单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 33643 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2025-11-30 |
Transformer and graph variational autoencoder to identify microenvironments: A deep learning protocol for spatial transcriptomics
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104206
PMID:41313684
|
研究论文 | 提出一种结合Transformer和图变分自编码器的深度学习框架TG-ME，用于从空间转录组和形态学图像中识别微环境 | 首次将Transformer与图变分自编码器结合，开发可同时分析空间转录组和形态学图像的微环境识别框架 | 未提及具体性能指标和对比实验结果 | 开发深度学习协议用于空间微环境识别 | 健康组织、肿瘤组织和感染组织的空间微环境 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学、形态学图像分析 | Transformer, 图变分自编码器 | 空间转录组数据、形态学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 522 | 2025-11-30 |
Protocol for quantifying hepatitis B virus transcript abundance and genomic segment distribution from single-cell RNA-seq
2025-Nov-27, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104230
PMID:41313688
|
研究论文 | 本文提供了一个从单细胞RNA测序数据中量化乙型肝炎病毒转录本丰度和基因组片段分布的分析流程 | 开发了能够在单细胞分辨率下同时分析HBV转录本表达量和全基因组读取分布的方法 | NA | 建立分析HBV感染肝组织中病毒表达模式和病毒-宿主相互作用的标准化流程 | HBV感染的肝组织单细胞 | 生物信息学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 523 | 2025-11-30 |
m6A-Related SNPs in endometriosis and ovarian cancer: implications for chemoresistance and therapeutic targeting
2025-Nov-27, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115894
PMID:41314051
|
研究论文 | 本研究探讨m6A相关SNPs在子宫内膜异位症和卵巢癌中的作用机制，重点关注顺铂耐药性 | 首次整合GWAS数据与m6A相关变异，结合单细胞RNA测序和功能实验揭示LDHB在顺铂耐药中的关键作用 | 需要进一步体内实验验证特定m6A-SNPs的直接效应 | 研究m6A相关遗传变异在卵巢癌和子宫内膜异位症中的调控作用及顺铂耐药机制 | 卵巢癌和子宫内膜异位症患者样本及细胞模型 | 生物信息学 | 卵巢癌 | GWAS, scRNA-seq, eQTL分析, 功能实验 | LDHB过表达和敲低模型 | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA数据库和单细胞RNA测序样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 524 | 2025-11-30 |
Hpv-driven rewiring of the tumor immune microenvironment through single-cell profiling informs prognosis and therapy in HNSCC
2025-Nov-27, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示HPV感染如何重塑头颈鳞癌肿瘤免疫微环境，并开发预后模型指导治疗 | 首次整合单细胞RNA测序和批量转录组数据系统解析HPV驱动的免疫微环境重编程，建立基于七个HPV相关基因的预后特征 | 研究基于公共数据库数据，需要进一步前瞻性临床验证 | 阐明HPV感染对头颈鳞癌肿瘤免疫微环境的影响机制并开发预后生物标志物 | 头颈鳞癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 头颈鳞癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析, 免疫组织化学, LASSO-COX回归 | 预后风险模型 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA和GEO数据库中的头颈鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 525 | 2025-11-30 |
Differential regulation of 5-lipoxygenase and leukotriene-C4-synthase expression by IFNγ, IL-4 and IL-13 in human monocytes and macrophages from patients with atopic dermatitis
2025-Nov-26, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-025-02108-2
PMID:41296013
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和体外实验探讨了特应性皮炎患者单核细胞和巨噬细胞中5-脂氧合酶和白细胞三烯C4合酶的表达调控机制 | 首次在单细胞水平揭示特应性皮炎皮损中5-LO/ALOX5和LTC4S的表达特征，并发现IFNγ、IL-4和IL-13对这些酶表达的差异性调控 | 样本来源包括匿名捐赠者，患者临床特征异质性可能影响结果 | 研究Th1/Th2细胞因子对单核细胞和巨噬细胞中半胱氨酰白细胞三烯合成关键酶的调控作用 | 特应性皮炎患者和健康志愿者的单核细胞、巨噬细胞及皮损组织 | 单细胞生物学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序, q-PCR, 免疫细胞化学 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 特应性皮炎患者、健康志愿者和匿名捐赠者的外周血单核细胞及皮损活检组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 526 | 2025-11-30 |
FSTL1 is a prognostic marker and promotes invasion and metastasis of colon cancer
2025-Nov-26, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-03989-9
PMID:41296128
|
研究论文 | 本研究探讨FSTL1在结直肠癌中的表达特征、预后价值及其促进肿瘤侵袭转移的机制 | 首次系统揭示FSTL1在结直肠癌中的多组学特征，发现其通过APP-CD74通路影响肿瘤微环境重塑，并鉴定阿西替尼作为潜在靶向治疗药物 | 研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仅限于体外细胞实验 | 阐明FSTL1在结直肠癌发病机制中的作用及其临床意义 | 结直肠癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,基因集富集分析,蛋白质相互作用网络分析 | ESTIM算法,TIDE数据库分析 | 基因表达数据,单细胞测序数据,蛋白质表达数据 | 来自GEO数据库的多个结直肠癌数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 527 | 2025-11-30 |
A biomimetic senotherapy replenishing MAT2A promotes wound regeneration in preclinical models
2025-Nov-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65659-2
PMID:41298385
|
研究论文 | 本研究揭示了MAT2A在糖尿病伤口愈合中的关键作用，并开发了一种基于仿生策略的靶向衰老治疗方法 | 发现MAT2A下调通过影响HMGCS1表达和辅酶Q合成诱导周细胞衰老，并首次开发了包裹自扩增RNA纳米颗粒的周细胞膜仿生疗法 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中得到验证 | 探究糖尿病伤口中持续炎症浸润的机制并开发促进伤口再生的治疗方法 | 周细胞、巨噬细胞、糖尿病伤口模型 | 细胞生物学 | 糖尿病伤口 | 单细胞测序，基因编辑小鼠模型，纳米颗粒技术 | Cspg4-CreER/+; Mat2a基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 528 | 2025-11-30 |
Single-cell and bulk transcriptomics reveal Fusobacterium nucleatum promotes colorectal cancer metastasis by upregulating LAMC2 in in vitro and in vivo models
2025-Nov-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-26249-w
PMID:41298762
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和批量转录组学分析，揭示具核梭杆菌通过上调LAMC2促进结直肠癌转移的分子机制 | 首次阐明具核梭杆菌通过下调hsa-miRNA-7977解除对LAMC2的转录抑制，进而激活FAK-PI3K-AKT信号通路和调节H3K27组蛋白乙酰化的新机制 | 研究主要基于体外和动物模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究LAMC2在具核梭杆菌诱导的结直肠癌转移中的作用机制 | 结直肠癌细胞系、动物模型和临床组织样本 | 癌症生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序, 批量转录组测序, 免疫组织化学, 透射电子显微镜, 伤口愈合实验, Transwell迁移实验 | Cox回归模型 | 基因表达数据, 组织图像数据 | 多个独立队列的临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 529 | 2025-11-30 |
Comprehensive single-cell RNA analysis reveals intertumoral microenvironment heterogeneity and hub niche of carcinogenesis in thyroid cancer
2025-Nov-26, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00924-7
PMID:41298873
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析甲状腺癌肿瘤微环境的细胞异质性和关键生态位 | 首次在甲状腺癌中鉴定出CD4+HSPA1A+T细胞等新型细胞亚群，并揭示APOE+巨噬细胞、EMT样癌症相关成纤维细胞和RBP7+内皮细胞构成的关键生态位 | 样本量相对有限（50个癌组织和14个正常组织），需要更大规模验证 | 解析甲状腺癌肿瘤微环境的细胞异质性和分子机制 | 甲状腺癌患者组织样本（包括乳头状癌、间变性癌和转移性肿瘤）及正常甲状腺组织 | 单细胞转录组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序，多重免疫组织化学 | PCA，UMAP，AUCell，CellChat，NicheNet | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | 50个甲状腺癌样本和14个正常甲状腺组织，共405,077个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 530 | 2025-11-30 |
Spatial omics in 3D culture model systems: decoding cellular positioning mechanisms and microenvironmental dynamics
2025-Nov-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07390-6
PMID:41299674
|
综述 | 探讨空间组学技术与3D培养模型系统的整合应用，解析细胞定位机制和微环境动态 | 聚焦前沿空间组学技术与3D培养模型的无缝整合，提供基因、蛋白质、代谢物和染色质景观的空前图谱 | 复杂多模态数据集的系统整合及其向临床可用生物标志物的转化仍面临巨大挑战 | 深化对组织模式、疾病进展和治疗干预空间动态的理解 | 类器官、肿瘤球体、3D生物打印构建体等3D培养模型 | 空间组学 | 肿瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、空间代谢组学、空间表观基因组学 | NA | 分子信息、空间定位数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 空间代谢组学, 空间表观基因组学 | NA | 高分辨率空间组学平台与生物打印组织、微流体器官芯片等精密工程3D模型结合 |
| 531 | 2025-11-30 |
Spatial Transcriptomics in the Human Left Atrial Appendage and Pulmonary Vein Sleeve
2025-Nov-26, Cardiovascular pathology : the official journal of the Society for Cardiovascular Pathology
IF:2.3Q2
DOI:10.1016/j.carpath.2025.107802
PMID:41314481
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术研究人类左心耳和肺静脉套的基因表达特征 | 首次在未使用的移植供体中获得人类肺静脉和左心耳组织进行空间转录组学研究 | 样本来源于未使用的移植供体，可能无法完全代表心房颤动患者的组织特征 | 研究心房颤动相关基因在肺静脉和左心耳组织中的空间表达模式 | 人类肺静脉和左心耳组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | Seurat聚类分析 | 空间基因表达数据 | 未使用的移植供体组织 | NA | 空间转录组学 | NA | 55 µm直径空间区域 |
| 532 | 2025-11-30 |
In vivo differentiation of embryonic cells devoid of key reprogramming factors
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116498
PMID:41171758
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析斑马鱼NPS突变细胞在野生型胚胎中的命运，揭示了NPS在发育重编程和分化中的关键作用 | 首次在体内证明部分细胞可绕过短暂全能性阶段直接获得中间发育状态 | 研究仅限于斑马鱼模型，未在其他物种验证 | 探究NPS因子在发育重编程和细胞分化过程中的功能 | 斑马鱼胚胎中的NPS突变细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 533 | 2025-11-30 |
Single-cell RNA-seq of small-intestinal neuroendocrine tumors reveals the cell of origin and gene expression of early tumor development
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116500
PMID:41175375
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小肠神经内分泌肿瘤的细胞起源和早期肿瘤发展的基因表达轨迹 | 首次在遗传性SI-NET患者中鉴定出位于隐窝+4位置及以下的CES1(+)、LCN15(-)肠嗜铬细胞亚群为肿瘤起源细胞，并发现PRODH2作为前体细胞的关键生物标志物 | 研究聚焦于遗传性SI-NET患者，结果在散发性病例中的普适性需进一步验证 | 阐明小肠神经内分泌肿瘤的细胞起源和早期发展机制 | 遗传性小肠神经内分泌肿瘤患者的多发性同步肿瘤和前体病变 | 单细胞组学 | 小肠神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 遗传性SI-NET患者的多发性肿瘤和前体样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 534 | 2025-11-30 |
Monocyte-derived cells promote transient insult-induced brain injury by enhancing CD8+ T cell response
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116528
PMID:41205172
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现单核来源细胞通过增强CD8+ T细胞反应促进短暂损伤诱导的脑损伤 | 首次揭示单核来源的cDC2样细胞在脑损伤中通过CD28-CD80/CD86共刺激信号调控CD8+ T细胞反应的新机制 | 研究主要基于辐射诱导脑损伤模型，其他类型脑损伤的普适性需要进一步验证 | 探究短暂损伤诱导脑损伤中免疫细胞的调控机制 | 辐射诱导脑损伤患者和实验性脑卒中模型 | 单细胞测序分析 | 脑损伤 | 单细胞RNA测序, 单细胞T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 辐射诱导脑损伤患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞TCR-seq | NA | NA |
| 535 | 2025-11-30 |
Multi-omics analyses reveal DjTcf4 critical for proper timing of differentiation in planarian regeneration
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116551
PMID:41231672
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示DjTcf4在涡虫再生过程中对细胞分化时机的关键调控作用 | 构建了首个涡虫基因组重注释、3D空间转录组、单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序的多组学图谱，发现DjTcf4在再生过程中具有非经典功能 | 研究局限于日本三角涡虫模型，未在其他再生生物中进行验证 | 阐明涡虫再生过程中芽基细胞组成和转录景观的动态变化机制 | 日本三角涡虫(Dugesia japonica)的再生过程 | 发育生物学,再生医学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组,基因组重注释 | NA | 基因组数据,转录组数据,表观基因组数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,空间转录组 | NA | NA |
| 536 | 2025-11-30 |
Intermediate filaments promote glioblastoma cell invasion by controlling nuclear deformations and mechanosensitive expression of MMP14
2025-Nov-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116553
PMID:41241939
|
研究论文 | 本研究揭示中间丝通过调控核变形和机械敏感性MMP14表达促进胶质母细胞瘤细胞侵袭的机制 | 发现中间丝在降低细胞变形性的同时反而促进3D侵袭，并阐明其通过缓冲核变形和上调MMP14表达的机械敏感机制 | NA | 探究中间丝在胶质母细胞瘤细胞侵袭中的作用机制 | 胶质母细胞瘤细胞 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 537 | 2025-11-30 |
Epigenetic and transcriptional programming of murine eosinophils in the esophagus
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65440-5
PMID:41290588
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序、表观基因组图谱和流式细胞术分析小鼠食管嗜酸性粒细胞在过敏性炎症中的表观遗传和转录编程 | 首次揭示食管嗜酸性粒细胞的组织特异性是通过局部环境信号诱导全基因组表观遗传重编程实现的，并建立了小鼠组织嗜酸性粒细胞的公开表观遗传数据库 | 研究主要基于小鼠模型，虽然显示与人类存在保守性，但需要进一步的人类样本验证 | 探究食管嗜酸性粒细胞在过敏性炎症中的表观遗传和转录调控机制 | 小鼠食管嗜酸性粒细胞 | 单细胞组学 | 过敏性疾病 | 单细胞测序,表观基因组图谱,流式细胞术,基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据,表观基因组数据,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,表观基因组学 | NA | NA |
| 538 | 2025-11-30 |
Nivolumab plus ipilimumab induce hyper-progression in renal medullary carcinoma: results of a phase II trial and preclinical evidence
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-65462-z
PMID:41290625
|
研究论文 | 报告纳武利尤单抗联合伊匹木单抗在肾髓样癌患者中引发超进展的II期临床试验结果及临床前证据 | 首次发现免疫检查点疗法通过CEBPB/p300轴触发肿瘤细胞'髓系拟态'程序导致超进展，并通过p300抑制剂恢复治疗敏感性 | 样本量较小（仅10例患者），需更大规模研究验证 | 评估纳武利尤单抗联合伊匹木单抗治疗肾髓样癌的疗效并探索耐药机制 | 肾髓样癌患者和免疫活性体细胞嵌合基因工程小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肾髓样癌 | 单细胞RNA测序，基因工程小鼠模型 | 免疫活性体细胞嵌合基因工程小鼠模型 | 临床数据，单细胞RNA测序数据 | 10例患者，临床前小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 539 | 2025-11-30 |
The AML cellular state space unveils NPM1 immune evasion subtypes with distinct clinical outcomes
2025-Nov-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66546-6
PMID:41290664
|
研究论文 | 通过基因组和转录组分析揭示急性髓系白血病的细胞状态空间，发现NPM1突变亚型具有不同的免疫逃逸机制和临床结局 | 首次在单细胞水平将NPM1突变AML分为两个具有不同免疫特征和临床预后的亚型 | 样本量相对有限(120例AML)，需要更大规模验证 | 解析急性髓系白血病的细胞异质性并完善其分类系统 | 120例急性髓系白血病患者样本 | 单细胞基因组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,基因组分析,转录组分析 | 聚类分析 | 单细胞RNA测序数据,基因组数据,转录组数据 | 120例AML患者，包含超过90,000个未成熟AML细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 540 | 2025-11-30 |
Pharmacological induction of acetyl-CoA carboxylase 1 autophagic degradation attenuates lipid accumulation and cholangiocarcinoma progression
2025-Nov-25, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03564-8
PMID:41291880
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和高通量筛选发现Withaferin A可通过诱导ACC1自噬降解抑制脂质积累和胆管癌进展 | 首次揭示Withaferin A通过抑制ACC1活性并诱导其自噬降解来阻断脂质合成的分子机制 | 临床前研究阶段，尚未进行人体临床试验 | 探索靶向脂质代谢的胆管癌治疗新策略 | 胆管癌细胞系和动物模型 | 癌症代谢研究 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序, 高通量筛选, 液相色谱-串联质谱 | NA | 基因表达数据, 代谢组学数据 | 994种生物活性化合物筛选 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |