单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5401	2024-12-18	scVAG: Unified single-cell clustering via variational-autoencoder integration with Graph Attention Autoencoder 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40732 PMID:39687165	研究论文	本文提出了一种名为scVAG的深度学习框架，结合变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE），用于增强单细胞聚类分析	scVAG通过集成VAE和GATE，实现了更灵活的潜在空间编码，并取代了传统的线性主成分分析（PCA），更适合处理单细胞RNA测序数据	NA	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	变分自编码器（VAE）和图注意力自编码器（GATE）	数据矩阵	20个数据集
5402	2024-12-18	Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.11.005 PMID:39658541	研究论文	研究探讨了化疗对高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中T细胞耗竭的影响，揭示了化疗诱导的髓系细胞驱动的空间性T细胞耗竭现象	首次揭示了化疗后髓系细胞网络（Myelonets）对CD8 T细胞耗竭的影响，并发现NECTIN2-TIGIT信号通路在化疗诱导的T细胞耗竭中的作用	研究样本量有限，且仅针对高级别浆液性卵巢癌，可能无法推广到其他类型的癌症	探讨化疗对高级别浆液性卵巢癌中抗肿瘤免疫的影响，并寻找潜在的免疫治疗策略	高级别浆液性卵巢癌样本中的免疫细胞状态及其在化疗前后的变化	数字病理学	卵巢癌	单细胞和空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	117个高级别浆液性卵巢癌样本，包括化疗前后的样本
5403	2024-12-18	Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model 2024-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313113 PMID:39684829	研究论文	本研究探讨了雌激素受体阳性（ER+）乳腺癌模型中性别特异性免疫特征	首次通过单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学和流式细胞术揭示了雌激素受体阳性乳腺癌模型中性别特异性的激素和免疫微环境差异	研究仅限于小鼠模型，结果是否适用于人类乳腺癌患者尚需进一步验证	探讨乳腺癌模型中性别特异性的免疫反应及其对肿瘤进展和生存的影响	雌激素受体阳性乳腺癌模型中的性别特异性免疫特征	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、全切片免疫组织化学、流式细胞术	NA	基因表达数据、组织图像、细胞数据	雌性和雄性ER+乳腺癌小鼠模型
5404	2024-12-18	Single-Cell RNA Sequencing of PBMCs Identified Junction Plakoglobin (JUP) as Stratification Biomarker for Endometriosis 2024-Dec-05, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313071 PMID:39684780	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现Junction Plakoglobin (JUP)作为诊断和分层标志物的潜力	首次构建了子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的单细胞图谱，并发现JUP在子宫内膜异位症和卵巢癌患者血清中的显著升高，增强了诊断的特异性	敏感性较低，仅为19%	识别子宫内膜异位症患者外周血单核细胞的独特特征，并开发非侵入性早期诊断工具	子宫内膜异位症患者的外周血单核细胞和JUP作为诊断标志物	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	107,964个细胞和199名患者（包括20名卵巢癌患者）
5405	2024-12-18	Characterization of an Activated Metabolic Transcriptional Program in Hepatoblastoma Tumor Cells Using scRNA-seq 2024-Dec-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313044 PMID:39684755	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢转录程序，并使用机器学习方法建立了肿瘤表达代谢评分	首次在单细胞水平上验证了肝母细胞瘤肿瘤细胞中激活的代谢转录程序，并识别出一系列具有预测价值的代谢酶	研究仅限于肝母细胞瘤，未探讨其他类型的儿童肝癌	探讨肝母细胞瘤中代谢重编程的分子机制	肝母细胞瘤肿瘤细胞中的代谢酶表达	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	Elasticnet	RNA	使用了GSE104766和GSE131329数据集的bulk RNA测序数据，以及GSE180665数据集的单细胞转录组数据
5406	2024-12-18	Tackling the Complexity of Spatial Transcriptomics Data Interpretation with Large Language Models 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.28.625773 PMID:39677817	研究论文	本研究探讨了大型语言模型（LLMs）在空间转录组数据分析和解释中的潜力，特别是在小鼠黑色素瘤肿瘤模型中的应用	本研究展示了LLMs在空间转录组数据分析中的潜力，能够结合高级模式识别与广泛的知识整合，增强数据解释能力	目前的工作流程尚需进一步开发以实现可扩展性	探索LLMs在空间转录组数据解释中的应用，以加速将空间转录组数据转化为生物学见解	小鼠黑色素瘤肿瘤模型的空间转录组数据	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组	LLM（大型语言模型）	基因表达数据	小鼠黑色素瘤肿瘤模型
5407	2024-12-18	Identification of a Highly Functional Effector CD8 + T Cell Program after Transplantation in Mice and Humans 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.26.625263 PMID:39677722	研究论文	研究在移植后的小鼠和人类中，CD8+ T细胞在急性排斥反应中的功能和命运	首次发现CD43 1B11信号在移植排斥反应中的作用，并证明CD43 1B11单克隆抗体治疗可以克服大多数小鼠的共刺激阻断诱导的耐受性	研究主要集中在小鼠模型和少数人类样本上，可能无法完全反映人类移植排斥反应的复杂性	探讨CD8+ T细胞在移植排斥反应中的作用及其在急性排斥反应中的命运	小鼠和人类移植后的CD8+ T细胞	NA	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠和人类样本
5408	2024-12-18	The Immunoregulatory Architecture of the Adult Oral Cavity 2024-Dec-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.01.626279 PMID:39677739	研究论文	本文首次展示了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，通过单细胞RNA测序和空间图谱技术揭示了口腔免疫调节的细胞和分子结构	首次整合了人类成年口腔和颅面组织的综合图谱，并开发了AstroSuite软件包用于分析细胞邻域和多细胞相互作用模块	研究主要集中在健康状态下的口腔组织，对疾病状态下的变化研究较少	深入理解口腔组织的免疫调节结构，为精准医学提供基础	人类成年口腔和颅面组织的细胞、分子和空间结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	约250,000个细胞，来自70个样本，涵盖13个微环境
5409	2024-12-18	Innovative Insights into Single-Cell Technologies and Multi-Omics Integration in Livestock and Poultry 2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312940 PMID:39684651	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与多组学整合技术在畜禽研究中的应用	强调了scRNA-seq与表观组学、蛋白质组学和空间转录组学数据的结合，提供了多维度的分析方法	NA	探讨单细胞技术和多组学整合在畜禽研究中的应用	畜禽中的关键物种，包括家禽、猪和反刍动物	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
5410	2024-12-18	The Immunomodulatory Effects of Vitamin D on COVID-19 Induced Glioblastoma Recurrence via the PI3K-AKT Signaling Pathway 2024-Dec-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312952 PMID:39684661	研究论文	本研究探讨了维生素D通过PI3K-AKT信号通路对COVID-19诱导的胶质母细胞瘤复发的免疫调节作用	本研究通过整合生物信息学方法，揭示了维生素D与COVID-19在胶质母细胞瘤中的分子相互作用，并确定了关键的预后基因	本研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨COVID-19与胶质母细胞瘤之间的分子相互作用，并研究维生素D的免疫调节作用	COVID-19感染的胶质母细胞瘤患者	NA	脑癌	生物信息学方法，包括富集分析、生存分析和分子对接	NA	基因表达数据	203个共同差异表达基因，6个预后关键基因
5411	2024-12-18	Fibroblast growth factor 2 enhances BMSC stemness through ITGA2-dependent PI3K/AKT pathway activation 2024-Dec, Journal of cellular physiology IF:4.5Q1 DOI:10.1002/jcp.31423 PMID:39188080	研究论文	研究探讨了成纤维细胞生长因子2（FGF2）通过ITGA2依赖的PI3K/AKT通路激活增强骨髓间充质干细胞（BMSC）干性的机制	首次揭示了FGF2通过上调ITGA2表达并通过PI3K/AKT信号通路增强BMSC干性的机制	研究主要在体外实验中进行，尚未在体内环境中验证其效果	探讨增强BMSC干性的策略以提高其在临床治疗中的疗效	骨髓间充质干细胞（BMSC）及其干性维持机制	干细胞生物学	NA	转录组学和单细胞测序	NA	转录组数据	多个BMSC样本
5412	2024-12-18	Specialized metabolism in St John's wort 2024-Dec, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2024.102625 PMID:39236592	研究论文	本文研究了圣约翰草（Hypericum perforatum L.）的特殊代谢，特别是其标志性生物活性化合物hyperforin和hypericin的生物合成	本文揭示了圣约翰草中多种代谢物的生物合成途径，并发现了新的酶如hyperforin合酶，为药物开发提供了可扩展的生物活性化合物生产方法	NA	研究圣约翰草的特殊代谢及其生物活性化合物的生物合成途径	圣约翰草（Hypericum perforatum L.）及其生物活性化合物hyperforin和hypericin	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5413	2024-12-18	Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals cellular heterogeneity of hedgehog pathway in gastric cancer 2024-Dec, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00297-0 PMID:39251886	研究论文	本研究结合单细胞测序数据和空间转录组学，深入探讨了hedgehog通路在胃癌中的作用	首次通过结合单细胞测序和空间转录组学，揭示了hedgehog通路在胃癌中的细胞异质性，并发现了CCND1在肿瘤相关成纤维细胞形成中的重要作用	研究主要基于单细胞和空间转录组数据，缺乏体内实验验证	探讨hedgehog通路在胃癌中的作用，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的hedgehog通路及相关成纤维细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序，空间转录组学	NA	转录组数据	未明确具体样本数量
5414	2024-12-18	Single-cell transcriptomics and tissue metabolomics uncover mechanisms underlying wooden breast disease in broilers 2024-Dec, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2024.104433 PMID:39489032	研究论文	研究通过单细胞转录组学和组织代谢组学揭示了肉鸡木胸病的发病机制	首次综合分析了鸡木胸肌肉的转录组和代谢组，发现了木胸肌肉中独特的巨噬细胞簇（第11簇），并揭示了木胸病发生时细胞间相互作用网络的减弱以及关键差异代谢物的变化	研究主要集中在转录组和代谢组分析，未深入探讨木胸病的具体分子机制	揭示肉鸡木胸病的病理生理机制	肉鸡木胸肌肉的基因表达、细胞间相互作用及代谢物变化	数字病理学	肌肉疾病	单细胞转录组学、代谢组学	NA	转录组数据、代谢组数据	NA
5415	2024-12-18	SDC4 protein action and related key genes in nonhealing diabetic foot ulcers based on bioinformatics analysis and machine learning 2024-Dec, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.137789 PMID:39557273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、转录组分析和机器学习方法，识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4及其相关基因	首次通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别了非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因SDC4，并构建了高精度和稳定性的预测模型	研究仅基于GEO数据库中的数据，未进行体内或体外实验验证	识别非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因，并探讨其分子机制和信号通路变化	非愈合性糖尿病足溃疡中的关键基因及其相关细胞类型	机器学习	糖尿病	单细胞RNA测序、转录组分析、LASSO回归算法	LASSO回归	基因表达数据	使用了GSE165816、GSE134431和GSE143735三个数据集
5416	2024-12-18	Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00313-z PMID:39567827	研究论文	研究探讨了2型糖尿病患者与非糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的调控结构差异	结合单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术，首次揭示了2型糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的染色质可及性和基因表达差异，并发现了与糖尿病相关的性别和细胞类型特异性变异	研究样本量较小，且仅限于人类胰腺胰岛，可能无法全面反映所有性别和细胞类型的差异	探讨2型糖尿病患者与非糖尿病患者胰腺胰岛中性别特异性的调控机制	2型糖尿病患者与非糖尿病患者的胰腺胰岛	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核ATAC测序（snATAC-seq）	NA	基因表达数据、染色质可及性数据	52名捐赠者（包括2型糖尿病患者和非糖尿病患者）
5417	2024-11-22	Author Correction: Single-cell transcriptomics stratifies organoid models of metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00308-w PMID:39567832	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5418	2024-12-18	Exploring T Cell and NK Cell Involvement in Ankylosing Spondylitis Through Single-Cell Sequencing 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70206 PMID:39680481	研究论文	通过单细胞测序技术探索强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的参与机制	首次通过单细胞测序技术揭示了强直性脊柱炎中T细胞和NK细胞的关键作用，并发现了CD74基因在T细胞中的上调表达以及巨噬细胞迁移抑制因子信号通路在细胞间相互作用中的显著表达	研究样本量较小，仅包括三名强直性脊柱炎患者和三名非患者，可能影响结果的普适性	揭示强直性脊柱炎的复杂免疫机制，为识别新的治疗靶点和创新疗法奠定基础	强直性脊柱炎患者的骨髓细胞样本	数字病理学	强直性脊柱炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	三名强直性脊柱炎患者和三名非患者的骨髓细胞样本
5419	2024-12-18	Cellular and Molecular Basis of Environment-Induced Color Change in a Tree Frog 2024-Dec-01, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14233472 PMID:39682437	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术探讨了树蛙皮肤颜色变化的细胞和分子机制	首次揭示了形态学颜色变化（MCC）在树蛙背景适应中的主导作用，并发现色素细胞的数量比单个细胞的转录活性对颜色变化的影响更大	研究对象仅限于一种树蛙，可能无法完全推广到其他物种	探讨环境诱导下树蛙皮肤颜色变化的细胞和分子机制	树蛙的皮肤色素细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未明确说明具体样本数量
5420	2024-12-18	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveals HSD3B7 as a Prognostic Biomarker and Potential Therapeutic Target in ccRCC 2024-Dec-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312929 PMID:39684640	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了HSD3B7作为ccRCC的预后生物标志物和潜在治疗靶点	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出HSD3B7作为ccRCC的新型生物标志物，并验证了其在肿瘤进展中的作用	研究主要基于公开数据集，可能存在样本偏倚；功能研究仅限于体外和体内实验，缺乏临床验证	识别与ccRCC进展和预后相关的关键生物标志物，并探索其作为治疗靶点的潜力	ccRCC的肿瘤进展和预后生物标志物	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	基因表达数据	单细胞数据来自公开数据集，批量RNA-seq数据来自TCGA的ccRCC样本