单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 5281 - 5300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5281 | 2024-12-20 |
Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids
2024-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002965
PMID:39693319
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研究论文 | 本文通过大规模的单细胞RNA测序数据集的整合分析，研究了脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性 | 本文首次通过大规模的单细胞RNA测序数据的元分析，评估了不同脑类器官协议的可靠性 | 本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和代表性的限制 | 研究脑类器官在基因共表达关系上与人类发育中大脑的相似性 | 脑类器官与人类发育中大脑的基因共表达关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因共表达网络 | 百万级单细胞RNA测序数据集 |
| 5282 | 2024-12-20 |
Changes in AXL and/or MITF melanoma subpopulations in patients receiving immunotherapy
2024-Dec, Immuno-oncology technology
DOI:10.1016/j.iotech.2024.101009
PMID:39697983
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研究论文 | 本研究分析了接受免疫治疗的黑色素瘤患者中AXL和/或MITF亚群的变化 | 首次通过NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序和多重免疫荧光原位杂交技术，研究了AXL+和MITF+黑色素瘤亚群在免疫治疗中的变化 | 研究样本量较小，且免疫治疗对AXL+或MITF+肿瘤细胞丰度的变化与生存率无显著相关性 | 探讨免疫治疗对黑色素瘤患者中AXL+和MITF+亚群的影响 | 接受免疫治疗的黑色素瘤患者中的AXL+和MITF+亚群 | NA | 黑色素瘤 | NanoString基因表达分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光原位杂交 | NA | mRNA、蛋白质 | NA |
| 5283 | 2024-12-20 |
STING Activation in Macrophages and Microglia Drives Poststroke Inflammation: Implications for Neuroinflammatory Mechanisms and Therapeutic Interventions
2024-Dec, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70106
PMID:39698742
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研究论文 | 本研究探讨了STING激活在小胶质细胞和巨噬细胞中的作用，揭示了其在驱动中风后炎症中的关键机制 | 首次揭示了STING激活通过I型干扰素信号通路驱动中风后小胶质细胞和巨噬细胞向促炎表型的转变 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人类样本中验证 | 探讨中风后小胶质细胞和巨噬细胞的表型转变机制及其潜在的治疗干预策略 | 小胶质细胞、巨噬细胞和中风后神经炎症 | NA | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了C57BL/6雄性小鼠进行实验，并进行了体外培养的小胶质细胞和骨髓来源的巨噬细胞实验 |
| 5284 | 2024-12-20 |
Neuroepithelial cell transforming 1 as a key regulator in non-small cell lung cancer: unveiling causal links and therapeutic potentials
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-587
PMID:39697721
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研究论文 | 本研究探讨了神经上皮细胞转化1（NET1）在非小细胞肺癌（NSCLC）进展中的关键调控作用，并通过生物信息学分析和实验室实验揭示了其因果关系和治疗潜力 | 本研究首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化算法揭示了NET1在NSCLC中的因果关系，并验证了其在细胞增殖和铁死亡抑制中的作用 | 本研究主要基于实验室实验和生物信息学分析，未来需要进一步的临床试验验证其治疗潜力 | 揭示NET1在非小细胞肺癌中的分子机制及其治疗潜力 | NET1在非小细胞肺癌中的作用及其对细胞增殖和铁死亡的影响 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、孟德尔随机化（MR）算法、实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、细胞活力测定、丙二醛（MDA）检测、分子对接分析 | NA | 基因表达数据 | 非恶性肺组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，以及实验室实验中的细胞样本 |
| 5285 | 2024-12-20 |
Identification of the CD8+ T-cell exhaustion signature of hepatocellular carcinoma for the prediction of prognosis and immune microenvironment by integrated analysis of bulk- and single-cell RNA sequencing data
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-650
PMID:39697729
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了肝细胞癌的CD8+ T细胞耗竭特征，用于预测患者的预后和免疫微环境 | 首次通过整合bulk和单细胞RNA测序数据，构建了CD8+ T细胞耗竭特征，为评估肝细胞癌患者的预后和免疫微环境提供了新方法 | 研究结果需要在更多独立数据集和临床试验中进一步验证 | 构建基于CD8+ T细胞耗竭特征的模型，用于预测肝细胞癌患者的预后和免疫微环境 | 肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高通量RNA测序（RNA-seq） | Cox回归分析模型 | RNA测序数据 | 来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者RNA-seq数据，以及来自GSE149614的10× scRNA数据 |
| 5286 | 2024-12-20 |
Multi-omics decipher the immune microenvironment and unveil therapeutic strategies for postoperative ovarian cancer patients
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-656
PMID:39697734
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研究论文 | 本研究通过多组学数据分析，揭示了卵巢癌术后患者的免疫微环境特征，并提出了新的治疗策略 | 本研究首次利用12种程序性细胞死亡模式构建了新的分类和预后模型，并建立了基于8基因签名的程序性细胞死亡指数（PCDI），用于预测卵巢癌术后患者的预后和药物敏感性 | 本研究的样本量相对较小，且依赖于公开数据库的数据，可能存在数据偏倚 | 探讨程序性细胞死亡模式在卵巢癌术后患者预后和药物敏感性预测中的应用 | 卵巢癌术后患者的免疫微环境和治疗反应 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 转录组学、基因组学、单细胞转录组学 | 机器学习算法 | 基因表达数据、临床信息 | 使用了来自TCGA和GEO数据库的多个数据集，包括批量转录组、基因组和临床信息，以及单细胞转录组数据 |
| 5287 | 2024-12-20 |
Elucidating the molecular and immune interplay between head and neck squamous cell carcinoma and diffuse large B-cell lymphoma through bioinformatics and machine learning
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-1064
PMID:39697749
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用 | 本研究首次通过生物信息学和机器学习方法，识别出头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的共享生物标志物和潜在治疗靶点 | 本研究主要基于现有数据库的数据进行分析，未来需要进一步的实验验证 | 阐明头颈部鳞状细胞癌与弥漫性大B细胞淋巴瘤之间的分子和免疫相互作用 | 头颈部鳞状细胞癌和弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 机器学习 | NA | 基因表达数据 | 2040个差异表达基因和1983个模块相关基因 |
| 5288 | 2024-12-20 |
Integrative multi-omics and machine learning approach reveals tumor microenvironment-associated prognostic biomarkers in ovarian cancer
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-539
PMID:39697754
|
研究论文 | 本研究利用多组学整合和机器学习方法，揭示了卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物 | 首次系统性地解码了卵巢癌肿瘤微环境相关的基因特征，并开发了包含免疫细胞标志物的预后模型，展示了其在个性化治疗中的潜力 | NA | 揭示卵巢癌肿瘤微环境相关的预后生物标志物，为个性化治疗提供依据 | 卵巢癌肿瘤微环境及其相关的预后生物标志物 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归 | 基因表达数据 | 来自Gene Expression Omnibus（GSE184880）和The Cancer Genome Atlas（TCGA）的卵巢癌和正常组织样本 |
| 5289 | 2024-12-20 |
Depletion of intrinsic renal macrophages with moderate-to-high expression of CD163, MRC1, PTH2R, PDE4D, and CUBN in regulating podocyte injury in diabetic nephropathy: a single-cell RNA sequencing analysis
2024-Nov-30, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-24-569
PMID:39698573
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响 | 首次揭示了在糖尿病肾病中，表达CD163、MRC1、PTH2R、PDE4D和CUBN的肾巨噬细胞亚群的耗竭与足细胞损伤的关系 | 研究仅基于单核RNA测序数据，未进行体内实验验证 | 探讨糖尿病肾病中肾巨噬细胞的极化及其对足细胞损伤的影响 | 糖尿病肾病患者的肾巨噬细胞及其与足细胞的相互作用 | NA | 糖尿病肾病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 糖尿病肾病和对照组的肾脏样本 |
| 5290 | 2024-12-20 |
Transcriptome and Temporal Transcriptome Analyses in Single Cells
2024-Nov-29, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms252312845
PMID:39684556
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组分析技术的发展，特别是结合RNA代谢标记的单细胞RNA测序技术，探讨了其在生物学过程中的应用 | 本文介绍了RNA代谢标记与单细胞RNA测序技术的结合，能够对单个细胞中的时间转录组进行分析，提供了对RNA动力学和细胞命运决定等动态生物过程的新见解 | NA | 探讨单细胞转录组分析技术的发展及其在生物医学研究中的应用 | 单细胞转录组和时间转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5291 | 2024-12-20 |
scDCA: deciphering the dominant cell communication assembly of downstream functional events from single-cell RNA-seq data
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae663
PMID:39694816
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研究论文 | 提出了一种基于深度学习的方法scDCA，用于从单细胞RNA-seq数据中解析对特定功能事件有重要影响的细胞通信组合 | 首次提出了一种基于多视图图卷积网络和注意力机制的深度学习方法，用于量化细胞类型对特定功能过程的贡献 | 目前仅在肾细胞癌样本中进行了验证，未来需要在更多疾病和样本中进行验证 | 开发一种新的计算方法，用于解析细胞通信对特定功能事件的影响，以促进癌症治疗 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞通信及其对下游功能事件的影响 | 机器学习 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA-seq | 多视图图卷积网络 | 基因表达数据 | 肾细胞癌样本 |
| 5292 | 2024-12-20 |
Mechanisms of Berberine in anti-pancreatic ductal adenocarcinoma revealed by integrated multi-omics profiling
2024-10-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-74943-y
PMID:39358545
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研究论文 | 本研究通过整合药理学数据库与bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，揭示了小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制 | 首次通过多组学分析揭示了小檗碱在胰腺导管腺癌中的潜在抗肿瘤机制，并识别了关键的药物靶点和免疫调节作用 | 研究主要基于体外数据和计算分析，缺乏体内实验验证 | 揭示小檗碱在抗胰腺导管腺癌中的潜在机制 | 小檗碱在胰腺导管腺癌中的作用机制及潜在靶点 | NA | 胰腺癌 | RNA-seq, scRNA-seq | PPI网络 | 基因表达数据 | NA |
| 5293 | 2024-12-20 |
Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241287267
PMID:39360911
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研究论文 | 研究揭示了肠绒毛细胞中富含原钙粘蛋白（protocadherins），并探讨了其在细胞微绒毛组织中的作用 | 首次发现原钙粘蛋白在肠绒毛细胞中的富集，并证明了其在小鼠和人类肠绒毛细胞中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠和人类的小肠和结肠样本，未涵盖其他器官或物种 | 探讨肠绒毛细胞的结构和功能，特别是微绒毛组织的调控机制 | 肠绒毛细胞及其中的原钙粘蛋白 | NA | NA | 免疫染色和单细胞RNA测序 | NA | 组织样本和RNA序列 | 小鼠和人类的肠组织样本 |
| 5294 | 2024-12-20 |
Oligoclonal CD4+CXCR5+ T cells with a cytotoxic phenotype appear in tonsils and blood
2024-07-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06563-1
PMID:39025930
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研究论文 | 研究比较了外周血和扁桃体中CD3CD4CXCR5 T细胞的异质性，发现了一种具有细胞毒性表型的寡克隆CD4+CXCR5+ T细胞亚群 | 首次发现了一种具有细胞毒性表型的寡克隆CD4+CXCR5+ T细胞亚群，并描述了其在扁桃体和外周血中的分布特征 | 研究仅限于扁桃体和外周血样本，未涉及其他组织或疾病状态 | 探讨外周血和扁桃体中CD3CD4CXCR5 T细胞的异质性及其在临床中的潜在应用 | 外周血和扁桃体中的CD3CD4CXCR5 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学 | NA | 转录组、TCR库、细胞表面蛋白表达 | 外周血和扁桃体中的CD3CD4CD45RACXCR5细胞 |
| 5295 | 2024-12-20 |
PPPCT: Privacy-Preserving framework for Parallel Clustering Transcriptomics data
2024-05, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108351
PMID:38520921
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研究论文 | 本文提出了一种隐私保护的并行聚类转录组数据框架，用于处理单细胞RNA测序数据 | 该方法通过使用Intel SGX处理器确保敏感代码和数据的安全性，并采用对数变换、非负矩阵分解和并行k-means聚类等技术，在保证隐私的同时提高了聚类质量和计算效率 | NA | 解决单细胞转录组数据聚类中的隐私保护问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、非负矩阵分解、并行k-means聚类 | 并行计算框架 | 转录组数据 | 5000个基因和6000个细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 5296 | 2024-12-20 |
Heterogeneous immune landscapes and macrophage dynamics in primary and lung metastatic adenoid cystic carcinoma of the head and neck
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1483887
PMID:39697346
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研究论文 | 研究探讨了头颈部腺样囊性癌原发肿瘤和肺转移瘤的免疫微环境及巨噬细胞动态 | 首次通过RNA测序和单细胞测序分析了原发肿瘤和肺转移瘤的免疫景观，揭示了肺转移瘤中免疫抑制性肿瘤相关巨噬细胞的存在 | 研究样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 探讨头颈部腺样囊性癌原发肿瘤和肺转移瘤的肿瘤免疫微环境，理解免疫治疗的挑战 | 头颈部腺样囊性癌的原发肿瘤和肺转移瘤 | 数字病理学 | 头颈部肿瘤 | RNA测序、免疫组织化学、单细胞测序 | NA | RNA序列数据、图像 | 25个原发肿瘤和34个肺转移瘤 |
| 5297 | 2024-12-20 |
Identification of Macrophage-Related Biomarkers for Abdominal Aortic Aneurysm Through Combined Single-Cell Sequencing and Machine Learning
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S499593
PMID:39697792
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞测序和机器学习技术，揭示了巨噬细胞在腹主动脉瘤（AAA）进展中的作用机制，并识别了相关的生物标志物 | 首次通过单细胞测序和机器学习结合的方法，揭示了THBS1-CD47信号通路在巨噬细胞驱动AAA进展中的关键作用，并验证了THBS1作为潜在治疗靶点的可能性 | 研究主要基于单细胞测序和机器学习分析，未来需要更多临床样本验证和进一步的功能实验 | 揭示巨噬细胞在腹主动脉瘤进展中的作用机制，并识别相关的生物标志物，以开发新的靶向治疗和改善患者预后 | 腹主动脉瘤患者样本中的巨噬细胞及相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序，机器学习 | NA | 基因表达数据 | 腹主动脉瘤患者样本 |
| 5298 | 2024-12-20 |
Deciphering the evolving niche interactome of human hematopoietic stem cells from ontogeny to aging
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1479605
PMID:39698109
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，系统地描述了从胚胎发育到衰老过程中人类造血干细胞（HSC）微环境的相互作用网络 | 首次系统地揭示了HSC微环境在不同发育阶段和衰老过程中的动态变化，特别是细胞间相互作用和信号通路的变化 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能无法完全捕捉到所有细胞间的相互作用和微环境的复杂性 | 揭示从胚胎发育到衰老过程中HSC微环境的动态变化，为维持HSC功能和促进健康衰老提供新的干预策略 | 人类造血干细胞（HSC）及其微环境中的细胞间相互作用网络 | 数字病理学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及不同发育阶段和衰老时期的HSC微环境样本 |
| 5299 | 2024-12-20 |
Narrative Review of Mesenchymal Stem Cell Therapy in Renal Diseases: Mechanisms, Clinical Applications, and Future Directions
2024, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/sci/8658246
PMID:39698513
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综述 | 本文综述了间充质干细胞在肾脏疾病中的应用，讨论了其机制、临床应用及未来发展方向 | 本文探讨了间充质干细胞在肾脏疾病治疗中的潜力，并展望了结合单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑等前沿技术的未来研究方向，以实现更安全、更有效的个性化治疗 | 本文主要基于过去五年内的研究，可能未能涵盖所有相关研究，且未来研究方向仍需进一步验证 | 探讨间充质干细胞在肾脏疾病治疗中的应用及其未来发展方向 | 间充质干细胞在急性肾损伤和慢性肾病中的应用 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞测序、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | NA | NA |
| 5300 | 2024-12-20 |
Revealing induced pluripotent stem cells' potential as a better alternative to embryonic stem cells for Parkinson's disease treatment based on single-cell RNA-seq
2024, Brazilian journal of medical and biological research = Revista brasileira de pesquisas medicas e biologicas
DOI:10.1590/1414-431X2024e13482
PMID:39699375
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据比较了诱导多能干细胞（iPSCs）和胚胎干细胞（ESCs）在帕金森病（PD）治疗中的细胞类型差异，探讨了iPSCs作为ESCs替代品的潜力 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了iPSCs在细胞类型多样性和基因表达上与ESCs的差异，并提出了iPSCs在PD治疗中的潜在优势 | 研究主要基于GEO数据库的数据，未进行体内实验验证iPSCs在PD治疗中的实际效果 | 探讨iPSCs作为ESCs替代品在帕金森病治疗中的可行性 | 诱导多能干细胞（iPSCs）和胚胎干细胞（ESCs）在帕金森病（PD）治疗中的细胞类型差异 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从GEO数据库收集的ESCs和iPSCs的单细胞RNA测序数据和微阵列数据 |