单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-04-25	Mapping immunotherapy potential: spatial transcriptomics in the unraveling of tumor-immune microenvironments in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1568590 PMID:40264779	综述	本文综述了空间转录组学在头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境研究中的应用及其对免疫治疗的潜在影响	利用空间转录组学技术高分辨率解析肿瘤-免疫微环境的复杂组成和空间关系，为开发更有效的免疫治疗方法提供新视角	综述文章，未涉及具体实验数据验证	探索空间转录组学在头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境研究中的应用，以提高免疫检查点抑制剂治疗效果	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的肿瘤-免疫微环境(TIME)	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学(ST)	NA	基因表达空间数据	NA
522	2025-04-25	A Novel Prognostic Signature Integrating Immune and Glycolytic Pathways for Enhanced Prognosis and Immunotherapy Prediction in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S510460 PMID:40264860	research paper	本研究旨在建立一个整合免疫和糖酵解相关基因的预后特征（IGRPS），以预测肝细胞癌（HCC）的预后和免疫治疗效果	首次结合免疫和糖酵解通路构建预后特征，并验证其在肿瘤免疫微环境（TIME）和免疫治疗预测中的作用	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模独立队列验证	开发肝细胞癌预后预测模型并评估其免疫治疗预测价值	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	RNA-seq, single-cell sequencing, WGCNA, Cox回归	multivariate Cox regression	RNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者样本
523	2025-04-25	Inflammatory Cell Interactions in the Rotator Cuff Microenvironment: Insights From Single-Cell Sequencing 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6175946 PMID:40265083	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在探索肩袖损伤和修复过程中免疫细胞与非免疫细胞相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术揭示肩袖微环境中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用及其在炎症、组织修复和纤维化中的作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或样本分析	探讨肩袖损伤和修复过程中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用及其对炎症和组织修复的影响	肩袖微环境中的免疫细胞（如巨噬细胞、T细胞）和非免疫细胞（如成纤维细胞、肌成纤维细胞）	再生医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
524	2025-04-25	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了KRAS和GNAS突变在胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)中的作用，揭示了GNAS R201C突变如何导致代谢重编程和糖酵解依赖性	首次揭示了GNAS R201C突变导致胃(幽门型)化生的基因特征，并发现KRAS G12D和GNAS R201C共表达细胞对糖酵解途径的依赖性	研究主要基于小鼠模型和体外细胞系，人类IPMNs中的验证仍需进一步研究	阐明GNAS R201C突变对胰腺肿瘤表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)及其小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序(包括单细胞和空间转录组)、实时代谢分析	p48Cre; KrasLSL-G12D; Rosa26LSL-rtTA; Tg (TetO-GnasR201C)小鼠模型	基因组数据、转录组数据、代谢数据	NA
525	2025-04-25	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确提及具体样本量
526	2025-04-25	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	research paper	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播	未明确说明模型在超大规模数据集上的计算效率	改进单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	MSVGAE (基于variational graph auto-encoder和graph attention networks)	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
527	2025-04-25	Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620502 PMID:39554158	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了一种新型转基因小鼠系，用于高分辨率解析OPCs从静止到增殖和分化的关键转变过程中的转录变化	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组特征及其功能	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	生物医学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	30至720天龄的小鼠OPCs
528	2025-04-25	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的机制	发现了一小部分低表达或无表达雄激素受体（AR）的细胞亚群，这些细胞表现出对恩杂鲁胺的耐药性，并揭示了其潜在的转录响应和治疗脆弱性	研究主要基于LNCaP细胞系，可能无法完全反映临床前列腺癌的复杂性	探究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药的分子机制	LNCaP前列腺癌细胞系	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的单细胞亚群
529	2025-04-25	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558457 PMID:37786690	研究论文	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变通过改变肿瘤微环境中的角质形成细胞，间接促进黑色素瘤细胞增殖的新机制	未明确桥粒基因突变导致角质形成细胞功能改变的具体分子通路	探究桥粒基因突变在黑色素瘤发生发展中的作用及其微环境调控机制	人类皮肤黑色素瘤组织样本及角质形成细胞与黑色素瘤细胞共培养体系	肿瘤生物学	黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、基因敲除、细胞共培养	NA	基因表达数据、蛋白质定位数据、细胞增殖数据	未明确样本量（人类黑色素瘤活检组织及体外培养细胞）
530	2025-04-25	Morphogenic, molecular, and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2024-Aug-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608866 PMID:39229219	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达的新型肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并揭示了其与肺泡2型细胞和1型细胞在空间上的同心分布模式	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，未与其他鸟类物种进行直接比较	探索鸟类肺脏单向气流的发育机制及其与哺乳动物双向气流的差异	鸡肺发育过程中的形态发生、分子特征和细胞类型	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
531	2025-04-25	SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1 2024-06, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2429-5 PMID:38240906	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，发现转录共激活因子SUB1与结直肠癌（CRC）转移相关，并揭示了SUB1通过激活NF-κB信号通路促进CRC转移的机制	首次发现SUB1通过调控UBR5介导的UBXN1泛素化降解，激活NF-κB信号通路，从而促进CRC转移	研究未涉及SUB1在其他癌症类型中的作用，且体内外实验的转化效果需进一步验证	探究SUB1在结直肠癌转移中的作用及其分子机制	结直肠癌细胞及转移过程	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
532	2025-04-25	scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596468 PMID:38853846	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次在单细胞水平上揭示了宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化，提供了寄生虫发育的蓝图	研究仅关注了人类巨噬细胞的反应，未涉及其他可能的宿主细胞类型或体内环境	探究微孢子虫感染过程中宿主和寄生虫的转录变化	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序技术
533	2025-04-25	Targeting SCD triggers lipotoxicity of cancer cells and enhances anti-tumor immunity in breast cancer brain metastasis mouse models 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592766 PMID:38766019	研究论文	研究通过抑制SCD酶来触发乳腺癌脑转移细胞的脂毒性并增强抗肿瘤免疫	首次发现SCD抑制可重塑乳腺癌细胞的脂质组，并通过增强抗原提呈和改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成来增强抗肿瘤免疫	研究仅在体外和小鼠模型中进行，尚未进行人体临床试验	探索SCD抑制作为治疗乳腺癌脑转移的新策略	乳腺癌细胞和乳腺癌脑转移小鼠模型	癌症研究	乳腺癌脑转移	脂质组学、qPCR、Western blot、单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但使用了体外培养的乳腺癌细胞和BCBM小鼠模型
534	2025-04-25	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591541 PMID:38746119	research paper	利用单细胞测序技术研究CAR信号传导，揭示影响体内持久性的驱动因素	通过单细胞测序系统地研究了不同细胞内信号域（ICD）结构如何指导T细胞功能，并识别出与持久性和疗效相关的独特信号特征	研究结果仅适用于液体肿瘤，不适用于实体瘤	解码CAR信号传导的设计原则，优化下一代ICD结构的功能	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	单细胞测序	液体肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
535	2025-04-25	IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.591387 PMID:38746177	research paper	本研究探讨了IL-12/IL-23阻断在坏疽性脓皮病(PG)中的免疫调节作用及其对炎症模式的影响	首次描述了PG病变皮肤中B细胞的主要浸润和三级淋巴结构的形成，并揭示了IL-12/IL-23阻断对不同炎症通路的异质性影响	研究样本量较小(仅2名患者)，且未阐明B细胞在PG耐药性中的具体作用机制	阐明PG的免疫失调机制及IL-12/IL-23阻断对病变皮肤的影响	坏疽性脓皮病患者的病变皮肤组织	免疫学	坏疽性脓皮病	空间转录组学，比较计算分析	NA	转录组数据	2名患者的病变皮肤活检样本(治疗前后)
536	2025-04-25	Multi-organ single-cell RNA sequencing in mice reveals early hyperglycemia responses that converge on fibroblast dysregulation 2024-02-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302003R PMID:38305779	研究论文	通过小鼠多器官单细胞RNA测序研究高血糖早期反应，揭示成纤维细胞失调的共性机制	首次在单细胞分辨率下进行多器官分析，揭示1型糖尿病早期高血糖引起的跨器官成纤维细胞保守性失调模式	研究仅使用雄性小鼠模型且观察时间限于8周，未涵盖性别差异和疾病晚期阶段	解析高血糖驱动的糖尿病并发症早期分子机制	链脲佐菌素诱导的1型糖尿病雄性小鼠模型的心脏、肾脏、肝脏和脾脏细胞	单细胞组学	糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	67,611个细胞（来自糖尿病和对照组小鼠的四个器官）
537	2025-04-25	Single cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation 2023-Dec-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3656139/v1 PMID:38106071	research paper	该研究通过单细胞空间转录组学技术，探究了Trem2R47H突变对阿尔茨海默病风险基因在非神经元和神经元细胞中引起的转录失调模式	首次在单细胞水平上揭示了Trem2R47H突变独立于淀粉样蛋白病理引起的神经元转录变化，并发现了该突变对BDNF信号通路的特异性影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Trem2R47H突变对阿尔茨海默病相关细胞类型特异性转录调控的影响	小鼠脑组织切片（野生型、Trem2R47H突变型、5xFAD模型及双突变模型）	digital pathology	geriatric disease	MERFISH空间转录组学	NA	空间转录组数据	15个小鼠脑切片样本
538	2025-04-25	The Histone Methyltransferase SETDB2 Modulates Tissue Inhibitors of Metalloproteinase-Matrix Metalloproteinase Activity During Abdominal Aortic Aneurysm Development 2023-09-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005963 PMID:37325923	研究论文	本研究探讨了组蛋白甲基转移酶SETDB2在腹主动脉瘤(AAA)发展过程中对金属蛋白酶组织抑制剂-基质金属蛋白酶活性的调控作用	首次揭示了SETDB2通过调控TIMP1-3基因启动子上的组蛋白H3K9三甲基化标记来影响AAA发展的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明巨噬细胞特异性表观遗传酶在AAA发展中的作用机制	人类主动脉组织样本和髓系特异性SETDB2缺陷小鼠模型	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	髓系特异性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAA组织样本和小鼠模型
539	2025-04-25	Macrophage-mediated PDGF Activation Correlates With Regenerative Outcomes Following Musculoskeletal Trauma 2023-08-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000005704 PMID:36111847	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了与肌肉骨骼损伤后再生或纤维化愈合相关的巨噬细胞亚群和基因特征	发现了两种纤维化样和三种再生样巨噬细胞亚群，并揭示了这些亚群在转录水平上的差异，以及它们在损伤后微环境调控中的作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	识别与肌肉骨骼损伤后不同愈合结果相关的巨噬细胞亚群和分子机制	小鼠肌肉骨骼损伤模型中的巨噬细胞亚群	生物医学	肌肉骨骼损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Harmony, MacSpectrum, Seurat	NA	基因表达数据	多种肌肉骨骼损伤小鼠模型(包括再生性和纤维化模型)
540	2025-04-24	Construction and validation of renal cell carcinoma tumor cell differentiation-related prognostic classification (RCC-TCDC): an integrated bioinformatic analysis and clinical study 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2490830 PMID:40248945	研究论文	该研究构建并验证了一个基于肾细胞癌肿瘤细胞分化相关预后基因的分子分类系统RCC-TCDC	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了基于肿瘤细胞分化特征的肾细胞癌预后分类系统	研究样本量有限，需要更大规模的外部验证	开发基于肿瘤细胞分化特征的肾细胞癌分子分类系统以实现精准风险分层和个体化治疗	肾细胞癌患者	生物信息学	肾细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 免疫组化染色	Lasso回归, 多变量预后模型	基因表达数据	TCGA-KIRC队列和新华队列370例肾肿瘤患者