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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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5381 | 2025-10-06 |
UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing
2025-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02586-y
PMID:39833568
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研究论文 | 开发了一种通用的液滴微流控组合索引方法UDA-seq,用于大规模多模态单细胞测序 | 通过引入后索引步骤增强通量,并系统适配现有基于液滴的单细胞多模态方法,实现单次实验从数十个临床活检样本生成超过10万个高质量单细胞数据集 | NA | 开发通用型单细胞多模态测序工作流程,提高自动化程度和临床适用性 | 多种组织和细胞类型,包括临床活检标本 | 单细胞测序技术 | 癌症 | 单细胞多模态测序,液滴微流控技术 | NA | 单细胞多模态数据(RNA、VDJ、染色质、CRISPR扰动) | 从36个冷冻临床活检标本中生成超过100,000个高质量单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | 液滴微流控平台 |
5382 | 2025-10-06 |
Exploring the Mechanisms of Microenergy Acoustic Pulse Therapy for the Treatment of Female Stress Urinary Incontinence-Part II
2025-Jun, Neurourology and urodynamics
IF:1.8Q3
DOI:10.1002/nau.70048
PMID:40338807
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探索微能量声脉冲疗法治疗雌性压力性尿失禁的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下研究MAP疗法对尿道组织微环境中细胞异质性和信号通路的影响 | 研究基于动物模型,结果需在临床试验中验证 | 探索MAP疗法治疗压力性尿失禁的作用机制 | 阴道分娩损伤诱导的压力性尿失禁大鼠模型 | 单细胞测序 | 压力性尿失禁 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 压力性尿失禁大鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5383 | 2025-10-06 |
Pioneer factor ETV2 safeguards endothelial cell specification by recruiting the repressor REST to restrict alternative lineage commitment
2025-Jun, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00660-y
PMID:40495012
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研究论文 | 本研究揭示了先驱因子ETV2通过招募抑制因子REST来限制替代谱系承诺,从而保障内皮细胞定向分化的机制 | 首次在单细胞分辨率下阐明ETV2通过招募转录抑制因子REST来抑制非内皮细胞谱系基因的创新机制 | 研究主要基于体外诱导多能干细胞模型,尚未在体内发育环境中验证 | 探索ETV2调控内皮细胞谱系定向分化的分子机制 | 人诱导多能干细胞来源的中胚层祖细胞 | 发育生物学 | NA | CUT&RUN, 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 基因组学数据, 表观基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
5384 | 2025-10-06 |
[Single-cell transcriptomics combined with bioinformatics for comprehensive analysis of macrophage subpopulations and hub genes in ischemic stroke]
2025-Jun, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:40525338
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研究论文 | 通过单细胞转录组学结合生物信息学方法分析缺血性脑卒中中巨噬细胞亚群特征及关键基因 | 首次结合单细胞RNA测序和hdWGCNA方法鉴定缺血性脑卒中特异性巨噬细胞亚群(MSM),并发现三个具有诊断价值的关键基因 | NA | 探索缺血性脑卒中中巨噬细胞亚群的特征及其在疾病中的作用机制 | 缺血性脑卒中模型中的巨噬细胞 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞RNA测序, 高维加权基因共表达网络分析, 细胞间通讯分析, 伪时间轨迹分析, 基因集富集分析 | NA | 单细胞转录组数据, 微阵列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5385 | 2025-10-06 |
Identification of an Immune-Related Gene Signature for Prognostic Prediction in Glioblastoma: Insights from Integrated Bulk and Single-Cell RNA Sequencing
2025-May-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17111799
PMID:40507280
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研究论文 | 本研究通过整合分析bulk和单细胞RNA测序数据,识别了一个与胶质母细胞瘤预后相关的五基因免疫特征 | 首次结合bulk和单细胞RNA测序数据构建胶质母细胞瘤巨噬细胞相关预后特征,揭示了该特征在肿瘤相关巨噬细胞中的特异性表达模式 | 研究样本量有限,需要进一步实验验证基因特征的功能机制 | 识别与胶质母细胞瘤预后和免疫调控相关的基因特征 | 胶质母细胞瘤患者样本 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | 预后特征模型 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5386 | 2025-10-06 |
TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice
2025-05-21, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxaf005
PMID:40401698
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研究论文 | 本研究探讨了肾小球巨噬细胞中TLR7信号在加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎进展中的作用机制 | 首次揭示肾小球巨噬细胞中TLR7信号通过诱导CD31表达、IL-1β产生和补体因子B表达等机制直接促进肾小球肾炎进展 | 研究仅限于NZBWF1小鼠模型,未在人类样本中验证 | 阐明巨噬细胞TLR7信号在肾小球肾炎发病机制中的具体作用 | NZBWF1小鼠模型的肾小球巨噬细胞 | 免疫学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术 | TLR7基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | NZBWF1小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5387 | 2025-10-06 |
Circadian clock-gated cell renewal controls time-dependent changes in taste sensitivity
2025-May-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2421421122
PMID:40339128
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠舌上皮细胞类型的昼夜节律性变化,发现生物钟调控的细胞周期进程驱动味觉细胞群体的时间依赖性变化 | 首次发现味觉细胞群体存在昼夜节律性变化,并证明这种变化由生物钟调控的细胞周期进程驱动,影响味觉敏感性的时间依赖性变化 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类或其他物种中验证 | 探究生物钟调控的细胞更新如何影响味觉敏感性的时间依赖性变化 | 小鼠舌上皮细胞,特别是II型味觉细胞和味蕾干细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,味蕾类器官培养,基因敲低,味觉测试 | NA | 单细胞转录组数据,行为学数据 | 小鼠舌上皮细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5388 | 2025-10-06 |
scValue: value-based subsampling of large-scale single-cell transcriptomic data for machine and deep learning tasks
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf279
PMID:40515392
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研究论文 | 提出了一种基于数据价值的大规模单细胞转录组数据子采样方法scValue,用于优化机器学习和深度学习任务性能 | 使用随机森林模型的袋外估计对单个细胞进行'数据价值'排序,优先选择高价值细胞,并为数据价值变异度高的细胞类型分配更多代表性 | NA | 开发高效的大规模单细胞转录组数据子采样方法,以提升下游机器学习和深度学习任务性能 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林, 多种ML/DL模型 | 单细胞转录组数据 | 16个公共数据集,从数万到数百万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5389 | 2025-10-06 |
An abnormal increase in CD26(-)CD28(-) cytotoxic effector CD4 and CD8 T cell populations in patients with systemic lupus erythematosus
2025-02-04, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxae062
PMID:39383111
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研究论文 | 本研究通过分析系统性红斑狼疮患者外周血中CD26(-)CD28(-)细胞毒性T细胞亚群的异常扩增及其特征 | 首次发现SLE患者中CD26(-)CD28(-)细胞毒性CD4和CD8 T细胞亚群的异常扩增,并通过单细胞RNA测序揭示其与自然杀伤T细胞相似的特征 | 样本量相对有限(57例患者和31例健康志愿者),CD26 T细胞表面表达减少在SLE病理中的作用机制尚未完全阐明 | 探究系统性红斑狼疮患者中CD26(-)T细胞亚群的组成特征及其临床意义 | 57例系统性红斑狼疮患者和31例健康成年志愿者的外周血单个核细胞 | 免疫学 | 系统性红斑狼疮 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 57例SLE患者和31例健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5390 | 2025-10-06 |
SpatialSNV: A novel method for identifying and analyzing spatially resolved SNVs in tumor microenvironments
2025-Jan-06, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaf065
PMID:40515555
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研究论文 | 开发了一种名为SpatialSNV的新方法,用于在肿瘤微环境中识别和分析空间解析的单核苷酸变异 | 首次将空间转录组学与SNV分析相结合,能够识别具有空间模式的SNV群组并发现肿瘤边界特异性突变 | NA | 探索SNV在肿瘤微环境形成中的作用机制并识别潜在治疗靶点 | 肿瘤组织切片中的单核苷酸变异及其空间分布 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5391 | 2025-10-06 |
Enhanced Spatial Transcriptomics Analysis of Mouse Lung Tissues Reveals Cell-Specific Gene Expression Changes Associated with Pulmonary Hypertension
2025, Journal of respiratory biology and translational medicine
DOI:10.70322/jrbtm.2025.10004
PMID:40502298
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研究论文 | 开发了一种使用10X Genomics Xenium平台对小鼠肺组织进行高分辨率空间转录组学分析的优化方法 | 比较了固定冷冻和新鲜冷冻两种组织处理方法,开发了室温下使用自由漂浮技术将薄肺切片安装到Xenium载玻片上的方法,保留了组织完整性并最大化成像区域 | 仅使用了预设计的379个小鼠基因面板,可能未覆盖所有相关基因表达变化 | 建立优化的空间转录组学方法以研究肺动脉高压中的细胞特异性基因表达变化 | 小鼠肺组织,特别是肺动脉高压模型中的各种肺细胞类型 | 空间转录组学 | 肺动脉高压 | 多重荧光原位杂交(FISH),高通量成像,差异基因表达分析 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | NA | 10X Genomics | 空间转录组学 | 10X Genomics Xenium | Xenium载玻片,预设计379基因小鼠面板 |
5392 | 2025-10-06 |
Survey of transcriptome analyses of hippocampal neurogenesis with focus on adult dentate gyrus stem cells
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1605116
PMID:40519263
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综述 | 本文综述了海马体神经发生的转录组分析研究,重点关注成年齿状回干细胞的特性和发育轨迹 | 整合单细胞RNA测序和克隆研究证据,揭示了成年齿状回中存在异质性神经干细胞群体,包括长寿命和快速耗竭两种类型 | 主要基于小鼠模型研究,人类神经发生的证据有限且存在物种差异 | 探讨海马体神经发生的分子机制和神经干细胞特性 | 成年哺乳动物海马体齿状回神经干细胞及其发育过程 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序,克隆分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5393 | 2025-10-06 |
Adult-onset hypothyroidism induces granulosa cell apoptosis and affects ovarian follicle development in rats
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1610694
PMID:40519262
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研究论文 | 本研究通过建立成年发病甲状腺功能减退大鼠模型,探讨其对卵巢发育和生殖细胞基因表达的影响 | 首次在成年发病甲状腺功能减退模型中结合单细胞RNA测序技术分析颗粒细胞和卵母细胞的基因表达特征,发现线粒体ROS的异质性变化 | 研究仅使用大鼠模型,未涉及人类样本验证 | 研究成年发病甲状腺功能减退对卵巢发育和生殖功能的影响机制 | 成年雌性大鼠的卵巢组织、颗粒细胞和卵母细胞 | 生殖内分泌学 | 甲状腺功能减退 | 单细胞RNA测序,激素水平检测,组织学分析 | NA | 基因表达数据,激素水平数据,组织形态学数据 | 甲状腺功能减退大鼠模型组和对照组 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
5394 | 2025-10-06 |
Pan-cancer analysis of TMED2: unraveling potential immune characteristics and prognostic value in cancer therapy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1578627
PMID:40519935
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研究论文 | 通过多数据库综合分析TMED2在泛癌中的表达特征、预后价值及免疫调控机制 | 首次系统揭示TMED2在泛癌中的免疫特征和预后价值,发现其与免疫浸润、免疫检查点和关键信号通路的关联 | 主要基于公共数据库分析,实验验证相对有限 | 探索TMED2在泛癌中的生物学功能和临床意义 | 多种癌症类型(包括CESC、MESO、LGG、UVM等)的肿瘤组织和细胞 | 生物信息学 | 泛癌分析 | 单细胞测序,基因富集分析,PPI网络分析,细胞功能实验 | 生物信息学分析模型 | 基因组数据,转录组数据,单细胞测序数据 | 多个公共数据库的泛癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5395 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome profiling reveals dynamic cell populations and immune infiltration in cerebral cavernous malformation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592343
PMID:40519934
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示脑海绵状血管畸形病变组织中的细胞亚群动态变化和免疫细胞浸润情况 | 首次对散发性脑海绵状血管畸形病变组织进行单细胞转录组测序,系统描绘了细胞亚群组成和信号通路改变 | 样本量相对有限,未涉及不同疾病阶段的动态变化分析 | 深入理解脑海绵状血管畸形的发病机制 | 脑海绵状血管畸形患者的病变脑血管组织和正常对照脑血管组织 | 单细胞组学 | 脑海绵状血管畸形 | 单细胞RNA测序,多重荧光免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据,免疫组化图像数据 | CCM患者病变组织和正常对照脑血管组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5396 | 2025-10-06 |
Transcriptional profiling reveals H.pylori-associated genes induced inflammatory cell infiltration and chemoresistance in gastric cancer
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1592558
PMID:40519938
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研究论文 | 本研究通过转录组分析鉴定幽门螺杆菌相关基因并构建预后指数,揭示其与胃癌肿瘤微环境和化疗耐药性的关联 | 首次建立基于ACSM5和HSPB2基因的幽门螺杆菌相关预后指数(HPI),并发现其与肿瘤微环境细胞浸润和化疗耐药性的直接关联 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证;样本来源有限 | 探索幽门螺杆菌感染对胃癌肿瘤微环境和化疗耐药性的影响机制 | 胃癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,药物敏感性检测 | 预后指数模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GSE62254数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
5397 | 2025-10-06 |
Omics-based Approach Towards Macrophages: New Perspectives of Biology and Function in the Normal and Diseased Heart
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.112061
PMID:40520014
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综述 | 系统总结巨噬细胞在心血管疾病调控中的表型多样性和功能可塑性,重点关注多组学技术带来的新见解 | 整合单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学等多组学技术揭示巨噬细胞异质性、细胞间相互作用和空间组织的新视角 | NA | 探讨巨噬细胞在正常和病变心脏中的生物学特性和功能 | 巨噬细胞及其在心血管疾病中的表现 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 代谢组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 代谢组学 | NA | NA |
5398 | 2025-10-06 |
Integrative Single-Cell and Spatial Transcriptomics Analysis Reveals ECM-remodeling Cancer-associated Fibroblast-Derived POSTN as a Key Mediator in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Progression
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.108618
PMID:40520021
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和空间转录组学分析,揭示了胰腺导管腺癌中ECM重塑癌症相关成纤维细胞通过POSTN-ITGAV/ITGB5轴促进肿瘤进展的新机制 | 首次系统识别了8种成纤维细胞亚群,发现ECM重塑成纤维细胞位于伪时间轨迹末端,并鉴定SOX11为其关键转录因子,揭示了POSTN-ITGAV/ITGB5轴在PDAC进展中的核心作用 | NA | 解析胰腺导管腺癌中成纤维细胞异质性及其与上皮细胞的相互作用机制 | 胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的成纤维细胞和上皮细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
5399 | 2025-10-06 |
ITLN1 exacerbates Crohn's colitis by driving ZBP1-dependent PANoptosis in intestinal epithelial cells through antagonizing TRIM8-mediated CAPN2 ubiquitination
2025, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.105550
PMID:40520022
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研究论文 | 本研究揭示了ITLN1通过拮抗TRIM8介导的CAPN2泛素化,驱动ZBP1依赖性PANoptosis加剧克罗恩病结肠炎的分子机制 | 首次发现ITLN1-TRIM8-CAPN2轴在驱动肠道上皮细胞PANoptosis中的关键作用,并证实ITLN1靶向治疗对克罗恩病的潜在治疗价值 | 研究主要基于动物模型和体外实验,需要进一步临床验证 | 探究肠道上皮细胞PANoptosis促进克罗恩病进展的分子机制 | 克罗恩病患者结肠组织、肠道上皮细胞、IL-10基因敲除小鼠 | 单细胞生物学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序, 免疫共沉淀, 质谱分析, RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质相互作用数据 | 克罗恩病患者发炎和未发炎结肠组织, IL-10 KO小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5400 | 2025-10-06 |
Research progress of colorectal cancer in genomic and transcriptomic at multi-level
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1533817
PMID:40520235
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综述 | 本文综述了结直肠癌在基因组和转录组多层面的研究进展 | 系统比较了从传统单基因研究到批量测序再到单细胞测序三个研究阶段的结直肠癌机制研究演变 | NA | 探讨结直肠癌发生发展和转移的机制 | 结直肠癌 | 基因组学 | 结直肠癌 | 单细胞测序, 批量测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |