单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5341	2025-01-03	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.25.586641 PMID:38585851	研究论文	本文探讨了Tcf21在Foxd1+基质祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞向JG细胞分化的关键作用，并通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析了Tcf21的表达动态	Tcf21在已确立的肾素表达细胞中的作用未被充分探讨	研究Tcf21在Foxd1+祖细胞向JG细胞分化中的作用	Foxd1+基质祖细胞和肾小球旁细胞（JG细胞）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因表达数据，染色质可及性数据	2,054个GFP+细胞（基质谱系）
5342	2025-01-03	A cost-effective protocol for single-cell RNA sequencing of human skin 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1393017 PMID:39539550	研究论文	本文介绍了一种成本效益高的人类皮肤单细胞RNA测序（scRNAseq）和流式细胞术分析的新协议	提出了一种无标签样本多重化策略，结合souporcell算法，实现了配对血液和皮肤样本的scRNAseq分析，并提供了同时进行流式细胞术分析的详细步骤	未明确提及具体局限性	开发一种成本效益高的方法，使更多研究者能够进行皮肤样本的scRNAseq和流式细胞术分析	人类皮肤样本	单细胞RNA测序	NA	scRNAseq, 流式细胞术	souporcell算法	RNA序列数据, 流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量
5343	2025-01-03	Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders 2023-09, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-023-00668-9 PMID:37552451	综述	本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展	利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性，为诊断和治疗提供新视角	目前主要关注转录组变化，未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路	探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力	帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
5344	2025-01-02	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	本文探讨了YTHDF1依赖的PIEZO2 mRNA m6A修饰在心脏纤维化中的表观转录调控机制	揭示了YTHDF1通过m6A依赖的调控机制识别PIEZO2并控制心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究心脏纤维化的分子机制，特别是Piezo家族机械敏感离子通道的作用	小鼠心脏成纤维细胞和心脏组织	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, 组织学和生化分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据	小鼠模型
5345	2025-01-02	CHST4 associates with high-abundance immune infiltration in hormone receptor-positive breast cancer 2024-Dec-31, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae190 PMID:39213175	研究论文	本文研究了CHST4在激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）中与高丰度免疫浸润的关联	首次发现CHST4在HR+ BRCA中异常下调，并与淋巴结转移相关，揭示了CHST4在增强免疫细胞浸润中的潜在作用	研究主要基于预测和实验验证，尚未进行大规模的临床验证	探讨CHST4在HR+ BRCA中调控免疫浸润的机制	激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学染色、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、免疫组织化学数据	NA
5346	2025-01-02	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文详细探讨了炎症和机械力诱导的骨重塑过程，特别是牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑机制	通过单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型在炎症和机械力诱导的骨重塑中的角色和相互作用	未明确提及具体的研究限制	研究炎症和机械力如何影响骨重塑，特别是在牙周炎和正畸牙齿移动中的机制	牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑过程	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5347	2025-01-02	Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights 2024-Dec-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042 PMID:39732334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了克罗恩病中结肠和回肠的异质性，并发现了一种新的上皮细胞亚群DUOX2-epi	发现了表达高水平DUOX2和DUOXA2的上皮细胞亚群DUOX2-epi，并揭示了其在结肠和回肠中通过不同机制触发炎症反应	研究仅限于未接受过治疗的克罗恩病患者，未涵盖其他治疗阶段的患者	理解克罗恩病中不同肠段的发病机制和治疗反应的多样性	克罗恩病患者的结肠和回肠	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但研究对象为未接受过治疗的克罗恩病患者
5348	2025-01-02	Score matching for differential abundance testing of compositional high-throughput sequencing data 2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.05.627006 PMID:39713439	研究论文	本文提出了一种扩展的a-b幂交互模型，用于处理包含协变量信息的稀疏组合计数数据，并结合差异丰度测试方法cosmoDA，以减少相关特征导致的假阳性检测	扩展了a-b幂交互模型以包含协变量信息，并提出了新的差异丰度测试方法cosmoDA，显著降低了相关特征的假发现率	未明确提及具体局限性	开发一种能够准确表征异质群体中协变量依赖关系的模型，并减少差异丰度测试中的假阳性检测	稀疏组合计数数据，特别是单细胞RNA测序和扩增子测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，扩增子测序	a-b幂交互模型	计数数据	模拟数据和真实数据
5349	2025-01-02	Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis 2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625678 PMID:39677749	研究论文	本研究旨在通过阐明性别特异性的牙周病进展机制，改善牙周病的治疗	揭示了中性粒细胞在牙周病性别二态性中的机制作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限	改善牙周病的治疗	C57BL/6j小鼠和人类牙周病患者	NA	牙周病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据、临床数据	≥5只小鼠
5350	2025-01-02	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	研究论文	本文提出了一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架——多样本非负空间因子分解（mNSF）	mNSF扩展了单样本空间因子分解（NSF），能够处理多样本数据集，并引入了样本特定的空间相关性建模	在空间对齐可行的情况下，mNSF的性能与基于对齐的方法相当，但在无法对齐的场景中表现更优	开发一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架	多样本空间转录组数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	多样本
5351	2025-01-02	Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma 2024-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73274-2 PMID:39333272	研究论文	本文通过泛癌分析探讨了ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的角色，并在甲状腺乳头状癌中进行了验证	首次在泛癌范围内系统分析了ATAD2的表达、突变及其与免疫浸润的关系，并在甲状腺乳头状癌中验证了其致癌功能	研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的共同角色，并验证其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能	ATAD2基因及其在多种肿瘤中的表达和突变情况	肿瘤学	甲状腺乳头状癌	单细胞测序、MTT、伤口愈合、transwell、流式细胞术	NA	基因表达数据、突变数据、单细胞测序数据	利用TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的泛癌数据
5352	2025-01-01	Metabolic Analysis of Tumor Cells Within Ameloblastoma at the Single-Cell Level 2024-Dec-31, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.15239 PMID:39737843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性	首次在单细胞分辨率下揭示了成釉细胞瘤肿瘤细胞的代谢异质性，并确定了氧化磷酸化和糖酵解在代谢中的关键作用	样本量较小，仅来自三名捐赠者	表征成釉细胞瘤肿瘤细胞在单细胞分辨率下的代谢异质性	成釉细胞瘤肿瘤细胞	数字病理学	成釉细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	17,284个细胞，来自三名成釉细胞瘤捐赠者
5353	2025-01-01	Interpretable machine learning-driven biomarker identification and validation for Alzheimer's disease 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80401-6 PMID:39730451	研究论文	本研究结合生物信息学方法和可解释的机器学习，识别并验证了阿尔茨海默病的可靠生物标志物	引入了交互式SHAP面板用于精确决策，并通过可解释的机器学习诊断模型提供了新的生物标志物识别见解，特别是MYH9作为潜在的新生物标志物	RHOQ在AD细胞模型和人脑组织样本中的mRNA表达模式相反，其作用仍需进一步探索	提高阿尔茨海默病的早期检测和诊断准确性，改善干预效果	阿尔茨海默病	机器学习	阿尔茨海默病	差异表达基因分析、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞转录组分析	机器学习算法、SHAP	基因表达数据	GEO数据库中的AD数据集
5354	2025-01-01	Prognostic model based on tumor stemness genes for triple-negative breast cancer 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81503-x PMID:39730613	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，从肿瘤干细胞性的角度分析三阴性乳腺癌，并开发了一个基于7个肿瘤干细胞相关基因的预后模型	首次从肿瘤干细胞性的角度对三阴性乳腺癌进行分析，并开发了一个基于特定亚型标记基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	开发一个基于肿瘤干细胞相关基因的三阴性乳腺癌预后模型	三阴性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	预后模型	基因表达数据	NA
5355	2025-01-01	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文提出了一种估计和纠正单细胞RNA测序数据中索引跳跃误分配的方法	开发了一种简单的校正方法，通过量化不同细胞类型中的误分配基因来估计和纠正索引跳跃率	该方法依赖于细胞具有不同的表达谱，可能不适用于所有类型的单细胞RNA测序数据	估计和纠正单细胞RNA测序数据中的索引跳跃误分配	小鼠皮肤细胞的混合群体	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	1152个细胞
5356	2025-01-01	Sp140L Is a Novel Herpesvirus Restriction Factor 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.13.628399 PMID:39713285	研究论文	本文揭示了Sp140L作为一种新型的疱疹病毒限制因子，其在病毒DNA感知和转录抑制中的作用	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在病毒DNA感知和转录抑制中的作用	研究主要聚焦于EBV病毒，对其他DNA病毒的适用性尚需进一步验证	研究疱疹病毒如何绕过宿主DNA感知机制以建立感染	EBV病毒感染的B细胞	分子生物学	疱疹病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	EBNA-LP敲除的B细胞
5357	2025-01-01	Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02019-8 PMID:39627432	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了外周血中细胞类型特异性剪接调控与自身免疫和炎症疾病的关系	首次在亚洲免疫多样性图谱中，揭示了细胞类型特异性、性别偏向性和祖先偏向性的剪接差异，并发现了与自身免疫和炎症疾病遗传性相关的cis-sQTL效应	研究样本主要来自健康捐赠者，未涉及疾病患者，可能限制了结果的广泛适用性	探讨剪接调控在复杂疾病中的作用，特别是在不同遗传背景下的细胞类型特异性差异	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞	生物信息学	自身免疫和炎症疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	474名健康捐赠者的约100万个外周血单核细胞
5358	2025-01-01	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-Sep-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探讨了二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的作用及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡相关基因与缺血性卒中的免疫病理特征联系起来，并开发了预测缺血性卒中风险的可靠模型	研究主要基于体外实验和单细胞测序数据，缺乏大规模临床验证	探讨二硫键死亡相关基因在缺血性卒中中的机制作用及其与免疫病理特征的相关性	缺血性卒中患者的外周血样本	机器学习	缺血性卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO、随机森林、SVM-RFE）	预测模型（nomogram模型）	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
5359	2025-01-01	Functional cure and long-term survival in multiple myeloma: how to challenge the previously impossible 2024-08-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283058 PMID:38356448	综述	本文探讨了多发性骨髓瘤（MM）的功能性治愈和长期生存的可能性	提出了功能性治愈的概念，并讨论了通过新型诊断和治疗手段实现长期疾病控制的可能性	尽管功能性治愈的概念提出，但实际治愈仍难以实现，且长期疗效仍需进一步验证	探讨多发性骨髓瘤的功能性治愈和长期生存策略	多发性骨髓瘤患者	NA	多发性骨髓瘤	全基因组测序、单细胞测序	NA	NA	NA
5360	2025-01-01	The expression of immune related genes and potential regulatory mechanisms in schizophrenia 2024-05, Schizophrenia research IF:3.6Q1 DOI:10.1016/j.schres.2023.11.007 PMID:37993327	研究论文	本研究通过单细胞转录组和批量RNA数据分析，探讨了免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了精神分裂症组织中细胞组成的显著差异及免疫相关基因的异常表达	未涉及实验验证，且样本来源和数量未明确说明	探讨免疫功能障碍在精神分裂症发病机制中的作用	精神分裂症患者的脑组织	生物信息学	精神分裂症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA