单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-08-03	MACanalyzeR scRNAseq analysis tool reveals PPARγHIGH/GDF15HIGH lipid-associated macrophages facilitate thermogenic expansion in BAT 2025-May-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60295-2 PMID:40450001	研究论文	介绍了一种名为MACanalyzeR的单细胞RNA测序工具，用于全面分析单核细胞/巨噬细胞的代谢特征，并揭示了PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞在棕色脂肪组织热生成扩展中的作用	开发了MACanalyzeR工具，首次识别出PPARγHIGH/GDF15HIGH脂质相关巨噬细胞亚群在棕色脂肪组织热生成中的关键作用	研究仅基于肥胖雄性小鼠模型，未涉及人类或其他性别样本	探究巨噬细胞在棕色脂肪组织功能调节中的作用机制	肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)的棕色脂肪组织	免疫代谢	肥胖	scRNAseq	NA	单细胞RNA测序数据	肥胖雄性小鼠模型(db/db和高脂饮食喂养小鼠)
522	2025-08-03	High throughput identification of genetic regulators of microglial inflammatory processes in Alzheimer's disease 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.09.642133 PMID:40161839	研究论文	通过CRISPR抑制筛选和单细胞RNA测序技术，研究阿尔茨海默病(AD)GWAS变异如何影响人类小胶质细胞的炎症反应	首次系统性地将CRISPRi筛选与scRNA-seq技术结合，揭示了AD GWAS变异如何调控小胶质细胞状态和炎症反应	研究主要基于hiPSC衍生的小胶质细胞模型，可能与体内真实情况存在差异	阐明AD遗传风险因素对小胶质细胞炎症反应的调控机制	人类诱导多能干细胞(hiPSC)衍生的小胶质细胞(iMGLs)	基因组学	阿尔茨海默病	CRISPRi, CROP-seq, scRNA-seq	hiPSC衍生的小胶质细胞模型	基因组数据, 转录组数据	119个AD GWAS位点的CRISPRi筛选
523	2025-08-03	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	该研究探讨了长期酒精摄入如何增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体的分化能力	揭示了长期酒精摄入通过改变造血干细胞和祖细胞的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	研究长期酒精摄入对造血干细胞和祖细胞分化能力的影响及其与骨质疏松的关系	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
524	2025-08-03	Comparative transcriptomic and genomic analysis of tumor cells in the marginal and center regions of tumor nests in human hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1611951 PMID:40741331	研究论文	通过比较人类肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞的转录组和基因组分析，揭示了肿瘤巢的空间异质性	首次在空间转录组学水平上揭示了肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的基因表达差异及功能分化	样本量较小（8例患者），且仅针对肝细胞癌	探究肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的生物学特性及异质性	肝细胞癌肿瘤巢边缘和中心区域的肿瘤细胞	数字病理学	肝细胞癌	空间转录组学（ST）、基因本体（GO）富集分析、inferCNV	NA	空间转录组数据、基因组数据	8例HCC患者的19个空间转录组样本（包含24个肿瘤巢和15个肝纤维化结节）
525	2025-08-03	Bioinformatics-based analysis of the relationship between STC1 expression and immune infiltration in gastric cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1499121 PMID:40741411	研究论文	本研究通过生物信息学方法分析了STC1在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系	首次揭示了STC1表达与胃癌免疫浸润及T细胞耗竭的关联，并验证了其作为免疫治疗靶点的潜力	研究主要基于公开数据库的回顾性分析，缺乏实验验证	评估STC1作为胃癌免疫治疗靶点的潜力	胃癌组织样本和公共数据库中的RNAseq数据	生物信息学	胃癌	RNAseq, ssGSEA, TIMER, scRNA-seq, GSEA	Cox回归分析	RNA测序数据和微阵列数据	来自TCGA_STAD项目、TCGA-GTEx项目和GEO数据库(GSE66229)的样本
526	2025-08-03	Identification of CTSC-driven progression in ESCC by single-cell sequencing and experimental validation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1585139 PMID:40740774	research paper	通过单细胞测序和实验验证识别CTSC驱动的食管鳞状细胞癌（ESCC）进展	整合多个单细胞数据集，构建基于凋亡相关基因的风险模型，并通过实验验证CTSC在ESCC进展中的作用	样本量较小（18个样本），且仅针对ESCC进行研究	探究ESCC肿瘤微环境（TME）的分子机制并构建预后相关基因的风险模型	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境和恶性细胞亚型	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	single-cell sequencing, immunohistochemistry (IHC), in vitro and in vivo experiments	COX regression analysis	single-cell RNA-seq data, immunohistochemistry data	92,714 cells from 18 samples
527	2025-08-03	Identification of a stromal immunosuppressive barrier orchestrated by SPP1+/C1QC+ macrophages and CD8+ exhausted T cells driving gastric cancer immunotherapy resistance 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618591 PMID:40740771	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，揭示了胃癌中由Macro_SPP1/C1QC巨噬细胞和CD8_Tex_C1 T细胞驱动的基质免疫抑制屏障，及其在免疫治疗抵抗中的作用	首次识别了由特定巨噬细胞和T细胞亚群构成的免疫抑制屏障，并揭示了其通过MIF-CD74/CXCR4/CD44轴驱动免疫抑制的分子机制	研究主要基于转录组数据，需要进一步的实验验证这些细胞亚群的功能及其在免疫治疗抵抗中的具体作用	探究胃癌免疫治疗抵抗的细胞和分子机制	胃癌组织中的免疫细胞及其相互作用网络	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、bulk-RNA测序、免疫荧光	无监督聚类	转录组数据、空间数据	NFHGC队列数据集（具体样本量未明确说明）
528	2025-08-03	Integrated multi-omics and machine learning reveal an immunogenic cell death-related signature for prognostic stratification and therapeutic optimization in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1606874 PMID:40740776	研究论文	通过整合多组学数据和机器学习，揭示了一种与免疫原性细胞死亡相关的特征，用于结直肠癌的预后分层和治疗优化	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，鉴定了11个与预后相关的ICD基因，并构建了一个优化的11基因ICD相关特征（ICDRS）	需要进一步的验证研究来指导个性化治疗策略	系统表征免疫原性细胞死亡（ICD）在结直肠癌（CRC）中的预后意义和治疗潜力	结直肠癌（CRC）患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序，批量转录组数据分析	StepCox [forward], RSF	转录组数据	训练和验证数据集中的结直肠癌患者
529	2025-08-03	Integrative spatial and single-cell transcriptomics elucidate programmed cell death-driven tumor microenvironment dynamics in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1589563 PMID:40740783	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，开发了一个程序性细胞死亡（PCD）评分预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）的预后并阐明肿瘤微环境的差异	开发了一个基于17个PCD相关基因的预测模型，揭示了PCD评分与肿瘤微环境及免疫细胞耗竭的关系，并鉴定了关键致癌基因UBE2E1	研究主要基于公共数据库数据，缺乏独立队列的外部验证	评估肝细胞癌的预后并阐明肿瘤微环境差异	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序（ST-seq）	PCD评分预测模型	转录组数据	363名TCGA数据库患者和221名GEO数据库患者
530	2025-08-03	Deciphering spatially confined immune evasion niches in osteosarcoma with 3-D spatial transcriptomics: a literature review 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1640645 PMID:40740859	文献综述	本文综述了利用3-D空间转录组学技术解析骨肉瘤中空间受限的免疫逃逸生态位的研究进展	整合3-D空间转录组学技术揭示骨肉瘤中免疫逃逸生态位的空间分层结构及其与治疗抵抗的关系	主要基于临床前研究数据，尚未在临床队列中得到全面验证	阐明骨肉瘤免疫微环境的空间异质性以突破当前治疗瓶颈	骨肉瘤肿瘤生态系统及其免疫逃逸生态位	数字病理学	骨肉瘤	3-D空间转录组学（3-D ST）	NA	空间转录组数据	NA（文献综述不涉及具体样本量）
531	2025-08-03	Natural killer cell as a potential predictive biomarker for early immune checkpoint inhibitor-associated cardiovascular adverse events: a retrospective cohort study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1556373 PMID:40740863	研究论文	本研究探讨了外周免疫细胞在早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件中的预测价值	首次发现基线NK细胞比例可作为早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的潜在预测标志物	回顾性研究设计可能存在选择偏倚，样本量相对有限	评估外周免疫细胞对早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的预测价值	接受免疫检查点抑制剂治疗的患者	免疫治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 倾向评分匹配(PSM)	ROC曲线分析	基因表达数据, 临床数据	203名患者
532	2025-08-03	Multi-Omics Analysis Combined with Machine Learning Identified FABP4 in Smooth Muscle Cells as a Pathogenic Factor in Atherosclerosis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519114 PMID:40740974	研究论文	通过多组学分析和机器学习，研究发现平滑肌细胞中的FABP4是动脉粥样硬化的致病因子	结合单细胞RNA测序和机器学习技术，识别出与动脉粥样硬化相关的Scissor+平滑肌细胞，并发现FABP4作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验和计算预测，需要进一步的体内实验验证	探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用，并寻找潜在治疗靶点	平滑肌细胞（SMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、qRT-PCR	LASSO回归、随机森林、支持向量机（SVM）	基因表达数据	475个Scissor+ SMCs和1363个Scissor- SMCs
533	2025-08-03	High fat diet-induced loss of pituitary plasticity in aging female mice with ablated leptin signaling in somatotropes 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1617109 PMID:40741169	研究论文	本研究探讨了高脂饮食（HFD）对缺乏生长激素细胞中瘦素受体（LEPR）的老年雌性小鼠垂体转录组功能的影响	揭示了高脂饮食通过下调翻译调控通路和减少可能具有多潜能功能的细胞表达，损害垂体可塑性	研究仅针对老年雌性小鼠，未涉及其他年龄或性别群体	探究高脂饮食对缺乏生长激素细胞中瘦素受体的老年雌性小鼠垂体功能的影响	老年雌性小鼠（10个月大）及其垂体细胞	内分泌学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和生物信息学分析	LEPR缺失的转基因小鼠模型	转录组数据	老年雌性突变小鼠和同窝对照小鼠
534	2025-08-03	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	research paper	该研究发现了COPD中肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，并揭示了其再生潜能受损的现象	首次识别出肺气肿特异性ATII细胞亚群（asATII细胞），并证明其与健康对照相比形成肺泡类器官的能力显著降低	研究主要基于单细胞RNA测序和类器官实验，尚未开展体内功能验证研究	探究COPD中肺组织再生障碍的细胞机制	人类和小鼠的肺泡II型细胞（ATII）及气道club细胞	呼吸病学	COPD（慢性阻塞性肺疾病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、谱系标记、肺泡类器官培养	小鼠COPD模型	基因表达数据、组织定位数据	未明确说明样本数量（涉及人类和小鼠样本）
535	2025-08-03	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，识别了肺动脉高压中血管病变的独特分子特征	首次在IPAH血管病变中发现了与TGF-β信号、细胞外基质和内皮-间质转化相关的差异表达基因	样本量较小（IPAH肺11例，对照肺动脉5例）	探究特发性肺动脉高压(IPAH)血管病变的分子特征	IPAH患者的肺血管病变（丛状病变、闭塞性病变等）与对照肺动脉	数字病理	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	IPAH肺11例，对照肺动脉5例
536	2025-08-03	Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling 2024-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151 PMID:38823314	综述	探讨系统生物学和单细胞测序技术在识别候选基因以协调植物生长和发育中的作用	结合系统生物学和单细胞测序技术，探索候选基因和通路模块的序列-功能空间，以推进育种和基因工程策略	基因网络的复杂性和多效性增加了确定特定基因和通路功能的难度	通过工程植物激素信号协调植物生长、发育和环境响应	植物基因网络和通路	合成生物学	NA	CRISPR, 单细胞测序	NA	基因序列数据	NA
537	2025-08-03	Synovial 5-Lipoxygenase-Derived Oxylipins Define a Lympho-Myeloid-Enriched Synovium 2024-Aug, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42848 PMID:38508862	研究论文	本研究探讨了炎症关节中滑膜氧脂与血浆氧脂的相关性，及其与滑膜组织学模式的关系	首次揭示了滑膜5-脂氧合酶衍生的氧脂在淋巴-骨髓富集滑膜中的高表达特征	样本量较小（32例滑膜组织和26例配对血浆样本），且仅针对特定关节炎患者	确定炎症关节中滑膜氧脂是否与血浆氧脂及滑膜组织学模式相关	类风湿性关节炎和银屑病关节炎患者的滑膜组织和血浆样本	生物医学研究	类风湿性关节炎/银屑病关节炎	液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS），单细胞RNA测序	NA	生物分子数据（氧脂水平），基因表达数据	32例滑膜组织和26例配对血浆样本
538	2025-08-03	Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension 2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005 PMID:38841857	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的血管细胞转录组变化，揭示血管生成和动脉重塑的分子机制	识别出两种在系统性硬化症相关肺动脉高压肺中显著扩增的血管生成内皮细胞亚型，并揭示了相关的信号通路和转录调控网络	样本量相对较小，特别是特发性肺动脉高压组仅有3例样本	阐明系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的细胞分子机制	系统性硬化症相关肺动脉高压患者、特发性肺动脉高压患者和健康对照的肺组织血管细胞	分子生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、组织图像数据	16例系统性硬化症相关肺动脉高压患者、3例特发性肺动脉高压患者和15例健康对照的肺组织样本
539	2025-08-03	Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma 2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540 PMID:38901674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，提出L1细胞粘附分子（L1CAM）作为肾源性腺瘤（NA）的潜在生物标志物，并探索其在诊断中的应用	首次利用单细胞RNA测序技术提名L1CAM作为NA的生物标志物，并发现其在所有NA样本中均呈阳性表达，而在其他泌尿系统组织中为阴性	研究样本量较小（35例NA患者样本），且未涉及NA与其他类似病变的广泛比较	探索肾源性腺瘤的潜在细胞起源和特异性生物标志物，以辅助病理诊断	肾源性腺瘤（NA）患者样本及正常泌尿系统组织	数字病理	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	35例NA患者样本及对照组织
540	2025-08-03	Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility 2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-024-03154-1 PMID:38829516	research paper	本研究通过全外显子测序和功能验证，鉴定了与卵母细胞成熟缺陷和女性不育相关的新型ZFP36L2复合杂合变异	首次报道了与ZFP36L2变异相关的人类卵母细胞转录组改变，并扩展了ZFP36L2的突变谱	研究主要基于体外细胞实验和小鼠卵母细胞，人类卵母细胞数据有限	探索卵母细胞成熟缺陷的发病机制	ZFP36L2基因变异及其对卵母细胞成熟的影响	生殖医学	女性不育	全外显子测序、Sanger测序、实时RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	1名患者及其家系成员、HeLa细胞、小鼠和人类卵母细胞