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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-01-15 |
Integrating multi-omics data to resolve patterns of ion channel regulation in melanoma and predict tumor treatment response
2025-Dec-05, Clinical and experimental medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10238-025-01866-x
PMID:41348242
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研究论文 | 本研究整合单细胞空间转录组和多组学数据,解析黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式,并预测肿瘤治疗反应 | 首次在黑色素瘤中系统评估离子通道相关基因的调控模式,结合单细胞空间转录组数据揭示其与肿瘤微环境细胞浸润特征的关联,并构建了ICRG评分系统用于预后评估和治疗靶向策略 | NA | 解析黑色素瘤中离子通道相关基因的调控模式,预测肿瘤治疗反应并评估预后 | 皮肤黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞空间转录组学,多组学数据分析 | NA | 转录组数据,空间转录组数据,多组学数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 522 | 2026-01-15 |
A comparative review of single-cell atlases: mapping cellular diversity across species and tissues
2025-Dec-02, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05952-x
PMID:41326763
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综述 | 本文对现有的单细胞图谱进行了深入的比较分析,评估了它们在物种、组织覆盖范围、数据集规模等方面的差异与局限性 | 基于Hrovatin等人提出的更新框架,对当前单细胞图谱进行了系统性比较评估,并提出了未来扩展、整合和标准化单细胞图谱计划的关键建议 | 现有图谱在物种代表性和组织类型覆盖上存在不足,部分物种和组织类型代表性较低 | 系统比较和评估现有单细胞图谱,为未来单细胞图谱计划的发展提供指导 | 人类细胞图谱、小鼠细胞图谱等跨物种和组织的单细胞参考图谱 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组学、表观基因组学、空间分析数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 523 | 2026-01-15 |
The intratumor microbiome and cancer immunity: from pathogenesis to therapeutic opportunities through artificial intelligence
2025-Dec, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2025.2602537
PMID:41368873
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综述 | 本文综述了肿瘤内微生物组与癌症免疫之间的相互作用,探讨了其在肿瘤发生、发展和治疗中的作用,并评估了人工智能在整合多组学数据以推动精准肿瘤学中的应用潜力 | 系统性地整合了肿瘤内微生物组在癌症免疫调节中的作用,并强调了人工智能技术(包括机器学习和深度学习)在解析微生物空间定位、功能及其与治疗反应关联方面的创新应用 | 面临数据异质性、模型可解释性以及伦理问题等挑战,且需要更标准化的实验协议、高分辨率空间分析以及外部验证数据集来支持结论的稳健性 | 探讨肿瘤内微生物组如何影响癌症免疫,并评估人工智能技术在促进微生物组信息驱动的精准肿瘤学诊断和治疗中的机遇 | 肿瘤内微生物组(包括细菌、真菌和病毒)及其与宿主免疫系统的相互作用 | 机器学习 | 癌症 | 下一代测序、空间转录组学 | 机器学习、深度学习 | 多组学数据、空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 524 | 2026-01-15 |
DAGFormer: A graph-based domain adaptation approach for single-cell cancer drug response prediction
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013832
PMID:41417875
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研究论文 | 提出一种基于图的域适应方法DAGFormer,用于整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据以预测单细胞癌症药物反应 | 通过构建细胞邻域图并使用图域适应技术,克服了批量效应,并首次考虑了细胞间相互作用在药物反应预测中的作用 | 未明确提及方法在计算效率或可扩展性方面的具体限制 | 开发计算方法来预测单细胞水平的癌症药物反应,以深入理解肿瘤异质性和耐药机制 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 基于图的域适应框架(DAGFormer) | RNA测序数据 | 十个独立的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 525 | 2026-01-15 |
IL7-TBRII, a Dual Cytokine Modulator Targeting IL-7 and TGF-β Pathways, Inhibits Tumor Progression and Metastasis
2025-Dec, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e42
PMID:41523140
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为IL7-TBRII的双功能融合蛋白,通过同时靶向IL-7和TGF-β通路,增强CD8 T细胞的抗肿瘤活性,抑制肿瘤进展和转移 | 通过分析scRNA-seq数据发现IL-7治疗后TGF-β信号升高,并据此设计了一种新型双功能融合蛋白IL7-TBRII,首次将IL-7激动剂与TGF-β陷阱结合,以协同调控肿瘤免疫微环境 | 研究主要基于小鼠肿瘤模型(MC38、4T1、EMT6),临床转化效果尚需进一步验证;未详细探讨IL7-TBRII在人体内的安全性和药代动力学特性 | 旨在通过同时调节IL-7和TGF-β通路,克服肿瘤免疫抑制微环境,提升免疫治疗效果 | 肿瘤浸润CD8 T细胞及肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 结肠癌、乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 526 | 2026-01-15 |
Aging Mediates Inflammatory Transformation of Kidney-Resident Macrophages via Thrombospondin-1 Signaling
2025-Dec, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e39
PMID:41523144
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了衰老肾脏中肾驻留巨噬细胞(KRMs)的表型转变,发现其氧化磷酸化(OXPHOS)增加,并识别出由肾小管来源的血小板反应蛋白-1(THBS1)信号驱动这一转变,导致炎症微环境形成 | 首次在衰老肾脏中系统描述KRMs的表型演化,并阐明THBS1作为关键信号分子通过促进OXPHOS驱动巨噬细胞向炎症表型极化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类组织验证样本有限,且具体信号通路机制需进一步深入探究 | 探究衰老肾脏中肾驻留巨噬细胞的表型变化及其对肾脏稳态的影响 | 小鼠肾脏的肾驻留巨噬细胞(KRMs)及人类老年个体肾脏组织 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 527 | 2026-01-15 |
Engineering CCR2/IFN-γ overexpression in enucleated mesenchymal stem cells enhances therapy for rheumatoid arthritis
2025-Nov-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09248-5
PMID:41310172
|
研究论文 | 本研究通过工程化改造过表达CCR2和IFN-γ的去核人间充质干细胞,增强其对类风湿关节炎的治疗效果 | 首次生成并应用过表达CCR2和IFN-γ的去核人间充质干细胞,以解决传统MSCs治疗中肺部滞留和安全性问题,同时增强归巢能力和治疗效果 | 研究仅在雄性大鼠模型中进行,未涉及雌性动物或更复杂的临床前模型,且长期安全性和免疫原性需进一步评估 | 开发一种更安全有效的基于间充质干细胞的类风湿关节炎治疗方法 | 人间充质干细胞(特别是脐带来源)及其去核改造版本,以及类风湿关节炎雄性大鼠模型 | 细胞治疗与再生医学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 528 | 2026-01-15 |
Systematic evaluation of tools used for single-cell m6A identification
2025-Nov-23, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09246-7
PMID:41275001
|
研究论文 | 本研究系统评估了四种单细胞m6A测序和预测方法,并开发了一个在线可访问的单细胞m6A数据库,用于人类和小鼠物种的修饰定位和水平分析 | 开发了首个单细胞m6A数据库,整合了多种方法的数据,并展示了在癌症单细胞转录组和空间转录组数据中预测和可视化m6A修饰的独特优越性能 | 评估的方法数量有限(仅四种),且存在操作复杂性、灵敏度、分辨率和不同技术间一致性等挑战 | 系统评估单细胞m6A识别工具,并开发相关数据库以促进表观遗传修饰研究 | 单细胞m6A修饰在人类和小鼠物种中的定位和修饰水平 | 表观遗传学 | 癌症(包括UCEC) | 单细胞m6A测序和预测方法 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 529 | 2026-01-15 |
The ANTsX ecosystem for mapping the mouse brain
2025-Nov-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-66741-5
PMID:41274934
|
研究论文 | 本文介绍了使用ANTsX生态系统开发的小鼠大脑映射流程,用于将多种空间转录组学和形态学数据对齐到共享坐标框架中 | 提出了两种新方法:基于速度场的发育时间点连续插值方法和使用最小标注公开数据的深度学习自动脑区划分框架 | NA | 解决小鼠大脑图谱构建中多样化数据集到共享坐标框架的映射挑战 | 小鼠大脑 | 数字病理学 | NA | MERFISH空间转录组学,fMOST高分辨率形态学,发育MRI,LSFM | 深度学习 | 图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞多组学 | NA | NA |
| 530 | 2026-01-15 |
Characterizing hypoxia-orchestrated post-stroke changes in oligodendrocyte precursor cells for optimized cell therapy
2025-Nov-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102687
PMID:41173004
|
研究论文 | 本研究通过整合小鼠单细胞RNA测序数据、离体OPC培养和体内细胞移植实验,揭示了缺血性中风后少突胶质前体细胞在缺氧调控下的动态适应机制,并提出了优化细胞治疗的新策略 | 首次构建了“短暂性大脑中动脉闭塞图谱”,揭示了“血管生成性”和“少突胶质生成性”OPC亚群在脑卒中不同阶段的出现,并提出了“氧张力”作为OPC适应性调节的关键因素 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化需进一步验证;缺氧预处理的长期安全性和疗效尚待评估 | 探究缺血性中风后少突胶质前体细胞的角色调整机制,以优化脑卒中细胞治疗策略 | 小鼠少突胶质前体细胞在缺血性中风模型中的动态变化 | 单细胞组学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合多个小鼠scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 531 | 2026-01-15 |
Delineating transcriptomic signatures of in vitro human skeletal muscle models in comparison to in vivo references
2025-Nov-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102684
PMID:41135530
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研究论文 | 本文通过大规模转录组数据分析,比较了体外人类骨骼肌模型与体内参考样本的转录组特征 | 首次对超过400个样本的39项研究进行大规模转录组分析,涵盖2D和3D模型的bulk及单细胞RNA测序数据,系统揭示了体外模型在成肌因子上调、表观遗传记忆保留、脂质代谢和成纤维细胞生长因子配体方面的缺陷 | 研究主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平或功能差异;样本来源多样,可能存在批次效应 | 评估体外人类骨骼肌模型在转录组水平上对体内组织的再现程度 | 人类骨骼肌的体外模型(2D和3D)及其体内参考样本 | 干细胞研究 | NA | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过400个样本,涵盖39项研究 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 532 | 2026-01-15 |
"Oxygen tone" drives stage-specific OPC phenotypes for cell-based stroke therapy
2025-Nov-11, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102709
PMID:41223837
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研究论文 | 本文探讨了缺氧如何影响缺血性中风后少突胶质前体细胞(OPCs)的特征,揭示了氧依赖的OPC表型在促进血管生成和髓鞘再生中的作用 | 结合单细胞转录组学与体内外模型,首次揭示了氧张力驱动OPC表型转变,为基于细胞的卒中治疗提供了新视角 | NA | 研究缺氧对缺血性中风后OPCs功能可塑性的影响,探索其在卒中细胞治疗中的潜力 | 少突胶质前体细胞(OPCs) | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 533 | 2026-01-15 |
Cyclic Heptapeptide FZ1 Acts as an Integrin αvβ3 Agonist to Facilitate Diabetic Skin Wound Healing by Enhancing Angiogenesis
2025-Sep-25, Journal of medicinal chemistry
IF:6.8Q1
DOI:10.1021/acs.jmedchem.5c01734
PMID:40910702
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研究论文 | 本研究揭示了环状七肽FZ1通过作为整合素αvβ3激动剂,激活FAK-AKT/ERK1/2信号通路并诱导VEGFC表达,从而促进糖尿病皮肤伤口血管生成和愈合 | 首次发现并鉴定出FZ1是首个靶向整合素αvβ3并具有促进糖尿病伤口愈合作用的肽类激动剂 | NA | 开发有效的治疗剂并深入理解糖尿病伤口愈合的调控机制 | 糖尿病皮肤伤口愈合 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序, RNA干扰, 表面等离子体共振, 分子对接 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 534 | 2026-01-15 |
HDGF derived from Müller cells enhances the activation of microglia in diabetic retinopathy
2025-Aug-07, Journal of biomedical research
IF:2.2Q3
DOI:10.7555/JBR.38.20240386
PMID:40770862
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞瘤衍生生长因子(HDGF)在糖尿病视网膜病变(DR)中介导炎症的作用,发现HDGF主要由Müller细胞产生并靶向小胶质细胞,促进其激活和炎症反应 | 首次揭示HDGF在DR中作为Müller细胞来源的炎症介质,通过靶向小胶质细胞并上调整合素β2来驱动炎症过程,并验证了HDGF中和作为潜在治疗策略 | 研究主要基于体外细胞培养和小鼠模型,尚未在人类临床样本中全面验证HDGF阻断的治疗效果,且具体信号通路机制有待进一步阐明 | 阐明HDGF在糖尿病视网膜病变炎症反应中的作用机制,并探索其作为治疗靶点的潜力 | 糖尿病视网膜病变患者房水样本、公共单细胞RNA测序数据集、培养的Müller细胞和小胶质细胞、DR小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序、酶联免疫吸附试验、定量逆转录PCR、Western印迹、荧光免疫染色 | NA | RNA测序数据、蛋白质表达数据、免疫荧光图像 | 未明确样本数量,但包括患者房水、公共数据集、细胞培养和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 535 | 2026-01-15 |
CD36 promotes iron accumulation and dysfunction in CD8+ T cells via the p38-CEBPB-TfR1 axis in early-stage hepatocellular carcinoma
2025-07, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0948
PMID:40037690
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研究论文 | 本研究揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴促进早期肝细胞癌中CD8+ T细胞铁积累和功能障碍的新机制 | 首次发现CD36通过介导oxLDL-p38-CEBPB轴上调TfR1,导致CD8+ T细胞铁积累和功能障碍 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探究早期肝细胞癌肿瘤微环境中CD8+ T细胞功能障碍的机制 | 早期肝细胞癌肿瘤微环境中的CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | RNA测序数据,流式细胞数据 | 小鼠肝细胞癌模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 536 | 2026-01-15 |
UHRF1-mediated epigenetic reprogramming regulates glycolysis to promote progression of B-cell acute lymphoblastic leukemia
2025-Apr-29, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07532-0
PMID:40301374
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研究论文 | 本研究揭示了UHRF1通过表观遗传重编程调控糖酵解,从而促进B细胞急性淋巴细胞白血病进展的分子机制 | 首次利用单细胞转录组测序技术发现UHRF1与B-ALL进展的关联,并阐明了UHRF1-SFRP5-WNT5A-P38 MAPK-HK2信号轴在表观遗传和代谢重编程中的作用,同时鉴定出UHRF1靶向抑制剂UM164 | 未明确说明样本的具体数量及临床特征细节,体内外实验的转化潜力需进一步验证 | 探索复发难治性B细胞急性淋巴细胞白血病的分子机制,以改善临床预后 | B细胞急性淋巴细胞白血病细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 537 | 2026-01-15 |
inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples
2025-Jan-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae1312
PMID:39797728
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研究论文 | 本文介绍了inDrops-2,一种开源、灵活且成本效益高的液滴微流控单细胞RNA测序技术,适用于新鲜和保存的临床样本 | inDrops-2技术以6倍低于商业系统的成本,实现了与最先进商业系统相匹配的灵敏度,并支持指数和线性扩增两种协议 | NA | 开发一种高灵敏度、低成本、适用于大规模单细胞RNA测序的开源技术 | 人类肺癌样本中的新鲜和保存细胞 | 单细胞测序 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个人类肺癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | inDrops-2 | 开源液滴微流控单细胞RNA测序平台,支持指数和线性扩增协议 |
| 538 | 2026-01-15 |
Phase 1 study of chidamide in combination with venetoclax, azacitidine, aclarubicin, cytarabine and G-CSF for refractory/relapsed acute myeloid leukemia: clinical safety, efficacy, and correlative analysis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1698710
PMID:41459484
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研究论文 | 本研究评估了西达本胺联合维奈托克、阿扎胞苷、阿柔比星、阿糖胞苷和G-CSF(CACAG-VEN方案)在复发/难治性急性髓系白血病(R/R-AML)患者中的疗效、安全性及相关生物学机制 | 首次在R/R-AML患者中评估CACAG-VEN联合方案的疗效和安全性,并利用单细胞RNA测序揭示了治疗后MCL1、HIF1A和ABCC1下调等分子机制 | 样本量较小(34例患者),为单臂I期研究,缺乏对照组,随访时间中位数为461天,可能不足以评估长期疗效和安全性 | 评估CACAG-VEN方案作为R/R-AML挽救诱导治疗的安全性和疗效,并探索其分子作用机制 | 复发或难治性急性髓系白血病(R/R-AML)患者 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞RNA测序数据 | 34例R/R-AML患者(难治性17例,复发17例),其中4例患者在治疗前后进行了骨髓样本的单细胞RNA测序(共8个样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 539 | 2026-01-15 |
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.11.623014
PMID:39605355
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研究论文 | 本研究开发并优化了一种基于成像的单细胞空间转录组学框架,用于分析存档的福尔马林固定石蜡包埋活检样本,以揭示结肠炎相关的细胞网络 | 首次对三种能够分析FFPE样本的单细胞空间转录组学平台进行全面基准比较,并开发了一个统一的处理流程,成功应用于长达5年历史的临床存档样本 | 研究样本量相对有限(n=57),且仅针对炎症性肠病,可能限制了结果的普遍适用性 | 开发一个稳健的框架,将基于成像的单细胞空间转录组学应用于存档的临床FFPE黏膜活检样本,以研究炎症性肠病的细胞网络 | 来自非IBD对照和溃疡性结肠炎患者的FFPE黏膜活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 57例FFPE黏膜活检样本(包括9例非IBD对照和11例溃疡性结肠炎患者) | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | 自定义290-plex Xenium基因面板 |
| 540 | 2026-01-15 |
Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT
2024-Jun-27, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1
PMID:38978567
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法,用于空间生物学中的细胞类型和状态注释,无需训练数据,并在多个数据集中验证了其准确性和可扩展性 | 开发了TACIT算法,这是一种无监督方法,利用预定义签名进行细胞注释,无需训练数据,并通过无偏阈值处理区分阳性细胞与背景,专注于相关标记以识别多组学检测中的模糊细胞 | 未明确说明算法的计算资源需求或处理大规模数据时的潜在限制 | 解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易错挑战,提高注释的准确性和可扩展性 | 细胞类型和细胞状态,涉及大脑、肠道和腺体三个生态位 | 空间生物学 | 炎症性腺体疾病 | 空间转录组学和空间蛋白质组学 | 无监督算法 | 空间多组学数据 | 五个数据集,总计5,000,000个细胞,涉及51种细胞类型 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | NA | NA |