单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-07-21	Integrating bulk and single cell sequencing data to identify prognostic biomarkers and drug candidates in HBV associated hepatocellular carcinoma 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10876-4 PMID:40676059	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据，识别了HBV相关肝细胞癌的预后生物标志物和潜在药物候选	结合PPI分析和机器学习，识别了SPP1、GHR和ESR1作为潜在药物靶点，并通过scRNA-seq分析揭示了SPP1在血管相关肿瘤相关巨噬细胞中的表达及其对免疫微环境的影响	研究样本量相对较小（53个关键基因），且未进行实验验证	探索HBV相关肝细胞癌的发病机制及潜在治疗靶点	HBV相关肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、分子对接	RSF（随机生存森林）、逐步Cox回归	测序数据	53个免疫相关关键基因，101个机器学习模型
522	2025-07-21	Identification of a fibroblast-derived gene signature reveals prognostic and therapeutic insights in pancreatic cancer 2025-Jul-18, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01801-0 PMID:40676405	研究论文	本研究基于成纤维细胞特异性基因特征开发了一个预后模型，并识别了可能作为治疗靶点的关键基因	开发了一个包含14个关键基因的成纤维细胞相关预后特征，能有效预测胰腺癌患者的预后和对治疗的响应	NA	开发胰腺导管腺癌(PDAC)的预后模型并识别潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 高维加权基因共表达网络分析, LASSO Cox回归	预后模型	基因表达数据	多个队列的PDAC和邻近正常组织样本
523	2025-07-21	GeneSurfer enables transcriptome-wide exploration and annotation of gene co-expression modules in 3D spatial transcriptomics data 2025-Jul-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112713 PMID:40678514	research paper	介绍GeneSurfer，一个用于探索3D空间转录组数据中局部基因共表达模式的交互式工具	GeneSurfer提供了转录组范围内的基因过滤和基于空间局部共表达的基因聚类功能，支持多切片3D渲染和实时基因本体注释	未明确提及具体局限性	开发工具以探索和分析大规模3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式	3D空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	3D空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	NA
524	2025-07-21	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Jul-18, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多维生物信息学分析，研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制，并确定MMP1作为潜在治疗靶点	首次通过整合多组学分析揭示MMP1在溃疡性结肠炎相关结直肠癌中的保护作用及其免疫调节机制，并预测ilomastat作为潜在MMP1抑制剂	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并寻找潜在治疗靶点	溃疡性结肠炎(UC)和结直肠癌(CRC)患者数据	生物信息学	结直肠癌	孟德尔随机化分析(MR)、差异基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、基因集富集分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的数据
525	2025-07-21	Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression 2025-Jul-18, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03497-8 PMID:40681801	研究论文	本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）来源的细胞外囊泡（EVs）通过调节调节性T细胞（Tregs）分化在胶质瘤进展中的作用	首次发现TAM EVs通过下调BPI蛋白促进Treg分化，进而增强免疫抑制并促进胶质瘤生长	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	阐明TAM EVs在胶质瘤微环境中调节Treg分化和免疫抑制的机制	胶质瘤微环境中的TAMs、Tregs及其分泌的EVs	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠胶质瘤模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（使用小鼠模型）
526	2025-07-21	Reduced Availability of Essential Amino Acids Disrupts Differentiation of Anorexigenic POMC Neurons in the Fetal Rat Hypothalamus 2025-Jul-18, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05201-z PMID:40681826	research paper	本研究探讨了妊娠期蛋白质限制对胎儿下丘脑发育的影响，特别是调节食欲和能量平衡的神经元群的形成	揭示了妊娠期蛋白质限制通过减少必需氨基酸可用性，选择性破坏ISL1前体细胞向POMC神经元的分化，同时不影响NPY前体细胞的分化	需要进一步研究其他发育窗口期以优化高风险妊娠的饮食建议	探究妊娠期蛋白质限制对胎儿下丘脑发育及代谢编程的影响	妊娠期蛋白质限制的大鼠模型及其胎儿下丘脑	developmental biology	metabolic disorders	single-cell RNA-seq, EdU-labeling, immunohistochemistry, RNAscope, methylation analysis	rat isocaloric protein restriction model	RNA-seq data, immunohistochemistry images, methylation data	妊娠15天和17天的大鼠胎儿下丘脑组织
527	2025-07-21	Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes 2025-Jul-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030 PMID:40683251	research paper	研究揭示了E-钙粘蛋白在小鼠气道中的缺失如何导致细胞增殖、杯状细胞化生和免疫浸润，模拟哮喘表型	首次展示了E-钙粘蛋白在气道上皮祖细胞中的失活如何通过细胞应激和免疫防御机制导致气道重塑	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨E-钙粘蛋白在气道细胞命运控制中的作用及其与哮喘样表型的关系	小鼠气道上皮祖细胞和终末分化纤毛细胞	细胞生物学	哮喘	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
528	2025-07-21	Identification of CTSK as a TLR-related critical biomarker in liver cirrhosis via integrative bioinformatics and pathological characterization 2025-Jul-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11606-6 PMID:40670571	研究论文	通过整合生物信息学和病理学特征，鉴定CTSK作为与TLR相关的肝硬化的关键生物标志物	鉴定出与TLR相关的关键基因（CXCL9、CXCL10、SPP1、CTSK），并验证其在肝硬化诊断和治疗中的潜在价值	研究依赖于公共数据库的数据，可能需要进一步的实验验证	探索肝硬化（LC）的诊断、发病机制和治疗新靶点	肝硬化（LC）患者及其相关基因	生物信息学	肝硬化	qRT-PCR、IHC、scRNA-seq、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
529	2025-07-21	Modeling tumor relapse using proliferation tracing and ablation transgenic mouse 2025-Jul-17, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00792-1 PMID:40675988	研究论文	该研究利用增殖追踪和消融转基因小鼠模型模拟肿瘤复发，并通过单细胞RNA测序比较原发和复发肿瘤的生态系统	使用双重组酶介导的遗传系统追踪和消增增殖细胞，模拟化疗效果，并首次在复发肿瘤中发现癌症干细胞和促肿瘤γδ T细胞比例增加	研究仅限于PyMT诱导的自发性小鼠乳腺癌模型，未验证其他肿瘤类型	开发能准确反映患者肿瘤复发的临床前动物模型，并研究复发肿瘤的微环境特征	PyMT诱导的自发性小鼠乳腺癌模型	肿瘤生物学	乳腺癌	双重组酶介导的遗传系统, scRNA-seq	转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及原发和复发肿瘤的单细胞测序比较
530	2025-07-21	The role of UBR2 in triple-negative breast cancer and its implications for immune checkpoint blockade therapy 2025-Jul-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03153-3 PMID:40676335	研究论文	本研究探讨了UBR2在三阴性乳腺癌中的作用及其对免疫检查点阻断治疗的影响	揭示了UBR2在免疫抑制微环境中的新功能，并筛选出靶向UBR2功能域的抑制剂，为联合免疫治疗提供了新策略	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究UBR2在三阴性乳腺癌中的功能及其与免疫治疗的关系	三阴性乳腺癌细胞系和患者样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	RNA测序、流式细胞术、免疫浸润分析	NA	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	来自GEO和TCGA数据库的TNBC患者数据集
531	2025-07-21	Sceptic: pseudotime analysis for time-series single-cell sequencing and imaging data 2025-Jul-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03679-3 PMID:40676652	研究论文	提出了一种名为Sceptic的支持向量机模型，用于监督性伪时间分析，以提高时间序列单细胞测序和成像数据的预测准确性	Sceptic模型在预测准确性上显著优于现有方法，并且能够应用于多种单细胞数据类型，包括单核图像数据	未提及具体的数据集或实验条件限制	提高单细胞伪时间分析的预测准确性，并扩展其应用范围至多种单细胞数据类型	时间序列单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据、显微镜图像数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 显微镜成像	支持向量机(SVM)	单细胞测序数据、图像数据	NA
532	2025-07-21	The Role and Mechanisms of Macrophages in Chronic Pain: A Peripheral-to-Central Perspective 2025-Jul-17, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2025.111470 PMID:40683471	review	本文综述了巨噬细胞在慢性疼痛中的作用及其机制，从外周至中枢的角度进行了分析	系统分析了巨噬细胞在不同解剖部位（如外周伤害感受器、背根神经节和中枢神经系统）中的功能及其在慢性疼痛中的作用，并提出了未来研究方向	巨噬细胞在许多解剖部位的具体功能角色尚未充分研究，缺乏系统比较	探讨巨噬细胞在慢性疼痛发生和维持中的作用机制	巨噬细胞在外周伤害感受器、背根神经节(DRG)和中枢神经系统(CNS)中的功能	神经科学	慢性疼痛	单细胞转录组学	NA	NA	NA
533	2025-07-21	VEGFA and APOE regulate distinct functional states of mast cells in hepatocellular carcinoma: A single-cell transcriptome analysis 2025-Jul-17, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146131 PMID:40683486	研究论文	通过单细胞转录组分析研究肝细胞癌中肥大细胞的功能状态及其对预后的影响	揭示了肝细胞癌中肥大细胞的四种功能亚群及其与预后的关系，提出了新的治疗策略	样本量相对较小，需要进一步验证	研究肝细胞癌中肥大细胞的异质性及其对预后的影响	肝细胞癌患者的肿瘤组织和邻近非肿瘤组织	数字病理	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多重免疫组化（mIHC）	NA	RNA测序数据，免疫组化数据	32例肝细胞癌患者的肿瘤组织和5例患者的邻近非肿瘤组织，90例肿瘤和90例邻近组织的mIHC验证
534	2025-07-21	Molecular characterization and functional prioritization of CD46, IL6R, KLRC1, LEAP2 and SMOX as candidate macromolecular targets in acute kidney injury 2025-Jul-17, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146096 PMID:40683494	研究论文	本研究通过多组学整合框架鉴定并验证了急性肾损伤（AKI）的候选大分子靶点	利用遗传信息筛选和验证了五个具有生物学合理性和治疗潜力的候选大分子靶点，并通过体内外实验验证了SMOX抑制的保护作用	研究仅针对五个候选靶点进行了验证，可能忽略了其他潜在的重要靶点	鉴定和验证急性肾损伤的候选大分子靶点	急性肾损伤（AKI）相关的大分子靶点	分子生物学	急性肾损伤	多组学整合分析、bulk和单细胞RNA测序、计算机药物重定位	NA	基因表达数据、RNA测序数据	NA
535	2025-07-21	Role of APE1 Redox Function in Chronic Rhinosinusitis Pathogenesis: Implications for Targeted Therapy 2025-Jul-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.07.004 PMID:40683569	research paper	本研究探讨了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎（CRS）发病机制中的作用，并评估了靶向APE1氧化还原抑制剂的治疗潜力	首次揭示了APE1氧化还原功能在CRS中的关键作用，并验证了其抑制剂C10在减轻2型炎症和改善CRS病理中的效果	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床试验验证	阐明APE1氧化还原功能在CRS发病机制中的作用，并探索其作为治疗靶点的潜力	人类鼻组织、CRS小鼠模型、气液界面培养的人类鼻上皮细胞（HNECs）和Beas-2b细胞	分子病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序、免疫组织化学、Western blot、RT-qPCR	CRS小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类鼻组织样本、小鼠模型和体外培养细胞
536	2025-07-21	Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway 2025-Jul-17, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087 PMID:40683573	research paper	本研究通过单细胞转录组测序和生物信息学方法，探讨了曲妥珠单抗（TRZ）诱导心肌细胞萎缩导致心脏毒性的潜在靶点和信号通路	揭示了免疫细胞来源的FN1通过ECM机制激活心肌细胞中PI3K/AKT介导的mTOR非依赖性信号通路，在TRZ诱导的心脏毒性中起关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏临床样本验证	探究曲妥珠单抗诱导心脏毒性的分子机制	HER-2阳性乳腺癌患者使用曲妥珠单抗后的心肌细胞	生物医学	乳腺癌	scRNA-seq, 生物信息学分析, RT-PCR, Western blot, TEM, 免疫荧光分析	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞图像数据	NA
537	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of mental stress on mouse mammary tumors and the tumor microenvironment 2025-Jul-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02619-1 PMID:40670350	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了精神压力对小鼠乳腺肿瘤及其微环境的影响	首次系统地阐明了精神压力在体内对乳腺肿瘤及肿瘤微环境的影响，并提供了精神压力促进乳腺癌生长和进展的机制见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究精神压力对乳腺肿瘤及其微环境的影响	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织（有/无精神压力暴露）
538	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model 2025-Jul-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11100-z PMID:40670501	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究高盐饮食对盐敏感性高血压动物模型中肠道B细胞和Tfh细胞IL6R-JAK1-STAT3基因信号通路活性的影响	首次揭示了高盐饮食通过上调肠道B细胞和Tfh样细胞中的IL-6R-JAK-STAT信号通路，可能在盐敏感性高血压发展中起关键作用	研究仅使用Dahl SS大鼠模型，未在其他高血压模型或人类样本中验证	阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用	Dahl SS大鼠的肠道和血液免疫细胞	免疫学	高血压	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Dahl SS大鼠模型	基因表达数据	6周龄Dahl SS大鼠，分为正常盐饮食组(0.4% NaCl)和高盐饮食组(4% NaCl)，每组数量未明确说明
539	2025-07-21	Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals the characteristics of follicle-targeted inflammation patterns in primary cicatricial alopecia 2025-Jul-16, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01447-1 PMID:40671126	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了LPP中CD8⁺效应记忆T细胞和巨噬细胞对毛囊的浸润及其导致的免疫特权破坏和瘢痕形成机制	研究样本量有限，且仅针对LPP这一PCA亚型，未涵盖其他PCA亚型	探究原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征，寻找治疗靶点	扁平苔藓性脱发（LPP）、局限性硬皮病（LS）患者及对照组的头皮样本	数字病理学	脱发症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA序列数据	LPP、LS患者及对照组的头皮样本（具体数量未明确说明）
540	2025-07-21	Utilizing genomics to identify novel immunotherapeutic targets in multiple myeloma high-risk subgroups 2025-Jul-15, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01503-y PMID:40665393	研究论文	利用基因组学数据识别多发性骨髓瘤高风险亚群中的新型免疫治疗靶点	建立了一个结合细胞表面潜力、健康器官表达及骨髓瘤细胞表达水平的多组学数据框架，识别出群体水平和亚型特异性免疫治疗新靶点	未明确说明样本量是否足够覆盖所有高风险亚群，且单细胞RNA-seq数据的亚克隆表达差异可能影响靶点普适性	开发识别多发性骨髓瘤新型免疫治疗靶点的方法学	多发性骨髓瘤患者基因组数据及细胞表面蛋白	基因组学	多发性骨髓瘤	多组学数据分析、流式细胞术、免疫印迹、CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	两个大型数据集（未明确具体样本数）