单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5421	2024-12-12	A comprehensive survey of dimensionality reduction and clustering methods for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae023 PMID:38860675	综述	本文系统总结了用于单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的最广泛认可的算法	提供了对该领域现有工具的全面总结，为开发新工具提供了有价值的见解和思路	NA	总结单细胞和空间转录组数据降维和聚类分析的算法	单细胞转录组和空间转录组数据	生物信息学	NA	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5422	2024-12-12	A comprehensive review of approaches for spatial domain recognition of spatial transcriptomes 2024-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elae040 PMID:39426802	综述	本文综述了空间转录组学中空间域识别方法的现状和进展	本文探讨了现有方法的优缺点，并为未来工具开发提供了建议和方向	本文未提及具体方法的局限性，而是从整体上讨论了现有方法的局限性	回顾空间域识别研究的现状和进展，探讨现有方法的优缺点，并提供未来工具开发的建议和方向	空间转录组学中的空间域识别方法	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5423	2024-12-12	Single-cell transcriptome profiling of m6A regulator-mediated methylation modification patterns in elderly acute myeloid leukemia patients 2024-12-06, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-024-00234-7 PMID:39641872	研究论文	本研究探讨了老年急性髓性白血病患者中单细胞转录组中m6A调控因子介导的甲基化修饰模式及其在造血细胞中的具体作用	首次揭示了m6A调控因子在老年急性髓性白血病患者造血细胞中的异常表达及其通过WNT信号通路和氧化磷酸化途径抑制细胞分化的机制，并提供了潜在的治疗靶点	研究主要基于体外实验和细胞系验证，缺乏临床样本的长期随访数据	揭示m6A甲基化修饰在老年急性髓性白血病患者中的病理机制	老年急性髓性白血病患者的造血干细胞、髓系细胞、T细胞和红细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用了THP-1和MV411细胞系进行验证，并进行了外部独立单细胞RNA测序数据集的验证
5424	2024-12-12	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	本文开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微机器人，通过嵌入磁性纳米颗粒链的超软水凝胶微球实现间充质干细胞的递送，并展示了其在动物模型中的治疗效果	创新的磁性软微机器人设计，结合了超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，能够有效递送间充质干细胞并清除活性氧，显著提高干细胞在海绵体组织中的保留率和存活率	NA	开发一种新型微机器人技术，用于改善间充质干细胞在勃起功能障碍治疗中的应用效果	磁性软微机器人、间充质干细胞、勃起功能障碍	NA	男性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	大鼠和比格犬的勃起功能障碍模型
5425	2024-12-12	Rescue of cochlear vascular pathology prevents sensory hair cell loss in Norrie disease 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2322124121 PMID:39585982	研究论文	研究通过条件激活β-catenin在血管内皮细胞中的稳定表达，探讨其在Norrie疾病小鼠模型中对耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失的修复作用	首次证明在耳蜗微血管中，β-catenin是norrin结合内皮细胞表面受体后的主要下游细胞内效应因子，并验证了恢复该信号通路足以防止感觉毛细胞死亡和听力损失	研究仅在动物模型中进行，尚未在人类中验证	探讨Norrie疾病中耳蜗病理的修复机制	Norrie疾病小鼠模型的耳蜗血管病理和感觉毛细胞损失	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和人类耳蜗样本
5426	2024-12-12	Single-Cell Meta-Analysis Uncovers the Pancreatic Endothelial Cell Transcriptomic Signature and Reveals a Key Role for NKX2-3 in PLVAP Expression 2024-Dec, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.321781 PMID:39445426	研究论文	本研究通过单细胞元分析揭示了胰腺内皮细胞的转录组特征，并发现NKX2-3在PLVAP表达中的关键作用	首次定义了跨物种和发育阶段的胰腺内皮细胞特异性基因特征，并揭示了NKX2-3作为关键转录因子在胰腺内皮细胞中的作用	研究主要依赖于现有的单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏倚	揭示胰腺内皮细胞的转录组特征及其在胰腺血管系统中的作用	胰腺内皮细胞及其特异性基因特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了多个单细胞和单核RNA测序数据集，具体样本数量未明确说明
5427	2024-12-12	Rhythmic IL-17 production by γδ T cells maintains adipose de novo lipogenesis 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08131-3 PMID:39478228	研究论文	本文研究了γδ T细胞产生的IL-17在维持脂肪组织从头脂肪生成中的节律性作用	首次揭示了IL-17产生的γδ T细胞依赖分子钟维持脂肪组织稳态，并展示了其在脂肪库中RORγt和IL-17A的强节律性表达	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证这些发现	探讨免疫系统的昼夜节律在免疫稳态中的作用，特别是IL-17在脂肪组织代谢中的作用	γδ T细胞、不变自然杀伤T细胞、黏膜相关不变T细胞以及脂肪组织中的从头脂肪生成	免疫学	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
5428	2024-12-12	Polyclonal-to-monoclonal transition in colorectal precancerous evolution 2024-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08133-1 PMID:39478225	研究论文	本文使用基于碱基编辑的DNA条形码系统，在肠道肿瘤发生的小鼠模型中全面绘制了单细胞谱系图谱，揭示了结直肠癌前病变的克隆演化过程	首次通过高分辨率单细胞谱系分析，揭示了结直肠息肉的克隆起源和多克隆到单克隆的转变过程，并发现了早期多克隆病变中的细胞间相互作用	研究主要基于小鼠模型和人类样本的批量测序数据，可能无法完全反映人类结直肠癌前病变的复杂性	揭示结直肠癌前病变的起源和演化过程，为早期干预提供理论基础	小鼠肠道肿瘤模型和人类散发性结直肠息肉	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、全基因组测序	NA	单细胞数据	260,922个单细胞，来自正常、炎症和肿瘤性肠道组织
5429	2024-12-12	Tau Accumulation Induces Microglial State Alterations in Alzheimer's Disease Model Mice 2024-Dec, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0260-24.2024 PMID:39592224	研究论文	本研究通过向人源化tau的敲入小鼠脑内注射来自人类大脑的tau蛋白，生成了一种新的阿尔茨海默病模型小鼠，并探讨了tau积累对小胶质细胞状态的影响	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序数据，展示了tau传播和积累在阿尔茨海默病模型小鼠脑中诱导疾病相关小胶质细胞表型的现象	需要进一步使用单细胞分辨率的空间转录组学来更准确地解释tau病理对小胶质细胞的影响	探讨tau病理与小胶质细胞状态之间的关系	阿尔茨海默病模型小鼠的小胶质细胞状态	NA	阿尔茨海默病	单核RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	人源化tau的敲入小鼠
5430	2024-12-12	Research trends and hotspots of the applications of single-cell RNA sequencing in cardiovascular diseases: a bibliometric and visualized study 2024-Dec, Annals of medicine and surgery (2012) DOI:10.1097/MS9.0000000000002681 PMID:39649887	研究论文	本研究通过文献计量学和可视化分析，探讨了单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用趋势和热点	首次系统地对单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用进行了文献计量学和可视化分析	研究仅基于Web of Science Core Collection数据库中的文献，可能存在一定的偏倚	探讨单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用现状和发展趋势	单细胞RNA测序在心血管疾病中的应用文献	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	文本	1170篇文献
5431	2024-12-12	Gene regulatory networks in abiotic stress responses via single-cell sequencing and spatial technologies: Advances and opportunities 2024-Dec, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2024.102662 PMID:39541907	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间技术在解析非生物胁迫响应基因调控网络中的进展、挑战和机遇	利用单细胞RNA测序和空间转录组技术，结合染色质可及性分析，揭示了植物细胞在非生物胁迫下的转录组景观和细胞间相互作用	需要进一步整合多组学数据以发现细胞类型特异性的基因调控网络	增强作物植物对气候变化的适应能力	非生物胁迫响应的基因调控网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、染色质可及性分析	NA	基因表达数据	NA
5432	2024-12-12	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本文研究了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在调节伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）炎症通路中的作用	本文首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的BMDMs中的调控作用，并发现DUSP1在早期阶段上调，且通过抑制NLRP3介导的促炎信号和促进干扰素刺激基因的表达来调节炎症反应	本文主要集中在小鼠模型上，未来研究需要在其他物种或人体样本中验证这些发现	探讨DUSP1在伯氏疏螺旋体脂蛋白诱导的巨噬细胞炎症反应中的作用，并评估其作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）和伯氏疏螺旋体脂蛋白	NA	莱姆病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、蛋白质组学分析	NA	RNA、蛋白质	多种浓度伯氏疏螺旋体脂蛋白处理的小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）
5433	2024-12-12	A deep neural network to de-noise single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624552 PMID:39605470	研究论文	本文介绍了一种名为ZiPo的深度人工神经网络，用于单细胞RNA测序数据的去噪和库大小预测	ZiPo引入了可调节的零膨胀分布来捕捉测量丢失问题，并创新性地引入了一个尺度不变的损失项，使模型权重稀疏，从而更具生物学解释性	NA	解决单细胞RNA测序数据中的测量丢失问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度人工神经网络	RNA测序数据	三个数据集
5434	2024-12-12	Identifying spatially variable genes by projecting to morphologically relevant curves 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.21.624653 PMID:39605709	研究论文	本文提出了一种基于谱图理论的方法，通过投影到与形态学相关的曲线来识别空间变异基因	引入了一种新的坐标系统，更好地反映了组织形态，并开发了一种广义加性模型（GAM）来检测基因在新的坐标系统中的变异表达	NA	改进空间转录组数据分析方法，以更有效地识别空间变异基因	空间转录组数据中的空间变异基因	空间转录组学	NA	空间转录组学	广义加性模型（GAM）	基因表达数据	多个平台（如Slide-seq和MERFISH）的实验数据
5435	2024-12-12	From fallopian tube epithelium to high-grade serous ovarian cancer: A single-cell resolution review of sex steroid hormone signaling 2024-Nov, Progress in lipid research IF:14.0Q1 DOI:10.1016/j.plipres.2024.101302 PMID:39396711	综述	本文探讨了从输卵管上皮到高级别浆液性卵巢癌的性类固醇激素信号传导的分子机制	提供了性类固醇受体、类固醇生成和类固醇代谢酶的综合基因表达图谱，揭示了不同细胞群体在卵巢癌发生中的作用	NA	探讨高级别浆液性卵巢癌的早期分子机制及其预防和早期检测策略	输卵管上皮细胞和高级别浆液性卵巢癌	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5436	2024-12-12	scGRN-Entropy: Inferring cell differentiation trajectories using single-cell data and gene regulation network-based transfer entropy 2024-Nov, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012638 PMID:39585902	研究论文	提出了一种新的方法scGRN-Entropy，用于从单细胞RNA测序数据中推断细胞分化轨迹和伪时间	通过整合基因调控网络的动态变化，提高了细胞分化轨迹推断的准确性	NA	研究细胞分化过程，揭示疾病（如癌症）的内在机制，并推动治疗和精准医学的发展	单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	最小生成树算法	基因表达数据	八个不同的真实单细胞RNA测序数据集
5437	2024-12-12	Mapping epidermal and dermal cellular senescence in human skin aging 2024-Oct-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14358 PMID:39370688	研究论文	研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学构建了皮肤细胞衰老图谱，并提出了SenSkin™基因集，揭示了光老化和自然老化中细胞衰老的差异	研究主要集中在皮肤细胞的衰老机制，未深入探讨其他组织或器官的细胞衰老情况	探讨人类皮肤老化过程中表皮和真皮细胞衰老的分子机制及其对皮肤功能的影响	表皮和真皮中的衰老细胞，特别是黑色素细胞和网状真皮成纤维细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确具体样本数量
5438	2024-12-12	The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq 2024-Apr-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05788-5 PMID:38689234	研究论文	研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响，并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响	数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大，每个数据集的最优方法不同	研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器模型、原型网络	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
5439	2024-12-12	NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing 2024-Apr-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10335-w PMID:38689254	研究论文	本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法，用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体	创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序，以富集胰腺内分泌细胞的核，并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序	研究仅限于胰腺内分泌细胞群体，未涵盖其他细胞类型	开发一种新的方法，利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序，以富集胰岛内分泌细胞群体	人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本
5440	2024-12-12	Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358 PMID:38689972	研究论文	本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用	首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用，揭示了平台间的差异	研究仅限于局部前列腺癌样本，未涵盖其他类型的癌症或组织	比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现，为选择合适的测序平台提供依据	局部前列腺癌患者的样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本