本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
5361 | 2025-10-06 |
Maf expression in B cells restricts reactive plasmablast and germinal center B cell expansion
2024-09-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52224-6
PMID:39266537
|
研究论文 | 本研究揭示了Maf在B细胞中作为晚期B细胞分化、浆母细胞增殖和生发中心B细胞形成的负调控因子 | 首次证明Maf在B细胞中通过调控细胞代谢、转运活性和线粒体蛋白来限制浆母细胞和生发中心B细胞的扩张 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类B细胞中验证 | 探究Maf在B细胞分化和免疫应答中的调控作用 | B细胞特异性Maf缺失小鼠的B细胞亚群 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Maf缺陷小鼠和野生型对照小鼠的脾脏B细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5362 | 2025-10-06 |
3D reconstruction of the mouse cochlea from scRNA-seq data suggests morphogen-based principles in apex-to-base specification
2024-06-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.03.028
PMID:38593801
|
研究论文 | 本研究通过分析小鼠耳蜗单细胞RNA测序数据,重建了耳蜗三维结构并揭示了形态发生素在耳蜗顶-基轴特异性形成中的机制 | 首次从单细胞RNA测序数据重建小鼠耳蜗三维结构,发现视黄酸和hedgehog通路形成相反的顶-基轴梯度并共同调控耳蜗纵向轴特化 | 研究仅基于E12.5和E14.5两个时间点的数据,未覆盖耳蜗发育全过程 | 探索小鼠耳蜗顶-基轴特异性基因表达的分子调控机制 | 小鼠耳蜗发育过程中的细胞 | 单细胞转录组学 | 听觉系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | E12.5和E14.5两个发育时间点的小鼠耳蜗细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5363 | 2025-10-06 |
Cellular atlas of the human ovary using morphologically guided spatial transcriptomics and single-cell sequencing
2024-04-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm7506
PMID:38578993
|
研究论文 | 通过形态学引导的空间转录组学和单细胞测序构建人类卵巢细胞图谱 | 结合空间转录组学和单细胞测序技术,首次系统揭示卵巢细胞的空间分布特征和功能特性 | 样本量有限(仅5名供体),仅包含绝经前女性 | 解析卵巢细胞的空间组织和功能特征 | 人类卵巢组织 | 空间转录组学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 5名供体(2名用于空间转录组学,3名用于单细胞测序),257个区域,21,198个细胞 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5364 | 2025-10-06 |
col1a2+ fibroblasts/muscle progenitors finetune xanthophore countershading by differentially expressing csf1a/1b in embryonic zebrafish
2024-04-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj9637
PMID:38578990
|
研究论文 | 本研究揭示了斑马鱼胚胎中成纤维细胞和肌肉祖细胞通过差异表达csf1a/1b调控黄色素细胞反荫蔽色素模式的机制 | 首次发现col1a2+成纤维细胞和肌肉祖细胞通过空间差异表达csf1a和csf1b来精细调控黄色素细胞的反荫蔽色素模式 | NA | 探究斑马鱼胚胎中反荫蔽色素模式形成的调控机制 | 斑马鱼胚胎的黄色素细胞和col1a2+细胞群体 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,基因突变,细胞消融,异位表达 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5365 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics identifies candidate stromal drivers of benign prostatic hyperplasia
2024-01-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176479
PMID:37971878
|
研究论文 | 通过空间转录组学识别良性前列腺增生中潜在的基质驱动因子 | 首次结合激光显微切割与空间转录组学技术定位BPH基质中的关键分泌因子,验证了IGF1和CXCL13在基质-上皮相互作用中的功能 | 研究仅部分支持历史假说,未完全阐明所有驱动BPH的分子机制 | 探究良性前列腺增生的基质驱动机制 | 良性前列腺增生患者的前列腺组织及体外培养的BPH-1细胞球体和患者来源类器官 | 空间转录组学 | 前列腺增生 | 激光显微切割,空间转录组学,RNA原位杂交,3D细胞培养 | NA | 空间转录组数据,RNA表达数据,组织图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
5366 | 2025-10-06 |
Integrin β1-rich extracellular vesicles of kidney recruit Fn1+ macrophages to aggravate ischemia-reperfusion-induced inflammation
2024-01-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169885
PMID:38258908
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示肾脏缺血再灌注损伤中近端肾小管细胞通过整合素β1丰富的细胞外囊泡招募Fn1+巨噬细胞加剧炎症反应的分子机制 | 首次系统分析IRI微环境中EV携带蛋白介导的细胞间通讯,发现整合素β1富集的EV在招募Fn1+巨噬细胞和放大炎症反应中的关键作用 | 缺乏对EV分泌阻断剂GW4869作用机制的深入探讨,研究主要聚焦早期IRI阶段的细胞通讯 | 阐明肾脏缺血再灌注损伤中近端肾小管细胞与单核吞噬细胞间的细胞通讯机制 | 小鼠肾脏组织、近端肾小管细胞、单核吞噬细胞(特别是Fn1+巨噬细胞) | 分子生物学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 蛋白质谱分析, 多组学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
5367 | 2025-10-06 |
Multiomics characterization of breast angiosarcoma from an Asian cohort reveals enrichment for angiogenesis signaling pathway and tumor-infiltrating macrophages
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1515935
PMID:39872529
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法对亚洲人群乳腺血管肉瘤进行分子特征分析,揭示了血管生成信号通路和肿瘤浸润巨噬细胞的富集 | 首次在亚洲人群中系统描述乳腺血管肉瘤的分子特征,并通过空间转录组学揭示肿瘤微环境中免疫细胞分布 | 样本量较小(16例乳腺血管肉瘤),且为单中心研究 | 阐明亚洲人群乳腺血管肉瘤的临床特征和分子机制 | 176例血管肉瘤患者,其中16例乳腺血管肉瘤和104例头颈部血管肉瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 全基因组测序, 基因表达谱分析, 空间转录组学 | NA | 基因组数据, 基因表达数据, 空间转录组数据 | 176例血管肉瘤患者(16例乳腺血管肉瘤,104例头颈部血管肉瘤) | 10x Genomics, NanoString | 空间转录组学, 基因表达谱分析 | 10x Visium, NanoString nCounter | 10x Visium空间转录组技术,NanoString基因表达分析系统 |
5368 | 2025-10-06 |
Suppression of the Prostaglandin I2-Type 1 Interferon Axis Induces Extramedullary Hematopoiesis to Promote Cardiac Repair After Myocardial Infarction
2025-Jun-17, Circulation
IF:35.5Q1
|
研究论文 | 本研究揭示了前列腺素I2-1型干扰素轴在心肌梗死后脾脏髓外造血中的调控作用及其对心脏修复的影响 | 首次发现PGI2通过IP-cAMP-SP1级联反应抑制脾脏髓外造血,并阐明1型干扰素信号缺失可增强心肌梗死诱导的脾脏髓外造血 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究脾脏髓外造血在心肌梗死后心脏修复中的作用机制 | Tcf21CreER Scfflox/flox心肌梗死小鼠模型、GFP+造血干细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 流式细胞术、液相色谱-串联质谱、单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、脂质组学数据、单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5369 | 2025-10-06 |
LARP7 Protects Vascular Smooth Muscle Cell Contractile Phenotype in CKD by Coupling with P300
2025-Jun-16, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000761
PMID:40522739
|
研究论文 | 本研究揭示了LARP7通过耦合P300维持血管平滑肌细胞收缩表型并减轻慢性肾病相关血管病变的新机制 | 首次发现LARP7作为内源性正向调节因子,通过增强P300组蛋白乙酰转移酶活性和H3K27乙酰化来维持VSMC收缩表型 | NA | 探究LARP7在维持血管平滑肌细胞收缩表型和减轻慢性肾病相关血管病变中的作用机制 | 血管平滑肌细胞、慢性肾病患者和小鼠模型 | 分子生物学 | 慢性肾病、血管钙化、动脉粥样硬化 | 单细胞RNA测序、免疫染色分析、功能获得和缺失实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 慢性肾病患者和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5370 | 2025-10-06 |
Role for Complement C5 in Eosinophilic Inflammation of Severe Asthma
2025-Jun-16, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16616
PMID:40524528
|
研究论文 | 本研究通过痰液蛋白质组学分析探讨补体C5在重度哮喘嗜酸性粒细胞炎症中的作用 | 首次通过蛋白质组学方法确定补体C5与嗜酸性粒细胞炎症的直接关联,并发现巨噬细胞是C5的主要来源 | 样本量有限,主要依赖痰液蛋白质组学数据,需要更大规模研究验证 | 阐明补体系统特别是C5在重度哮喘发病机制中的作用 | 重度哮喘患者和健康对照者,以及哮喘小鼠模型 | 生物医学研究 | 哮喘 | 数据依赖性采集质谱、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序、免疫荧光染色 | NA | 蛋白质组学数据、RNA测序数据、临床生理数据 | 重度哮喘患者和健康对照者(具体数量未明确说明) | NA | 质谱分析、单细胞RNA测序 | NA | NA |
5371 | 2025-10-06 |
Loss of N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 leads to meiotic prophase abnormalities and male sub-fertility in mice†
2025-Jun-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf052
PMID:40079145
|
研究论文 | 本研究揭示了N6AMT1在小鼠精子发生过程中对减数分裂进程的关键调控作用 | 首次证明N6AMT1通过调控减数分裂性染色体失活和DNA双链断裂修复影响雄性生育能力 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探究N6AMT1在精子发生过程中的功能机制 | 小鼠生殖细胞和精子发生过程 | 生殖生物学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 染色体铺展分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 转录组数据 | N6amt1基因敲除小鼠及其对照 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
5372 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics identify a chemotherapy-resistance related cluster overexpressed CLIC3 in ovarian cancer
2025-Jun-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02882-9
PMID:40515890
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学识别卵巢癌中与化疗耐药相关的细胞亚群及其关键标志物CLIC3 | 首次在单细胞水平识别出与卵巢癌化疗耐药相关的特异性上皮细胞亚群c3,并发现其关键标志物CLIC3通过整合素β1重分布和PI3K-AKT通路介导耐药机制 | 样本量较小(仅5个卵巢癌样本),需要在更大规模队列中验证发现 | 探索卵巢癌化疗耐药机制并识别关键生物标志物 | 卵巢癌患者样本(3例耐药,2例敏感) | 单细胞转录组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | GSVA,细胞通讯分析,加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 5个卵巢癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5373 | 2025-10-06 |
Single-cell and bulk RNA analysis identifies EMT-associated CAF signatures and prognostic model in lung adenocarcinoma
2025-Jun-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02951-z
PMID:40517220
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,识别与上皮间质转化相关的癌症相关成纤维细胞特征基因,并构建肺腺癌预后模型 | 首次整合单细胞和bulk转录组数据识别EMT相关的CAF特征基因,并构建具有临床价值的预后风险评分模型 | 需要进一步研究验证这些发现的临床适用性和生物学机制 | 识别EMT相关的CAF特征基因并构建肺腺癌预后模型 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | Cox回归, LASSO回归, 风险评分模型 | RNA测序数据, 临床信息 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌患者数据 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
5374 | 2025-10-06 |
Enhanced cytotoxicity of aging associated NKG2C + CD8 + T cells in ankylosing spondylitis via HLA-B27
2025-Jun-14, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-025-03585-w
PMID:40517268
|
研究论文 | 本研究探讨了衰老与强直性脊柱炎发病机制的共同机制,发现HLA-B27通过激活PI3K-Akt信号通路增强NKG2C+CD8+T细胞的细胞毒性 | 首次揭示HLA-B27通过PI3K-Akt信号通路驱动衰老相关NKG2C+CD8+T细胞细胞毒性增强的机制 | 样本量相对有限(87例患者),动物模型与人类疾病存在物种差异 | 探索衰老与强直性脊柱炎发病的共同机制并确定潜在治疗靶点 | 强直性脊柱炎患者、匹配对照、胶原诱导关节炎小鼠模型、HLA-B27转基因小鼠 | 免疫学 | 强直性脊柱炎 | 多维流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 流式细胞数据、RNA测序数据 | 87例AS患者及匹配对照 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
5375 | 2025-10-06 |
Exercise alters transcriptional profiles of senescence and gut barrier integrity in intestinal crypts of aging mice
2025-Jun-13, npj aging
IF:4.1Q2
DOI:10.1038/s41514-025-00242-z
PMID:40514364
|
研究论文 | 本研究探讨了运动如何通过改变衰老小鼠肠道隐窝中衰老相关转录谱和肠道屏障完整性来影响肠道健康 | 首次在单细胞水平揭示运动通过调控DNA复制、细胞周期进程和核糖体生物合成相关基因表达来抑制肠道干细胞衰老的分子机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证;机制研究仍需进一步深入 | 探究运动对衰老过程中肠道干细胞功能和肠道屏障完整性的影响 | 衰老小鼠模型的肠道隐窝细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 衰老小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5376 | 2025-10-06 |
Resolving spatial subclonal genomic heterogeneity of loss of heterozygosity and extrachromosomal DNA in gliomas
2025-Jun-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59805-z
PMID:40514380
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学、肿瘤/正常DNA测序和bulk RNA测序,解析胶质瘤中空间亚克隆基因组异质性 | 首次结合空间转录组学与DNA测序技术系统揭示胶质瘤中染色体外DNA(ecDNA)和杂合性缺失的空间异质性模式 | 样本量有限(初始队列11例胶质瘤,验证队列6例胶质母细胞瘤),需要更大规模研究验证 | 解析胶质瘤中DNA水平体细胞拷贝数变化的空间组织特征 | 胶质瘤患者肿瘤组织(包含不同病理类型的初始队列和高级别胶质母细胞瘤验证队列) | 空间转录组学 | 胶质瘤 | 空间转录组学, 肿瘤/正常DNA测序, bulk RNA测序 | NA | 空间转录组数据, DNA测序数据, RNA测序数据 | 初始队列11例胶质瘤,验证队列6例高级别胶质母细胞瘤 | NA | 空间转录组学, DNA测序, RNA测序 | NA | NA |
5377 | 2025-10-06 |
Gαi3: a crucial biomarker and therapeutic target in bladder cancer
2025-Jun-13, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00989-4
PMID:40514424
|
研究论文 | 本研究探讨了Gαi3在膀胱癌中的表达、功能和作用机制 | 首次系统揭示Gαi3通过Akt-mTOR通路促进膀胱癌进展,并发现其受转录因子GATA4调控 | 研究主要基于细胞系和动物模型,临床样本验证相对有限 | 阐明Gαi3在膀胱癌发生发展中的生物学功能和治疗潜力 | 膀胱癌细胞系、患者组织样本和裸鼠移植瘤模型 | 癌症生物学 | 膀胱癌 | 生物信息学分析、单细胞测序、shRNA沉默、CRISPR/Cas9基因编辑、Western blot | NA | 基因表达数据、蛋白质印迹数据、单细胞测序数据 | 多种膀胱癌细胞系和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
5378 | 2025-10-06 |
Identification of biomarkers associated with exhausted CD8 + T cells in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma based on Mendelian randomization and bioinformatics analysis
2025-Jun-13, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02970-w
PMID:40514625
|
研究论文 | 通过整合多种生物信息学方法和单细胞RNA测序数据,鉴定肝内胆管癌肿瘤微环境中耗竭CD8+T细胞相关生物标志物 | 首次结合BayesPrism去卷积、WGCNA和汇总孟德尔随机化方法分析肝内胆管癌肿瘤微环境中的耗竭CD8+T细胞 | NA | 鉴定肝内胆管癌肿瘤微环境中与耗竭CD8+T细胞相关的生物标志物和治疗靶点 | 肝内胆管癌肿瘤微环境中的细胞亚群,特别是耗竭CD8+T细胞 | 生物信息学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, BayesPrism去卷积, WGCNA, 汇总孟德尔随机化 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
5379 | 2025-10-06 |
Development of a circadian-related prognostic signature highlights RBM17 as a stemness regulator in liver cancer
2025-Jun-13, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03843-6
PMID:40514677
|
研究论文 | 本研究开发了基于昼夜节律基因的肝癌预后特征,并揭示RBM17通过促进癌症干细胞表型驱动肝癌进展 | 首次整合单细胞、批量和空间转录组学解析昼夜节律基因失调与肿瘤微环境的关联,并鉴定RBM17作为肝癌干细胞性调控因子 | 未明确说明样本量大小,机制研究仍需进一步验证 | 阐明昼夜节律失调影响肝癌进展的分子机制并开发预后预测模型 | 肝癌患者样本和实验模型 | 生物信息学 | 肝癌 | 多组学分析,机器学习,单细胞转录组测序,空间转录组测序,体内外实验 | 机器学习算法 | 基因组数据,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,批量RNA测序 | NA | NA |
5380 | 2025-10-06 |
TORC: Target-Oriented Reference Construction for supervised cell-type identification in scRNA-seq
2025-Jun-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03614-6
PMID:40495172
|
研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序监督细胞类型识别的目标导向参考数据构建方法 | 开发了首个针对单细胞RNA测序监督细胞类型识别的参考数据选择和构建方法,能够缓解参考数据与目标数据之间的数据分布和细胞类型组成差异 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督学习方法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |