单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5321	2025-01-03	The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus 2025-Jan, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13738 PMID:39189673	研究论文	本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本的代谢异质性	首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观，并确定了PVTT形成和发展的代谢特征	NA	研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性	肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	NA
5322	2025-01-03	Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2638-9 PMID:39470923	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境	首次在单细胞水平上对卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境进行了全面解析，并识别了与疾病相关的关键细胞类型和分子特征	研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	揭示卵巢子宫内膜异位囊肿的分子和细胞机制，以改善诊断和治疗策略	卵巢子宫内膜异位囊肿患者的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过52,000个单细胞，来自卵巢子宫内膜异位囊肿患者和健康捐赠者的子宫内膜组织
5323	2025-01-03	Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2624-9 PMID:39470924	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，探讨了SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的发育机制	首次通过单细胞测序技术揭示了SARS-CoV-2感染心脏微血栓形成过程中，MYO1ERASGEF1B单核细胞衍生巨噬细胞在免疫系统过度激活和外在凝血途径启动中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对右心室游离壁组织，可能无法全面反映心脏其他部位的情况	研究SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的分子机制	健康供体、在特征性凝血异常（CAC）高凝期死亡的患者、在CAC纤溶期死亡的患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	61,187个细胞，包含24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群
5324	2025-01-03	Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1 PMID:39745633	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法，用于从推断的杂合性缺失（LOH）事件重建细胞谱系	使用单细胞RNA测序数据，结合贝叶斯方法重建细胞谱系，并标注细胞表型和发育时间点	该方法目前仅应用于特定小鼠模型，尚未广泛验证	研究细胞谱系重建方法，以了解细胞发育历史	Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	RNA测序数据	C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠
5325	2025-01-03	Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5 PMID:39745637	研究论文	本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议	iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记，与单细胞和空间转录组学兼容，用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态	NA	研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系	人类大脑类器官	生物医学工程	NA	iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	NA
5326	2025-01-03	Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6 PMID:39745638	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法	与传统基于稀疏荧光标记的方法相比，使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量，并且使用的老鼠数量减少了10倍以上	NA	开发一种高吞吐量的克隆追踪方法，用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系	小鼠大脑中的细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	2周大的小鼠脑组织
5327	2025-01-03	LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12 PMID:39745644	研究论文	本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析	LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析，能够重建生物体范围内的单细胞谱系树	NA	理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源	单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数千个单细胞
5328	2025-01-03	Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11 PMID:39745643	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace，用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记，并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列	ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析，能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记，并实现克隆追踪和谱系树重建	该方法目前仅应用于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中进行验证	研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定	斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞	遗传学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR	NA	DNA序列, 转录组数据	斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞
5329	2025-01-03	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪	结合了累积CRISPR-Cas9编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，实现了单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼大脑发育，未涉及其他生物或组织	开发一种可扩展的细胞谱系追踪方法，以研究细胞关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞测序	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	数千个斑马鱼大脑细胞
5330	2025-01-03	GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19 PMID:39745651	研究论文	本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系	GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系，无需依赖遗传标记或物理细胞分离，极大地简化并扩展了谱系注释	NA	开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达矩阵	NA
5331	2025-01-03	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的功能和机制	揭示了CCN2在平滑肌细胞转分化中的保护作用，并阐明了其通过调节内质网应激、内吞作用和脂质积累来影响动脉粥样硬化进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞可塑性的功能和机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化模型	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠平滑肌细胞CCN2敲除模型	基因表达数据	人类和小鼠的动脉粥样硬化样本
5332	2025-01-03	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	研究论文	本文探讨了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究总结了主要发现	结合最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术，提供了对阿尔茨海默病和额颞叶痴呆小鼠模型的新见解	没有模型是完美的，这些模型仍存在局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
5333	2025-01-03	Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction 2024-Dec, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07520-6 PMID:37991600	研究论文	本研究探讨了丹参酮IIA通过调节巨噬细胞的能量代谢和表型变化来改善心肌梗死的机制	首次提出丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调节巨噬细胞能量代谢和表型变化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨丹参酮IIA在心肌梗死治疗中的药理作用及其机制	心肌梗死模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	RT-PCR, ELISA, 免疫荧光, JC-1, 钙离子浓度检测, 活性氧检测, 线粒体电子显微镜分析, 单细胞转录组数据挖掘, 细胞转录组测序, 分子对接技术	心肌梗死模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞表型数据	心肌梗死模型中的巨噬细胞
5334	2025-01-03	Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.25.586641 PMID:38585851	研究论文	本文探讨了Tcf21在Foxd1+基质祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化中的关键作用	首次揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞向JG细胞分化的关键作用，并通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析了Tcf21的表达动态	Tcf21在已确立的肾素表达细胞中的作用未被充分探讨	研究Tcf21在Foxd1+祖细胞向JG细胞分化中的作用	Foxd1+基质祖细胞和肾小球旁细胞（JG细胞）	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因表达数据，染色质可及性数据	2,054个GFP+细胞（基质谱系）
5335	2025-01-03	A cost-effective protocol for single-cell RNA sequencing of human skin 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1393017 PMID:39539550	研究论文	本文介绍了一种成本效益高的人类皮肤单细胞RNA测序（scRNAseq）和流式细胞术分析的新协议	提出了一种无标签样本多重化策略，结合souporcell算法，实现了配对血液和皮肤样本的scRNAseq分析，并提供了同时进行流式细胞术分析的详细步骤	未明确提及具体局限性	开发一种成本效益高的方法，使更多研究者能够进行皮肤样本的scRNAseq和流式细胞术分析	人类皮肤样本	单细胞RNA测序	NA	scRNAseq, 流式细胞术	souporcell算法	RNA序列数据, 流式细胞术数据	未明确提及具体样本数量
5336	2025-01-03	Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders 2023-09, Molecular diagnosis & therapy IF:4.1Q1 DOI:10.1007/s40291-023-00668-9 PMID:37552451	综述	本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展	利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性，为诊断和治疗提供新视角	目前主要关注转录组变化，未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路	探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力	帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
5337	2025-01-02	Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae239 PMID:39498803	研究论文	本文探讨了YTHDF1依赖的PIEZO2 mRNA m6A修饰在心脏纤维化中的表观转录调控机制	揭示了YTHDF1通过m6A依赖的调控机制识别PIEZO2并控制心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究心脏纤维化的分子机制，特别是Piezo家族机械敏感离子通道的作用	小鼠心脏成纤维细胞和心脏组织	分子生物学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, 组织学和生化分析	NA	RNA序列数据, 单细胞数据	小鼠模型
5338	2025-01-02	CHST4 associates with high-abundance immune infiltration in hormone receptor-positive breast cancer 2024-Dec-31, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae190 PMID:39213175	研究论文	本文研究了CHST4在激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）中与高丰度免疫浸润的关联	首次发现CHST4在HR+ BRCA中异常下调，并与淋巴结转移相关，揭示了CHST4在增强免疫细胞浸润中的潜在作用	研究主要基于预测和实验验证，尚未进行大规模的临床验证	探讨CHST4在HR+ BRCA中调控免疫浸润的机制	激素受体阳性乳腺癌（HR+ BRCA）	数字病理学	乳腺癌	免疫组织化学染色、单细胞测序	NA	单细胞测序数据、免疫组织化学数据	NA
5339	2025-01-02	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文详细探讨了炎症和机械力诱导的骨重塑过程，特别是牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑机制	通过单细胞RNA测序技术，揭示了不同细胞类型在炎症和机械力诱导的骨重塑中的角色和相互作用	未明确提及具体的研究限制	研究炎症和机械力如何影响骨重塑，特别是在牙周炎和正畸牙齿移动中的机制	牙周炎和正畸牙齿移动中的骨重塑过程	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5340	2025-01-02	Comprehensive analysis of heterogeneity and cell-cell interactions in Crohn's disease reveals novel location-specific insights 2024-Dec-26, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.12.042 PMID:39732334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了克罗恩病中结肠和回肠的异质性，并发现了一种新的上皮细胞亚群DUOX2-epi	发现了表达高水平DUOX2和DUOXA2的上皮细胞亚群DUOX2-epi，并揭示了其在结肠和回肠中通过不同机制触发炎症反应	研究仅限于未接受过治疗的克罗恩病患者，未涵盖其他治疗阶段的患者	理解克罗恩病中不同肠段的发病机制和治疗反应的多样性	克罗恩病患者的结肠和回肠	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但研究对象为未接受过治疗的克罗恩病患者