单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5401	2025-02-06	Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression 2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awae249 PMID:39045638	研究论文	本文通过单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉转录组的变化，以及与疾病进展相关的早期异常	首次应用单核RNA测序技术分析LOPD患者肌肉活检样本，结合GeoMx空间转录组学技术，揭示了肌肉细胞核内的转录异质性及疾病进展的分子机制	样本量较小（8名患者和4名健康对照），且研究结果需要进一步验证	研究晚发型庞贝病（LOPD）患者肌肉损伤的分子机制及疾病进展的早期标志物	8名LOPD患者和4名年龄和性别匹配的健康对照的肌肉活检样本	数字病理学	庞贝病	单核RNA测序，GeoMx空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	8名LOPD患者和4名健康对照的肌肉活检样本
5402	2025-02-06	VICTOR: Validation and inspection of cell type annotation through optimal regression 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.028 PMID:39296808	研究论文	本文介绍了一种名为VICTOR的新方法，用于通过最优回归验证和检查细胞类型注释	VICTOR通过弹性网络正则化回归和最优阈值来评估细胞注释的置信度，优于现有方法	未明确提及具体局限性	评估单细胞RNA测序数据中细胞注释的可靠性	单细胞RNA测序数据中的细胞注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	弹性网络正则化回归	单细胞RNA测序数据	多种单细胞数据集，包括平台内、跨平台、跨研究和跨组学设置
5403	2025-02-06	AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae166 PMID:39660254	研究论文	本文提出了一种名为AnnoGCD的计算框架，用于单细胞RNA测序数据中的自动细胞类型注释	结合广义类别发现（GCD）和异常检测（AD），提出了一种半监督方法，能够准确分类已知细胞类型并发现新细胞类型	依赖于标记和未标记数据的结合，可能在某些数据稀缺的情况下表现受限	解决单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的挑战	人类和小鼠的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	半监督学习	单细胞RNA测序数据	五个人类scRNA-seq数据集和一个小鼠模型图谱
5404	2024-12-21	Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae179 PMID:39703422	研究论文	本文提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种不同的转录模式	首次利用椭圆参数化方法分析双模态单细胞RNA测序数据，揭示了四种转录模式，这些模式反映了剪接、转录或降解速率的变化	研究仅在细胞周期和结直肠癌数据集上进行了验证，需要进一步在更多数据集上验证其普适性	探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式，以揭示基因表达分析中未被发现的基因	双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式	基因组学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	细胞周期和结直肠癌数据集
5405	2025-02-06	Improved characterization of 3' single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing 2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae175 PMID:39703419	研究论文	本文评估了Element Biosciences的'亲和力基础化学'DNA测序技术，在单细胞RNA测序中通过引物进行准确配对末端读取对齐和多聚腺苷酸化位点精确量化的能力	使用Element Aviti仪器通过胸腺嘧啶均聚物进入后续cDNA序列进行测序，无需检测到准确性损失，直接独立地将读取分配到多聚腺苷酸化位点，绕过了传统方法的复杂性和限制	尽管在扩展读取长度的情况下，无论平台如何，都需要对适配器修剪和序列对齐进行必要的调整，但并未一致提高读取映射率	改进3'单细胞RNA测序文库的表征，特别是多聚腺苷酸化位点的测量	单细胞RNA测序文库	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，亲和力基础化学DNA测序	NA	DNA序列数据	NA
5406	2025-02-06	Circulating Adenoid Cystic Carcinoma associated MYB transcripts enable rapid and sensitive detection of metastatic disease in blood liquid biopsies 2024-Dec, The journal of liquid biopsy DOI:10.1016/j.jlb.2024.100276 PMID:39801676	研究论文	本研究开发了一种基于qPCR的检测方法，通过监测血液中MYB转录本的水平来检测腺样囊性癌（ACC）的转移	利用肿瘤特异性MYB表达特征，开发了一种敏感、经济且微创的诊断测试，用于早期检测ACC的转移	样本量较小，特别是转移性ACC组仅有5例样本	开发一种通过血液液体活检检测腺样囊性癌（ACC）转移的快速且敏感的方法	腺样囊性癌（ACC）患者及健康对照组的血液样本	数字病理学	腺样囊性癌	qPCR, scRNA-seq	NA	血液样本	49例样本（23例健康对照，15例无病ACC患者，6例局部ACC患者，5例转移性ACC患者）
5407	2024-11-15	Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments 2024-Nov-08, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10053-2 PMID:39514125	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5408	2025-02-06	ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm 2024-Nov-07, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-10050-5 PMID:39508893	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了与腹主动脉瘤（AAA）中CD4+ T细胞浸润相关的生物标志物，特别是NUPR1基因	首次将NUPR1基因与AAA中CD4+ T细胞浸润联系起来，并验证了其在血管平滑肌细胞中的表达及其对AAA直径的影响	研究主要依赖于GEO数据库的现有数据，且实验验证部分样本量可能有限	识别与AAA中CD4+ T细胞浸润相关的分子标志物，以提高AAA的诊断和治疗策略	腹主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qPCR，免疫组化，免疫荧光	NA	RNA测序数据	NA
5409	2025-02-06	Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion 2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03851-x PMID:39487896	研究论文	本文研究了肿瘤细胞上的Ly6E如何通过影响肿瘤微环境中的M2巨噬细胞来抑制抗肿瘤T细胞反应	首次揭示了Ly6E通过促进M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的积累，导致CD8+ T细胞排斥的免疫调节机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨Ly6E在肿瘤微环境中的免疫调节机制及其对癌症免疫治疗的影响	人类乳腺癌组织和肿瘤细胞系，以及小鼠肿瘤模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	小鼠肿瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类乳腺癌组织样本、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型
5410	2025-02-06	Overcoming barriers to single-cell RNA sequencing adoption in low- and middle-income countries 2024-Oct, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-024-01564-4 PMID:38565638	评论	本文讨论了在低收入和中等收入国家（LMICs）中采用单细胞RNA测序技术的障碍及其克服方法	强调了在基因组和单细胞转录组研究中实现祖先包容性的重要性，并提出了在LMICs中建立、扩展和采用单细胞测序研究的合作努力	未具体提及研究的局限性	探讨如何在低收入和中等收入国家中克服单细胞RNA测序技术的采用障碍	低收入和中等收入国家的研究人员和捐赠者	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
5411	2025-02-06	Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model 2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05952-7 PMID:39294534	研究论文	本研究通过生物信息学方法筛选和识别宫颈癌的易感基因，并构建了一个与线粒体自噬相关基因（MRGs）的诊断模型，旨在提高对疾病发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	通过单细胞RNA测序数据提取MRGs，并基于细胞间相互作用数据构建网络图，利用机器学习算法构建临床预后模型，并通过大量临床数据进行验证和优化	NA	提高对宫颈癌发病机制的理解并改善早期诊断和治疗	宫颈癌患者和对照组的基因组数据	生物信息学	宫颈癌	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、通路富集分析	机器学习算法	基因表达谱、单核苷酸多态性（SNP）数据	NA
5412	2025-02-06	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	本文提出了一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合多条件和多模态的单细胞时间序列数据	Sunbear框架能够填补单细胞时间序列数据中的缺失，对齐多数据集和多模态数据，并预测缺失模态的单细胞数据	由于单细胞测量的破坏性，无法捕捉特定细胞的完整时间轨迹	研究小鼠胚胎发育过程中多条件和多模态单细胞时间序列数据的建模	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	Sunbear	单细胞时间序列数据	NA
5413	2025-02-06	Stem-like T cells in cancer and autoimmunity 2024-08, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13356 PMID:38804499	综述	本文综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其发现背景	综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的双重作用，并探讨了微生物群和代谢对干细胞样T细胞池的影响	NA	探讨干细胞样T细胞在癌症和自身免疫中的作用及其临床治疗策略	干细胞样T细胞	NA	癌症, 自身免疫	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 谱系追踪技术	NA	NA	NA
5414	2025-02-06	BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae432 PMID:39242194	研究论文	本文提出了一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架（BANMF-S），用于单细胞RNA测序数据中的技术零值填补	BANMF-S通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络，结合外部PPI网络和最小生成树，增强潜在空间中相似基因和细胞对的一致性，并采用分块策略通过分布式随机梯度下降法加速优化	NA	解决单细胞RNA测序数据中的技术零值问题，提高下游聚类和伪轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	公开可用的数据集，具体样本数量未明确说明
5415	2025-02-06	Preoperative electroacupuncture versus sham electroacupuncture for the treatment of postoperative ileus after laparoscopic surgery for colorectal cancer in China: a study protocol for a multicentre, randomised, sham-controlled trial 2024-07-05, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-083460 PMID:38969370	研究论文	本研究旨在评估术前电针与假电针对结直肠癌腹腔镜手术后肠梗阻（POI）的治疗效果	采用多中心、随机、假对照试验设计，结合单细胞RNA测序技术探讨电针治疗POI的机制	样本量较小（80例患者），且仅在中国进行，可能限制结果的普遍性	评估术前电针对POI恢复的促进作用	结直肠癌腹腔镜手术后出现POI的患者	数字病理	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	80例患者
5416	2025-02-06	Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07563-1 PMID:38898271	研究论文	本文提出了一种多尺度方法，利用转录组信息和空间上下文在亚细胞水平自动分类细胞类型	首次提出直接利用亚细胞分辨率的转录组信息进行细胞类型注释的方法，并通过拓扑管道识别细胞空间关系	依赖于转录组数据的质量和空间分辨率，可能受限于样本的异质性	开发一种在亚细胞水平自动分类细胞类型的方法，并应用于人类肾脏组织和小鼠免疫细胞	人类肾脏组织和小鼠免疫细胞	空间转录组学	狼疮性肾炎	空间转录组技术	多尺度拓扑方法	转录组数据和空间数据	人类肾脏组织和小鼠免疫细胞样本
5417	2025-02-06	Acquisition of Drug Resistance in Basal Cell Nevus Syndrome Tumors through Basal to Squamous Cell Carcinoma Transition 2024-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.040 PMID:38157930	研究论文	本研究探讨了基底细胞痣综合征肿瘤通过基底细胞向鳞状细胞癌转变获得药物耐药的机制	首次结合多组学和空间转录组学技术，定义了Gorlin综合征患者中SMO抑制剂耐药肿瘤的细胞和组织水平特征，并提出了PCYT2、ETNK1及磷脂酰乙醇胺生物合成途径作为基底细胞向鳞状细胞癌转变耐药的遗传抑制因子	研究仅基于一个长期使用SMO抑制剂治疗的Gorlin综合征患者的耐药肿瘤案例，样本量较小	探究Gorlin综合征患者中SMO抑制剂耐药肿瘤的耐药机制	Gorlin综合征患者的SMO抑制剂耐药肿瘤	肿瘤学	基底细胞癌	多组学、空间转录组学、空间全外显子基因组分析	NA	基因组数据、转录组数据	一个Gorlin综合征患者的耐药肿瘤样本
5418	2025-02-06	Single-cell transcriptomics: background, technologies, applications, and challenges 2024-Apr-30, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09553-y PMID:38689046	综述	本文综述了单细胞转录组学技术的最新进展，包括技术方法、工作流程、数据处理统计方法及其潜在应用和挑战	介绍了单细胞转录组学技术的最新进展，包括空间转录组学和多组学的切入点	单细胞测序技术的高成本和技术限制最初阻碍了其广泛应用	探讨单细胞转录组学技术的应用、机会和挑战	单细胞转录组学技术及其应用	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
5419	2025-02-06	Maternal factor Trim75 contributes to zygotic genome activation program in mouse early embryos 2024-Apr-20, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-024-09349-0 PMID:38643284	研究论文	本研究探讨了母源因子Trim75在小鼠早期胚胎合子基因组激活（ZGA）中的作用	首次将Trim75识别为次要ZGA的潜在驱动因子，并揭示了其通过招募EP300和建立H3K27ac在基因体内促进哺乳动物胚胎植入前发育的机制	研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，未直接在人类胚胎中验证Trim75的功能	阐明母源因子在哺乳动物合子基因组激活中的作用	小鼠早期胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	基于已发表的小鼠胚胎干细胞单细胞RNA测序数据
5420	2025-02-06	Immune microniches shape intestinal Treg function 2024-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07251-0 PMID:38570678	研究论文	本文研究了肠道免疫系统中T调节细胞（Treg）功能的空间机制，特别是在耐受和炎症条件下的微环境作用	通过活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了肠道固有层中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	研究主要聚焦于Helicobacter hepaticus反应性T细胞，可能不适用于其他微生物或抗原的反应	探索肠道免疫系统中Treg细胞功能的空间机制及其在炎症条件下的变化	Helicobacter hepaticus反应性T细胞	免疫学	炎症性疾病	活体成像、光激活引导的单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	NA