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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-05-21 |
scVIP: personalized modeling of single-cell transcriptomes for developmental and disease phenotypes
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.04.20.717759
PMID:42079230
|
研究论文 | 提出scVIP生成框架,将单细胞转录组与个体表型关联,实现发育与疾病表型的个性化建模 | 首次将生成模型与细胞类型感知的多实例学习结合,从单细胞数据中学习个体层面的嵌入表示,并能整合不同表型定义的数据集 | 仅基于摘要,未提及局限性;可能需大量训练数据、可解释性有限或对罕见细胞类型敏感性不足 | 开发能够将单细胞转录组与个体表型(如发育年龄、疾病进展和神经病理)关联的个性化建模方法 | 单细胞转录数据及对应的个体表型标记 | 机器学习 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 生成模型(如变分自编码器)与多实例学习 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 522 | 2026-05-21 |
The transcription factor E4F1 is crucial for spermatogonial differentiation and meiosis progression in mice
2026-Apr-14, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12649-3
PMID:41981464
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研究论文 | 揭示了转录因子E4F1在小鼠精原细胞分化和减数分裂进程中的关键作用 | 首次发现E4F1通过调控精原细胞分化和减数分裂相关基因表达,影响小鼠精子发生过程 | 需要进一步验证以完全阐明E4F1依赖的转录调控机制 | 探究E4F1在精原细胞分化和减数分裂进程中的功能及分子机制 | 小鼠精原细胞和精母细胞 | 分子生物学 | NA | Cre-loxP基因敲除、单细胞转录组分析、CUT&Tag分析 | NA | 基因表达数据 | E4f1条件性敲除小鼠和HIS-Tag敲入小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 523 | 2026-05-21 |
scDEBGCL: a deep embedding approach based on bipartite graph contrastive learning for single-cell RNA-seq data
2026-Apr-14, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-026-02598-4
PMID:41981652
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研究论文 | 提出一种基于二分图对比学习的深度嵌入方法scDEBGCL,用于单细胞RNA测序数据的低维表示学习与下游分析 | 利用奇异值分解增强二分图并结合对比学习、图重建和数据重建联合学习细胞低维嵌入,有效保留全局细胞-基因相互作用并捕获判别性细胞表示 | 实验结果仅展示scDEBGCL作为有用框架,未提及具体局限性 | 解决单细胞RNA-seq数据高维稀疏性对下游分析(如细胞聚类、轨迹推断)的影响,学习有效的嵌入表示 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞和基因 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 图对比学习 | 基因表达矩阵 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 524 | 2026-05-21 |
High-throughput strategy for targeting MDM2 in uveal melanoma to reverse radiation therapy resistance
2026-Apr-11, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-026-02970-x
PMID:41965789
|
研究论文 | 结合机器学习和高通量筛选平台发现靶向MDM2的小分子抑制剂,以克服葡萄膜黑色素瘤的放射治疗耐药性 | 首次将机器学习模型与高通量筛选平台整合,识别靶向MDM2的新型小分子抑制剂SAR405838,并验证其通过p53激活增强放射敏感性 | 未提及临床验证和体内实验的长期效果评估 | 开发克服葡萄膜黑色素瘤放射治疗耐药性的新治疗策略 | 葡萄膜黑色素瘤细胞及其放射治疗耐药机制 | 机器学习 | 葡萄膜黑色素瘤 | 转录组测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 525 | 2026-05-21 |
MDA5-MAVS and interferon-lambda signaling in the intestinal epithelium limit murine astrovirus infection
2026-Apr, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.12.002
PMID:41435889
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示MDA5-MAVS和干扰素-λ信号在肠道上皮细胞中限制小鼠星状病毒感染的作用机制 | 首次在体内通过单细胞RNA测序明确小鼠星状病毒感染的细胞嗜性,并证明肠上皮细胞是干扰素-λ的主要来源,MDA5-MAVS通路调控干扰素-λ诱导,且IFN-λ信号主要在分泌细胞(包括杯状细胞)中发挥抗病毒作用 | 未发现特定肠上皮细胞类型对MAVS在控制病毒感染中的需求差异,提示可能需要多种肠上皮细胞的协同作用 | 阐明小鼠星状病毒感染时干扰素-λ诱导的病毒感知通路及其在病毒控制和细胞嗜性调节中的具体作用 | 小鼠星状病毒感染的小鼠肠道上皮细胞(包括杯状细胞和多种肠上皮细胞类型) | 机器学习和单细胞组学 | 肠道病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未提供具体样本量信息 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 526 | 2026-05-21 |
Application and Challenges of Chimeric Antigen Receptor T Cell Therapy in Systemic Rheumatic Diseases and Autoimmune Disorders
2026-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70658
PMID:41930334
|
综述 | 综述嵌合抗原受体T细胞疗法在系统性风湿病和自身免疫性疾病中的应用与挑战 | 系统总结了CAR-T在自身免疫性疾病中的作用机制,分析了核心临床挑战,并突出了新兴策略(如通用型/体内生成CAR-T细胞、多靶点/逻辑门设计、器官归巢工程以及与耐受增强剂的合理组合),强调多组学整合用于患者分层和复发预测 | 面临制造复杂、组织穿透有限、抗原逃逸、免疫后遗症以及缺乏预测性生物标志物等未满足需求 | 系统阐述CAR-T在自身免疫性疾病中的机制、挑战和精准导向创新策略,推动功能免疫重置 | 系统性风湿病和自身免疫性疾病患者 | 自然语言处理 | 自身免疫性疾病 | CAR-T细胞疗法 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 527 | 2026-05-21 |
Metabolic Alterations in Macrophage Subtypes Propel Immune and Stromal Remodeling in Neurofibroma's Malignant Progression
2026-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70709
PMID:41930352
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,揭示巨噬细胞亚型代谢变化驱动神经纤维瘤恶变过程中的免疫和基质重塑 | 首次鉴定出SPP1KYNU巨噬细胞亚群在MPNST恶变中协调基质重塑和免疫抑制的核心作用,并发现色氨酸代谢作为潜在治疗靶点 | 未提及样本量较小等具体局限性 | 阐明神经纤维瘤恶性转化为MPNST的潜在机制,寻找新的治疗靶点和诊断标志物 | 人类良性丛状神经纤维瘤和恶性外周神经鞘瘤样本中的肿瘤微环境细胞 | 数字病理学 | 神经纤维瘤病1型、恶性外周神经鞘瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本(基因表达数据) | 9个丛状神经纤维瘤和5个恶性外周神经鞘瘤样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 528 | 2026-05-21 |
High-Purity Functional Corneal Endothelial Cells From Human Induced Pluripotent Stem Cells via a Novel Wash-Out Method
2026-Apr, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70650
PMID:41930340
|
研究论文 | 通过新颖的冲洗方法从人诱导多能干细胞中生成高纯度功能性角膜内皮细胞 | 首次开发了一种高效、非细胞毒性的冲洗方法,用于去除未分化的诱导多能干细胞并获得高纯度的角膜内皮样细胞 | 内容未提及该方法在长期移植后的稳定性以及其他动物模型或临床试验的验证 | 建立从诱导多能干细胞高效生成高纯度功能性角膜内皮样细胞的稳健方法,以克服角膜内皮移植治疗中供体短缺的问题 | 角膜内皮细胞和诱导多能干细胞 | 机器学习 | 角膜内皮功能不全 | 诱导多能干细胞分化、冲洗方法、单细胞测序、体内移植 | NA | 单细胞测序数据 | 诱导多能干细胞衍生的角膜内皮样细胞和人类原代角膜内皮细胞,以及角膜内皮功能障碍家兔模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 529 | 2026-05-21 |
Infection of 5xFAD mice with a mouse-adapted SARS-CoV-2 does not alter Alzheimer's disease neuropathology yet induces widespread changes in gene expression across diverse cell types
2026-04, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.71394
PMID:42029189
|
研究论文 | 研究小鼠适应性SARS-CoV-2感染对5xFAD小鼠阿尔茨海默病神经病理学及基因表达的影响 | 首次使用小鼠适应性SARS-CoV-2感染老年5xFAD小鼠模型,结合空间转录组学分析未直接感染脑部病毒情况下对多种细胞类型基因表达的广泛影响 | 未在脑内检测到病毒RNA,感染可能未直接作用于中枢神经系统,且研究仅限于小鼠模型,可能无法完全反映人类SARS-CoV-2感染对阿尔茨海默病的影响 | 探究SARS-CoV-2感染是否加重阿尔茨海默病神经病理学及疾病进展 | 老年5xFAD和野生型小鼠 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 老年5xFAD和野生型小鼠 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台 |
| 530 | 2026-05-19 |
Dysregulated landscape of RNA-binding proteins in unexplained recurrent spontaneous abortion revealed by bulk and single-cell transcriptome
2026-Apr-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-45052-9
PMID:41922522
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 531 | 2026-05-21 |
Delta family protocadherins contribute to protoglomerular targeting of olfactory sensory neuron axons in the olfactory bulb
2026-Apr, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1012090
PMID:41920906
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别斑马鱼嗅觉感觉神经元中差异表达的轴突导向基因,发现δ-原钙黏蛋白家族成员在嗅球原肾小球靶向中发挥关键作用 | 首次揭示δ1-和δ2-原钙黏蛋白家族成员分别特异性调控不同亚群嗅觉感觉神经元轴突靶向特定原肾小球区域 | 未明确阐述研究限制 | 阐明嗅觉感觉神经元轴突定向连接嗅球原肾小球的分子机制 | 斑马鱼嗅觉感觉神经元及其轴突在原肾小球中的靶向行为 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 斑马鱼嗅觉感觉神经元(具体样本数未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 532 | 2026-05-21 |
Spike-in probe-enhanced single-cell RNA-seq reveals post-infusion transcriptomic remodeling of "prime-and-kill" synNotch-CAR-T cells
2026-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.26.713760
PMID:41929125
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研究论文 | 开发了一种带有外源探针的增强型单细胞RNA测序工作流程,用于追踪和分析“prime-and-kill” synNotch-CAR-T细胞输注后的转录组重塑 | 首次采用定制外源探针增强单细胞RNA测序技术检测synNotch-CAR转录本,结合机器学习辅助分类器实现工程化细胞的高特异性和高灵敏度检测 | 外源探针检测敏感性在不同细胞类型间存在差异(E-SYNC细胞78.2% vs B-SYNC细胞60.0%),可能影响低丰度细胞的全面捕获 | 开发能够同时检测工程化细胞并进行转录组分析的单细胞RNA测序工作流程,以解析synNotch-CAR-T细胞输注后的动态行为 | 针对胶质母细胞瘤的synNotch-CAR-T细胞(E-SYNC和B-SYNC系统) | 机器学习、数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、外源探针设计、机器学习辅助分类器 | NA | 单细胞转录组数据 | 胶质母细胞瘤异种移植模型中的脾脏、肺和脑组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 533 | 2026-05-21 |
NetTracer3D Enables User-Friendly Analysis of Diverse Microscopic and Medical 3D Datasets
2026-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.25.714104
PMID:41929015
|
研究论文 | NetTracer3D 是一个用于分析多样化显微与医学3D数据集的用户友好型工具 | NetTracer3D 提供了三种广泛适用的网络分析模式(连接网络、分支邻接与分支点网络、邻近网络),并支持标准化数据格式和交互式探索,简化了3D图像分析流程 | 文章未明确提及局限性 | 开发一个集成工具,简化三维图像分析,促进不同数据集之间的整合、共享和分析 | 人类和小鼠肾脏、小鼠支气管、人类脑血管造影、淋巴结以及3D光片癌症图像 | 计算机视觉 | 癌症 | CODEX, 无标记拉曼光谱, 光片显微镜 | 网络分析模型(连接网络、分支邻接与分支点网络、邻近网络) | 图像 | 多种样本,包括人类和小鼠肾脏、小鼠支气管、人类脑血管造影、淋巴结及3D光片癌症图像 | NA | 空间转录组学, CODEX | NA | NA |
| 534 | 2026-05-21 |
Cross-Species Multi-Omics Profiling Identifies Conserved Activated Valvular Interstitial Cell Population Driving Myxomatous Mitral Valve Degeneration
2026-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.23.713796
PMID:41929066
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研究论文 | 跨物种多组学分析揭示了在粘液样二尖瓣退行性变中保守的活化瓣膜间质细胞群 | 首次通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学,跨物种(小鼠和人类)鉴定出一个保守的活化瓣膜间质细胞群,该细胞群富集促纤维化细胞外基质重塑程序,并优先定位于机械脆弱区域 | 研究生效细胞群的因果关系验证尚不充分,且人类样本数量有限 | 解析粘液样二尖瓣退行性变中瓣膜间质细胞的分子异质性及其在疾病发病机制中的状态特异性贡献 | 纤维蛋白-1缺陷小鼠模型和人类二尖瓣组织标本(包括正常、散发性二尖瓣脱垂和马凡综合征相关二尖瓣脱垂) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间表达数据 | 包含小鼠和人类样本,具体样本数未在摘要中说明 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | 10x Chromium单细胞3'测序, 10x Visium空间转录组学 |
| 535 | 2026-05-21 |
Vascular invasion-associated gene expression is detectable in pre-surgical biopsies of stage I lung adenocarcinoma
2026-Mar-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70600-2
PMID:41876493
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研究论文 | 检测I期肺腺癌术前活检标本中与血管侵犯相关的基因表达,以预测复发和手术获益 | 发现血管侵犯相关的基因特征在肿瘤侵袭灶之外也可检测到,并在术前活检中具有区分VI的潜力,支持术前风险分层 | 文中未明确提及具体局限性 | 识别能预测I期肺腺癌血管侵犯的生物标志物,以改善术前风险分层 | I期肺腺癌肿瘤样本,包括切除肿瘤和术前活检标本 | 机器学习 | 肺癌 | RNA-seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 162个切除肿瘤样本,及其子集用于空间转录组学;独立验证队列和多区域采样数据;术前活检队列 | Illumina | bulk RNA-seq, 空间转录组学 | Illumina NovaSeq, 空间转录组平台未详述 | bulk RNA测序使用Illumina平台,空间转录组学用于部分子集 |
| 536 | 2026-05-21 |
ZMAP: A single-cell meta-atlas of zebrafish embryonic development reveals a consensus hierarchy of cell identities
2026-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.23.713599
PMID:41928926
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研究论文 | 整合8个斑马鱼胚胎单细胞RNA测序数据集,构建统一参考图谱ZMAP,揭示细胞身份的分层共识 | 通过整合多个独立数据集,建立斑马鱼胚胎发育的共识层次注释本体和标记基因发现流水线,并提供交互式网络工具 | 未提及具体局限性,但跨研究整合可能受限于数据批次效应和原始注释差异 | 构建斑马鱼胚胎发育的单细胞整合参考图谱,实现跨研究一致性注释和细胞身份共识推断 | 斑马鱼胚胎发育中的单个细胞 | 计算生物学, 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 798,790个细胞,覆盖15个发育时间窗口 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 整合8个已发表的斑马鱼全胚胎scRNA-seq数据集 |
| 537 | 2026-05-21 |
Endometrial Hyperplasia Risk Is Increased by High-Fat Diet Via Estrogen-Driven Stromal Fibroblast Reprogramming Toward a Pro-Fibrotic State
2026-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.20.713224
PMID:41929061
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析高脂饮食如何通过雌激素驱动的基质成纤维细胞重编程增加子宫内膜增生风险 | 首次揭示高脂饮食通过雌激素信号驱动成纤维细胞向促纤维化状态重编程,从而连接雌激素优势、基质纤维化、免疫清除缺陷和子宫内膜增生易感性之间的机制 | 研究基于小鼠模型,可能不完全代表人类子宫内膜增生的病理机制 | 阐明肥胖如何改变子宫内膜细胞状态并增加子宫内膜增生风险 | 对照饮食或高脂饮食喂养的对照小鼠和易发子宫内膜增生小鼠的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜增生 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照饮食和高脂饮食喂养的小鼠子宫内膜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 538 | 2026-05-21 |
Intranasal HSV-1 Infection Drives Region-Specific Interferon-Dominant Microglial Remodeling
2026-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.13.711627
PMID:41928984
|
研究论文 | 利用多组学框架研究鼻内HSV-1感染如何驱动小胶质细胞区域特异性干扰素主导的重塑 | 首次整合单核RNA测序、染色质可及性分析和空间转录组学,在生理相关的鼻内HSV-1感染模型中解析小胶质细胞反应的转录和表观遗传机制 | 未提及明确限制 | 阐明急性HSV-1感染体内小胶质细胞反应的转录和表观遗传机制 | 鼻内HSV-1感染小鼠模型中的小胶质细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单核RNA测序、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞多组学、空间转录组学 | NA | NA |
| 539 | 2026-05-21 |
Spatial transcriptomics identifies dysregulated programs across neural and non-neural tissues in spinal muscular atrophy
2026-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.20.713154
PMID:41929160
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术识别脊髓性肌萎缩症中神经和非神经组织的失调程序 | 首次在症状前SMA小鼠模型中使用空间转录组学分析整个腰椎区域的多组织转录变化,揭示了SMN缺乏在运动神经元丢失前即引起广泛组织重编程 | NA | 阐明SMN缺乏在神经和周围组织中的早期转录后果 | 症状前SMA小鼠和对照小鼠的腰椎横截面 | 数字病理学 | 脊髓性肌萎缩症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | SMA小鼠和对照小鼠(数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 540 | 2026-05-21 |
Longitudinal Profiling of Tumor and Immune Compartments Uncovers Patterns of Dysregulation and Associations with Response in Multiple Myeloma
2026-Mar-04, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-25-0205
PMID:41364805
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研究论文 | 通过对多发性骨髓瘤患者的纵向多组学分析,揭示了肿瘤与免疫微环境的动态相互作用及其与治疗反应的相关性 | 首次在纵向队列中整合单细胞RNA测序和批量测序数据,系统描绘多发性骨髓瘤免疫微环境的动态变化,并识别幼稚B细胞重建作为持久治疗反应的生物标志物 | 未详细阐述样本异质性或验证队列的局限性,可能限制结论的普适性 | 探究多发性骨髓瘤中治疗反应与疾病进展的免疫相关因素 | 102例多发性骨髓瘤患者的243份骨髓样本,包含631,226个细胞 | 自然语言处理 | 多发性骨髓瘤 | RNA-seq、全基因组测序、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、基因组序列数据 | 102名患者的243份骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq、全基因组测序 | NA | NA |