单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-08-03	Integrative spatial and single-cell transcriptomics elucidate programmed cell death-driven tumor microenvironment dynamics in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1589563 PMID:40740783	研究论文	本研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学，开发了一个程序性细胞死亡（PCD）评分预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）的预后并阐明肿瘤微环境的差异	开发了一个基于17个PCD相关基因的预测模型，揭示了PCD评分与肿瘤微环境及免疫细胞耗竭的关系，并鉴定了关键致癌基因UBE2E1	研究主要基于公共数据库数据，缺乏独立队列的外部验证	评估肝细胞癌的预后并阐明肿瘤微环境差异	肝细胞癌患者	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序（ST-seq）	PCD评分预测模型	转录组数据	363名TCGA数据库患者和221名GEO数据库患者
522	2025-08-03	Deciphering spatially confined immune evasion niches in osteosarcoma with 3-D spatial transcriptomics: a literature review 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1640645 PMID:40740859	文献综述	本文综述了利用3-D空间转录组学技术解析骨肉瘤中空间受限的免疫逃逸生态位的研究进展	整合3-D空间转录组学技术揭示骨肉瘤中免疫逃逸生态位的空间分层结构及其与治疗抵抗的关系	主要基于临床前研究数据，尚未在临床队列中得到全面验证	阐明骨肉瘤免疫微环境的空间异质性以突破当前治疗瓶颈	骨肉瘤肿瘤生态系统及其免疫逃逸生态位	数字病理学	骨肉瘤	3-D空间转录组学（3-D ST）	NA	空间转录组数据	NA（文献综述不涉及具体样本量）
523	2025-08-03	Natural killer cell as a potential predictive biomarker for early immune checkpoint inhibitor-associated cardiovascular adverse events: a retrospective cohort study 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1556373 PMID:40740863	研究论文	本研究探讨了外周免疫细胞在早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件中的预测价值	首次发现基线NK细胞比例可作为早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的潜在预测标志物	回顾性研究设计可能存在选择偏倚，样本量相对有限	评估外周免疫细胞对早期免疫检查点抑制剂相关心血管不良事件的预测价值	接受免疫检查点抑制剂治疗的患者	免疫治疗	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 倾向评分匹配(PSM)	ROC曲线分析	基因表达数据, 临床数据	203名患者
524	2025-08-03	Multi-Omics Analysis Combined with Machine Learning Identified FABP4 in Smooth Muscle Cells as a Pathogenic Factor in Atherosclerosis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S519114 PMID:40740974	研究论文	通过多组学分析和机器学习，研究发现平滑肌细胞中的FABP4是动脉粥样硬化的致病因子	结合单细胞RNA测序和机器学习技术，识别出与动脉粥样硬化相关的Scissor+平滑肌细胞，并发现FABP4作为潜在治疗靶点	研究主要基于体外实验和计算预测，需要进一步的体内实验验证	探索平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用，并寻找潜在治疗靶点	平滑肌细胞（SMCs）	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、qRT-PCR	LASSO回归、随机森林、支持向量机（SVM）	基因表达数据	475个Scissor+ SMCs和1363个Scissor- SMCs
525	2025-08-03	High fat diet-induced loss of pituitary plasticity in aging female mice with ablated leptin signaling in somatotropes 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1617109 PMID:40741169	研究论文	本研究探讨了高脂饮食（HFD）对缺乏生长激素细胞中瘦素受体（LEPR）的老年雌性小鼠垂体转录组功能的影响	揭示了高脂饮食通过下调翻译调控通路和减少可能具有多潜能功能的细胞表达，损害垂体可塑性	研究仅针对老年雌性小鼠，未涉及其他年龄或性别群体	探究高脂饮食对缺乏生长激素细胞中瘦素受体的老年雌性小鼠垂体功能的影响	老年雌性小鼠（10个月大）及其垂体细胞	内分泌学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和生物信息学分析	LEPR缺失的转基因小鼠模型	转录组数据	老年雌性突变小鼠和同窝对照小鼠
526	2025-08-03	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	research paper	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新型的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，并能扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据	未明确提及具体限制，但可能包括对新数据类型的适应性和更广泛的组织类型的验证	开发一种计算高效的方法，用于空间转录组数据的降维和空间域识别	人类和小鼠组织的空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	随机两阶段PCA框架	空间转录组数据	四个公开可用的空间转录组数据集
527	2025-08-03	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	research paper	该研究发现了COPD中肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，并揭示了其再生潜能受损的现象	首次识别出肺气肿特异性ATII细胞亚群（asATII细胞），并证明其与健康对照相比形成肺泡类器官的能力显著降低	研究主要基于单细胞RNA测序和类器官实验，尚未开展体内功能验证研究	探究COPD中肺组织再生障碍的细胞机制	人类和小鼠的肺泡II型细胞（ATII）及气道club细胞	呼吸病学	COPD（慢性阻塞性肺疾病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、谱系标记、肺泡类器官培养	小鼠COPD模型	基因表达数据、组织定位数据	未明确说明样本数量（涉及人类和小鼠样本）
528	2025-08-03	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	本研究利用数字空间转录组学技术，识别了肺动脉高压中血管病变的独特分子特征	首次在IPAH血管病变中发现了与TGF-β信号、细胞外基质和内皮-间质转化相关的差异表达基因	样本量较小（IPAH肺11例，对照肺动脉5例）	探究特发性肺动脉高压(IPAH)血管病变的分子特征	IPAH患者的肺血管病变（丛状病变、闭塞性病变等）与对照肺动脉	数字病理	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	IPAH肺11例，对照肺动脉5例
529	2025-08-03	Pleiotropy, a feature or a bug? Toward co-ordinating plant growth, development, and environmental responses through engineering plant hormone signaling 2024-Aug, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2024.103151 PMID:38823314	综述	探讨系统生物学和单细胞测序技术在识别候选基因以协调植物生长和发育中的作用	结合系统生物学和单细胞测序技术，探索候选基因和通路模块的序列-功能空间，以推进育种和基因工程策略	基因网络的复杂性和多效性增加了确定特定基因和通路功能的难度	通过工程植物激素信号协调植物生长、发育和环境响应	植物基因网络和通路	合成生物学	NA	CRISPR, 单细胞测序	NA	基因序列数据	NA
530	2025-08-03	Synovial 5-Lipoxygenase-Derived Oxylipins Define a Lympho-Myeloid-Enriched Synovium 2024-Aug, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42848 PMID:38508862	研究论文	本研究探讨了炎症关节中滑膜氧脂与血浆氧脂的相关性，及其与滑膜组织学模式的关系	首次揭示了滑膜5-脂氧合酶衍生的氧脂在淋巴-骨髓富集滑膜中的高表达特征	样本量较小（32例滑膜组织和26例配对血浆样本），且仅针对特定关节炎患者	确定炎症关节中滑膜氧脂是否与血浆氧脂及滑膜组织学模式相关	类风湿性关节炎和银屑病关节炎患者的滑膜组织和血浆样本	生物医学研究	类风湿性关节炎/银屑病关节炎	液相色谱-串联质谱法（LC-MS/MS），单细胞RNA测序	NA	生物分子数据（氧脂水平），基因表达数据	32例滑膜组织和26例配对血浆样本
531	2025-08-03	Molecular Changes Implicate Angiogenesis and Arterial Remodeling in Systemic Sclerosis-Associated and Idiopathic Pulmonary Hypertension 2024-08, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320005 PMID:38841857	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的血管细胞转录组变化，揭示血管生成和动脉重塑的分子机制	识别出两种在系统性硬化症相关肺动脉高压肺中显著扩增的血管生成内皮细胞亚型，并揭示了相关的信号通路和转录调控网络	样本量相对较小，特别是特发性肺动脉高压组仅有3例样本	阐明系统性硬化症相关和特发性肺动脉高压的细胞分子机制	系统性硬化症相关肺动脉高压患者、特发性肺动脉高压患者和健康对照的肺组织血管细胞	分子生物学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、组织图像数据	16例系统性硬化症相关肺动脉高压患者、3例特发性肺动脉高压患者和15例健康对照的肺组织样本
532	2025-08-03	Expression of L1 Cell Adhesion Molecule, a Nephronal Principal Cell Marker, in Nephrogenic Adenoma 2024-Aug, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100540 PMID:38901674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，提出L1细胞粘附分子（L1CAM）作为肾源性腺瘤（NA）的潜在生物标志物，并探索其在诊断中的应用	首次利用单细胞RNA测序技术提名L1CAM作为NA的生物标志物，并发现其在所有NA样本中均呈阳性表达，而在其他泌尿系统组织中为阴性	研究样本量较小（35例NA患者样本），且未涉及NA与其他类似病变的广泛比较	探索肾源性腺瘤的潜在细胞起源和特异性生物标志物，以辅助病理诊断	肾源性腺瘤（NA）患者样本及正常泌尿系统组织	数字病理	泌尿系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学（IHC）、RNA原位杂交	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	35例NA患者样本及对照组织
533	2025-08-03	Identification of novel compound heterozygous ZFP36L2 variants implicated in oocyte maturation defects and female infertility 2024-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-024-03154-1 PMID:38829516	research paper	本研究通过全外显子测序和功能验证，鉴定了与卵母细胞成熟缺陷和女性不育相关的新型ZFP36L2复合杂合变异	首次报道了与ZFP36L2变异相关的人类卵母细胞转录组改变，并扩展了ZFP36L2的突变谱	研究主要基于体外细胞实验和小鼠卵母细胞，人类卵母细胞数据有限	探索卵母细胞成熟缺陷的发病机制	ZFP36L2基因变异及其对卵母细胞成熟的影响	生殖医学	女性不育	全外显子测序、Sanger测序、实时RT-PCR、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	1名患者及其家系成员、HeLa细胞、小鼠和人类卵母细胞
534	2024-08-07	Lung Single-Cell Transcriptomics in Alpha-1 Antitrypsin Deficiency 2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0064LE PMID:39087828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
535	2025-08-03	Analyzing Single Cell RNA Sequencing with Topological Nonnegative Matrix Factorization 2024-Aug-01, Journal of computational and applied mathematics IF:2.1Q1 DOI:10.1016/j.cam.2024.115842 PMID:38464901	研究论文	该论文介绍了两种基于持久拉普拉斯正则化的非负矩阵分解方法，用于分析单细胞RNA测序数据	提出了拓扑非负矩阵分解（TNMF）和鲁棒拓扑非负矩阵分解（rTNMF）方法，解决了传统NMF方法缺乏多尺度分析的问题	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	scRNA-seq	NMF, TNMF, rTNMF	RNA测序数据	12个数据集
536	2025-08-03	Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data 2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland) DOI:10.1007/s43657-024-00169-7 PMID:39583311	研究论文	通过整合多组学数据和分子生物学实验，探讨Calumenin（CALU）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的影响及其与肿瘤微环境异质性的关系	首次揭示了CALU在ccRCC中的表达与肿瘤进展、免疫微环境特征及化疗药物敏感性的关联	研究未涉及CALU在ccRCC中的具体作用机制	探究CALU在ccRCC中的生物学功能及其作为生物标志物的潜力	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者及细胞模型	肿瘤生物学	肾细胞癌	多组学数据分析、分子生物学实验、单细胞测序	NA	多组学数据（基因组、转录组等）	未明确提及具体样本数量
537	2025-08-03	Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins 2024-05-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13100793 PMID:38786017	research paper	该研究通过单细胞分析比较了人类外周动脉和静脉的细胞组成和转录程序，揭示了它们在重塑潜力上的差异	首次在单细胞水平上对比了动脉和静脉的细胞组成及转录程序，发现了静脉中成纤维细胞的独特功能特性	样本量相对有限（30名器官捐赠者），且仅研究了上臂动脉和静脉	探究动脉和静脉在疾病发生和损伤反应中差异的生物学原因	人类外周动脉（肱动脉）和静脉（贵要静脉/头静脉）	单细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学、流式细胞术、组织学	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据、流式细胞数据、组织学图像	30名器官捐赠者的上臂动脉和静脉样本
538	2025-08-03	NFĸB signaling drives myocardial injury via CCR2+ macrophages in a preclinical model of arrhythmogenic cardiomyopathy 2024-Apr-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172014 PMID:38564300	research paper	该研究探讨了NFκB信号在心律失常性心肌病（ACM）中心肌损伤的作用，特别是在Dsg2mut/mut小鼠模型中	揭示了NFκB信号通过CCR2+巨噬细胞介导心肌损伤和心律失常的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	阐明ACM中心肌损伤的免疫信号机制	Dsg2mut/mut小鼠模型中的心肌细胞和巨噬细胞	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单细胞RNA-Seq, CITE-Seq	Dsg2mut/mut小鼠模型	基因表达数据	Dsg2mut/mut小鼠的心脏组织
539	2025-08-03	The intricate cellular ecosystem of human peripheral veins as revealed by single-cell transcriptomic analysis 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0296264 PMID:38206912	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示人类外周静脉复杂的细胞生态系统	首次在单细胞水平上解析了非病变人类上臂静脉的微解剖结构，揭示了静脉内皮细胞、平滑肌细胞、成纤维细胞和免疫细胞群的复杂生态系统	研究仅基于4个非病变静脉样本，样本量较小	探索静脉壁结构、重塑过程和炎症反应的细胞基础	人类上臂静脉（3条贵要静脉，1条头静脉）	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类	转录组数据	4个非病变人类静脉样本，共20,006个细胞
540	2025-08-03	Enrichment of a neutrophil-like monocyte transcriptional state in glioblastoma myeloid suppressor cells 2023-Dec-28, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3793353/v1 PMID:38234734	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了胶质母细胞瘤（GBM）患者血液中单核髓源性抑制细胞（M-MDSC）的异质性，并发现了一种类似于中性粒细胞样单核细胞（NeuMo）的转录状态富集现象	发现了GBM患者M-MDSC中NeuMo转录状态的富集现象，并创建了量化这一状态的算法，同时揭示了地塞米松等药物对这一状态的影响	研究主要基于转录组数据，缺乏对M-MDSC功能特性的直接验证	探究胶质母细胞瘤中M-MDSC的异质性及其与免疫抑制的关系	胶质母细胞瘤、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	来自GBM、肺癌和头颈癌患者的M-MDSC样本