单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-07-23	Young glial progenitor cells competitively replace aged and diseased human glia in the adult chimeric mouse brain 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01798-5 PMID:37460676	研究论文	研究健康胶质细胞在成年前脑中是否能竞争性替代病变的人类胶质细胞	首次证明年轻健康的胶质祖细胞可以竞争性替代成年小鼠脑中的衰老和病变胶质细胞，并揭示了YAP1/MYC/E2F定义的竞争优势表型	研究仅在嵌合小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索健康胶质细胞替代病变胶质细胞的潜力及其机制	人类胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序	嵌合小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用人类胚胎干细胞衍生的胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠
522	2025-07-23	Marmosets contain multitudes 2024-Apr-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97866 PMID:38661001	research paper	通过单细胞RNA测序揭示狨猴携带来自其兄弟姐妹的遗传差异细胞的程度	使用单细胞RNA测序技术首次在狨猴中揭示了其携带兄弟姐妹遗传差异细胞的情况	NA	研究狨猴细胞水平的遗传多样性	狨猴及其兄弟姐妹的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
523	2025-07-23	Stimulator of Interferon Genes Pathway Activation through the Controlled Release of STINGel Mediates Analgesia and Anti-Cancer Effects in Oral Squamous Cell Carcinoma 2024-Apr-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12040920 PMID:38672274	研究论文	研究STINGel（一种缓释STING激动剂配方）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的镇痛和抗癌效果及其机制	开发了STINGel缓释配方，显著增强了STING激动剂的抗肿瘤效果，并首次深入研究了其在OSCC诱导疼痛中的镇痛机制	研究仅使用了两种OSCC模型，尚未在更广泛的癌症类型或临床环境中验证	探索STINGel在OSCC治疗中的镇痛和抗癌作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）模型	癌症治疗	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	OSCC动物模型	基因表达数据、行为学数据	两种OSCC模型（口面部癌症模型和后爪模型）
524	2025-07-23	BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549951 PMID:37503097	研究论文	提出了一种名为BuDDI的方法，通过域适应技术整合批量样本和单细胞RNA测序数据，以推断细胞类型特异性扰动效应	利用变分自编码器(VAE)学习独立的潜在空间，模拟细胞类型特异性扰动响应，无需在训练中使用单细胞扰动数据	未明确提及具体的数据规模限制或计算资源需求	开发一种方法，将批量样本和单细胞RNA测序数据结合，以研究细胞类型特异性扰动效应	批量样本和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 域适应技术	VAE (变分自编码器)	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
525	2025-07-23	Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics 2024-Apr, Medical image analysis IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.media.2023.103068 PMID:38176357	research paper	本文提出了一种称为空间特征度量LDDMM的新算法，用于计算微分同胚空间中的测地线，以支持空间转录组数据的跨模态对齐	首次提出空间特征度量LDDMM算法，扩展了LDDMM算法家族，以支持空间特征对标记粒子的作用，并一致扩展到组织尺度	未提及具体的数据验证或实验结果的局限性	开发算法以实现分子和细胞尺度群体在共同坐标系中的统计平均整合	小鼠大脑中的细胞结构和基因表达	computational anatomy	NA	MERFISH	LDDMM	spatial transcriptomic data	NA
526	2025-07-23	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-04-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	本研究通过单细胞分析探讨了5-氨基乙酰丙酸（5-ALA）在胶质母细胞瘤（GBM）手术中标记的特异性	首次在单细胞水平上验证了5-ALA标记的特异性，并揭示了非肿瘤细胞也能被标记的现象	需要进一步研究系统比较5-ALA与其他潜在FGS替代物的性能	确定5-ALA在GBM手术中标记各种细胞类型的特异性	人类GBM手术标本、细胞培养和共培养模型、小鼠胶质瘤模型的急性切片培养	数字病理学	胶质母细胞瘤	SCOPE-seq2（单细胞光学表型和表达测序技术）	NA	图像、RNA测序数据	人类GBM手术标本、细胞培养模型和小鼠胶质瘤模型切片
527	2025-07-23	Uncover spatially informed variations for single-cell spatial transcriptomics with STew 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae064 PMID:38827413	研究论文	介绍了一种名为STew的空间转录组多视图表示学习方法，用于联合分析空间信息和基因表达	STew方法能够有效利用空间信息揭示与基因表达的共同变异，并在聚类准确性和空间域连续性方面表现优异	NA	开发一种可扩展的方法来联合分析空间转录组数据中的空间信息和基因表达	人类背外侧前额叶皮层和小鼠主嗅球数据，以及来自10× Visium、Slide-seqV2和10× Xenium的空间转录组数据	空间转录组学	银屑病	空间转录组技术	多视图表示学习方法	基因表达数据和空间信息数据	包含数千个空间位置的数据集
528	2025-07-23	Genetic and Functional Analyses of Cutibacterium Acnes Isolates Reveal the Association of a Linear Plasmid with Skin Inflammation 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.05.029 PMID:37478901	研究论文	研究通过遗传和功能分析揭示了Cutibacterium acnes菌株与皮肤炎症的关联，特别是线性质粒的作用	揭示了C. acnes菌株类型不足以预测炎症，携带特定质粒可能与疾病相关	研究主要基于体外和小鼠模型，人类皮肤炎症的复杂性可能未被完全捕捉	理解C. acnes不同菌株类型如何影响皮肤炎症	Cutibacterium acnes菌株	微生物学	痤疮	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	健康人群和痤疮患者的皮肤拭子样本
529	2025-07-23	Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4 2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae148 PMID:39380691	研究论文	本研究探讨了不同级别NF2突变脑膜瘤对YAP活性的依赖性差异及其分子机制	发现侵袭性高级别NF2突变脑膜瘤通过上调VGLL4和FAT3/4下调致癌YAP信号通路	研究主要基于体外细胞系实验，需要更多体内实验验证	探究NF2突变脑膜瘤不同级别对YAP活性的依赖性差异	人类脑膜瘤组织样本和体外培养的脑膜瘤细胞系	肿瘤生物学	脑膜瘤	RNA-Seq（包括bulk和单细胞测序）	NA	基因表达数据	大量人类脑膜瘤样本队列
530	2025-07-23	Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263 PMID:39703500	研究论文	本文提出了一种三步稳健的基准分析方法，用于整合GWAS和scRNA-seq数据，以识别炎症性疾病中与遗传相关的细胞状态和基因	首次对整合GWAS和scRNA-seq数据的三种算法进行了系统比较，并评估了非编码SNP整合方法的敏感性/准确性	研究中使用的scRNA-seq图谱可能不包含疾病组织特异性转录组模式，导致误导性结果	理解免疫介导炎症性疾病的遗传基础，以改进治疗方法	类风湿性关节炎(RA)和溃疡性结肠炎(UC)患者的单细胞数据和GWAS数据	生物信息学	炎症性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	scGWAS, scDRS, scPagwas, MAGMA	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	183,742和228,211个细胞，97,173和45,975个GWAS样本
531	2025-07-23	A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06812-z PMID:38092916	research paper	本研究创建了一个全面且高分辨率的成年小鼠全脑细胞类型转录组和空间图谱	结合单细胞RNA测序和MERFISH空间转录组数据，构建了层次化的细胞类型分类体系，并揭示了脑区细胞类型组织的独特特征	研究仅针对成年小鼠脑部，结果可能无法直接推广到其他发育阶段或物种	建立哺乳动物大脑细胞类型的基准参考图谱	成年小鼠全脑细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq, MERFISH	NA	转录组数据, 空间数据	约700万细胞(400万通过质控)的scRNA-seq数据, 约430万细胞的MERFISH数据
532	2025-07-23	Proteostasis governs differential temperature sensitivity across embryonic cell types 2023-11-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.10.013 PMID:37949057	研究论文	本研究利用全动物单细胞RNA测序技术，揭示了斑马鱼胚胎在不同温度压力下细胞类型和分子程序的差异，特别关注了脊索对温度的敏感性及其机制	首次在全动物水平上应用单细胞RNA测序技术，揭示了温度压力下胚胎发育的细胞类型特异性敏感性和蛋白质稳态的关键作用	研究仅针对斑马鱼胚胎，结果在其他物种中的普适性尚不明确	探究胚胎发育过程中不同细胞类型对温度压力的敏感性差异及其分子机制	斑马鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	数百个斑马鱼胚胎个体
533	2025-07-23	Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration 2023-11, Iranian journal of kidney diseases.. IF:0.8Q4 DOI:10.52547/ijkd.7858 PMID:38043109	研究论文	本研究通过结合微阵列和单细胞测序数据分析，识别出与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物PHACTR4	首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示其与肾小球内皮功能障碍及免疫浸润的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞模型	探索糖尿病肾病中肾小球内皮细胞功能障碍的生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球内皮细胞	生物信息学	糖尿病肾病	微阵列分析，单细胞测序，WGCNA，LASSO回归，RT-PCR	LASSO回归模型	基因表达数据	GSE30528和GSE131882数据集
534	2025-07-23	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	research paper	提出了一种名为Bering的图深度学习模型，用于空间转录组学中的联合细胞分割和分子注释	利用转录共定位关系进行联合噪声感知细胞分割和分子注释，通过转移图嵌入和多模态输入丰富基因关系	当前方法严重依赖细胞核或细胞体染色，导致转录组深度显著损失和空间共定位关系潜在表示学习能力有限	提高空间转录组学中细胞分割和注释的准确性	2D和3D空间转录组学数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	graph deep learning	spatial transcriptomics data	NA
535	2025-07-23	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别了一个26基因表达特征，用于高风险胃黏膜肠化生（GIM）的早期检测和预防	首次通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术，识别并验证了一个26基因特征，该特征与高风险GIM和胃癌相关	样本量相对较小，尤其是空间验证队列仅包含5个样本，可能影响结果的普遍性	识别高风险胃黏膜肠化生（GIM）的分子标志物，以改进胃癌的预防和早期检测	胃黏膜肠化生（GIM）患者和胃癌患者的临床及基因组数据	数字病理学	胃癌	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组学, 单分子多重荧光原位杂交	NA	基因组数据, 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	总样本量546（GAPS队列303, TCGA 198, scRNA-seq 40, 空间验证队列5）
536	2025-07-23	DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection 2023-09-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03049-x PMID:37730638	研究论文	本文提出了一种名为DISCERN的深度生成网络，用于精确重建缺失的单细胞基因表达数据，以改善细胞聚类和细胞亚型及状态检测	DISCERN是一种新型的深度生成网络，能够利用参考数据集精确重建缺失的单细胞基因表达数据，显著优于现有算法，并在细胞聚类、细胞类型和活性检测方面表现出色	尽管DISCERN在批次差异处理上表现出鲁棒性，但其性能可能仍受限于参考数据集的质量和覆盖范围	开发一种工具以改善单细胞测序数据中的基因表达重建，从而提升细胞聚类和细胞类型识别的准确性	单细胞基因表达数据	生物信息学	COVID-19	单细胞测序	深度生成网络	基因表达数据	NA
537	2025-07-23	Vaccine adjuvant-elicited CD8+ T cell immunity is co-dependent on T-bet and FOXO1 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112911 PMID:37516968	research paper	研究探讨了转录因子T-bet和FOXO1在疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫反应中的协同作用	揭示了在佐剂疫苗接种中，T-bet和FOXO1转录程序的协调调控对CD8 T细胞反应的必要性，与感染引发的反应不同	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫反应的分子机制	CD8+ T细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
538	2025-07-23	Anaplastic transformation in thyroid cancer revealed by single-cell transcriptomics 2023-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169653 PMID:37053016	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了甲状腺癌中的间变性转化过程	利用单细胞转录组学和遗传变异数据，揭示了甲状腺癌从分化型向间变型转化的细胞谱系和命运转变过程，并识别了转化过程中的关键阶段和细胞表型	NA	探究甲状腺癌中间变性转化的分子机制和细胞动态变化	甲状腺癌患者的不同亚型肿瘤细胞	单细胞转录组学	甲状腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
539	2025-07-23	Exploring the optimization of autoencoder design for imputing single-cell RNA sequencing data 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.041 PMID:37671239	研究论文	本文通过实证研究探讨了自编码器设计在单细胞RNA测序数据插补中的优化方法	首次系统地研究了自编码器网络结构、激活函数和正则化策略对单细胞RNA测序数据插补性能的影响，并提出了与计算机视觉领域不同的优化建议	研究结果主要基于特定数据集，可能在不同类型或规模的单细胞数据上表现不同	优化自编码器设计以提高单细胞RNA测序数据插补的准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	多个真实和模拟的单细胞RNA测序数据集
540	2025-07-23	Cerebrospinal fluid immune dysregulation during healthy brain aging and cognitive impairment 2022-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2022.11.019 PMID:36516855	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究了健康脑老化和认知障碍期间脑脊液免疫系统的变化	揭示了单核细胞中脂质转运基因随年龄上调的现象，并在认知障碍患者中发现了脂质转运基因下调及CXCL16-CXCR6信号通路的异常	样本量较小，认知障碍患者仅14例，可能影响结果的普遍性	探究脑脊液免疫系统在健康脑老化和认知障碍期间的变化	45名54至82岁的认知正常受试者和14名认知障碍受试者的脑脊液样本	生物医学研究	认知障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	59名受试者（45名认知正常，14名认知障碍）