增殖和迁移中的作用	样本量较小，仅包括6名患者，且未探讨FABP4减少的具体机制	深入理解功能性二尖瓣反流的病理机制，并识别二尖瓣组织中各细胞亚型的分子变化	功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	6名患者（3名功能性二尖瓣反流患者和3名非疾病对照）
5424	2024-12-23	Integrating single-cell RNA-Seq and machine learning to dissect tryptophan metabolism in ulcerative colitis 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05934-w PMID:39707393	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和机器学习技术，解析了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性及其关键基因	首次在单细胞水平揭示了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性，并确定了关键基因CTSS、S100A11和TUBB	NA	解析溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的调控机制及其关键基因	溃疡性结肠炎中的色氨酸代谢及其相关基因	机器学习	炎症性肠病	单细胞RNA测序	随机森林、Boruta算法、LASSO、SVM-RFE、GBM	RNA	NA
5425	2024-12-23	C3+ cancer-associated fibroblasts promote tumor growth and therapeutic resistance in gastric cancer via activation of the NF-κB signaling pathway 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05939-5 PMID:39707456	研究论文	研究探讨了C3+癌症相关成纤维细胞通过激活NF-κB信号通路促进胃癌生长和治疗抵抗的作用	首次揭示了C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的具体标记物及其通过NF-κB信号通路促进肿瘤进展和治疗抵抗的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其治疗策略的有效性	探讨C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的C3+癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序、多重免疫荧光染色、RNA干扰	NA	RNA序列、免疫荧光图像	多个独立胃癌患者队列及体外细胞实验
5426	2024-12-23	Single-cell multi-omics analysis reveals candidate therapeutic drugs and key transcription factor specifically for the mesenchymal subtype of glioblastoma 2024-Dec-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01332-3 PMID:39707474	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和批量RNA测序数据，揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子	本研究首次通过多组学分析揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子，并验证了其在体外和人体样本中的有效性	本研究的局限性在于仅聚焦于胶质母细胞瘤的间质亚型，未涵盖其他亚型，且体外实验结果需进一步在临床试验中验证	研究胶质母细胞瘤间质亚型的详细特征，发现潜在的治疗策略，并提高对GBM患者的精准治疗	胶质母细胞瘤的间质亚型肿瘤细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）、批量RNA测序	NA	基因组数据	55,845个来自肿瘤和邻近正常组织的单细胞
5427	2024-12-23	A novel risk model consisting of nine platelet-related gene signatures for predicting prognosis, immune features and drug sensitivity in glioma 2024-Dec-20, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-024-00355-7 PMID:39707577	研究论文	本文构建了一个包含九个血小板相关基因特征的风险模型，用于预测胶质瘤的预后、免疫特征和药物敏感性	首次提出基于九个血小板相关基因的预后模型，并发现这些基因与肿瘤微环境密切相关，可能有助于指导胶质瘤的临床治疗和预后	NA	研究血小板相关基因在胶质瘤治疗和预后中的作用	胶质瘤患者的预后、免疫特征和药物敏感性	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
5428	2024-12-23	Elaiophylin targets EIF4B to suppress the growth of esophageal squamous cell carcinoma via the PI3K/AKT signaling pathway 2024-Dec-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217401 PMID:39694222	研究论文	本研究探讨了elaiophylin在食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞中的作用，发现其通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制ESCC细胞的增殖和促进凋亡	首次报道了elaiophylin通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制食管鳞状细胞癌的增殖和促进凋亡	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持	探讨elaiophylin在食管鳞状细胞癌中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	NA	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 磷酸化抗体阵列, Gene Ontology, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics	NA	基因表达数据	体外和体内实验中使用了ESCC细胞
5429	2024-12-23	Epigenetic characterization of adult rhesus monkey spermatogonial stem cells identifies key regulators of stem cell homeostasis 2024-Dec-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1013 PMID:39535033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色质状态分析，揭示了成年恒河猴精原干细胞（SSCs）的表观遗传特征，并鉴定了调控干细胞稳态的关键因子	首次在恒河猴模型中系统地表征了精原干细胞及其前体细胞的表观遗传特征，并揭示了TGF-β信号通路在促进精原干细胞自我更新中的作用	研究仅限于恒河猴模型，尚未在人类精原干细胞中验证这些发现	揭示精原干细胞稳态调控的表观遗传机制，为优化灵长类精原干细胞体外扩增条件提供线索	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，染色质状态分析	NA	RNA序列，染色质状态	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞样本
5430	2024-12-23	Exploring the Prognostic Value of Tumour-Associated Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Through Single-Cell RNA Sequencing Insights 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70297 PMID:39706820	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关基因的预后价值，并构建了一个结合Lasso回归和生存支持向量机的预后模型	首次通过单细胞RNA测序技术深入研究透明细胞肾细胞癌的复杂性，并构建了一个结合多种机器学习算法的预后模型，揭示了免疫细胞浸润对患者预后的重要影响	研究主要基于TCGA、ICGC和微阵列数据集，可能存在数据来源的局限性	探索透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境对治疗效果的影响，并识别关键的预后标志物	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境和肿瘤相关基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	Lasso回归和生存支持向量机	基因表达数据	多个队列的数据，包括TCGA、ICGC和微阵列数据集
5431	2024-12-23	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	研究论文	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	首次提出基因嵌入问题，并设计了一种基于扩散小波字典的图信号处理方法GSPA，用于学习单细胞数据中的基因表示	NA	开发一种新的计算方法来映射基因空间，并评估其在多种生物任务中的有效性	单细胞数据中的基因表示	生物信息学	NA	图信号处理	GSPA	单细胞数据	模拟单细胞数据
5432	2024-12-23	scRGCL: a cell type annotation method for single-cell RNA-seq data using residual graph convolutional neural network with contrastive learning 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae662 PMID:39708840	研究论文	提出了一种基于残差图卷积神经网络和对比学习的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scRGCL	scRGCL通过残差图卷积神经网络提取复杂的高阶特征，利用对比学习学习有意义的细胞间差异特征，并通过权重冻结避免过拟合	现有的深度学习方法未能充分利用细胞间的差异特征，缺乏灵活性以整合高阶特征，且低维基因特征可能导致神经网络过拟合	开发一种新的深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	残差图卷积神经网络	基因表达数据	8个单细胞基准数据集，包括7个人类数据集和1个小鼠数据集
5433	2024-12-23	Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054 PMID:37656622	研究论文	本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应	首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略	研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制	探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系	视网膜色素变性中的视锥细胞	NA	视网膜色素变性	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，转录组	NA
5434	2024-12-22	ScRNA-Seq Analysis of Tongue Tissues in Chronic Hyperplastic Candidiasis 2025-Jan, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241282948 PMID:39586800	研究论文	本研究首次对慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织进行了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析，揭示了CHC的微环境变化和免疫病因	首次使用scRNA-seq技术分析CHC受影响的舌组织，揭示了纤维细胞和T/NK细胞在CHC中的显著变化及其在细胞间相互作用中的核心作用	NA	揭示慢性增生性念珠菌病（CHC）的微环境变化和免疫病因	慢性增生性念珠菌病（CHC）受影响的舌组织	数字病理学	口腔念珠菌病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5435	2024-12-22	Induction of a Müller Glial Cell-Specific Protective Pathway Safeguards the Retina From Diabetes-Induced Damage 2025-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0199 PMID:39446557	研究论文	研究探讨了糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响，特别是Müller胶质细胞通过Zfp36基因的保护作用	首次揭示了Müller胶质细胞在糖尿病诱导的视网膜损伤中通过Zfp36基因的保护作用	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中验证	探讨糖尿病对视网膜细胞类型的特异性影响及其分子机制	视网膜细胞类型，特别是Müller胶质细胞	NA	糖尿病性视网膜病变	单细胞转录组学	NA	转录组数据	大鼠模型中的不同视网膜细胞类型
5436	2024-12-22	Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates 2024-Dec-20, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq0702 PMID:39705360	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了文昌鱼消化道的细胞特征，揭示了脊椎动物消化系统内分泌细胞的保守性	首次通过单细胞RNA测序揭示了文昌鱼消化道中的内分泌样细胞，并发现了与脊椎动物胰岛素样生长因子1（Igf1）相似的文昌鱼Ilp1	未提及具体的研究局限性	探索脊椎动物消化系统的进化起源及其内分泌细胞的保守性	文昌鱼消化道的细胞特征	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	未提及具体样本数量
5437	2024-12-22	S100A11 is a potential prognostic biomarker and correlated with tumor immunosuppressive microenvironment in glioma 2024-Dec-20, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040701 PMID:39705426	研究论文	本研究探讨了S100A11作为胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）潜在生物标志物的角色及其与GAMs浸润的相关性	首次揭示了S100A11在胶质瘤免疫抑制微环境中的重要作用，并提出其可能作为GAMs的潜在标志物	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	更好地理解胶质瘤的免疫微环境	S100A11在胶质瘤相关巨噬细胞中的表达及其与GAMs浸润的关系	NA	脑肿瘤	Western blot, 免疫组织化学, 免疫荧光分析, 单细胞测序, 免疫浸润分析	NA	蛋白质, 单细胞数据	未明确提及具体样本数量
5438	2024-12-22	Evaluating predictive patterns of antigen-specific B cells by single-cell transcriptome and antibody repertoire sequencing 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.005 PMID:39662471	研究论文	本文通过单细胞转录组和抗体库测序评估了抗原特异性B细胞的预测模式	引入了带有抗原特异性或非特异性标签的单细胞转录组和抗体库测序数据集，并评估了基于基因表达和抗体库特征的不同机器学习模型的性能	需要足够的带有抗原特异性标签的训练数据	加速抗原特异性B细胞的预测过程	抗原特异性B细胞	机器学习	NA	单细胞转录组测序，抗体库测序	线性和非线性机器学习模型	基因表达数据，抗体序列数据	来自免疫小鼠的B细胞
5439	2024-12-22	Tracking the gene expression programs and clonal relationships that underlie mast, myeloid, and T lineage specification from stem cells 2024-Dec-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.11.001 PMID:39615483	研究论文	本文利用多能干细胞分化系统，研究了T细胞谱系分化过程中的转录动力学和细胞命运限制事件	首次通过时间分辨的单细胞RNA测序揭示了T细胞谱系分化过程中多能造血程序的下调、90多个谱系相关转录因子的上调以及细胞周期退出的高度协调发展窗口，并发现了YBX1在T细胞谱系分化中的作用	研究主要基于体外多能干细胞分化系统，可能与体内环境存在差异	揭示T细胞谱系分化过程中的基因表达程序和克隆关系	T细胞、肥大细胞和髓系细胞的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5440	2024-12-22	Barcoding Notch signaling in the developing brain 2024-Dec-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203102 PMID:39575683	研究论文	本文介绍了一种名为SABER-seq的CRISPR-Cas分子记录器，用于在发育中的大脑中记录Notch信号，并通过单细胞转录组学进行后期解构	SABER-seq是一种新型的平台，能够快速、可扩展且高分辨率地映射发育过程中的信号活动	传统的基于荧光的信号报告器在可扩展性和细胞类型的分子分辨率方面存在局限性	开发一种新的技术来记录和分析发育过程中的信号输入	在发育中的斑马鱼大脑中记录Notch信号	NA	NA	CRISPR-Cas, 单细胞转录组学	NA	基因组数据	斑马鱼大脑中的细胞