单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5321	2025-01-04	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad173 PMID:37772937	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群	首次在脊索瘤中识别出高表达缺氧基因且功能富集于内质网应激的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的空间分布关系	样本量相对较小，且仅针对脊索瘤进行研究，可能限制了结果的普适性	探讨脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重定量免疫荧光（QIF）	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、免疫荧光图像	72,097个单细胞（来自3个原发性和3个复发性肿瘤样本，以及3个髓核样本作为对照），126名患者的批量RNA测序数据，105名患者的QIF验证数据
5322	2025-01-04	Unique activities of two overlapping PAX6 retinal enhancers 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302126 PMID:37643867	研究论文	本文研究了两个重叠的PAX6视网膜增强子HS5和NRE的精确细胞类型和调控活性	通过活体成像和单细胞RNA测序的独特组合，揭示了这些增强子在时空活动上的差异	研究仅限于斑马鱼胚胎，未涉及其他模型或人类样本	探讨PAX6视网膜增强子的功能差异及其在眼发育中的作用	斑马鱼胚胎中的HS5和NRE增强子	发育生物学	NA	活体成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	斑马鱼胚胎
5323	2025-01-03	SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors 2025-Jan-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472 PMID:39387817	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialDeX的无参考方法，用于在实体瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积	SpatialDeX是一种无参考方法，能够在不需要单细胞RNA-seq参考的情况下，估计肿瘤空间转录组数据中的细胞类型比例，并在模拟和实验数据中表现出色	NA	开发一种无参考方法，用于在空间转录组数据中估计细胞类型比例，以揭示肿瘤微环境的动态	实体瘤的空间转录组数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	回归模型	空间转录组数据	NA
5324	2025-01-03	Functional diversity of cardiac macrophages in health and disease 2025-Jan-02, Nature reviews. Cardiology DOI:10.1038/s41569-024-01109-8 PMID:39743564	综述	本文讨论了心脏巨噬细胞在健康和疾病中的功能多样性，以及它们在心脏稳态和疾病中的不同作用	利用单细胞RNA测序技术和空间转录组学技术，揭示了心脏巨噬细胞的多样性及其在疾病中的细胞间通讯作用	NA	探讨心脏巨噬细胞在健康和疾病中的功能多样性及其在心脏疾病发病机制中的作用	心脏巨噬细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
5325	2025-01-03	FLI1 and GATA1 govern TLN1 transcription: new insights into FLI1-related platelet disorders 2025-01-02, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.286372 PMID:39744817	研究论文	本研究旨在阐明FLI1变异对人类巨核细胞和血小板的影响，揭示了FLI1变异与血小板功能障碍的新机制	发现了两个新的FLI1变异（p.G307R和p.R340C），并揭示了FLI1与GATA1在TLN1转录中的合作机制	研究主要基于体外实验和患者样本，未涉及大规模人群验证	探究FLI1变异对巨核细胞和血小板功能的影响	人类巨核细胞和血小板	NA	血小板功能障碍	单细胞RNA测序、染色质免疫共沉淀测序、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	患者巨核细胞和血小板样本
5326	2025-01-03	Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2561-0 PMID:39060615	综述	本文全面总结了单细胞组学技术的最新进展，特别是方法学部分	单细胞组学技术在生物医学领域具有突破性进展，提供了对复杂疾病（如癌症）的深刻理解	NA	指导研究人员选择适当的单细胞测序及相关数据分析方法	单细胞组学技术	生物医学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞组学数据	NA
5327	2025-01-03	A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy 2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-04939-9 PMID:38462549	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了人类扩张型心肌病（DCM）中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群，并探讨了其在炎症抑制中的作用	首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群（apFB），并揭示了其在炎症抑制中的关键作用	研究样本量较小，仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织	探讨扩张型心肌病（DCM）中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用	人类左心室组织，包括健康供体和DCM患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（ScRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	10个心脏组织（4个健康供体和6个DCM患者）
5328	2025-01-03	The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus 2025-Jan, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13738 PMID:39189673	研究论文	本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本的代谢异质性	首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观，并确定了PVTT形成和发展的代谢特征	NA	研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性	肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	NA
5329	2025-01-03	Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2638-9 PMID:39470923	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境	首次在单细胞水平上对卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境进行了全面解析，并识别了与疾病相关的关键细胞类型和分子特征	研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	揭示卵巢子宫内膜异位囊肿的分子和细胞机制，以改善诊断和治疗策略	卵巢子宫内膜异位囊肿患者的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过52,000个单细胞，来自卵巢子宫内膜异位囊肿患者和健康捐赠者的子宫内膜组织
5330	2025-01-03	Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2624-9 PMID:39470924	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，探讨了SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的发育机制	首次通过单细胞测序技术揭示了SARS-CoV-2感染心脏微血栓形成过程中，MYO1ERASGEF1B单核细胞衍生巨噬细胞在免疫系统过度激活和外在凝血途径启动中的关键作用	研究样本量有限，且仅针对右心室游离壁组织，可能无法全面反映心脏其他部位的情况	研究SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的分子机制	健康供体、在特征性凝血异常（CAC）高凝期死亡的患者、在CAC纤溶期死亡的患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	61,187个细胞，包含24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群
5331	2025-01-03	Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1 PMID:39745633	研究论文	本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法，用于从推断的杂合性缺失（LOH）事件重建细胞谱系	使用单细胞RNA测序数据，结合贝叶斯方法重建细胞谱系，并标注细胞表型和发育时间点	该方法目前仅应用于特定小鼠模型，尚未广泛验证	研究细胞谱系重建方法，以了解细胞发育历史	Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	RNA测序数据	C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠
5332	2025-01-03	Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5 PMID:39745637	研究论文	本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议	iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记，与单细胞和空间转录组学兼容，用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态	NA	研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系	人类大脑类器官	生物医学工程	NA	iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	单细胞和空间转录组数据	NA
5333	2025-01-03	Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6 PMID:39745638	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法	与传统基于稀疏荧光标记的方法相比，使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量，并且使用的老鼠数量减少了10倍以上	NA	开发一种高吞吐量的克隆追踪方法，用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系	小鼠大脑中的细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	2周大的小鼠脑组织
5334	2025-01-03	LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12 PMID:39745644	研究论文	本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析	LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析，能够重建生物体范围内的单细胞谱系树	NA	理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源	单细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数千个单细胞
5335	2025-01-03	Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11 PMID:39745643	研究论文	本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace，用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记，并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列	ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析，能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记，并实现克隆追踪和谱系树重建	该方法目前仅应用于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中进行验证	研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定	斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞	遗传学	NA	CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR	NA	DNA序列, 转录组数据	斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞
5336	2025-01-03	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪	结合了累积CRISPR-Cas9编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，实现了单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼大脑发育，未涉及其他生物或组织	开发一种可扩展的细胞谱系追踪方法，以研究细胞关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞测序	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	数千个斑马鱼大脑细胞
5337	2025-01-03	GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19 PMID:39745651	研究论文	本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系	GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系，无需依赖遗传标记或物理细胞分离，极大地简化并扩展了谱系注释	NA	开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达矩阵	NA
5338	2025-01-03	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的功能和机制	揭示了CCN2在平滑肌细胞转分化中的保护作用，并阐明了其通过调节内质网应激、内吞作用和脂质积累来影响动脉粥样硬化进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步扩展	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞可塑性的功能和机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化模型	细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠平滑肌细胞CCN2敲除模型	基因表达数据	人类和小鼠的动脉粥样硬化样本
5339	2025-01-03	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	研究论文	本文探讨了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究总结了主要发现	结合最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术，提供了对阿尔茨海默病和额颞叶痴呆小鼠模型的新见解	没有模型是完美的，这些模型仍存在局限性	研究阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的病因及潜在治疗方法	基因工程小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病, 额颞叶痴呆	单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
5340	2025-01-03	Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction 2024-Dec, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-023-07520-6 PMID:37991600	研究论文	本研究探讨了丹参酮IIA通过调节巨噬细胞的能量代谢和表型变化来改善心肌梗死的机制	首次提出丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调节巨噬细胞能量代谢和表型变化的机制	研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证	探讨丹参酮IIA在心肌梗死治疗中的药理作用及其机制	心肌梗死模型中的巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	RT-PCR, ELISA, 免疫荧光, JC-1, 钙离子浓度检测, 活性氧检测, 线粒体电子显微镜分析, 单细胞转录组数据挖掘, 细胞转录组测序, 分子对接技术	心肌梗死模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞表型数据	心肌梗死模型中的巨噬细胞