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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5261 | 2026-03-30 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2026-Mar-17, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf317
PMID:41384851
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研究论文 | 本研究通过多模态单细胞测序和体外刺激实验,定义了人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性特征 | 首次系统性地揭示了人类巨噬细胞在多个组织(如肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结)中的组织适应性基因和蛋白质谱,并展示了这些特征在激活和极化过程中的内在维持 | 研究依赖于器官捐赠者的样本,可能受限于样本数量和个体差异,且体外刺激实验可能无法完全模拟体内环境 | 探究人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性身份和分子特征 | 人类巨噬细胞和单核细胞,从肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结中分离 | 单细胞组学 | NA | 多模态单细胞测序,单核转座酶可及染色质测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,染色质可及性数据 | 来自个体器官捐赠者的多个组织样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 5262 | 2026-03-30 |
Integrated Functional and scRNA-Seq Analyses Reveal Convergence of M-CSF- and GM-CSF-Derived Macrophages Following IL-27 Polarization
2026-Mar-16, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15060528
PMID:41892320
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研究论文 | 本研究通过整合功能分析和单细胞RNA测序,揭示了IL-27极化后,由M-CSF和GM-CSF诱导分化的巨噬细胞在转录和功能上趋于相似 | 首次系统比较了IL-27对M-CSF和GM-CSF来源巨噬细胞的极化影响,并利用单细胞RNA测序揭示了它们在极化后转录组的趋同性 | 研究仅使用了健康供体的单核细胞,未在疾病模型或体内环境中验证,且功能分析的深度和广度可能有限 | 探究IL-27极化对M-CSF和GM-CSF来源巨噬细胞的功能和基因表达谱的影响,并比较其异同 | 从健康供体单核细胞分化而来的M-CSF诱导巨噬细胞(M-Mac)和GM-CSF诱导巨噬细胞(GM-Mac),及其经IL-27极化后的亚型 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康供体的单核细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5263 | 2026-03-30 |
A single cell transcriptional profile of benign prostatic hyperplasia
2026-Mar-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-02417-w
PMID:41832222
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了良性前列腺增生(BPH)患者的组织样本,揭示了与炎症相关的细胞亚群及其相互作用 | 首次在BPH中识别出一个罕见的管腔前体亚群,并发现其通过MIF与成纤维细胞和巨噬细胞相互作用,可能促进炎症和细胞增殖 | 样本量较小(仅15名患者),且仅基于单细胞RNA-seq数据,缺乏功能验证实验 | 深入理解BPH的病理生理学和细胞组成,以开发新疗法 | 良性前列腺增生(BPH)患者的组织样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析、差异表达分析、伪时间分析 | 单细胞RNA-seq数据 | 15名BPH患者的组织样本,共分析16,234个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5264 | 2026-03-30 |
Molecular Determinants of Macrophage Polarization in Glioblastoma and Implications for Tumor Progression
2026-Mar-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15060508
PMID:41892299
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研究论文 | 本研究探讨了胶质母细胞瘤中巨噬细胞极化的分子决定因素及其对肿瘤进展的影响 | 通过整合TCGA-GBM数据、DSP数据集分析和单细胞RNA-seq交叉验证,识别出巨噬细胞极化相关的关键基因,并通过体外实验验证了GBM细胞如何促进巨噬细胞向M2样表型极化 | 研究主要基于体外实验和生物信息学分析,缺乏体内模型验证,且样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探究胶质母细胞瘤中巨噬细胞极化的分子机制及其在肿瘤进展中的作用 | 胶质母细胞瘤组织、巨噬细胞、GBM细胞系 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外实验 | NA | 基因表达数据 | TCGA-GBM数据集和DSP数据集,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5265 | 2026-03-30 |
Paradoxes in the Ontological Classification of Glia-Evidence for an Important New Class of Brain Cells with Primary Functions in Iron Regulation
2026-Mar-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells15060511
PMID:41892302
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研究论文 | 本文提出了一种新的脑细胞类别——铁胶质细胞(ferriglia),挑战了传统的胶质细胞分类,并强调了其在铁调节中的主要功能 | 识别了当前胶质细胞分类中的矛盾,并基于经验、进化和实用视角,提出了一类新的铁调节为主的胶质细胞,命名为铁胶质细胞,这重新定义了脑细胞的功能分类 | NA | 探讨脑细胞(特别是胶质细胞)的重新分类,并研究铁胶质细胞在神经精神疾病和神经系统疾病中的作用 | 脑细胞,特别是胶质细胞,包括铁胶质细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病、神经退行性疾病、脑卒中、脑癌、神经免疫疾病等 | 电生理学、单细胞转录组学、超高分辨率光谱学 | NA | 分子谱、功能数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5266 | 2026-03-30 |
Integrated Genome-wide Association and Single-cell Transcriptomic Analysis Identifies OAT as Therapeutic Targets for Periodontitis
2026-Mar-11, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02392-4
PMID:41811548
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研究论文 | 本研究通过整合全基因组关联分析和单细胞转录组学,发现鸟氨酸氨基转移酶(OAT)是牙周炎的关键致病因子和潜在治疗靶点 | 首次将全基因组关联分析与单细胞转录组技术相结合,系统揭示了OAT在牙周炎成纤维细胞表型转化和代谢重编程中的核心作用 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平和功能验证实验 | 鉴定牙周炎的致病机制和潜在治疗靶点 | 牙周炎患者的牙周组织 | 单细胞转录组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5267 | 2026-03-30 |
Single-cell RNA sequencing identifies long non-coding RNAs enriched in psoriatic epidermal subsets
2026-Mar-10, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2026.03.002
PMID:41904046
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了健康与银屑病表皮中长链非编码RNA的表达图谱,并识别了与疾病相关的细胞状态特异性lncRNA | 首次在单细胞水平上系统性地描绘了银屑病表皮中lncRNA的表达景观,并揭示了LINC01137和LINC00892等lncRNA在疾病相关细胞状态中的特异性富集及其功能 | 研究主要基于测序数据的分析,功能验证仅限于少数lncRNA,且样本量相对有限 | 构建健康与银屑病表皮的单细胞lncRNA表达图谱,并识别与疾病相关的细胞状态特异性lncRNA | 来自健康对照和银屑病皮损/非皮损皮肤的CD45⁺和CD45⁻表皮细胞 | 单细胞转录组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序(Smart-seq2)、RT-qPCR、单分子原位杂交(RNAscope)、免疫荧光、siRNA敲低 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自健康对照和银屑病患者的表皮细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞RNA测序技术 |
| 5268 | 2026-03-30 |
MSTN and TCF12 as Candidate Immunometabolic Signatures in Glioma-Associated Foam Cells: Insights from Integrated Multi-Omics Analysis
2026-Mar-09, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb48030289
PMID:41899441
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,解析了胶质瘤微环境中的细胞组成,并鉴定了肿瘤相关泡沫细胞及其特征基因MSTN和TCF12作为与免疫抑制和代谢重编程相关的候选免疫代谢标志物 | 首次通过整合单细胞和空间转录组学技术,在胶质瘤微环境中鉴定出肿瘤相关泡沫细胞作为中心连接亚型,并发现MSTN和TCF12这两个基因与M2巨噬细胞浸润、胆固醇稳态改变和免疫抑制信号传导相关 | 样本量相对较小(单细胞RNA测序11个样本,空间转录组学2个样本),且研究主要基于计算分析和体外验证,需要进一步的体内实验验证 | 解析胶质瘤微环境的异质性,鉴定关键的细胞亚型和分子标志物,以理解肿瘤进展和治疗抵抗机制 | 胶质瘤组织样本 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光 | 逻辑回归, 伪时间轨迹分析, 调控网络分析 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据, 临床数据 | 单细胞RNA测序11个样本, 空间转录组学2个样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 5269 | 2026-03-30 |
Intercellular communication landscape and its working mechanism in systemic sclerosis-associated interstitial lung disease
2026-Mar-05, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keag098
PMID:41706126
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和ATAC测序分析,揭示了系统性硬化症相关间质性肺病中细胞间通讯的景观及其工作机制 | 首次在SSc-ILD中系统描绘了细胞间通讯的全景图,并鉴定了SPP1-CD44/ITGB1、MIF-CD74和MDK-SDC2等关键配体-受体对在疾病中的核心作用 | 样本量相对有限(17例正常和17例SSc-ILD肺组织),动物模型仅使用博来霉素诱导,可能无法完全模拟人类疾病复杂性 | 阐明SSc-ILD中促纤维化因子的作用机制和细胞间通讯网络 | 人类SSc-ILD肺组织、SSc患者血清样本、博来霉素诱导的肺纤维化动物模型 | 数字病理学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, ELISA, 免疫荧光, 免疫组织化学 | CellChat, Monocle3, Signac | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 血清蛋白数据, 组织图像数据 | 34例肺组织(17正常+17 SSc-ILD),55例SSc患者血清(32例伴ILD,23例不伴ILD),5只动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 5270 | 2026-03-30 |
singIST: An integrative method for comparative single-cell transcriptomics between disease models and humans
2026-Mar, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1014002
PMID:41838773
|
研究论文 | 本文提出了一种名为singIST的计算方法,用于在疾病模型与人类条件之间进行单细胞转录组学的比较分析 | singIST在单细胞分辨率下提供了可解释的定量度量,以评估疾病模型与人类参考在通路、细胞类型和基因水平的相似性,并整合了基因同源性、细胞类型存在、重要性以及基因表达变化,控制单细胞数据的内在复杂性 | NA | 开发一种计算方法来评估疾病模型与人类疾病在单细胞转录组水平的相似性,以辅助药物发现和早期开发 | 疾病模型(如小鼠模型)和人类条件(如特应性皮炎和化脓性汗腺炎) | 自然语言处理 | 特应性皮炎,化脓性汗腺炎 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5271 | 2026-03-30 |
Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L orchestrates alternative splicing critical for primordial follicle formation
2026-Feb-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2026.02.047
PMID:41722690
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研究论文 | 本研究揭示了hnRNPL介导的可变剪接在原始卵泡形成中的关键作用及其与原发性卵巢功能不全的关联 | 首次鉴定hnRNPL作为调控原始卵泡形成的关键剪接因子,并阐明其与PTBP1和SRSF10相互作用的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明从原始生殖细胞到原始卵泡形成过程中可变剪接的动态调控机制 | 小鼠生殖细胞发育过程 | 发育生物学 | 原发性卵巢功能不全 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, RIP-seq, IP-MS, 免疫荧光 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据、批量RNA-seq数据、蛋白质互作数据 | 小鼠胚胎期E16.5-E18.5及出生后P1时间点的卵巢组织 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5272 | 2026-02-15 |
Single-cell RNA sequencing combined with single-cell genome-wide association study identifies SF3B4 as a hub gene in hepatocellular carcinoma progression
2026-Feb-14, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-026-04501-7
PMID:41689695
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5273 | 2026-03-30 |
Tissue-Specific High-Quality Protoplast Isolation for Single-Cell Analyses in Arabidopsis
2026-02-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69330
PMID:41729799
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研究论文 | 本文介绍了一种从拟南芥多种组织中分离高质量原生质体的稳健且可重复的协议,适用于单细胞分析 | 该协议针对不同组织类型(如叶片、茎、花和根)的独特生理特性,优化了酶消化条件和纯化步骤,确保了高产量和广泛细胞类型的代表性 | NA | 优化植物单细胞RNA测序(scRNAseq)应用中的原生质体分离方法,以研究细胞类型特异性基因表达和发育动态 | 拟南芥(Arabidopsis thaliana)的多种组织,包括地上部分(叶片、茎、花)和根组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、流式细胞术(FACS)、瞬时基因表达分析 | NA | 单细胞悬浮液 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5274 | 2026-03-30 |
Isolation of Pericytes from Mouse Cortical Tissue Using FACS for Single-cell Sequencing
2026-01-30, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/69749
PMID:41697880
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研究论文 | 本文建立了一种优化的FACS方法,用于从小鼠皮层组织中分离周细胞,适用于单细胞RNA测序 | 在已建立的CD13/CD31分选策略基础上,引入了20% BSA溶液重悬细胞的关键步骤,以最小化应激和聚集,从而最大化测序所需的细胞活力和RNA质量 | NA | 研究周细胞的异质性,并阐明其在神经血管疾病中的机制 | 小鼠大脑周细胞 | 单细胞测序 | 神经血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 3只成年C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5275 | 2026-03-30 |
AUTOENCODIX: a generalized and versatile framework to train and evaluate autoencoders for biological representation learning and beyond
2026-01, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00916-4
PMID:41366150
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研究论文 | 本文介绍了AUTOENCODIX,一个用于训练和评估自编码器的开源框架,旨在标准化和灵活处理生物表示学习任务 | 提出一个标准化、灵活且可比较的自编码器框架,支持基于本体和跨模态的自编码器,增强了表示学习的可解释性和数据模态转换能力 | 未明确说明框架在特定数据集或应用场景中的性能限制或潜在偏差 | 开发一个通用框架以标准化自编码器的训练和评估,促进生物表示学习的研究 | 自编码器架构及其在生物数据表示学习中的应用 | 机器学习 | NA | 自编码器深度学习 | 自编码器(包括基于本体和跨模态的自编码器) | 多模态数据(包括基因组、单细胞测序和成像数据) | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5276 | 2026-03-30 |
Microbiota shape the colon epithelium controlling inter-crypt absorptive goblet cells via butyrate-GP R109A signalling
2025-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2025.2573045
PMID:41208257
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等方法,揭示了肠道微生物通过丁酸-GPR109A信号通路调控结肠上皮中具有吸收和分泌特征的非常规杯状细胞,从而影响结肠上皮细胞组成和功能 | 首次发现微生物通过丁酸及其受体GPR109A调控结肠隐窝间吸收性杯状细胞,揭示了微生物驱动上皮可塑性的新机制 | NA | 探究微生物来源信号如何影响结肠上皮细胞身份和功能 | 结肠上皮细胞,特别是非常规隐窝间杯状细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学,抗生素介导的微生物耗竭,无菌小鼠,小鼠定植实验 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5277 | 2026-03-30 |
Integration of elemental imaging and spatial transcriptomic profiling for proof-of-concept metals-based pathway analysis of colon tumor microenvironment
2025-Oct-14, Metallomics : integrated biometal science
IF:2.9Q3
DOI:10.1093/mtomcs/mfaf034
PMID:41042257
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研究论文 | 本研究通过整合元素成像和空间转录组学,对结直肠癌肿瘤微环境中的金属依赖性信号通路进行了概念验证分析 | 首次将元素成像与空间转录组学整合,实现了组织范围内金属-基因相互作用的全面探索,突破了传统孤立研究金属或基因的局限 | 本研究仅为单样本概念验证,样本量有限,未来需要扩大患者队列进行验证 | 探索肿瘤微环境中金属丰度、转运机制、细胞分布与肿瘤进展相关生物通路(如代谢、胶原重塑)之间的复杂相互作用 | 结直肠癌肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 元素成像、空间转录组学、基因表达相关性分析 | 空间多模态工作流程 | 图像、基因表达数据、细胞组成数据、组织病理学特征 | 单一样本(结直肠癌肿瘤) | NA | 空间转录组学、元素成像 | NA | NA |
| 5278 | 2026-03-30 |
Conditional Ablation of PKCλ/ι in CD4+ T Cells Ameliorates Hepatic Fibrosis in Schistosoma japonicum-Infected Mice via T Follicular Helper (Tfh) Cell Suppression Coupled with Increased Follicular Regulatory T (Tfr) and Regulatory B (Breg) Cell Activities
2025-10-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15101430
PMID:41154658
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研究论文 | 本研究通过构建CD4+ T细胞特异性PKCλ/ι条件性敲除小鼠模型,探讨了PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的作用机制 | 首次在CD4+ T细胞中条件性敲除PKCλ/ι,揭示了其通过调控Tfh/Tfr细胞平衡和Breg细胞功能来减轻肝纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证;单细胞测序样本量有限;具体信号通路细节有待进一步阐明 | 探究PKCλ/ι在血吸虫感染诱导的肝纤维化中的免疫调节作用 | 感染日本血吸虫的小鼠模型,重点关注CD4+ T细胞、Tfh细胞、Tfr细胞和Breg细胞 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,RT-qPCR,ELISA,转录组分析 | 条件性基因敲除小鼠模型 | RNA测序数据,流式细胞数据,基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5279 | 2026-03-30 |
Transcriptome Analysis Unravels CD4+ T-Cell and Treg-Cell Differentiation in Ovarian Cancer
2025-08-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15091241
PMID:41008548
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA-seq数据集,对卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞和调节性T细胞(Tregs)的分化进行了全面的转录组分析 | 整合了七个多中心卵巢癌单细胞RNA-seq数据集,构建了强大的元数据资源,并利用BayesPrism算法从TCGA批量RNA-seq数据中量化Tregs,对患者进行分层 | 研究主要基于转录组数据,功能验证相对有限;样本来源为回顾性数据集,需要前瞻性研究进一步验证 | 研究卵巢癌中肿瘤浸润CD4+ T细胞,特别是调节性T细胞(Tregs)的分化、功能及其对预后的影响 | 卵巢癌患者肿瘤组织中的CD4+ T细胞和调节性T细胞(Tregs) | 生物信息学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | BayesPrism算法 | 转录组数据 | OCSCDs数据集包含7个数据集,总计137,648个单细胞;使用了TCGA数据集和5个独立的批量RNA-seq队列进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 5280 | 2026-03-30 |
Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks
2025-06, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-025-00809-6
PMID:40425827
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研究论文 | 本文介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通讯推断工具STCase,利用多视图图神经网络识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异性通讯事件 | 提出首个考虑生态位异质性的单细胞/斑点水平细胞间通讯推断方法,通过可解释的多视图图神经网络和CCC感知注意力机制 | NA | 开发能够捕捉生态位特异性细胞间通讯的计算工具 | 人类支气管腺体和口腔鳞状细胞癌组织 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 空间转录组学 | 多视图图神经网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |