单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5421	2024-12-21	The pathogenesis of endometriosis and adenomyosis: insights from single-cell RNA sequencing† 2024-May-09, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae032 PMID:38386960	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在子宫内膜异位症和子宫腺肌症研究中的应用，探讨了这两种疾病的细胞成分和分子特征	利用单细胞RNA测序技术揭示了子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞起源和免疫微环境特征	对子宫腺肌症免疫特征的理解仍需进一步探索	探讨子宫内膜异位症和子宫腺肌症的发病机制及细胞水平的治疗靶点	子宫内膜异位症和子宫腺肌症的细胞成分和分子特征	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5422	2024-12-21	Edge-relational window-attentional graph neural network for gene expression prediction in spatial transcriptomics analysis 2024-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108449 PMID:38626512	研究论文	提出了一种基于边缘关系窗口注意力图神经网络的虚拟空间转录组学方法，用于从标准组织图像中预测基因表达	创新性地构建了异构图来建模局部窗口交互，并结合注意力机制进行全局信息分析，无需先验基因表达数据	未提及具体的局限性	开发一种成本效益高的虚拟空间转录组学方法，用于基因表达预测，无需昂贵的专用设备	空间转录组学中的基因表达预测	数字病理学	乳腺癌	图神经网络	图卷积网络 (GCN)	图像	两个公开的乳腺癌数据集
5423	2024-12-21	Comprehensive analysis of skin growth-related hub genes and microenvironment characterization in a mouse expanded skin model 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1306353 PMID:39703504	研究论文	本文分析了在小鼠扩展皮肤模型中与皮肤生长相关的关键基因及其微环境特征	本文通过随机森林和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析，识别出与皮肤再生相关的关键基因，并揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达及其相互作用	本文的研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨机械拉伸介导的组织扩展过程中皮肤生长的细胞和分子机制，并识别关键基因和细胞类型	小鼠扩展皮肤模型中的关键基因和微环境特征	数字病理学	NA	单细胞测序	随机森林	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的小鼠芯片测序数据和单细胞测序数据
5424	2024-12-21	Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263 PMID:39703500	研究论文	本文评估了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）和全基因组关联研究（GWAS）数据整合以理解炎症性疾病复杂性的方法	提出了一个三步基准分析方法，整合GWAS和scRNA-seq数据，识别与遗传相关的细胞状态和基因；评估了非编码SNP整合方法的敏感性和准确性；展示了scDRS工具在区分相似疾病中的有效性	依赖于特定组织的scRNA-seq数据，非疾病特异性数据可能导致误导性结果	通过整合单细胞数据和遗传学数据，揭示炎症性疾病的复杂性	类风湿性关节炎（RA）和溃疡性结肠炎（UC）的单细胞数据和GWAS数据	数字病理学	免疫介导的炎症性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全基因组关联研究（GWAS）	NA	单细胞数据，基因数据	183,742和228,211个细胞用于scRNA-seq，97,173和45,975个样本用于GWAS
5425	2024-12-21	Pan-cancer single cell and spatial transcriptomics analysis deciphers the molecular landscapes of senescence related cancer-associated fibroblasts and reveals its predictive value in neuroblastoma via integrated multi-omics analysis and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506256 PMID:39703515	研究论文	本研究通过泛癌单细胞和空间转录组学分析，揭示了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）的分子特征，并利用多组学分析和机器学习方法开发了神经母细胞瘤的诊断和预后标志物	首次系统性地探索了衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）在神经母细胞瘤中的分子特征，并开发了基于多组学分析和机器学习的诊断和预后标志物	研究主要集中在神经母细胞瘤，未来可能需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	揭示衰老相关癌症相关成纤维细胞的分子特征，并开发用于神经母细胞瘤的诊断和预后标志物	衰老相关癌症相关成纤维细胞（senes CAF）及其在神经母细胞瘤中的作用	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞和空间转录组学分析	随机森林（RF）算法和SuperPC算法	单细胞和空间转录组数据	泛癌样本，具体数量未明确提及
5426	2024-12-21	K-Nearest-Neighbors Induced Topological PCA for Single Cell RNA-Sequence Data Analysis 2023-Oct-23, ArXiv PMID:37961744	研究论文	本文提出了一种基于k近邻持久拉普拉斯技术的拓扑主成分分析方法，用于单细胞RNA测序数据分析	本文创新性地结合了持久拉普拉斯技术和L范数正则化，提出了一种新的拓扑主成分分析方法，并通过k近邻持久拉普拉斯技术提高了方法的鲁棒性	本文未提及具体的局限性	开发一种新的维度降低和特征选择方法，以解决单细胞RNA测序数据中的多尺度和多类别异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	拓扑主成分分析	基因表达数据	11个不同的单细胞RNA测序基准数据集
5427	2024-12-20	Characterisation of the tumour microenvironment and PD-L1 granularity reveals the prognostic value of cancer-associated myofibroblasts in non-invasive bladder cancer 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2024.2438291 PMID:39698899	研究论文	研究分析了非肌肉浸润性膀胱癌（NMIBC）的肿瘤微环境（TME）组成和PD-L1表达，并探讨了癌症相关肌成纤维细胞（myoCAF）的预后价值	首次系统分析了NMIBC的肿瘤微环境组成，并揭示了myoCAF在预测疾病进展和复发中的潜在预后价值	研究样本量有限，且仅限于NMIBC患者，结果的普适性有待进一步验证	探讨NMIBC的肿瘤微环境特征及其在治疗预后中的作用	NMIBC患者的肿瘤和非肿瘤组织样本	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组学分析、组织微阵列	NA	组织	73名NMIBC患者及888名独立队列患者
5428	2024-12-20	VNN2 regulates hepatic steroid synthesis in response to dietary changes 2025-Feb-10, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.149128 PMID:39613052	研究论文	研究探讨了VNN2在鸡肝脏中对脂质代谢和类固醇合成的调控作用	首次揭示了VNN2通过上调MSMO1和FDPS促进类固醇合成的机制	研究仅在鸡肝脏中进行，未涉及其他物种或组织	研究VNN2在肝脏脂质代谢和类固醇合成中的具体功能	鸡肝脏中的VNN2表达及其对脂质代谢和类固醇合成的影响	NA	NA	RNA测序、qPCR、甘油三酯和总胆固醇检测	NA	RNA测序数据	使用了多个数据集，包括GSM5764402、GSM5764403、GSE128340、GSE129840和PRJEB44038
5429	2024-12-20	Neuropilin-1 is a novel host factor modulating the entry of hepatitis B virus 2025-Jan, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.06.032 PMID:38960374	研究论文	本研究探讨了神经纤毛蛋白-1（NRP1）作为乙型肝炎病毒（HBV）感染的新型宿主因子，通过与HBV preS1和NTCP相互作用调节HBV进入肝细胞的过程	首次发现NRP1作为HBV感染的新型宿主因子，通过与preS1和NTCP形成复合物调节HBV进入肝细胞	研究主要基于细胞模型和动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨其他宿主因子是否调节HBV感染过程	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠	NA	乙型肝炎	单细胞测序	NA	细胞	儿童肝活检样本、原代人肝细胞、HepG2-NTCP细胞和人肝嵌合小鼠
5430	2024-12-20	Clinical Implications of Basic Research: Exploring the Transformative Potential of Spatial 'Omics in Uro-oncology 2025-Jan, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2024.08.025 PMID:39227262	研究论文	本文探讨了空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的临床应用潜力	本文介绍了新的空间分子技术，通过绘制肿瘤的空间分子结构，揭示了肿瘤内部和周围的复杂异质性，为疾病的发展、进展、诊断和治疗提供了新的见解	当前的挑战包括试剂成本高、协议标准化和计算需求大	探索空间'组学技术在泌尿肿瘤学中的转化潜力，推动个性化癌症治疗的未来	泌尿系统肿瘤	数字病理学	泌尿系统肿瘤	空间转录组学，空间蛋白质组学	NA	基因组，转录组，蛋白质组	NA
5431	2024-12-20	Intrahepatic Exhausted Antiviral Immunity in an Immunocompetent Mouse Model of Chronic Hepatitis B 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.101412 PMID:39349249	研究论文	本文开发了一种免疫功能正常的慢性乙型肝炎（CHB）小鼠模型，用于研究肝内免疫动力学	本文首次开发了一种免疫功能正常的CHB小鼠模型，能够模拟患者肝内耗竭的抗病毒免疫反应，并展示了通过肝靶向TLR7激动剂恢复耗竭免疫细胞功能的可能性	本文仅在动物模型中进行了研究，尚未在人类患者中验证其结果	开发一种能够模拟慢性乙型肝炎患者肝内免疫动力学的小鼠模型，并探索潜在的治疗策略	慢性乙型肝炎小鼠模型的肝内免疫反应	NA	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6J同源FAH敲除小鼠
5432	2024-12-20	Identification of cell-type specificity, trans- and cis-acting functions of plant lincRNAs from single-cell transcriptomes 2025-Jan, The New phytologist DOI:10.1111/nph.20269 PMID:39550625	研究论文	本文通过单细胞转录组数据识别了植物lincRNAs的细胞类型特异性及其顺反作用功能	首次利用单细胞RNA测序技术在单细胞分辨率下研究植物lincRNAs的细胞类型特异性及其在细胞分化中的作用，并构建了一个在线平台PscLncRNA用于搜索和可视化这些lincRNAs	NA	研究植物lincRNAs在单细胞水平上的细胞类型特异性及其顺反作用功能	植物lincRNAs及其在细胞分化中的作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自水稻、拟南芥、番茄和玉米等多种植物组织的单细胞转录组数据
5433	2024-12-20	CCL4L2 participates in tendinopathy progression by promoting macrophage inflammatory responses: a single-cell analysis 2024-Dec-19, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-024-05268-9 PMID:39696421	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析CCL4L2在肌腱病进展中的作用，发现CCL4L2通过促进巨噬细胞的炎症反应参与肌腱病的进展	首次通过单细胞RNA测序揭示了CCL4L2在肌腱病中的作用，并验证了其通过激活M1相关炎症信号通路促进巨噬细胞极化和抑制肌腱干细胞分化的机制	研究仅在体外实验中验证了CCL4L2的作用，尚未在体内模型中进行验证	探讨CCL4L2在肌腱病进展中的作用及其机制	肌腱病中的巨噬细胞和肌腱干细胞	数字病理学	肌腱病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	疾病组和健康组的多个细胞亚群
5434	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous immune cell responses upon exposure to food additive (E171) titanium dioxide 2024-Dec-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03036-9 PMID:39696498	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了在暴露于食品添加剂二氧化钛（E171 TiO）后，免疫细胞的异质性反应	首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了不同免疫细胞亚群在暴露于E171 TiO后的转录组和免疫反应的异质性	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠作为模型，可能无法完全代表所有物种的免疫反应	探讨食品添加剂E171 TiO对免疫系统的细胞毒性和转录组影响	免疫细胞在暴露于E171 TiO后的异质性反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了32只Sprague-Dawley大鼠（16只处理组，16只对照组）
5435	2024-12-20	Zi Shen Wan Fang repaired blood-brain barrier integrity in diabetic cognitive impairment mice via preventing cerebrovascular cells senescence 2024-Dec-19, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-024-01041-6 PMID:39696612	研究论文	本研究探讨了Zi Shen Wan Fang（ZSWF）通过预防脑血管细胞衰老修复糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性的机制	首次揭示了ZSWF通过抑制Cdkn1a和衰老相关分泌表型（SASP）基因的表达，预防脑血管细胞衰老，从而修复血脑屏障完整性并改善认知功能	实验仅在动物模型上进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	揭示糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性破坏的机制，并阐明ZSWF修复血脑屏障完整性及改善认知功能的机制	糖尿病认知障碍小鼠及其血脑屏障完整性	NA	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫荧光分析，分子对接	NA	基因表达数据	糖尿病小鼠模型，ZSWF剂量为9.36和18.72 g/kg，持续8周
5436	2024-12-20	Statistical analysis supports pervasive RNA subcellular localization and alternative 3' UTR regulation 2024-Dec-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87517 PMID:39699003	研究论文	本文开发了一种名为SPRAWL的统计框架，用于检测小鼠大脑和肝脏中细胞类型特异性的RNA亚细胞定位调控，并研究了3' UTR长度与亚细胞定位之间的相关性	提出了新的统计框架SPRAWL，用于整合多组学单细胞分辨率的基因异构体测量，以优先筛选功能性3' UTR候选者	研究仅限于小鼠大脑和肝脏的数据，尚未在其他物种或组织中验证	研究RNA亚细胞定位及其与3' UTR调控的关系，并开发新的统计方法来分析这些关系	小鼠大脑和肝脏中的RNA亚细胞定位及3' UTR调控	基因组学	NA	空间转录组学技术	统计框架	基因表达数据	小鼠大脑和肝脏的单细胞数据
5437	2024-12-20	Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning 2024-Dec-19, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01025-6 PMID:39699801	研究论文	本文通过空间转录组学和机器学习探索了非小细胞肺癌（NSCLC）中肿瘤微环境相互作用和凋亡通路	本文首次结合空间转录组学和机器学习方法，深入研究了NSCLC中程序性细胞死亡的内在机制及其与肿瘤微环境的相互作用	本文主要依赖于数据库和基因数据，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	探索NSCLC中程序性细胞死亡的机制及其与肿瘤微环境的相互作用，寻找新的治疗靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	空间转录组学、单细胞测序、Mendelian随机化	机器学习算法	基因数据	使用GEO数据库和TCGA NSCLC基因数据，具体样本数量未明确提及
5438	2024-12-20	Lhx2 specifically expressed in hepatic stellate cells promotes liver regeneration and inhibits liver fibrosis 2024-Dec-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001201 PMID:39693275	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞中特异性表达的转录因子Lhx2在促进肝再生和抑制肝纤维化中的作用及其分子机制	首次揭示了Lhx2在肝星状细胞中具有促进再生和抑制纤维化的双重功能，并阐明了其调控机制	NA	识别肝星状细胞中同时促进再生和抑制纤维化的特定靶点，并阐明其分子机制	肝星状细胞中的转录因子Lhx2及其在肝再生和纤维化中的作用	NA	肝病	RNA-seq	NA	RNA	急性肝损伤和慢性肝损伤的小鼠模型，以及健康和纤维化肝脏组织的肝星状细胞
5439	2024-12-20	Adenoviral-vectored neoantigen vaccine augments hyperexpanded CD8+ T cell control of tumor challenge in mice 2024-Dec-18, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009644 PMID:39694702	研究论文	本研究探讨了腺病毒载体的新抗原疫苗在增强小鼠肿瘤免疫控制中的作用	首次评估了腺病毒载体在传递新抗原疫苗中的效用，并展示了其相较于肽疫苗在诱导CD8+ T细胞免疫反应和肿瘤控制方面的优势	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	评估腺病毒载体新抗原疫苗在肿瘤免疫控制中的效果	腺病毒载体新抗原疫苗与肽疫苗在肿瘤免疫控制中的比较	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA	小鼠模型
5440	2024-12-20	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-Dec-18, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	研究论文	本文研究了在抗中性粒细胞胞质抗体（ANCA）相关性肾小球肾炎（AGN）中，肾脏巨噬细胞亚群如何介导炎症和纤维化	首次通过单细胞转录组分析揭示了AGN中肾脏巨噬细胞的多样性，并识别出与疾病相关的特定巨噬细胞亚型	研究样本仅来自少数患者，可能限制了结果的普遍性	探讨肾脏巨噬细胞在ANCA相关性肾小球肾炎中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	25485个高质量的肾脏CD45+免疫细胞来自5名AGN患者