单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5341	2025-01-02	Score matching for differential abundance testing of compositional high-throughput sequencing data 2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627006 PMID:39713439	研究论文	本文提出了一种扩展的a-b幂交互模型，用于处理包含协变量信息的稀疏组合计数数据，并结合差异丰度测试方法cosmoDA，以减少相关特征导致的假阳性检测	扩展了a-b幂交互模型以包含协变量信息，并提出了新的差异丰度测试方法cosmoDA，显著降低了相关特征的假发现率	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确表征异质群体中协变量依赖关系的模型，并减少差异丰度测试中的假阳性检测	稀疏组合计数数据，特别是单细胞RNA测序和扩增子测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，扩增子测序	a-b幂交互模型	计数数据	模拟数据和真实数据
5342	2025-01-02	Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625678 PMID:39677749	研究论文	本研究旨在通过阐明性别特异性的牙周病进展机制，改善牙周病的治疗	揭示了中性粒细胞在牙周病性别二态性中的机制作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	改善牙周病的治疗	C57BL/6j小鼠和人类牙周病患者	NA	牙周病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据、临床数据	≥5只小鼠
5343	2025-01-02	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	研究论文	本文提出了一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架——多样本非负空间因子分解（mNSF）	mNSF扩展了单样本空间因子分解（NSF），能够处理多样本数据集，并引入了样本特定的空间相关性建模	在空间对齐可行的情况下，mNSF的性能与基于对齐的方法相当，但在无法对齐的场景中表现更优	开发一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架	多样本空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	多样本
5344	2025-01-02	Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma 2024-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73274-2 PMID:39333272	研究论文	本文通过泛癌分析探讨了ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的角色，并在甲状腺乳头状癌中进行了验证	首次在泛癌范围内系统分析了ATAD2的表达、突变及其与免疫浸润的关系，并在甲状腺乳头状癌中验证了其致癌功能	研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的共同角色，并验证其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能	ATAD2基因及其在多种肿瘤中的表达和突变情况	肿瘤学	甲状腺乳头状癌	单细胞测序、MTT、伤口愈合、transwell、流式细胞术	NA	基因表达数据、突变数据、单细胞测序数据	利用TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的泛癌数据
5345	2025-01-01	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2024-Dec-31, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞分辨率下揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了氧化磷酸化和糖酵解在代谢中的关键作用	样本量较小，仅来自三名捐赠者	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	17,284个细胞，来自三名成釉细胞瘤捐赠者
5346	2025-01-01	Interpretable machine learning-driven biomarker identification and validation for Alzheimer's disease 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80401-6 PMID:39730451	研究论文	本研究结合生物信息学方法和可解释的机器学习，识别并验证了阿尔茨海默病的可靠生物标志物	引入了交互式SHAP面板用于精确决策，并通过可解释的机器学习诊断模型提供了新的生物标志物识别见解，特别是MYH9作为潜在的新生物标志物	RHOQ在AD细胞模型和人脑组织样本中的mRNA表达模式相反，其作用仍需进一步探索	提高阿尔茨海默病的早期检测和诊断准确性，改善干预效果	阿尔茨海默病	机器学习	阿尔茨海默病	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞转录组分析	机器学习算法、SHAP	基因表达数据	GEO数据库中的AD数据集
5347	2025-01-01	Prognostic model based on tumor stemness genes for triple-negative breast cancer 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81503-x PMID:39730613	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，从肿瘤干细胞性的角度分析三阴性乳腺癌，并开发了一个基于7个肿瘤干细胞相关基因的预后模型	首次从肿瘤干细胞性的角度对三阴性乳腺癌进行分析，并开发了一个基于特定亚型标记基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	开发一个基于肿瘤干细胞相关基因的三阴性乳腺癌预后模型	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	NA
5348	2025-01-01	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文提出了一种估计和纠正单细胞RNA测序数据中索引跳跃误分配的方法	开发了一种简单的校正方法，通过量化不同细胞类型中的误分配基因来估计和纠正索引跳跃率	该方法依赖于细胞具有不同的表达谱，可能不适用于所有类型的单细胞RNA测序数据	估计和纠正单细胞RNA测序数据中的索引跳跃误分配	小鼠皮肤细胞的混合群体	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1152个细胞
5349	2025-01-01	Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628399 PMID:39713285	研究论文	本文揭示了Sp140L作为一种新型的疱疹病毒限制因子，其在病毒DNA感知和转录抑制中的作用	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在病毒DNA感知和转录抑制中的作用	研究主要聚焦于EBV病毒，对其他DNA病毒的适用性尚需进一步验证	研究疱疹病毒如何绕过宿主DNA感知机制以建立感染	EBV病毒感染的B细胞	分子生物学	疱疹病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EBNA-LP敲除的B细胞
5350	2025-01-01	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02019-8 PMID:39627432	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了外周血中细胞类型特异性剪接调控与自身免疫和炎症疾病的关系	首次在亚洲免疫多样性图谱中，揭示了细胞类型特异性、性别偏向性和祖先偏向性的剪接差异，并发现了与自身免疫和炎症疾病遗传性相关的cis-sQTL效应	研究样本主要来自健康捐赠者，未涉及疾病患者，可能限制了结果的广泛适用性	探讨剪接调控在复杂疾病中的作用，特别是在不同遗传背景下的细胞类型特异性差异	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞	生物信息学	自身免疫和炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞
5351	2025-01-01	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-Sep-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探讨了二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的作用及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡相关基因与缺血性卒中的免疫病理特征联系起来，并开发了预测缺血性卒中风险的可靠模型	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的机制作用及其与免疫病理特征的相关性	缺血性卒中患者的外周血样本	机器学习	缺血性卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）	预测模型（nomogram模型）	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
5352	2025-01-01	Functional cure and long-term survival in multiple myeloma: how to challenge the previously impossible 2024-08-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283058 PMID:38356448	综述	本文探讨了多发性骨髓瘤（MM）的功能性治愈和长期生存的可能性	提出了功能性治愈的概念，并讨论了通过新型诊断和治疗手段实现长期疾病控制的可能性	尽管功能性治愈的概念提出，但实际治愈仍难以实现，且长期疗效仍需进一步验证	探讨多发性骨髓瘤的功能性治愈和长期生存策略	多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞测序	NA	NA	NA
5353	2025-01-01	The expression of immune related genes and potential regulatory mechanisms in schizophrenia 2024-05, Schizophrenia research IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.schres.2023.11.007 PMID:37993327	研究论文	本研究通过单细胞转录组和批量RNA数据分析，探讨了免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了精神分裂症组织中细胞组成的显著差异及免疫相关基因的异常表达	未涉及实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探讨免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	精神分裂症患者的脑组织	生物信息学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5354	2025-01-01	Integrative analyses of bulk and single-cell RNA-seq identified cancer-associated fibroblasts-related signature as a prognostic factor for immunotherapy in NSCLC 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03428-0 PMID:37010552	研究论文	本文通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，识别了与非小细胞肺癌（NSCLC）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，并构建了一个基于CAF的风险模型，用于预测NSCLC患者的预后和免疫治疗反应	首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了一个基于CAF的风险模型，并验证了其在NSCLC患者预后和免疫治疗反应中的预测价值	研究结果主要基于回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究来验证其临床应用的可靠性	探索CAF在NSCLC中的临床意义和生物学功能，并构建一个基于CAF的风险模型用于预测患者的预后和免疫治疗反应	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	RNA测序，单细胞RNA测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据，单细胞RNA测序数据	四个独立的NSCLC队列
5355	2025-01-01	CiTSA: a comprehensive platform provides experimentally supported signatures of cancer immunotherapy and analysis tools based on bulk and scRNA-seq data 2023-Jul, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03414-6 PMID:36912931	研究论文	本文介绍了一个名为CiTSA的综合平台，该平台提供了基于实验支持的癌症免疫治疗签名和分析工具，支持批量RNA测序和单细胞RNA测序数据	首次提供了一个实验支持的癌症免疫治疗签名基准数据集，并开发了CiTSA平台，集成了878个条目，涵盖412个签名和30种癌症类型	未提及具体的研究局限性	为研究人员提供一个全面的资源，以发现和分析癌症免疫治疗的签名，并进一步探索其机制	癌症免疫治疗的签名，包括基因、细胞和免疫治疗之间的关联	数字病理学	癌症	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA测序数据	878个条目，涵盖30种癌症类型
5356	2024-12-31	Selenium promotes neural development through the regulation of GPX4 and SEPP1 in an iPSC-derived neuronal model 2025-May, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.123011 PMID:39708777	研究论文	本研究探讨了硒通过调控GPX4和SEPP1在iPSC衍生的神经元模型中对神经发育的促进作用	首次使用高生物利用度的硒纳米颗粒（SeNPs@LNT）在iPSC衍生的神经元模型中干预不同阶段的神经发育，并揭示了其通过激活PI3K/Akt/Nrf2信号通路调控硒蛋白的机制	研究主要基于体外模型，未在体内验证硒纳米颗粒的作用	探讨硒蛋白在不同神经元发育阶段的具体作用和机制	iPSC衍生的神经元模型	神经科学	自闭症谱系障碍（ASD）	单细胞RNA测序	iPSC-iNeuron模型	基因表达数据	NA
5357	2024-12-31	Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases 2025-Jan, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012 PMID:39097166	综述	本文综述了当前可用的空间转录组学（ST）技术及其在肾脏疾病中的应用	通过整合形态学和分子生物学，ST技术提供了理解组织生物学和疾病的潜力，并可能提供有意义的临床见解	讨论了这些新兴技术的挑战和前景，但未具体说明其局限性	提高对组织生物学和疾病的理解，并探索其在肾脏疾病中的潜在医学应用	肾脏疾病	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学（ST）	NA	分子和形态学数据	NA
5358	2024-12-31	Tumor-derived CCL15 regulates RNA m6A methylation in cancer-associated fibroblasts to promote hepatocellular carcinoma growth 2024-Dec-27, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217420 PMID:39734010	研究论文	本文揭示了CCL15在肝细胞癌（HCC）进展中的关键作用，通过调节癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的RNA m6A甲基化促进HCC生长	首次发现CCL15通过STAT3通路诱导CAFs中FTO的表达，进而调控CEBPA mRNA的m6A甲基化，揭示了CCL15在HCC细胞与CAFs之间的新型调控轴	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨CCL15在HCC生长中的具体作用和机制	肝细胞癌（HCC）细胞和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、免疫荧光、共培养实验、类器官模型、异种移植模型、m6A测序、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像	NA
5359	2024-12-31	Targeting UBE2T suppresses breast cancer stemness through CBX6-mediated transcriptional repression of SOX2 and NANOG 2024-Dec-21, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217409 PMID:39716485	研究论文	本文揭示了UBE2T通过CBX6介导的转录抑制调控乳腺癌干细胞（BCSC）干性的机制，并提出了潜在的治疗策略	首次发现UBE2T通过TRIM25介导的CBX6泛素化降解调控SOX2和NANOG的转录，从而影响BCSC干性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	研究UBE2T在乳腺癌干细胞干性调控中的作用及其潜在治疗策略	乳腺癌干细胞（BCSCs）	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），干性指数分析	NA	基因表达数据	NA
5360	2024-12-31	Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.31.606032 PMID:39372781	研究论文	本文利用成像空间转录组学技术，研究了转基因α-突触核蛋白病模型中分子模式对病理的脆弱性	首次结合成像空间转录组学和免疫荧光技术，在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型，并揭示了其转录基础	研究仅限于转基因小鼠模型，可能无法完全反映人类疾病情况	探讨帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理的分子机制	转基因人α-突触核蛋白过表达小鼠的皮质和海马神经元	数字病理学	帕金森病	成像空间转录组学（IST）、免疫荧光	转基因小鼠模型	图像、转录组数据	NA