单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-04-25	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals Cancer-associated Fibroblast Signature for Prediction of Clinical Outcomes and Immunotherapy in Gastric Cancer 2025 Feb-Mar 01, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000539 PMID:39206772	研究论文	通过单细胞RNA测序分析胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs），建立CAF评分（CAFS）以预测患者预后和免疫治疗效果	首次利用单细胞RNA测序技术对胃癌中的CAFs进行分型，并开发CAFS评分系统预测免疫治疗效果	研究样本量未明确说明，且未提及外部验证队列的结果	发现能够预测胃癌免疫治疗效果的生物标志物	胃癌患者肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
522	2025-04-25	Single-cell RNA sequencing comparison of CD4+, CD8+ and T-cell receptor γδ+ cutaneous T-cell lymphomas reveals subset-specific molecular phenotypes 2025-Jan-24, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae313 PMID:39133553	研究论文	通过单细胞RNA测序比较CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤，揭示亚型特异性分子表型	首次使用单细胞RNA测序技术对CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤进行全面的分子特征比较	样本量较小（18例皮肤活检），且仅针对特定亚型的皮肤T细胞淋巴瘤	比较不同亚型皮肤T细胞淋巴瘤的分子特征及其对肿瘤生物学和皮肤病变形成的影响	CD4+、CD8+和TCR-γδ+皮肤T细胞淋巴瘤的恶性克隆	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	18例皮肤活检（包括CD4+晚期蕈样肉芽肿、TCR-γ/δ+蕈样肉芽肿和CD8+侵袭性表皮性细胞毒性T细胞淋巴瘤）
523	2025-04-25	Stratification of enterochromaffin cells by single-cell expression analysis 2025-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.24.554649 PMID:37662229	研究论文	通过单细胞表达分析对肠嗜铬细胞进行分层	整合单细胞转录组学和空间图像分析，识别出14个沿肠道拓扑组织的EC细胞簇，并发现具有不同转录因子和激素表达的亚型	EC细胞功能多样性的分子和细胞基础尚未充分定义	解析肠嗜铬细胞的功能多样性及其在肠道稳态中的作用	肠嗜铬细胞（EC细胞）	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学、空间图像分析、遗传学、化学遗传学和药理学方法	NA	单细胞转录组数据、空间图像数据	NA
524	2025-04-25	Microbiota-induced S100A11-RAGE axis underlies immune evasion in right-sided colon adenomas and is a therapeutic target to boost anti-PD1 efficacy 2025-Jan-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332193 PMID:39251326	研究论文	本研究揭示了右侧结肠腺瘤中微生物群诱导的S100A11-RAGE轴在免疫逃逸中的作用，并提出了针对该轴的潜在治疗策略	首次发现右侧结肠腺瘤中S100A11+上皮细胞群体的存在及其在免疫逃逸中的作用，并验证了靶向S100A11-RAGE轴的治疗潜力	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，需要更多临床样本验证治疗策略的有效性	阐明右侧和左侧结肠腺瘤的差异特征及其免疫逃逸机制	右侧和左侧结肠腺瘤	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据、临床样本数据	未明确说明具体样本数量，包括单细胞数据集、动物模型和临床标本
525	2025-04-25	The loss of dNK1/2 and EVT1 cells at the maternal-fetal interface is associated with recurrent miscarriage† 2025-Jan-14, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioae136 PMID:39303127	研究论文	通过单细胞测序技术，研究发现复发性流产患者母胎界面中dNK1/2和EVT1细胞的缺失与疾病相关	发现了一个新的自然杀伤细胞亚群dNK1/2，并揭示了其在复发性流产中的缺失及其与EVT1细胞的相互作用机制	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探究复发性流产的细胞学特征和潜在机制	复发性流产患者和健康捐赠者的母胎界面组织	生殖医学	复发性流产	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明
526	2025-04-25	Toll-like receptor agonists promote the formation of tertiary lymphoid structure and improve anti-glioma immunity 2025-Jan-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae167 PMID:39188155	research paper	本研究探讨了通过Toll样受体激动剂在小胶质瘤微环境中诱导三级淋巴结构形成，以改善抗胶质瘤免疫反应的策略	首次在小胶质瘤微环境中成功诱导三级淋巴结构形成，并揭示了其对抗胶质瘤免疫的促进作用	临床研究仅为初步结果，需要更大规模的验证	探索改善胶质瘤免疫微环境的治疗策略	胶质瘤微环境和免疫细胞	免疫治疗	胶质瘤	scRNA-Seq, BCR/TCR测序	NA	基因表达数据、免疫组化数据	胶质瘤小鼠模型和初步临床研究样本
527	2025-04-25	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Hearts in Patients with Fetal Tetralogy of Fallot 2025, Cardiology IF:1.9Q3 DOI:10.1159/000540406 PMID:39097963	research paper	通过单细胞RNA测序分析胎儿法洛四联症患者心脏的细胞学特征和差异基因	首次在胎儿法洛四联症中应用单细胞RNA测序技术，识别出异常心肌细胞的六个不同细胞簇	样本量较小，仅包括一个健康胎儿心脏样本和一个TOF胎儿心脏样本	探索法洛四联症的细胞学特征和可能的疾病标志物差异基因	健康胎儿心脏和法洛四联症胎儿心脏的右心室样本	digital pathology	cardiovascular disease	single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	2个样本（1个健康胎儿心脏和1个TOF胎儿心脏）
528	2025-04-25	Identification of a Novel Activated NK-Associated Gene Score Associated with Diagnosis and Biological Therapy Response in Ulcerative Colitis 2025, Digestion IF:3.0Q2 DOI:10.1159/000540939 PMID:39182484	research paper	本研究建立了一个新型的激活NK相关基因（ANAG）评分，用于精确诊断溃疡性结肠炎（UC）并区分生物治疗的疗效	首次提出ANAG评分系统，用于UC的诊断和生物治疗反应的预测	研究样本来源有限，主要依赖公共数据库数据，未进行大规模临床验证	探究ANAG评分在UC诊断和生物治疗反应预测中的价值	溃疡性结肠炎患者组织和生物治疗反应数据	生物信息学	溃疡性结肠炎	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	LASSO回归	基因表达数据	公共数据库中的bulk RNA-seq和scRNA-seq数据集，具体样本量未明确说明
529	2025-04-25	CD14+ monocytes: the immune communication hub in early vasculitis symptoms of Kawasaki disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557231 PMID:40207219	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了川崎病（KD）血管炎早期免疫细胞通讯的动态变化，发现CD14+单核细胞在细胞间通讯中起核心作用	首次通过单细胞测序技术揭示CD14+单核细胞在KD血管炎早期免疫通讯中的核心作用，并鉴定出关键信号基因SELPLG和ITK	样本量较小（仅7例儿科患者），需要在更大队列中验证发现	研究川崎病病程中免疫细胞通讯的变化并寻找潜在生物标志物	川崎病患者的PBMCs（外周血单个核细胞）	免疫学	川崎病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	7名川崎病儿科患者
530	2025-04-25	Cancer-associated fibroblasts gene signature: a novel approach to survival prediction and immunotherapy guidance in colon cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1532306 PMID:40264753	research paper	该研究通过单细胞测序分析识别结肠腺癌中成纤维细胞相关标记基因，开发了一个与成纤维细胞相关的基因特征，用于预测结肠腺癌患者的生存和指导免疫治疗	开发了一个包含11个CAFGs的预测特征，能够有效区分结肠腺癌患者的生存差异，并指导免疫治疗和化疗反应预测	研究依赖于RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及更多临床样本验证	研究结肠腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性，寻找生物标志物以预测生存和指导治疗	结肠腺癌患者和HCT116、HT29细胞系	digital pathology	colon cancer	single-cell sequencing analysis, bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA-seq data	结肠腺癌患者队列和HCT116、HT29细胞系
531	2025-04-25	Expression of innate immunity genes in human hematopoietic stem/progenitor cells - single cell RNA-seq analysis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1515856 PMID:40264766	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类造血干细胞/祖细胞中先天免疫基因的表达	首次在单细胞分辨率下研究造血干细胞/祖细胞中complosome元素的表达，揭示了complosome作为造血新调节因子的作用	研究仅关注了特定基因的表达，未全面探索所有免疫相关基因的功能	探究人类造血干细胞/祖细胞中complosome系统元素及其他免疫相关蛋白的表达	人类造血干细胞/祖细胞（HSPCs），包括CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+两个群体	生物医学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个人类HSPC群体（CD34+Lin-CD45+和CD133+Lin-CD45+）及其亚群
532	2025-04-25	Stimulation of regulatory dendritic cells suppresses cytotoxic T cell function and alleviates DEN-induced liver injury, fibrosis and hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565486 PMID:40264769	研究论文	研究通过口服激活TLR2的乳酸菌混合物刺激调节性树突状细胞，从而抑制细胞毒性T细胞功能，减轻DEN诱导的肝损伤、纤维化和肝细胞癌	首次证明通过口服特定乳酸菌混合物可以刺激调节性树突状细胞，进而抑制细胞毒性T细胞功能，减轻肝损伤和肿瘤发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探索调节性树突状细胞在肝损伤和肝细胞癌中的作用及其潜在治疗策略	野生型和TLR2敲除小鼠	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、组织学分析	小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和TLR2敲除小鼠，具体数量未明确说明
533	2025-04-25	Single-cell transcriptomic analysis identified resistant MDSCs and a stress-tolerant gene co-expression network as common MDSC features across multiple disease settings 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565211 PMID:40264770	研究论文	通过单细胞转录组分析，鉴定了在多疾病环境中常见的耐药性MDSCs和耐压基因共表达网络	首次结合炎症信号和细胞压力（血清饥饿）诱导出具有保留MDSC特征的细胞群（rMDSCs），并鉴定出特定的基因共表达模块（黄色模块）	研究主要基于体外实验和已有数据集验证，缺乏更多体内实验的直接证据	鉴定MDSCs的共同分子特征，以帮助细胞分类	人源单核细胞性MDSCs（M-MDSCs）	单细胞转录组学	癌症	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	GM-CSF+ IL-6诱导的人MDSCs及血清饥饿处理的PBMCs，外加已发表的批量及单细胞转录组数据集
534	2025-04-25	Mapping immunotherapy potential: spatial transcriptomics in the unraveling of tumor-immune microenvironments in head and neck squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1568590 PMID:40264779	综述	本文综述了空间转录组学在头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境研究中的应用及其对免疫治疗的潜在影响	利用空间转录组学技术高分辨率解析肿瘤-免疫微环境的复杂组成和空间关系，为开发更有效的免疫治疗方法提供新视角	综述文章，未涉及具体实验数据验证	探索空间转录组学在头颈部鳞状细胞癌肿瘤-免疫微环境研究中的应用，以提高免疫检查点抑制剂治疗效果	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)的肿瘤-免疫微环境(TIME)	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学(ST)	NA	基因表达空间数据	NA
535	2025-04-25	A Novel Prognostic Signature Integrating Immune and Glycolytic Pathways for Enhanced Prognosis and Immunotherapy Prediction in Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S510460 PMID:40264860	research paper	本研究旨在建立一个整合免疫和糖酵解相关基因的预后特征（IGRPS），以预测肝细胞癌（HCC）的预后和免疫治疗效果	首次结合免疫和糖酵解通路构建预后特征，并验证其在肿瘤免疫微环境（TIME）和免疫治疗预测中的作用	研究依赖于公共数据库数据，未进行大规模独立队列验证	开发肝细胞癌预后预测模型并评估其免疫治疗预测价值	肝细胞癌患者	digital pathology	hepatocellular carcinoma	RNA-seq, single-cell sequencing, WGCNA, Cox回归	multivariate Cox regression	RNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的HCC患者样本
536	2025-04-25	Inflammatory Cell Interactions in the Rotator Cuff Microenvironment: Insights From Single-Cell Sequencing 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6175946 PMID:40265083	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在探索肩袖损伤和修复过程中免疫细胞与非免疫细胞相互作用中的应用	利用scRNA-seq技术揭示肩袖微环境中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用及其在炎症、组织修复和纤维化中的作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或样本分析	探讨肩袖损伤和修复过程中免疫细胞与非免疫细胞的相互作用及其对炎症和组织修复的影响	肩袖微环境中的免疫细胞（如巨噬细胞、T细胞）和非免疫细胞（如成纤维细胞、肌成纤维细胞）	再生医学	肩袖损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
537	2025-04-25	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了KRAS和GNAS突变在胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)中的作用，揭示了GNAS R201C突变如何导致代谢重编程和糖酵解依赖性	首次揭示了GNAS R201C突变导致胃(幽门型)化生的基因特征，并发现KRAS G12D和GNAS R201C共表达细胞对糖酵解途径的依赖性	研究主要基于小鼠模型和体外细胞系，人类IPMNs中的验证仍需进一步研究	阐明GNAS R201C突变对胰腺肿瘤表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)及其小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序(包括单细胞和空间转录组)、实时代谢分析	p48Cre; KrasLSL-G12D; Rosa26LSL-rtTA; Tg (TetO-GnasR201C)小鼠模型	基因组数据、转录组数据、代谢数据	NA
538	2025-04-25	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确提及具体局限性	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确提及具体样本量
539	2025-04-25	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	research paper	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播	未明确说明模型在超大规模数据集上的计算效率	改进单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	MSVGAE (基于variational graph auto-encoder和graph attention networks)	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
540	2025-04-25	Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620502 PMID:39554158	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了一种新型转基因小鼠系，用于高分辨率解析OPCs从静止到增殖和分化的关键转变过程中的转录变化	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组特征及其功能	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	生物医学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	30至720天龄的小鼠OPCs