单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31129 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2025-09-12 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精度和准确性，并提出了优化实验设计的实用指南 | 首次大规模系统评估sc/snRNA-Seq数据的定量精度和准确性，建立了基于数据的实验设计阈值，并开发了VICE工具来评估数据质量和预测差异表达结果的真实阳性率 | 研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估，可能无法完全覆盖所有生物学变异来源 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq, snRNA-Seq | NA | 基因表达数据 | 23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本 |
| 522 | 2025-09-12 |
Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588321
PMID:38645054
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研究论文 | 通过化学遗传学小鼠模型研究慢性多巴胺神经元过度激活导致帕金森病样选择性神经元退行性变的机制 | 首次建立慢性多巴胺神经元过度激活模型，揭示神经活动增强导致黑质致密部多巴胺神经元选择性易损性的新机制 | 动物模型研究，需进一步验证人类病理生理过程的相关性 | 探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退行性变中的作用机制 | 中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 化学遗传学(DREADD)、电生理学、空间转录组学 | DREADD小鼠模型 | 电生理数据、行为数据、分子生物学数据 | DREADD转基因小鼠模型及人类患者样本对照验证 |
| 523 | 2025-09-12 |
Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations
2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.20.633917
PMID:39896662
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示了结节病相关的细胞组成、基因表达和细胞间互作变化 | 首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并发现其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异 | 样本量有限（16例结节病患者和14例对照），且结果需进一步功能验证 | 识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化 | 结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗细胞 | 单细胞组学 | 结节病 | scRNA-seq, CellRanger, Seurat, CellChat | NA | 单细胞RNA测序数据 | 30名参与者（16例结节病，14例对照） |
| 524 | 2025-09-12 |
Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0331401
PMID:40920657
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研究论文 | 本研究结合网络药理学和分子模拟技术，揭示广藿香治疗热病的分子机制 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，系统阐明广藿香治疗热病的作用靶点 | 样本量较小（11例患者和14例健康志愿者），需要更大规模研究验证 | 探究广藿香治疗热病的分子作用机制 | 热病患者和健康志愿者的外周血样本 | 网络药理学 | 热病 | RNA测序、WGCNA、分子对接、分子动力学模拟 | NA | RNA测序数据 | 25例样本（11例患者+14例健康志愿者） |
| 525 | 2025-09-12 |
NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.580911
PMID:38464264
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研究论文 | 本研究通过Alport综合征小鼠模型，揭示了NAD+补充通过激活肾脏代谢和恢复近端肾小管脂肪酸氧化来延缓慢性肾病进展的机制 | 首次在Alport模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，并首次报道该模型中转录水平的性别差异 | 研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证 | 探究NAD+补充保护慢性肾病的分子机制和主要作用细胞类型 | Alport综合征小鼠模型（两性） | 肾脏病学 | 慢性肾病 | RNA测序（bulk和单核）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测 | NA | 转录组数据、图像数据、生化数据 | Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量，包含两性个体） |
| 526 | 2025-09-12 |
Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.20.619254
PMID:39484434
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研究论文 | 利用人类神经干细胞和祖细胞建立胶质瘤模型，研究肿瘤内异质性 | 首次使用从胎儿脑组织纯化的同源神经干细胞和祖细胞系，结合scRNA-seq技术量化细胞起源对胶质瘤异质性的影响 | 研究基于免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人体免疫环境 | 探究细胞起源如何塑造胶质瘤的肿瘤内异质性 | 人类神经干细胞(NSCs)、胶质祖细胞(GPCs)和少突胶质前体细胞(OPCs) | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因敲减, 细胞移植 | NA | 基因表达数据 | 三种同源人类神经细胞系移植到免疫缺陷小鼠大脑 |
| 527 | 2025-09-12 |
Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.03.583179
PMID:38496477
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研究论文 | 提出一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合跨时间的多条件和多模态单细胞数据 | 能够同时处理多条件和多模态单细胞时间序列数据，实现时间剖面推断、数据对齐和模态外推 | 基于破坏性单细胞测量，无法捕获特定细胞的完整时间轨迹 | 开发单细胞时间序列数据的整合与推断方法 | 小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据 | 计算生物学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 联合建模框架 | 单细胞时间序列数据 | 未明确说明样本数量 |
| 528 | 2025-09-12 |
Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling
2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610447
PMID:39257811
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研究论文 | 研究发现慢性社交挫败应激通过I型干扰素信号通路诱导小鼠脑膜中性粒细胞增多 | 首次揭示I型干扰素信号通路在脑膜中性粒细胞招募中的介导作用，并证明阻断该通路可缓解应激相关行为症状 | 研究局限于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证 | 探究慢性应激诱导脑膜免疫反应的机制及其与应激相关障碍的关联 | 小鼠模型 | 神经免疫学 | 应激相关障碍 | 细胞计数术、免疫组化、全组织透明化、单细胞测序 | NA | 细胞图像、基因表达数据 | NA |
| 529 | 2025-09-12 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 提出NS-Forest v4.0版本，增强了对紧密相关细胞类型中高选择性表达模式标记基因的选择能力，并引入On-Target Fraction指标量化标记特异性 | NA | 开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型分类的最大准确度 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | random forest | 基因表达数据 | 包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据 |
| 530 | 2025-09-12 |
Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions
2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.03.592310
PMID:38746317
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研究论文 | 开发并验证了T-CellAnnoTator（TCAT）流程，用于单细胞水平上量化T细胞的基因表达程序，揭示其亚群、激活状态和功能 | 提出了TCAT分析框架，能够同时量化预定义的基因表达程序，克服传统离散分类限制，发现46个可重复的T细胞功能程序 | NA | 改进T细胞特征描述方法，建立可重复的单细胞注释流程 | T细胞及其基因表达程序 | 生物信息学 | 传染病（Covid-19）和癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 基因表达数据 | 来自700名个体、38种组织的1,700,000个T细胞，涵盖五种疾病背景 |
| 531 | 2025-09-12 |
Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582173
PMID:38464256
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术描绘了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征 | 首次在单细胞分辨率下定义了晚期急性细胞排斥反应中CD8+ T细胞的克隆扩增、基因表达谱及其与库普弗细胞的互作机制 | 样本量较小（14名患者），且为回顾性研究 | 探究儿童肝移植后晚期急性细胞排斥反应的免疫机制 | 儿童肝移植受者的肝活检组织 | 单细胞生物学 | 肝移植排斥反应 | 单细胞测序（10X Genomics）、免疫受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 14名患者的30份冷冻肝活检样本（5份无排斥，9份有排斥） |
| 532 | 2025-09-12 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537881
PMID:37162914
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研究论文 | 提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM | 开发了使用泊松双线性模型的快速估计算法，能扩展到百万级细胞数据集并量化潜在位置的不确定性 | NA | 解决单细胞RNA测序数据降维中虚假异质性掩盖和计算不可行性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 广义双线性模型（GBM），泊松双线性模型 | 基因表达计数数据 | 能处理百万级细胞的大型数据集 |
| 533 | 2025-09-12 |
Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein
2023-12-19, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02833-5
PMID:38114492
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研究论文 | 利用单细胞转录组测序分析转基因烟草叶片中抗HER2 VHH-FcK癌症治疗蛋白的表达模式 | 首次在植物组织中应用scRNA-seq技术解析重组治疗蛋白的细胞类型特异性表达 | 仅针对烟草叶片进行研究，未涉及其他植物组织或物种 | 优化植物生物量中重组治疗蛋白的生产策略 | 转基因烟草（Nicotiana tabacum）叶片细胞 | 植物生物技术 | 乳腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 单细胞转录组数据 | 转基因烟草叶片细胞 |
| 534 | 2025-09-12 |
Autologous Airway Basal Cell Transplantation Alleviates Airway Epithelium Defect in Recurrent Benign Tracheal Stenosis
2023-12-18, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szad062
PMID:37804518
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研究论文 | 本研究探索自体气道基底细胞移植联合生物凝胶在犬模型中治疗复发性良性气管狭窄的效果 | 首次将自体气道基底细胞移植与生物凝胶涂层结合，显著提高生存率并促进气道再上皮化 | 研究仅在犬模型中进行，尚未进行人体临床试验 | 评估自体基底细胞移植对气道稳态恢复和上皮缺损修复的治疗潜力 | 犬模型及人类复发性气管狭窄患者的气道黏膜 | 再生医学 | 气管狭窄 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），支气管镜治疗 | NA | 基因表达数据，病理学观察数据 | 犬模型分组研究（具体数量未明确），人类患者气道黏膜样本 |
| 535 | 2025-09-12 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands
2023-12, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2023.0125
PMID:37823745
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，识别出小鼠唾液腺腺泡细胞中血管紧张素原和甘丙肽作为独特分子标志物 | 首次系统揭示SMG和SLG腺泡细胞的异质性，并发现两种腺体特有的分子标志物 | 研究仅针对4周龄小鼠，未涵盖其他发育阶段或物种 | 鉴定小鼠颌下腺和舌下腺腺泡细胞的分子标志物 | 小鼠颌下腺(SMG)和舌下腺(SLG)的腺泡细胞 | 单细胞组学 | NA | ScRNA-seq (10×平台), RT-qPCR, 免疫组化, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 4周龄小鼠 |
| 536 | 2025-09-12 |
Global decoupling of cell differentiation from cell division in early embryo development
2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.29.551123
PMID:37546736
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研究论文 | 本研究通过阻断斑马鱼胚胎细胞周期，证明细胞分裂在早期胚胎发育中并非细胞分化的必要条件 | 首次在胚胎尺度证明所有组织类型的初始分化可不依赖细胞分裂完成 | 细胞分裂缺失导致部分细胞类型分化速度减缓并引发应激反应 | 探究细胞分裂在胚胎细胞分化过程中的作用机制 | 斑马鱼早期胚胎（原肠胚期至分节期结束） | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎（具体数量未明确说明） |
| 537 | 2025-09-11 |
Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis
2025-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2025.2553220
PMID:40908816
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研究论文 | 通过多组学分析构建膀胱癌中基因-代谢物-微生物调控网络，揭示新的治疗靶点 | 整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据，首次构建基因-代谢物-微生物调控网络并鉴定关键分子 | NA | 阐明膀胱癌的潜在机制并识别治疗靶点 | 膀胱癌患者的肿瘤及癌旁组织 | 多组学分析 | 膀胱癌 | 转录组测序、全外显子组测序、代谢组分析、微生物组分析、单细胞测序 | NA | 基因组、转录组、代谢组、微生物组数据 | 膀胱癌患者组织样本（未明确数量）及公共数据集 |
| 538 | 2025-09-11 |
KAT6A Promotes Macrophage Inflammation and Periodontitis
2025-Oct, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.14203
PMID:40635126
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研究论文 | 本研究揭示了KAT6A在巨噬细胞炎症和牙周炎进展中的关键作用 | 首次发现KAT6A在牙周炎患者巨噬细胞中上调表达，并通过基因敲除小鼠模型证实其调控炎症反应的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究KAT6A在牙周炎发病机制中的作用 | 巨噬细胞、牙周炎小鼠模型、人类牙周组织样本 | 表观遗传学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序、qRT-PCR、RNA-seq、流式细胞术、Cut&tag技术 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据 | 牙周炎患者组织样本和基因敲除小鼠模型 |
| 539 | 2025-09-11 |
Integrated 'omics analysis reveals human milk oligosaccharide biosynthesis programs in human lactocytes
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113269
PMID:40894860
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和HMO浓度测量，揭示人类乳腺上皮细胞中母乳低聚糖生物合成的基因调控程序 | 首次在单细胞水平鉴定HMO合成基因的表达模式，发现新的候选基因和转录因子，并提出HMO合成可能通过细胞亚型特化实现 | 研究基于相关性分析，需要进一步功能实验验证候选基因的具体作用 | 解析人类母乳低聚糖在乳腺中的生物合成途径和调控机制 | 人类乳腺上皮细胞（泌乳细胞） | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 基因表达数据、浓度测量数据 | 未明确样本数量（基于单细胞测序数据集） |
| 540 | 2025-09-11 |
Adaptive individualized gene pair signatures distinguishing melanoma and predicting response to immune checkpoint blockade
2025-Sep-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.113329
PMID:40917881
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研究论文 | 提出一种自适应个体化基因对特征方法（AIGPS），用于区分黑色素瘤亚型并预测免疫检查点阻断治疗反应 | 采用自适应量化基因对逆转模式，基于相对表达水平而非绝对水平，提升跨数据集的鲁棒性和可迁移性 | NA | 改进癌症亚型区分和免疫治疗反应预测的精准性 | 黑色素瘤患者样本 | 生物信息学 | 黑色素瘤 | RNA-seq（包括bulk和单细胞） | 机器学习 | 基因表达数据 | 850个样本（24个队列）用于分类，252个样本（7个队列）用于预测 |