单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5301	2024-12-28	Three-dimensional single-cell transcriptome imaging of thick tissues 2024-Dec-27, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90029 PMID:39727221	研究论文	本文提出了一种用于厚组织的三维单细胞转录组成像方法	首次将MERFISH技术应用于厚度达200 µm的厚组织样本，并结合共聚焦显微镜和深度学习提高成像速度和质量	目前仅在小鼠脑组织切片上进行了验证，尚未在其他组织或生物体中广泛应用	开发一种能够在厚组织中进行三维单细胞转录组成像的技术	小鼠脑组织切片	空间基因组学	NA	MERFISH, 共聚焦显微镜, 深度学习	深度学习	图像	厚度达200 µm的小鼠脑组织切片
5302	2024-12-28	Gene expression and hormonal signaling in osteoporosis: from molecular mechanisms to clinical breakthroughs 2024-Dec-27, Journal of biomaterials science. Polymer edition DOI:10.1080/09205063.2024.2445376 PMID:39729311	综述	本文综述了骨质疏松症管理中的最新发现，特别是基因表达和激素控制	介绍了单细胞RNA测序和长链非编码RNA等最新方法，并探讨了激素信号传导和患者特异性治疗的新发现	需要进一步研究和科学家与临床医生的合作，以将这些新发现应用于实际医学治疗中	探讨骨质疏松症的管理方法，特别是基因表达和激素控制	骨质疏松症患者	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5303	2024-12-28	Spatial diversity of in vivo tissue immunity 2024-Dec-26, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxae051 PMID:39177484	研究论文	本文探讨了体内组织免疫系统的空间多样性	利用活体成像和空间转录组学等先进技术揭示了免疫细胞在器官内的空间异质性及其功能	未提及具体的技术限制或研究中的不足之处	研究免疫系统在体内组织中的空间分布及其功能	肝脏、肾脏、肠道和肺等器官中的免疫细胞	免疫学	炎症性疾病	活体成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
5304	2024-12-28	Exploring the molecular mechanism of estrogen therapy effectiveness after TCRA in IUA patients at single-cell level 2024-Dec-26, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00583-x PMID:39722036	研究论文	本文通过单细胞转录组测序探索了雌激素治疗在TCRA后IUA患者中的分子机制	首次在单细胞水平上建立了对雌激素治疗有反应和无反应患者的子宫内膜单细胞图谱，揭示了不同细胞亚型在治疗反应中的差异	样本量较小，仅包括10个人类子宫内膜样本	探索雌激素治疗在TCRA后IUA患者中疗效差异的分子机制	IUA患者的子宫内膜样本	数字病理学	妇科疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	10个人类子宫内膜样本
5305	2024-12-28	Neuroinflammatory pathways and potential therapeutic targets in neonatal post-hemorrhagic hydrocephalus 2024-Dec-26, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-024-03733-z PMID:39725707	综述	本文综述了新生儿出血后脑积水的分子病理生理学及新兴治疗方法	探讨了神经炎症通路在PHH中的作用，并评估了基于间充质干细胞的干预等新兴疗法的潜力	关于这些新疗法在新生儿中的安全性及其对大脑发育的潜在影响尚未解决	评估PHH的分子病理生理学及新兴治疗方法	新生儿出血后脑积水（PHH）	NA	新生儿疾病	全基因组/外显子组测序、蛋白质组学、表观遗传学、单细胞转录组学	NA	NA	NA
5306	2024-12-28	Single-cell RNA sequencing reveals the critical role of alternative splicing in cattle testicular spermatagonia 2024-Dec-26, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00579-7 PMID:39726007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了牛睾丸精原细胞中可变剪接的关键作用	首次在牛睾丸精原细胞中揭示了YY1调控的可变剪接活动及其对剪接体蛋白的靶向作用	样本仅来自五头荷斯坦公牛，可能限制了结果的普适性	研究牛睾丸精原细胞中可变剪接的作用及其在精原细胞发育中的功能	牛睾丸精原细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自五头荷斯坦公牛的26,888个睾丸细胞
5307	2024-12-28	Integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to construct a neutrophil prognostic model for predicting prognosis and immune response in oral squamous cell carcinoma 2024-Dec-26, Human genomics IF:3.8Q2 DOI:10.1186/s40246-024-00712-7 PMID:39726033	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个用于预测口腔鳞状细胞癌预后和免疫反应的中性粒细胞预后模型	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建中性粒细胞预后模型，并揭示其在口腔鳞状细胞癌中的关键作用	研究依赖于现有数据集，未进行实验验证，可能影响模型的普适性	构建中性粒细胞预后模型，预测口腔鳞状细胞癌的预后和免疫反应	口腔鳞状细胞癌患者	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
5308	2024-12-28	SPP1+ macrophages promote head and neck squamous cell carcinoma progression by secreting TNF-α and IL-1β 2024-Dec-26, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03255-w PMID:39726047	研究论文	本研究探讨了SPP1+巨噬细胞在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）恶性进展中的作用及其机制	首次揭示了SPP1+巨噬细胞通过分泌TNF-α和IL-1β促进HNSCC进展的机制，并验证了其作为抗肿瘤治疗潜在靶点的可能性	样本量较小，仅涉及5名HNSCC患者，且未探讨SPP1+巨噬细胞在其他类型癌症中的作用	识别和验证SPP1+巨噬细胞在HNSCC恶性进展中的角色和功能	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者及其肿瘤组织	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、多重免疫组化染色、多重免疫荧光染色、Luminex液体悬浮芯片检测	NA	RNA测序数据、免疫组化数据、免疫荧光数据、细胞因子检测数据	5名HNSCC患者的配对肿瘤和正常组织
5309	2024-12-28	Spatial Proteomics towards cellular Resolution 2024-Dec-25, Expert review of proteomics IF:3.8Q1 DOI:10.1080/14789450.2024.2445809 PMID:39710940	研究论文	本文综述了基于非靶向质谱的空间蛋白质组学工作流程，并探讨了其在细胞分辨率方面的最新进展	强调了在组织解剖、样品处理、生物信息学和液相色谱-质谱技术方面的最新进展，推动空间蛋白质组学向细胞分辨率迈进	需要进一步发展数据分析和自动化智能组织解剖技术，以及高通量液相色谱-质谱分析	推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展，以更深入地理解组织微环境中的分子空间组织	组织微环境中的蛋白质表达	空间生物学	NA	非靶向质谱、液相色谱-质谱	NA	蛋白质表达数据	数千个样品
5310	2024-12-28	PKM2-mediated STAT3 phosphorylation promotes acute liver failure via regulating NLRP3-dependent pyroptosis 2024-Dec-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07227-w PMID:39722076	研究论文	本文探讨了PKM2通过调节STAT3磷酸化促进急性肝衰竭的机制，特别是通过调控NLRP3依赖的细胞焦亡	揭示了PKM2作为NLRP3的非代谢调节因子，通过核转位与STAT3结合，增强其磷酸化并招募到NLRP3启动子区域，从而增加NLRP3表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究PKM2在急性肝衰竭中的作用机制，特别是其通过NLRP3介导的细胞焦亡调控炎症反应的机制	急性肝衰竭小鼠模型及肝脏巨噬细胞	生物医学	急性肝衰竭	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	D-半乳糖胺/LPS诱导的急性肝衰竭小鼠
5311	2024-12-28	Comprehensive analysis identifies a lactylation-related signature for predicting prognosis and guiding therapies in colon adenocarcinoma 2024-Dec-24, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.149191 PMID:39724993	研究论文	本研究旨在识别与乳酸化相关的基因特征，用于预测结肠腺癌的预后并指导治疗	首次提出与乳酸化相关的3基因特征（SUSD5, FABP4, CALB2），并验证其在多个独立队列中的预测性能	研究主要依赖于公共数据库的多组学数据，缺乏实验验证的广泛性	解决结肠腺癌预后预测中的肿瘤异质性和治疗反应差异问题	结肠腺癌（COAD）患者	生物信息学	结肠癌	LASSO回归分析、Cox风险模型、功能富集分析、免疫浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达谱、临床数据、乳酸化相关基因（LRGs）	四个独立COAD队列（GSE39582, GSE71187, GSE75500, GSE17536）
5312	2024-12-28	Driver mutation landscape of acute myeloid leukemia provides insights for neoantigen-based immunotherapy 2024-Dec-24, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217427 PMID:39725148	研究论文	本研究通过DNA和RNA测序，全面分析了急性髓性白血病（AML）的驱动突变及其对患者预后和免疫微环境的影响，为基于新抗原的免疫治疗提供了新的见解	首次全面描绘了AML的新抗原景观，开发了两种表位免疫原性模型，并通过实验验证了30个新抗原的免疫原性	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索AML驱动突变产生的新抗原及其对免疫治疗的影响	304名AML患者及其匹配的DNA和RNA测序数据，以及约2,500例AML病例的整合数据	数字病理学	急性髓性白血病	DNA测序, RNA测序, 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术	表位免疫原性模型	DNA, RNA, 单细胞RNA测序数据	304名AML患者及约2,500例AML病例
5313	2024-12-28	Decoding Kidney Pathophysiology: Omics-Driven Approaches in Precision Medicine 2024-Dec-19, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm14121157 PMID:39728069	研究论文	本文探讨了利用多组学技术在精准医学中解码肾脏病理生理学的方法	结合基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表观基因组学等多组学技术，识别疾病亚型、分子生物标志物和治疗靶点，推动个性化治疗	数据整合问题、高成本和伦理困境等挑战仍然存在	通过精准医学改善肾脏疾病的诊断、风险评估和个性化治疗	慢性肾脏病（CKD）	精准医学	慢性肾脏病	基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、表观基因组学、单细胞转录组学、空间转录组学	机器学习和因果推理模型	多组学数据	NA
5314	2024-12-28	Restoring Mitochondrial Quantity and Quality to Reverse Warburg Effect and Drive Tumor Differentiation 2024-Dec-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5494402/v1 PMID:39711563	研究论文	本研究探讨了通过恢复线粒体功能来逆转Warburg效应并驱动肿瘤分化的策略	提出了一种以线粒体为中心的治疗策略，通过联合使用视黄酸和线粒体解偶联剂来恢复线粒体功能，从而驱动肿瘤分化	研究主要基于神经母细胞瘤模型，其他类型肿瘤的效果尚不明确	探索恢复线粒体功能对肿瘤分化的影响	神经母细胞瘤	肿瘤学	神经母细胞瘤	U-C-葡萄糖/谷氨酰胺同位素示踪，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据，同位素示踪数据	原位神经母细胞瘤异种移植模型
5315	2024-12-28	MitoSort: Robust Demultiplexing of Pooled Single-cell Genomic Data Using Endogenous Mitochondrial Variants 2024-Dec-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae073 PMID:39404807	研究论文	本文提出了一种名为MitoSort的工具，利用线粒体种系变异对单细胞基因组数据进行样本去复用和交叉基因型双联体检测	MitoSort使用线粒体种系变异作为内源性条形码，解决了现有工具在单细胞测序方法中覆盖核基因组区域不足的局限性	MitoSort的应用依赖于线粒体变异的可靠检测，可能在某些情况下受到限制	开发一种高效且准确的方法，用于单细胞基因组数据中的样本去复用和双联体检测	单细胞基因组数据，特别是单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞基因组数据	八个供体的B细胞
5316	2024-12-28	Isolation and Comprehensive Analysis of Cochlear Tissue-Derived Small Extracellular Vesicles 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408964 PMID:39497619	研究论文	本研究评估了三种耳蜗组织消化和耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）分离方法，并首次提出使用胶原酶D和DNase І结合蔗糖密度梯度离心法作为分离CDsEV的最佳方法	首次提出使用胶原酶D和DNase І结合蔗糖密度梯度离心法作为分离CDsEV的最佳方法，并全面研究了CDsEV的内容物和细胞来源	NA	评估耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）的分离方法，并研究其内容物和细胞来源	耳蜗组织来源的小细胞外囊泡（CDsEV）	生物医学	NA	小RNA测序、蛋白质组学、单CDsEV测序、单细胞RNA测序	NA	RNA、蛋白质	NA
5317	2024-12-28	Sirtuin1 Suppresses Calcium Oxalate Nephropathy via Inhibition of Renal Proximal Tubular Cell Ferroptosis Through PGC-1α-mediated Transcriptional Coactivation 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408945 PMID:39498889	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了草酸钙晶体诱导的肾小管上皮细胞损伤及其机制	揭示了Sirtuin1通过PGC-1α介导的转录共激活抑制肾小管细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨草酸钙晶体诱导的肾损伤机制及其潜在治疗靶点	小鼠肾脏样本中的肾近端小管细胞	生物医学	肾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠肾脏样本
5318	2024-12-28	Neonatal Brain Injury Triggers Niche-Specific Changes to Cellular Biogeography 2024-Dec, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0224-24.2024 PMID:39681473	研究论文	本文通过高分辨率成像空间转录组学技术，构建了新生小鼠脑损伤后的全脑再生反应图谱，揭示了慢性缺氧对早期神经发育的影响	开发了一种新的方法来推断细胞类型空间邻近性的条件相关差异，从而识别细胞结构的特定区域变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨新生儿脑损伤后的分子机制，特别是慢性缺氧对神经发育的影响	新生小鼠的脑组织	数字病理学	新生儿脑损伤	高分辨率成像空间转录组学	NA	空间转录组数据	超过800,000个细胞
5319	2024-12-28	Comprehensive Analysis of Bulk RNA-Seq and Single-Cell RNA-Seq Data Unveils Sevoflurane-Induced Neurotoxicity Through SLC7A11-Associated Ferroptosis 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70307 PMID:39724413	研究论文	本研究通过分析bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据，揭示了七氟醚通过SLC7A11相关的铁死亡诱导神经毒性的机制	首次发现七氟醚通过SLC7A11调控星形胶质细胞铁死亡，提供了七氟醚相关神经毒性通路的新见解	研究主要基于小鼠模型和U251星形胶质瘤细胞，尚未在人类样本中验证	探讨七氟醚对认知功能和神经发育的潜在影响，特别是对易感人群如婴儿和老年人的影响	七氟醚暴露的小鼠和U251星形胶质瘤细胞	神经科学	神经毒性	bulk RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq (scRNA-seq)	NA	RNA-Seq数据	七氟醚暴露的小鼠和U251星形胶质瘤细胞
5320	2024-12-28	CD74+ fibroblasts proliferate upon mechanical stretching to promote angiogenesis in keloids 2024-Oct-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401302R PMID:39400419	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了CD74+成纤维细胞在机械拉伸诱导的瘢痕疙瘩进展中的关键作用	首次识别出CD74+成纤维细胞作为机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的关键细胞群，并阐明了其通过PIEZO1介导的钙内流及下游ERK和AKT信号通路促进血管生成和增殖的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏在体实验验证	探究机械拉伸诱导瘢痕疙瘩进展的细胞机制	瘢痕疙瘩组织中的CD74+成纤维细胞	细胞生物学	瘢痕疙瘩	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA