单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 5281 - 5300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5281 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveal how root tissues adapt to soil stress
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08941-z
PMID:40307555
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和空间转录组技术揭示了水稻根部组织如何适应土壤胁迫的细胞机制 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了根部不同组织对土壤胁迫的转录响应机制，特别是发现了韧皮部细胞释放脱落酸调控根部组织适应土壤紧实胁迫的新机制 | 研究主要聚焦于水稻模型，在其他植物物种中的普适性需要进一步验证 | 探究植物根部组织在单细胞水平上如何适应不同土壤条件和环境胁迫 | 水稻根部组织细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组 | NA | 单细胞转录组数据，空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组 | NA | NA |
| 5282 | 2025-10-06 |
Multigenerational cell tracking of DNA replication and heritable DNA damage
2025-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08986-0
PMID:40399682
|
研究论文 | 通过多代单细胞追踪技术研究DNA复制模式和可遗传DNA损伤如何导致细胞异质性 | 开发了基于内源性标记蛋白的多代单细胞追踪方法，结合CRISPR基因组编辑同时追踪DNA复制模式和可遗传DNA损伤 | 研究仅限于异步生长的细胞，最多追踪四代细胞 | 阐明致癌扰动如何诱导姐妹细胞不对称性和表型异质性 | 哺乳动物细胞系 | 单细胞分析 | 癌症 | CRISPR基因组编辑, 单细胞转录组测序, 迭代染色 | 自定义计算工具 | 图像, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5283 | 2025-10-06 |
NOTCH2 disrupts the synovial fibroblast identity and the inflammatory response of epiphyseal chondrocytes
2025-May-08, The Journal of biological chemistry
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbc.2025.110206
PMID:40345585
|
研究论文 | 本研究探讨NOTCH2信号如何通过改变转录组和细胞群来影响软骨细胞炎症反应和滑膜成纤维细胞特性 | 首次揭示NOTCH2通过破坏滑膜成纤维细胞特性和改变软骨细胞炎症反应在骨关节炎发病机制中的作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证 | 研究NOTCH2信号在骨关节炎发病机制中的作用机制 | 小鼠软骨细胞和滑膜成纤维细胞 | 分子生物学 | 骨关节炎 | RNA-Seq, scRNA-Seq | NA | 转录组数据 | 两种功能获得性突变小鼠模型的原代骨骺细胞 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 5284 | 2025-10-06 |
Spatial Transcriptomics: Integrating Morphology and Molecular Mechanisms of Kidney Diseases
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.06.012
PMID:39097166
|
综述 | 本文综述了空间转录组学技术在肾脏疾病研究中的应用，包括技术原理、数据分析方法及其临床潜力 | 整合形态学与分子生物学，在原生空间背景下解析肾脏疾病的分子机制 | 新兴技术仍面临技术挑战和标准化问题 | 探讨空间转录组学技术在肾脏疾病研究中的应用前景 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 5285 | 2024-12-28 |
Advances in Single-Cell Sequencing and Spatial Profiling of Kidney Disease
2025-Jan, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.10.010
PMID:39722281
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5286 | 2025-10-06 |
FCGR2A contributes to M2 macrophages polarization in HCC through IL-4/JAK/STAT6 axis
2025-Aug, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102429
PMID:40482466
|
研究论文 | 本研究揭示了FCGR2A通过IL-4/JAK/STAT6轴促进肝细胞癌中M2巨噬细胞极化的机制 | 首次发现FCGR2A在肝癌M2巨噬细胞中高表达并通过IL-4/JAK/STAT6轴驱动M2极化 | 具体调控机制细节仍需进一步研究 | 探究FCGR2A在肝细胞癌肿瘤微环境中对巨噬细胞极化的调控作用 | 肝细胞癌组织、巨噬细胞、NK细胞、T细胞 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、体内实验、转染实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5287 | 2025-10-06 |
TMEM55A-mediated PI5P signalling regulates alpha cell actin depolymerisation and glucagon secretion
2025-Jul, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06411-9
PMID:40140059
|
研究论文 | 本研究揭示了TMEM55A通过调控PI5P信号和F-肌动蛋白网络调节胰岛α细胞胞吐和胰高血糖素分泌的新机制 | 首次发现TMEM55A介导的PI5P信号通路通过调节F-肌动蛋白解聚和GTPase/RhoA失活来控制胰高血糖素分泌 | 研究主要关注TMEM55A-PI5P信号轴，其他潜在调控机制尚未完全探索 | 验证TMEM55A及其信号分子在α细胞功能和胰高血糖素分泌中的作用 | 人和小鼠胰岛α细胞、αTC1-9细胞系 | 细胞生物学 | 糖尿病 | 膜片钳电生理学、单细胞RNA测序、体外磷酸酶测定、活细胞成像、GTPase活性下拉测定、共聚焦显微镜 | NA | 电生理记录、RNA测序数据、显微镜图像、分泌测定数据 | 人和小鼠胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5288 | 2025-10-06 |
RFX3 is essential for the generation of functional human pancreatic islets from stem cells
2025-Jul, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-025-06424-4
PMID:40263183
|
研究论文 | 本研究揭示了RFX3在调控人类胰岛细胞分化和抑制肠嗜铬细胞定向中的关键作用 | 首次探索RFX3在人类胰岛发育中的功能，发现其调控胰岛内分泌细胞分化和抑制肠嗜铬细胞定向的新机制 | 研究主要基于干细胞衍生的胰岛类器官模型，未在体内系统中验证 | 研究RFX3在人类胰岛发育中的功能 | 人类诱导多能干细胞衍生的胰岛类器官 | 发育生物学 | 糖尿病 | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 基因敲除和过表达模型 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5289 | 2025-10-06 |
Abundance of a metabolically active subpopulation in dedifferentiated adipocytes inversely correlates with body mass index
2025-Jul, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2025.102161
PMID:40348015
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在人脂肪细胞中发现了一个代谢活跃的亚群，该亚群丰度与体重指数呈负相关 | 首次在去分化脂肪细胞中鉴定出具有独特基因特征和代谢活性的CD36+/CD146+亚群，并发现其丰度与BMI的负相关性 | 样本量相对有限（11名供者），且机制研究仍需深入 | 探究人脂肪组织中不同亚群的细胞组成和功能特性 | 人脂肪组织来源的去分化脂肪细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序，流式细胞分选，批量RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据，批量转录组数据 | 11名人类供者的脂肪细胞，以及1759名供者的皮下脂肪组织基因表达数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 5290 | 2025-10-06 |
The co-location of MARCO+ tumor-associated macrophages and CTSE+ tumor cells determined the poor prognosis in intrahepatic cholangiocarcinoma
2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001138
PMID:39471066
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组和单细胞数据分析，揭示了肝内胆管癌中MARCO+肿瘤相关巨噬细胞与CTSE+肿瘤细胞共定位导致不良预后的机制 | 首次在肝内胆管癌中识别出两种肿瘤内免疫浸润模式，并发现MARCO+ TAMs与CTSE+肿瘤细胞的空间共定位关系及其对预后的影响 | 样本量相对有限，需要更大规模的研究验证发现 | 探究肝内胆管癌肿瘤微环境中免疫细胞表型及其空间分布对预后的影响 | 肝内胆管癌患者组织样本 | 空间转录组学 | 肝内胆管癌 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 多重免疫荧光 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 免疫荧光图像 | 6个空间转录组样本(29,632个点), 35个单细胞样本(21,158个细胞), 20个ICC样本用于验证 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5291 | 2025-06-22 |
Deciphering Macrophage-Fibroblast Cross Talk in Obesity-Induced Adipose Tissue Fibrosis: Insights From Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2025-Jul-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db25-0337
PMID:40540667
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5292 | 2025-10-06 |
Integrated spatial omics of metabolic reprogramming and the tumor microenvironment in pancreatic cancer
2025-Jun-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112681
PMID:40538442
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学，研究胰腺癌中代谢重编程与肿瘤微环境的空间关系 | 首次将单细胞转录组学、空间转录组学和空间代谢组学整合分析，可视化代谢物与基因表达的空间共定位 | NA | 探索胰腺癌代谢重编程与肿瘤微环境的相互作用机制 | 胰腺癌肿瘤样本 | 空间多组学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 空间代谢组学, 伪时间轨迹分析 | scMetabolism | 转录组数据, 代谢组数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 5293 | 2025-10-06 |
A deep generative model for deciphering cellular dynamics and in silico drug discovery in complex diseases
2025-Jun-20, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-025-01423-7
PMID:40542107
|
研究论文 | 开发了一个名为UNAGI的深度生成神经网络，用于分析时间序列单细胞转录组数据并推进计算机模拟药物发现 | 提出了首个专门针对时间序列单细胞转录组数据设计的深度生成模型，能够捕获疾病进展中的复杂细胞动态并增强药物扰动建模 | NA | 开发计算工具用于详细分析疾病进展和靶向计算机模拟药物干预 | 特发性肺纤维化患者和COVID-19患者的单细胞转录组数据 | 机器学习 | 特发性肺纤维化 | 单细胞转录组测序 | 深度生成神经网络 | 时间序列单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5294 | 2025-10-06 |
Comparison of spatial transcriptomics technologies using tumor cryosections
2025-Jun-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03624-4
PMID:40542418
|
研究论文 | 比较五种空间转录组技术在髓母细胞瘤冰冻切片中的应用性能 | 首次系统比较四种成像技术和一种测序技术的空间转录组方法，并开发了重成像策略提高细胞分割准确性 | 仅使用一种肿瘤类型（MBEN）进行评估，可能不适用于其他肿瘤类型 | 评估不同空间转录组技术的性能差异，为方法选择提供指导 | 髓母细胞瘤伴广泛结节性（MBEN）的冰冻切片 | 空间转录组学 | 髓母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据，图像数据 | NA | 10x Genomics, NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Visium, RNAscope HiPlex, Molecular Cartography, Merscope, Xenium | Visium（测序基础方法），四种成像基础方法：RNAscope HiPlex、Molecular Cartography、Merscope和Xenium |
| 5295 | 2025-10-06 |
The impact of de novo lipogenesis on predicting survival and clinical therapy: an exploration based on a multigene prognostic model in hepatocellular carcinoma
2025-Jun-18, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06704-y
PMID:40533802
|
研究论文 | 基于从头脂质生成相关基因构建肝细胞癌预后风险模型并探索其与免疫微环境和治疗反应的关系 | 首次基于从头脂质生成通路构建包含六个特征基因的肝细胞癌预后模型，并系统分析风险分型与免疫细胞浸润模式及治疗反应的关联 | 样本量相对有限，需要更多独立队列验证模型的普适性 | 开发肝细胞癌预后预测模型并探索从头脂质生成在肿瘤进展中的作用机制 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | LASSO-Cox回归分析，免疫组织化学，Western blotting，多重免疫荧光染色，单细胞RNA测序 | 预后风险模型 | 基因表达数据，临床数据，单细胞测序数据 | TCGA、GEO、ICGC-LIRI数据集及湘雅队列106例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5296 | 2025-10-06 |
Artificial intelligence approaches for tumor phenotype stratification from single-cell transcriptomic data
2025-Jun-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.98469
PMID:40511682
|
研究论文 | 提出一种基于NLP文档嵌入技术的单细胞RNA测序分析框架SCellBOW，用于肿瘤表型分层和风险评估 | 首次将自然语言处理中的文档嵌入技术应用于单细胞转录组数据分析，能够识别具有临床意义的肿瘤亚群并评估其侵袭风险 | 缺乏与临床注释的直接关联，肿瘤表型空间复杂性带来的分析挑战 | 开发计算框架用于肿瘤表型异质性分析和风险分层 | 单细胞转录组数据中的恶性与非恶性细胞亚型 | 自然语言处理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 文档嵌入模型 | 单细胞转录组数据 | 人类脾细胞和匹配的外周血单个核细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5297 | 2025-10-06 |
Mechanisms of hematopoietic clonal dominance in VEXAS syndrome
2025-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03623-9
PMID:40195449
|
研究论文 | 本研究揭示了VEXAS综合征中造血克隆优势的机制，并通过单细胞转录组学和人源化模型阐明了UBA1基因突变导致克隆优势的病理过程 | 首次通过碱基编辑技术构建VEXAS综合征人源化模型，揭示了突变细胞通过获得衰老样状态在炎症环境中具有竞争优势的机制 | 研究样本量较小（仅9例男性患者），需要更大规模研究验证发现 | 探究VEXAS综合征中造血克隆优势的驱动机制 | VEXAS综合征患者造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | 单细胞组学 | 自身炎症性疾病 | 单细胞转录组学，碱基编辑，竞争性移植 | 人源化疾病模型 | 单细胞转录组数据，免疫表型数据 | 9例男性VEXAS综合征患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5298 | 2025-10-06 |
Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis
2025-Jun, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-025-03625-7
PMID:40301560
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研究论文 | 本研究通过组织学和空间转录组学分析发现广泛髓样细胞边缘病变是多发性硬化快速疾病进展的新型生物标志物 | 首次发现具有广泛髓样细胞边缘的特定MS病变类型与快速疾病进展相关，并利用独立PET研究验证了这一关联 | 研究基于尸检队列，可能无法完全反映活体患者的动态疾病过程 | 探索多发性硬化疾病进展的潜在机制并寻找相关生物标志物 | 多发性硬化患者尸检脑组织和活体患者PET影像数据 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 组织学分析, 空间转录组学, PET成像 | NA | 组织图像, 基因表达数据, 医学影像 | 尸检队列186人，PET研究114人 | NA | 空间转录组学, PET成像 | NA | NA |
| 5299 | 2025-10-06 |
Narrowing Down Key Players in Autoimmunity via Single-Cell Multiomics
2025-Jun, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451233
PMID:40534591
|
综述 | 本文探讨单细胞多组学技术如何揭示自身免疫疾病的机制，包括疾病相关细胞状态和细胞通讯网络 | 通过单细胞多组学技术以前所未有的分辨率绘制自身反应性淋巴细胞图谱，并关联特定自身免疫易感基因位点 | NA | 阐明自身免疫疾病的分子机制和效应细胞 | 健康组织和患者组织中的T细胞和B细胞 | 单细胞多组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 5300 | 2025-10-06 |
nf-core/marsseq: systematic preprocessing pipeline for MARS-seq experiments
2025, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbaf089
PMID:40438146
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研究论文 | 开发了一个用于MARS-seq实验的系统性预处理流程，基于nf-core框架实现标准化分析 | 将原始MARS-seq2.0流程改进为nf-core框架实现，简化了流程执行并增加了RNA速度估计功能 | NA | 标准化MARS-seq分析并应用于RNA速度研究 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | MARS-seq2.0, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | MARS-seq2.0（大规模并行RNA单细胞测序） |