单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5361	2024-12-31	Data-driven discovery of cell-type-directed network-correcting combination therapy for Alzheimer's disease 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.09.627436 PMID:39713353	研究论文	本文提出了一种基于人类数据和真实世界证据的细胞类型特异性多靶点药物发现策略，用于阿尔茨海默病的治疗	创新点在于结合单细胞转录组学、药物扰动数据库和临床记录，发现了针对神经元和胶质细胞的潜在联合疗法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	开发针对阿尔茨海默病的细胞类型导向的联合疗法	阿尔茨海默病小鼠模型	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学	NA	转录组数据、临床记录	阿尔茨海默病小鼠模型
5362	2024-12-31	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	本文介绍了一种名为DBiTplus的多模态空间组学方法，结合了基于测序的空间转录组学和基于图像的空间蛋白质分析，以在同一组织切片上实现单细胞分辨率的细胞分型和基因组尺度的生物通路研究	DBiTplus方法首次在同一组织切片上整合了测序和成像技术，实现了单细胞分辨率的空间转录组和蛋白质组分析	在应用DBiTplus方法时，小鼠胚胎的蛋白质标记物有限，可能影响分析的全面性	研究目的是通过整合空间转录组学和蛋白质组学，深入理解异质性细胞过程并连接细胞类型与功能	研究对象包括小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织	数字病理学	淋巴瘤	DBiT-seq, CODEX	NA	图像, 测序数据	小鼠胚胎、正常人类淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织
5363	2024-12-31	A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes 2024-Dec-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1 PMID:39711554	研究论文	本文研究了淋巴结中淋巴管内皮细胞（LEC）如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	通过单细胞测序和空间转录组学，确定了LEC亚群和树突状细胞在免疫后多个时间点的抗原水平，并发现了一种独特的转录程序，可以预测不同疾病状态和生物体中的抗原存档能力	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究LEC如何实现持久抗原存档及其独特的转录程序	淋巴结中的淋巴管内皮细胞（LEC）和树突状细胞	生物信息学	NA	单细胞测序，空间转录组学	机器学习	基因表达数据	小鼠和人类独立数据集
5364	2024-12-31	Single-cell RNA sequencing offers opportunities to explore the depth of physiology, adaptation, and biochemistry in non-model organisms exposed to pollution 2024-Dec, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics DOI:10.1016/j.cbd.2024.101339 PMID:39393164	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	强调了单细胞RNA测序技术在揭示非模式生物对环境污染反应的分子机制中的潜力	主要基于已发表文献的分析，缺乏新的实验数据	探讨单细胞RNA测序技术在非模式生物污染暴露研究中的应用	非模式生物	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	NA
5365	2024-12-31	Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD 2024-Dec, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.02071-2023 PMID:39147413	研究论文	本文研究了COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损现象	发现了一种位于扩大的远端肺泡囊中的肺气肿特异性肺泡II型细胞亚群，称为asATII细胞	未提及具体的研究局限性	探讨COPD患者中肺气肿特异性肺泡II型细胞的再生潜力受损的潜在驱动因素	COPD患者和小鼠模型中的肺泡II型细胞和气道俱乐部细胞	NA	COPD	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未提及具体样本数量
5366	2024-12-31	Differential Response to Cisplatin between Co-cultured Cells and Pure Cultured Cells Based on Single-cell RNA Sequencing of Three-dimensional-cultured Breast Cancer Cells 2024-Nov-29, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2912406 PMID:39735986	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了三维培养的乳腺癌细胞在共培养和纯培养条件下对顺铂的不同反应	首次使用单细胞RNA测序技术分析三维共培养的乳腺癌细胞对顺铂的反应，揭示了共培养模型与纯培养模型在药物反应上的差异	研究仅针对MCF-7细胞，未涉及其他类型的乳腺癌细胞，且实验时间较短，可能无法完全反映长期药物反应	开发一种实验方法，用于直接共培养三维乳腺癌细胞，并研究其对顺铂的反应	MCF-7细胞、人乳腺成纤维细胞和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	三维细胞共培养模型	RNA测序数据	四组细胞培养：未处理的MCF-7细胞组、MCF-7细胞加顺铂组、未处理的共培养组、共培养加顺铂组
5367	2024-12-31	Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation 2024-Nov-01, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1227/neu.0000000000002986 PMID:38747605	研究论文	本研究探讨了使用腔内组织采样（ETS）对Galen静脉畸形（VOGM）进行原位分析的可行性，并可能推动对VOGM遗传学、发病机制和维持的理解	首次使用ETS技术对VOGM病变进行原位分析，并结合单细胞RNA测序技术，揭示了VOGM内皮细胞的转录结构	样本量较小，仅包含6名患者，且未明确ETS技术的长期安全性和有效性	开发VOGM的分子遗传学分类方案，并为个性化药物或基因治疗提供依据	Galen静脉畸形（VOGM）患者及其家族	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因数据	6名患者，进行了10次ETS操作
5368	2024-12-31	Osteostaticytes: A novel osteoclast subset couples bone resorption and bone formation 2024-Jul, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.06.010 PMID:39027343	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨愈合过程中骨重塑的细胞和分子机制，并发现了一种新的破骨细胞亚群——骨稳态细胞（OSCs）	首次发现并命名了骨稳态细胞（OSCs），揭示了其在骨重塑中的关键作用，特别是在骨吸收和骨形成之间的逆转阶段	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证，且对OSCs的具体功能机制仍需进一步探索	阐明骨髓炎后骨愈合的细胞和分子机制，特别是骨重塑过程中的逆转阶段	人类皮质骨、小鼠胫骨骨折模型、骨髓炎相关胫骨骨折模型	数字病理	骨髓炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、实时PCR、免疫荧光染色、基因集富集分析（GSEA）、CellChat、transwell实验、共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	人类皮质骨样本、小鼠胫骨骨折模型
5369	2024-12-31	Defining predictors of responsiveness to advanced therapies in Crohn's disease and ulcerative colitis: protocol for the IBD-RESPONSE and nested CD-metaRESPONSE prospective, multicentre, observational cohort study in precision medicine 2024-04-17, BMJ open IF:2.4Q1 DOI:10.1136/bmjopen-2023-073639 PMID:38631839	研究论文	本文介绍了一项前瞻性、多中心、观察性队列研究，旨在通过多组学数据创建预测工具，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	该研究首次整合了肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据，以创建预测模型，并计划进行跨治疗比较和独立复制队列研究	研究的主要局限性在于其观察性设计，可能无法完全控制混杂因素，且样本量相对较小（1325名参与者）	研究目标是识别和验证预测模型，以预测克罗恩病和溃疡性结肠炎患者对先进疗法的反应	研究对象为开始接受先进疗法的克罗恩病和溃疡性结肠炎患者	精准医学	克罗恩病和溃疡性结肠炎	多组学数据分析	预测模型	多组学数据（肠道微生物组、代谢组、单细胞转录组、人类基因组、饮食和临床数据）	1325名参与者
5370	2024-12-30	Mouse Tail-Skin Dissociation and Preparation of Live Single-Cell Suspension for Downstream Analysis of Melanocytes 2025-Jan, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13216 PMID:39625901	研究论文	本文开发了一种从小鼠尾皮中高效分离高质量活单细胞的方法，用于下游的黑色素细胞及其相互作用细胞的研究	开发了一种新的两阶段酶解步骤，结合碎片去除和活细胞富集，从小鼠尾皮中高效生成高活性的单细胞悬液	该方法主要针对小鼠尾皮，可能不适用于其他类型的皮肤组织	研究小鼠尾皮中黑色素细胞及其相互作用细胞的单细胞转录组分析	小鼠尾皮中的角质形成细胞、黑色素细胞和成纤维细胞	单细胞测序	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
5371	2024-12-30	THBS2 + cancer-associated fibroblasts promote EMT leading to oxaliplatin resistance via COL8A1-mediated PI3K/AKT activation in colorectal cancer 2024-Dec-28, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02180-y PMID:39732719	研究论文	本研究探讨了THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过COL8A1介导的PI3K/AKT激活促进上皮-间质转化（EMT），从而导致结直肠癌（CRC）对奥沙利铂耐药的机制	首次发现THBS2+CAFs通过COL8A1与ITGB1受体相互作用，激活PI3K-AKT信号通路，促进EMT，导致CRC对奥沙利铂耐药	未提及研究的样本量及具体实验细节	探索THBS2+CAFs在结直肠癌中对奥沙利铂耐药的具体机制	THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）和结直肠癌细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序和空间转录组学分析	NA	RNA测序数据	NA
5372	2024-12-30	scRNA + BCR-seq identifies proportions and characteristics of dual BCR B cells in the peritoneal cavity of mice and peripheral blood of healthy human donors across different ages 2024-Dec-28, Immunity & ageing : I & A IF:5.2Q1 DOI:10.1186/s12979-024-00493-6 PMID:39732722	研究论文	本研究利用scRNA-seq和scBCR-seq技术，探讨了小鼠腹膜和健康志愿者外周血中双受体B细胞的存在及其与年龄的关系	首次揭示了老年小鼠和健康志愿者中双受体B细胞的比例和特性，并发现这些细胞在老年个体中显著增加	研究样本主要来自小鼠和健康志愿者，未涉及疾病状态下的双受体B细胞	探讨双受体B细胞在不同年龄个体中的存在及其特性	小鼠腹膜和健康志愿者外周血中的B细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞RNA测序数据, B细胞受体测序数据	小鼠和不同年龄的健康志愿者
5373	2024-12-30	TIM3 on natural killer cells regulates antibody-dependent cellular cytotoxicity in HER2-positive gastric cancer 2024-Dec-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217412 PMID:39722406	研究论文	本研究探讨了TIM3在自然杀伤细胞（NK细胞）上对HER2阳性胃癌（GC）中抗体依赖性细胞毒性（ADCC）的调节作用	首次揭示了TIM3在NK细胞中的表达与CD16的相关性，并提出了抗TIM3抗体与曲妥珠单抗联合治疗HER2阳性胃癌的新策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其效果	研究HER2阳性胃癌中NK细胞的免疫检查点分子与曲妥珠单抗诱导的ADCC之间的关系	HER2阳性胃癌患者和HER2转染的胃癌细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫组织化学	小鼠HER2阳性胃癌模型	基因表达数据和免疫组化数据	HER2阳性胃癌患者和小鼠模型
5374	2024-12-30	Single-cell transcriptome profiling identifies the activation of type I interferon signaling in ossified posterior longitudinal ligament 2024-Dec, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1075-5 PMID:39441507	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了I型干扰素信号在OPLL患者骨化韧带中的激活，并探讨了其在骨化过程中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了I型干扰素信号在OPLL骨化过程中的激活，并验证了其在体外促进成骨分化的作用	研究主要基于体外实验，尚未在体内模型中验证I型干扰素信号阻断对OPLL的预防效果	探讨OPLL的分子机制及潜在预防干预措施	OPLL患者的骨化韧带	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	OPLL患者的骨化韧带样本
5375	2024-12-30	Immunological face of megakaryocytes 2024-Dec, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1087-1 PMID:39542989	综述	本文综述了巨核细胞（MKs）在免疫系统中的新兴角色及其在生理和病理环境中的功能	揭示了巨核细胞作为独特免疫细胞的多样化能力，并发现了具有免疫调节功能的‘免疫巨核细胞’亚群	需要进一步研究确定巨核细胞的免疫功能是由整个巨核细胞群体还是特定亚群执行	探讨巨核细胞在免疫系统中的功能及其在生理和病理环境中的作用	巨核细胞及其免疫功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5376	2024-12-30	The prognostic value and immunological role of calcium/calmodulin dependent protein kinase kinase 2 (CAMKK2) in pan-cancer study 2024-Oct-11, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040072 PMID:39465821	研究论文	本文通过整合多组学和临床数据，全面评估了钙/钙调蛋白依赖性蛋白激酶激酶2（CAMKK2）在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用	首次在泛癌研究中全面评估CAMKK2的分子景观，并发现其在不同癌症类型中的异常表达与生存结果相关	研究结果基于特定癌症队列，可能无法推广到所有癌症类型	评估CAMKK2在泛癌研究中的预后价值和免疫学作用	多种癌症类型中的CAMKK2基因	癌症研究	泛癌	多组学分析、单细胞转录组分析	NA	多组学数据、临床数据	多个癌症队列（如IMvigor210、GSE176307、GSE78220等）
5377	2024-12-29	CXC chemokine receptor 4 - mediated immune modulation and tumor microenvironment heterogeneity in gastric cancer: Utilizing multi-omics approaches to identify potential therapeutic targets 2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2130 PMID:39431668	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性	首次全面揭示了CXCR4在胃癌肿瘤微环境中的免疫调节作用及其与T细胞耗竭的关系	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索CXCR4在胃癌中的免疫调节功能及肿瘤微环境异质性，寻找潜在治疗靶点	胃癌细胞系AGS和SNU-1	肿瘤免疫学	胃癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、ELISA、PCR、CCK8实验、细胞划痕实验、集落形成实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	两种胃癌细胞系（AGS和SNU-1）
5378	2024-12-29	Construction of mitochondrial quality regulation genes-related prognostic model based on bulk-RNA-seq analysis in multiple myeloma 2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2135 PMID:39446019	研究论文	本文基于批量RNA测序分析，构建了与线粒体质量调控基因相关的多发性骨髓瘤预后模型	开发了一个与线粒体质量调控基因相关的预后模型，并利用多种生物信息学工具进行综合分析	NA	构建多发性骨髓瘤患者的线粒体质量调控基因相关预后模型	多发性骨髓瘤患者	生物信息学	多发性骨髓瘤	批量RNA测序、单细胞RNA测序、突变分析、免疫浸润分析	RiskScore模型	RNA测序数据、突变数据、单细胞RNA测序数据	NA
5379	2024-12-29	Navigating the immune landscape with plasma cells: A pan-cancer signature for precision immunotherapy 2025 Jan-Feb, BioFactors (Oxford, England) DOI:10.1002/biof.2142 PMID:39495620	研究论文	本研究通过泛癌单细胞RNA测序分析，发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig，能够显著预测患者对免疫治疗的反应	发现了一种新的浆细胞特征Plasma cell.Sig，并通过机器学习算法验证了其在预测免疫治疗反应中的优越性	未提及具体的研究局限性	提高对肿瘤微环境中内在和外在免疫景观的理解，并为更精确的生物标志物引导的免疫治疗方法铺平道路	癌症患者	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的癌症患者
5380	2024-12-29	Unveiling chemotherapy-induced immune landscape remodeling and metabolic reprogramming in lung adenocarcinoma by scRNA-sequencing 2024-Dec-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95988 PMID:39729352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了化疗对肺腺癌免疫景观和代谢重编程的影响	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析化疗对肺腺癌免疫细胞和代谢的影响，并识别了两种巨噬细胞亚型	样本量较小，仅涉及9名患者，可能影响结果的普遍性	探讨化疗和免疫治疗对肺腺癌患者的影响，特别是免疫景观和代谢重编程	肺腺癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, 流式细胞术, 免疫荧光, Seahorse检测, 肿瘤异种移植模型	NA	单细胞RNA测序数据	9名肺腺癌患者的83,622个细胞