单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-05-08	Construction of the Single-Cell Landscape of Hashimoto's Thyroiditis Tissue and Peripheral Blood by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70153 PMID:39931830	研究论文	通过单细胞RNA测序构建桥本甲状腺炎组织和外周血的单细胞图谱	构建了桥本甲状腺炎的单细胞图谱，发现了新的细胞亚群B_MEF2B_BCL6和TFC_PAX8_NKX2-1	样本量较小，仅包括6名HT患者的甲状腺组织和4名HT患者的外周血单个核细胞	探索桥本甲状腺炎的发病机制	桥本甲状腺炎患者的甲状腺组织和外周血单个核细胞	单细胞转录组学	桥本甲状腺炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	6名HT患者的甲状腺组织、4名HT患者的外周血单个核细胞和1名健康对照的甲状腺组织
522	2025-05-08	Analysis of toxicity and mechanisms of busulfan in non-obstructive azoospermia: A genomic and toxicological approach integrating molecular docking, single-cell sequencing, and experimentation in vivo 2025-Feb, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.117878 PMID:39933234	研究论文	本研究通过整合分子对接、单细胞RNA测序和体内实验，揭示了白消安在非梗阻性无精子症中的毒性机制及关键分子靶点	首次发现POLE和LRAT作为白消安的关键作用蛋白，揭示了其导致基因组不稳定和生殖细胞凋亡的机制，并分析了NOA睾丸中免疫细胞浸润的变化	研究主要聚焦于白消安的毒性机制，对其他化疗药物的生殖毒性未进行比较研究	阐明白消安导致非梗阻性无精子症的分子机制并寻找潜在治疗靶点	白消安对精原干细胞的影响及睾丸微环境变化	生殖毒理学	非梗阻性无精子症	分子对接、单细胞RNA测序、体内实验	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用体内实验模型
523	2025-05-08	Immune profiling of the macroenvironment in colorectal cancer unveils systemic dysfunction and plasticity of immune cells 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70175 PMID:39934971	研究论文	该研究通过多组学技术揭示了结直肠癌宏观免疫环境中免疫细胞的系统功能障碍和可塑性	首次系统描绘了CRC宏观免疫环境中的免疫分型，发现了三级淋巴结构(TLS)对免疫治疗的预测价值，并鉴定了血液中PD-1和CD69作为预测标志物	研究样本量有限，需要更大队列验证标志物的临床适用性	解析结直肠癌宏观免疫环境特征及其对免疫治疗反应的预测价值	结直肠癌患者的肿瘤组织、血液和肠道不同解剖结构的免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	CyTOF、RNA-seq、单细胞RNA测序、空间转录组、多重免疫荧光染色	NA	单细胞多组学数据、空间转录组数据、流式细胞数据	包含发现队列和验证队列的结直肠癌患者样本
524	2025-05-08	Hunger Games: A Modern Battle Between Stress and Appetite 2025-Feb, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.70006 PMID:39936619	review	探讨压力与食欲之间的相互作用及其对饮食失调（EDs）发展的影响	强调了肠道微生物组在饮食失调研究中的新兴作用，以及单细胞测序和先进人类成像技术在揭示ED患者大脑相关区域变化中的应用	未解决的问题包括为什么某些个体对压力具有抵抗力而其他个体则容易发展为饮食失调	研究压力如何影响食欲和饮食失调的神经机制	压力、食欲、饮食失调（EDs）的神经机制	神经科学	饮食失调	单细胞测序、先进人类成像	NA	NA	NA
525	2025-05-08	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-Jan-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本和新鲜固定(FF)样本在单细胞RNA测序(scRNAseq)中的适用性，并识别乳腺癌中的多纤毛细胞亚群	首次在乳腺癌中鉴定并验证了肿瘤性多纤毛细胞(MCCs)亚群，并证实了FFPE组织在scRNAseq分析中的适用性	仅分析了两种乳腺癌亚型(IDC和ILC)的少量样本(4个样本)	评估不同组织处理方法对单细胞RNA测序结果的影响并探索乳腺癌细胞异质性	乳腺癌组织样本(FFPE和FF)	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq, IHC, FISH, 电子显微镜	NA	RNA测序数据, 图像数据	4个乳腺癌样本(2种亚型) + 214个ER阳性浸润性癌验证集
526	2025-05-08	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	研究论文	本研究探讨了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中多胺代谢失调如何导致肌纤维脆弱性	通过空间转录组学数据发现多胺代谢是ALS受影响肌纤维中主要改变的途径之一，并证明恢复多胺稳态可挽救SOD1小鼠的肌肉表型	研究仅基于SOD1小鼠模型，未在人类ALS患者中验证	理解ALS疾病进展中神经支配改变如何干扰肌肉稳态	SOD1小鼠模型的骨骼肌	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量
527	2025-05-08	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-Jan-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	research paper	研究揭示了肠道细菌L-赖氨酸通过调节代谢和组蛋白甲基化驱动树突状细胞耐受的机制	发现了L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活SGOC代谢，增加SAM和DOT1L表达，从而增强H3K79me2富集，促进免疫耐受	研究主要基于小鼠模型，人类中的适用性尚需验证	探究细菌代谢物如何诱导树突状细胞耐受	树突状细胞和肠道共生细菌	免疫学	免疫炎症性疾病	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明
528	2025-05-08	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-Jan-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	通过单细胞转录组学技术研究人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和动态变化	面临可扩展性和可重复性等挑战	探索子宫疾病的分子机制及其对健康和生育的影响	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	endometriosis, adenomyosis, endometrial cancer, fibroids	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
529	2025-05-08	Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models 2025-Jan-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623 PMID:39772774	研究论文	研究揭示了缺氧诱导因子2（HIF2）在重复损伤后肺泡再生中的调控作用及其在特发性肺纤维化（IPF）治疗中的潜在应用	首次发现HIF2在异常上皮细胞群出现中的驱动作用，并验证HIF2抑制剂PT-2385在促进功能性肺泡修复中的治疗效果	研究主要基于小鼠模型和类器官实验，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究特发性肺纤维化中异常上皮细胞群形成机制及潜在治疗策略	特发性肺纤维化患者样本、小鼠模型、小鼠和人源肺泡类器官	呼吸系统疾病研究	特发性肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、类器官培养	小鼠模型、类器官模型	基因表达数据、转录组数据	IPF患者样本、小鼠模型、人类和小鼠肺泡类器官（具体数量未明确说明）
530	2025-05-08	Epithelial and immune transcriptomic characteristics and possible regulatory mechanisms in asthma exacerbation: insights from integrated studies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512053 PMID:39917297	research paper	通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，研究哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性及其关键调控基因	首次系统性地探索了哮喘急性发作中上皮细胞和免疫细胞的异质性，并鉴定了9个关键调控基因	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	揭示哮喘急性发作的细胞和分子机制	上皮细胞和免疫细胞	生物信息学	哮喘	scRNA-seq, bulk RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA
531	2025-05-08	Integrative analysis of SEPN1 in glioma: Prognostic roles, functional implications, and potential therapeutic interventions 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0318501 PMID:39919065	研究论文	本研究通过整合分析SEPN1在胶质瘤中的表达、预后意义及肿瘤微环境相关性，揭示了其作为新型生物标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估SEPN1在泛癌（特别是胶质瘤）中的预后价值，开发了基于SEPN1相关lncRNA的风险评分模型（SRS），并筛选出潜在抗胶质瘤药物	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证SEPN1的分子机制和临床转化价值	探究SEPN1在胶质瘤中的生物学功能及临床意义	胶质瘤患者样本（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC队列）和胶质母细胞瘤细胞系	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、药物敏感性分析、连接图谱分析	SEPN1相关风险评分模型（SRS）	RNA-seq数据、临床生存数据	多中心队列（TCGA/CGGA/GEO/ZN-GC）的胶质瘤样本
532	2025-05-08	Bronchoalveolar lavage single-cell transcriptomics reveals immune dysregulations driving COVID-19 severity 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309880 PMID:39928675	研究论文	通过单细胞转录组学分析支气管肺泡灌洗液，揭示了COVID-19严重程度与免疫失调的关系	首次全面分析了COVID-19患者不同严重程度下的免疫细胞变化，并揭示了巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞、NK细胞和T细胞在疾病严重程度中的关键作用	研究基于二次数据分析，可能受原始数据收集方法和样本量的限制	揭示COVID-19严重程度的免疫学机制	COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同严重程度的COVID-19患者和健康对照者的支气管肺泡灌洗液样本
533	2025-05-08	Detection of hepatitis B virus mRNA from single cell RNA sequencing data without prior knowledge 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0314060 PMID:39932940	research paper	该研究提出了一种无需先验知识即可从单细胞RNA测序数据中检测乙型肝炎病毒mRNA的方法	无需16S rRNA扩增或先验知识，直接从scRNA-seq数据中检测病毒mRNA	仅针对产生带poly-A尾病毒mRNA的病毒有效	开发从单细胞RNA测序数据中检测病毒的方法	慢性HBV感染患者的肝脏样本	生物信息学	乙型肝炎	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	慢性HBV感染患者（有/无HBsAg消失）的肝脏样本
534	2025-05-08	Identification of WDR74 and TNFRSF12A as biomarkers for early osteoarthritis using machine learning and immunohistochemistry 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1517646 PMID:39935469	研究论文	本研究通过整合泛素化相关基因表达数据和机器学习技术，识别出WDR74和TNFRSF12A作为早期骨关节炎的生物标志物	首次将泛素化相关基因与机器学习相结合，用于早期骨关节炎的生物标志物识别	研究样本量有限，且仅针对膝关节骨关节炎	提高早期骨关节炎的诊断和预后评估	骨关节炎患者	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、免疫组织化学	XGBoost	基因表达数据	GEO数据库中的单细胞RNA测序数据集和人膝关节标本
535	2025-05-08	Multi-Targeting CAR-T Cell Strategies to Overcome Immune Evasion in Lymphoid and Myeloid Malignancies 2025, Oncology research and treatment IF:2.0Q3 DOI:10.1159/000543806 PMID:40090318	综述	本文探讨了CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的现状，强调了正在进行的临床试验，并讨论了这些创新多靶点策略的未来以改善患者预后	提出了多靶点策略如逻辑门控CAR和适配器CAR，以克服单靶点CAR-T疗法中的免疫逃逸问题	需要更大规模的临床试验来验证这些多靶点策略的有效性	提高CAR-T细胞疗法在淋巴和髓系恶性肿瘤中的治疗效果和持久性	淋巴和髓系恶性肿瘤患者	免疫治疗	淋巴瘤和多发性骨髓瘤	NGS, dSTORM, 多参数流式细胞术, CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	逻辑门控CAR, 适配器CAR	NA	NA
536	2025-05-08	Multiomics Approach Distinguishes SPTBN4 as a Key Molecule in Diagnosis, Prognosis, and Immune Suppression of Testicular Seminomas 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3530098 PMID:40321316	研究论文	通过多组学方法识别SPTBN4作为睾丸精原细胞瘤诊断、预后和免疫抑制的关键分子	利用单细胞RNA转录组测序和高维加权基因共表达网络分析，首次将SPTBN4鉴定为睾丸精原细胞瘤的关键生物标志物，并揭示其与疾病进展、免疫抑制微环境和化疗敏感性的关联	研究主要基于公共数据集和体外分析，缺乏临床样本的验证实验	探索睾丸精原细胞瘤的分子异质性并识别关键诊断和预后生物标志物	睾丸精原细胞瘤组织	生物信息学	睾丸精原细胞瘤	scRNA-seq, hdWGCNA	NA	基因表达数据	公共数据集中的睾丸精原细胞瘤样本
537	2025-05-08	Inferred developmental origins of brain tumors from single-cell RNA-sequencing data 2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdaf016 PMID:40321621	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，通过计算工具COORS识别脑肿瘤的发育起源	开发了COORS计算工具，首次在单细胞水平上注释脑肿瘤中的发育样细胞状态，并提供了细胞起源分类和细胞年龄回归的新方法	研究主要基于计算预测，需要实验验证；样本类型和数量可能有限	识别脑肿瘤的发育起源，为靶向治疗策略提供依据	髓母细胞瘤(MB)、胶质瘤和弥漫性中线胶质瘤(DMG)等脑肿瘤	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-Seq	多层感知机(MLP)	单细胞RNA测序数据	多种脑癌数据集(具体数量未明确说明)
538	2025-05-08	A prognostic glycolysis-related gene signature in osteosarcoma: implications for metabolic programming, immune microenvironment, and drug response 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19369 PMID:40321814	research paper	该研究建立了一个与糖酵解相关的基因风险特征，用于评估骨肉瘤的预后和药物反应	首次基于糖酵解相关基因（GRGs）建立了一个风险特征模型，用于骨肉瘤的预后评估和药物反应预测	研究样本量有限，且仅基于公开数据集，需要进一步实验验证	评估糖酵解相关基因在骨肉瘤预后和药物反应中的作用	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	mRNA表达谱分析、非负矩阵分解（NMF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR	非负矩阵分解（NMF）	mRNA表达数据	来自GEO数据库的三个数据集（GSE16091, GSE39058, GSE21257）
539	2025-05-08	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为随机空间主成分分析（RASP）的计算高效方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到具有数十万个位置的ST数据，支持非转录组协变量的灵活整合，并能够重建单个基因的去噪和空间平滑表达值	NA	开发一种计算高效的方法，用于高分辨率空间转录组数据的降维，以促进对复杂ST数据的分析	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析（PCA）框架	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium）
540	2025-05-08	Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626669 PMID:39677742	research paper	研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学分析，揭示了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用	发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了其作为跨多种癌症治疗反应预测因子的普遍性	研究样本主要集中在特定类型的癌症患者，可能限制了结果的广泛适用性	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	digital pathology	basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma	single-cell RNA sequencing, high-definition spatial transcriptomics, spatial immunoreceptor profiling	machine learning	RNA sequencing data	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列