单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5361	2024-12-13	Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007 PMID:39665934	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5362	2024-12-13	Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.10.012 PMID:39547231	研究论文	研究揭示了在肝细胞癌中，癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制介导的细胞质途径交叉呈递抗原给CD103细胞毒性T淋巴细胞，导致CD103 CTLs滞留在癌周区域，激活NLRP3炎症小体，促进肝癌进展并抵抗免疫治疗	首次揭示了癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制交叉呈递抗原给CD103 CTLs，并阐明了这一过程如何促进肝癌进展和免疫治疗抵抗	研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要进一步的实验验证	探讨癌周巨噬细胞与细胞毒性T淋巴细胞在肝细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗效果的影响	肝细胞癌患者的癌周巨噬细胞和CD103细胞毒性T淋巴细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	RNA	肝细胞癌患者
5363	2024-12-13	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中低水平的肿瘤坏死因子α（TNFα）如何通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞（GSCs）的自我更新	首次揭示了TNFα通过Vasorin介导的糖酵解机制维持GSCs自我更新的作用，并解释了内源性TNFα在胶质母细胞瘤（GBM）治疗中失效的原因	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其有效性	探讨TNFα在肿瘤微环境中对GSCs自我更新的影响及其机制	胶质瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境中的TNFα	数字病理学	脑癌	空间转录组学、免疫印迹、球体形成实验、极限稀释、基因表达分析、质谱、RNA测序、qRT-RNA、免疫荧光、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
5364	2024-12-13	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和光谱细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态、复发和治疗对免疫微环境的影响	发现了22种与胶质瘤免疫相关的免疫细胞类型，并识别出表达颗粒酶的炎症性小胶质细胞亚群，提供了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化框架和GlioTIME-36参考签名	NA	研究IDH状态、复发和治疗对人类胶质瘤免疫微环境的影响	人类胶质瘤的免疫细胞和免疫微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，光谱细胞术	NA	转录组数据	48个人类胶质瘤样本，包含超过200万免疫细胞
5365	2024-12-13	Deletion of RFX6 impairs iPSC-derived islet organoid development and survival, with no impact on PDX1+/NKX6.1+ progenitors 2024-Dec, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06232-2 PMID:39080045	研究论文	研究RFX6缺失对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响，并探讨其在胰腺发育中的具体作用	首次揭示了RFX6在胰腺发育中的保护作用，并通过RNA-seq分析了RFX6缺失对胰腺内分泌分化、胰岛素分泌和离子转运相关基因的下调作用	研究主要集中在体外模型，未能在体内环境中验证RFX6缺失的影响	探讨RFX6在胰腺发育和糖尿病发病机制中的具体作用	RFX6在胰腺发育中的表达及其对iPSC衍生的胰岛类器官发育和存活的影响	干细胞生物学	糖尿病	CRISPR/Cas9, RNA-seq, 单细胞RNA测序	NA	RNA	多个iPSC系和hESC衍生的胰腺细胞
5366	2024-12-13	Characterizing the impacts of dataset imbalance on single-cell data integration 2024-Dec, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02097-9 PMID:38429430	研究论文	本研究探讨了数据集不平衡对单细胞数据整合的影响，并提出了评估和缓解不平衡影响的工具和指南	引入了新的属性（聚合细胞类型支持和最小细胞类型中心距离）来量化不平衡的影响，并提出了平衡聚类指标和不平衡整合指南	未提及具体的局限性	研究数据集不平衡对单细胞转录组数据整合的下游分析和生物学解释的影响	单细胞转录组数据整合方法在不同样本和条件下的表现	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	2600次整合实验
5367	2024-12-13	Single-cell atlas of healthy vocal folds and cellular function in the endothelial-to-mesenchymal transition 2024-Dec, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13723 PMID:39245637	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和免疫染色技术，研究了成年Sprague-Dawley大鼠声带的细胞组成和功能	本文首次识别出与上皮-间充质转化相关的上皮细胞亚群，并揭示了其在病理状态下的功能重要性	研究仅限于成年Sprague-Dawley大鼠的声带，未涉及其他物种或病理条件	揭示声带黏膜的细胞和分子框架，并探讨发育通路在癌症病理状态中的功能重要性	成年Sprague-Dawley大鼠的声带细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	5836个细胞
5368	2024-12-13	Omics in allergy and asthma 2024-Dec, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.09.023 PMID:39384073	综述	本文综述了组学技术在过敏和哮喘研究中的变革性影响，重点介绍了基因组学和转录组学相关的高通量技术的进展	单细胞RNA测序技术的快速普及显著提升了对过敏性疾病分子病理学的理解，高通量基因组测序加速了单基因疾病的发现	微生物组学、蛋白质组学、脂质组学和代谢组学等领域虽然迅速发展，但许多当前的研究结果仍缺乏确凿的证据	探讨组学技术在过敏和哮喘研究中的应用，以期通过整合组学数据深入理解疾病机制，推动精准医学的发展	过敏和哮喘的分子病理学及相关的单基因疾病	NA	过敏和哮喘	单细胞RNA测序、高通量基因组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
5369	2024-12-13	A Single-Cell RNA Sequencing Guided Multienzymatic Hydrogel Design for Self-Regenerative Repair in Diabetic Mandibular Defects 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410962 PMID:39436107	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病环境下阻碍巨噬细胞极化的关键因素，并设计了一种多酶水凝胶支架用于糖尿病下颌骨缺损的自修复	通过单细胞RNA测序技术指导设计多酶水凝胶支架，显著提升了糖尿病环境下骨组织工程的自修复能力	NA	探索糖尿病环境下骨组织再生的新方法	糖尿病下颌骨缺损中的巨噬细胞、间充质干细胞和内皮细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5370	2024-12-13	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-Nov-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae696 PMID:39563471	研究论文	本文提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于在整合多个bulk或单细胞转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的创新点在于提出了一种新的统计框架MICA，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究	本文的局限性在于主要集中在转录组学数据上，未涵盖其他类型的组学数据	本文的研究目的是开发一种新的方法，用于在整合多个转录组学研究时检测多类生物标志物	本文的研究对象是多类设计的转录组学研究中的生物标志物	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq	NA	转录组数据	包括小鼠代谢相关转录组研究的四个组织和三种雌激素治疗表达谱的数据
5371	2024-12-13	Integrative epidemiology and immunotranscriptomics uncover a risk and potential mechanism for cutaneous lymphoma unmasking or progression with dupilumab therapy 2024-Nov-07, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.028 PMID:39521279	研究论文	本文通过综合流行病学和免疫转录组学研究，探讨了dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）发病或进展之间的潜在风险和机制	本文首次通过FAERS数据库和RNA测序数据，揭示了dupilumab可能通过阻断IL-13受体导致局部IL-13增加，从而促进CTCL的刺激和进展	研究依赖于FAERS数据库和非实验性方法，存在数据偏倚和因果关系不明确的问题	评估dupilumab与CTCL之间的安全信号，并探讨其潜在机制	dupilumab治疗与皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）的关系及其潜在机制	免疫学	皮肤淋巴瘤	RNA测序	NA	RNA	181,575份dupilumab相关不良事件报告，606份肿瘤相关报告
5372	2024-12-13	Stem-like exhausted CD8 T cells in pleural effusions predict improved survival in non-small cell lung cancer (NSCLC) and mesothelioma 2024-Sep-30, Translational lung cancer research IF:4.0Q1 DOI:10.21037/tlcr-24-284 PMID:39430319	研究论文	研究探讨了胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后意义	首次发现胸腔积液中干细胞样耗竭CD8 T细胞（Texstem）的频率与非小细胞肺癌和间皮瘤患者的更好生存结果相关	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定类型的肺癌和间皮瘤患者	探讨干细胞样耗竭CD8 T细胞在非小细胞肺癌和间皮瘤患者中的预后价值	非小细胞肺癌和间皮瘤患者的胸腔积液中的CD8 T细胞	数字病理学	肺癌	流式细胞术、质谱流式细胞术、单细胞多组学分析	NA	细胞	43例非小细胞肺癌患者和49例间皮瘤患者的胸腔积液样本，以及16例预处理胸腔积液样本和4例单细胞多组学分析样本
5373	2024-12-13	Impaired Myofibroblast Proliferation is a Central Feature of Pathologic Post-Natal Alveolar Simplification 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.21.572766 PMID:38187712	研究论文	本文研究了早产儿支气管肺发育不良（BPD）中由于肺泡简化导致的气体交换受损，并探讨了肌成纤维细胞增殖受损在其中的核心作用	通过多重小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了肌成纤维细胞增殖受损在BPD病理中的关键作用，并发现抑制肌成纤维细胞增殖足以导致病理性肺泡简化	本文主要基于小鼠模型，研究结果的临床转化和应用仍需进一步验证	探讨BPD病理中肺泡简化的机制，并寻找潜在的治疗策略	早产儿支气管肺发育不良（BPD）中的肺泡简化及肌成纤维细胞增殖	NA	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多重小鼠模型
5374	2024-12-13	Fc-engineered antibodies promote neutrophil-dependent control of Mycobacterium tuberculosis 2024-Sep, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-024-01777-9 PMID:39174703	研究论文	本文研究了Fc工程化抗体在促进中性粒细胞依赖性控制结核分枝杆菌中的作用	本文通过工程化抗体的Fc区域，增强其促进结核分枝杆菌限制的能力，并发现这些抗体通过促进中性粒细胞的存活和抗菌程序的表达来控制结核病	本文未探讨单一Fc特征是否能普遍驱动结核分枝杆菌的控制	研究抗体在控制结核病中的作用机制，并探索其在治疗策略中的应用潜力	结核分枝杆菌、中性粒细胞、Fc工程化抗体	NA	结核病	单细胞RNA测序	NA	RNA	52种Fc变体
5375	2024-12-13	Spatial transcriptomic analysis of tumour-immune cell interactions in melanoma arising from congenital melanocytic nevus 2024-Aug, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.19881 PMID:38420727	研究论文	研究先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤中肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）与肿瘤细胞的相互作用	首次探讨了CMN来源的黑色素瘤中TIICs与肿瘤细胞的相互作用，并使用空间转录组学技术分析了不同侵袭深度下的基因表达变化	样本量未明确提及，且未讨论研究结果的临床应用潜力	确定TIICs和肿瘤细胞在侵袭和转移过程中的肿瘤内免疫景观	先天性黑色素细胞痣（CMN）来源的黑色素瘤组织样本	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
5376	2024-12-13	Intrinsic Gata4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Jun-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4420617/v1 PMID:38883722	研究论文	研究探讨了Loeys-Dietz综合征小鼠模型中主动脉根部扩张的分子机制	首次通过单细胞和空间转录组学技术揭示了LDS小鼠主动脉平滑肌细胞的异质性，并发现Gata4表达的VSMC在主动脉根部表现出较低的分化状态和促炎性特征	研究仅限于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，尚未在人类患者中进行验证	识别Loeys-Dietz综合征中主动脉根部易扩张的分子决定因素	Loeys-Dietz综合征小鼠模型的主动脉平滑肌细胞	NA	心血管疾病	单细胞转录组学，空间转录组学	NA	基因表达数据	LDS小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据
5377	2024-12-13	Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population 2024-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0913 PMID:38416133	研究论文	研究分析了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的特征，特别是CD8+ T细胞的克隆扩展和效应功能	揭示了GBM中肿瘤浸润的CD8+ T细胞主要为克隆扩展的GZMK+效应T细胞，且缺乏典型的耗竭CD8+ T细胞群体	研究样本量较小，仅包括15名高级别胶质瘤患者	探讨GBM中TIL的特征及其在免疫治疗中的潜在意义	胶质母细胞瘤（GBM）和高级别胶质瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）	NA	脑癌	单细胞RNA测序和配对的V(D)J测序	NA	转录组	15名高级别胶质瘤患者
5378	2024-12-13	Targeting pathogenic fibroblast-like synoviocyte subsets in rheumatoid arthritis 2024-May-23, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03343-4 PMID:38783357	研究论文	本文讨论了类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	通过单细胞RNA测序等高通量技术，识别出类风湿性关节炎中特定的致病性成纤维样滑膜细胞亚群，并探讨了针对这些亚群的新治疗策略	目前尚未有针对成纤维样滑膜细胞的特异性疗法应用于类风湿性关节炎的临床管理	探讨类风湿性关节炎中致病性成纤维样滑膜细胞亚群的特征及其潜在的治疗策略	类风湿性关节炎中的成纤维样滑膜细胞亚群	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5379	2024-12-13	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592708 PMID:38766089	研究论文	本文介绍了一个名为scDAPP的单细胞转录组学分析管道，旨在优化跨组比较分析	scDAPP是一个基于R的工作流程，自动化了许多预处理步骤，使用经过基准测试的软件，并生成全面的中间数据和最终结果，适用于单细胞或核转录组数据的比较分析	NA	开发一个自动化和标准化的数据处理和分析管道，以应对单细胞转录组学数据复杂实验设计的需求	单细胞或核转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
5380	2024-12-13	Single-Cell Analysis Reveals a Subset of High IL-12p40-Secreting Dendritic Cells within Mouse Bone Marrow-Derived Macrophages Differentiated with M-CSF 2024-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300431 PMID:38416039	研究论文	本研究揭示了在小鼠骨髓来源的巨噬细胞中，通过M-CSF分化后存在一小部分高IL-12p40分泌的树突状细胞	首次发现M-CSF分化的小鼠骨髓来源巨噬细胞中存在高表达IL-12p40的树突状细胞亚群，并通过单细胞RNA测序证实了这一亚群的存在	研究仅限于小鼠模型，且主要在体外培养条件下进行，可能无法完全反映体内情况	探讨小鼠骨髓来源巨噬细胞中IL-12p40高表达的树突状细胞亚群的存在及其生物学意义	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的树突状细胞亚群	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠骨髓来源的巨噬细胞及其分化后的细胞亚群