单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5261	2024-12-20	Single-cell RNA sequencing uncovers heterogenous immune cell responses upon exposure to food additive (E171) titanium dioxide 2024-Dec-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03036-9 PMID:39696498	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了在暴露于食品添加剂二氧化钛（E171 TiO）后，免疫细胞的异质性反应	首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了不同免疫细胞亚群在暴露于E171 TiO后的转录组和免疫反应的异质性	研究仅使用了Sprague-Dawley大鼠作为模型，可能无法完全代表所有物种的免疫反应	探讨食品添加剂E171 TiO对免疫系统的细胞毒性和转录组影响	免疫细胞在暴露于E171 TiO后的异质性反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了32只Sprague-Dawley大鼠（16只处理组，16只对照组）
5262	2024-12-20	Zi Shen Wan Fang repaired blood-brain barrier integrity in diabetic cognitive impairment mice via preventing cerebrovascular cells senescence 2024-Dec-19, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-024-01041-6 PMID:39696612	研究论文	本研究探讨了Zi Shen Wan Fang（ZSWF）通过预防脑血管细胞衰老修复糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性的机制	首次揭示了ZSWF通过抑制Cdkn1a和衰老相关分泌表型（SASP）基因的表达，预防脑血管细胞衰老，从而修复血脑屏障完整性并改善认知功能	实验仅在动物模型上进行，尚未在人体中验证其有效性和安全性	揭示糖尿病认知障碍小鼠血脑屏障完整性破坏的机制，并阐明ZSWF修复血脑屏障完整性及改善认知功能的机制	糖尿病认知障碍小鼠及其血脑屏障完整性	NA	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫荧光分析，分子对接	NA	基因表达数据	糖尿病小鼠模型，ZSWF剂量为9.36和18.72 g/kg，持续8周
5263	2024-12-20	Statistical analysis supports pervasive RNA subcellular localization and alternative 3' UTR regulation 2024-Dec-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87517 PMID:39699003	研究论文	本文开发了一种名为SPRAWL的统计框架，用于检测小鼠大脑和肝脏中细胞类型特异性的RNA亚细胞定位调控，并研究了3' UTR长度与亚细胞定位之间的相关性	提出了新的统计框架SPRAWL，用于整合多组学单细胞分辨率的基因异构体测量，以优先筛选功能性3' UTR候选者	研究仅限于小鼠大脑和肝脏的数据，尚未在其他物种或组织中验证	研究RNA亚细胞定位及其与3' UTR调控的关系，并开发新的统计方法来分析这些关系	小鼠大脑和肝脏中的RNA亚细胞定位及3' UTR调控	基因组学	NA	空间转录组学技术	统计框架	基因表达数据	小鼠大脑和肝脏的单细胞数据
5264	2024-12-20	Exploring tumor microenvironment interactions and apoptosis pathways in NSCLC through spatial transcriptomics and machine learning 2024-Dec-19, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-024-01025-6 PMID:39699801	研究论文	本文通过空间转录组学和机器学习探索了非小细胞肺癌（NSCLC）中肿瘤微环境相互作用和凋亡通路	本文首次结合空间转录组学和机器学习方法，深入研究了NSCLC中程序性细胞死亡的内在机制及其与肿瘤微环境的相互作用	本文主要依赖于数据库和基因数据，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	探索NSCLC中程序性细胞死亡的机制及其与肿瘤微环境的相互作用，寻找新的治疗靶点	非小细胞肺癌（NSCLC）细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	空间转录组学、单细胞测序、Mendelian随机化	机器学习算法	基因数据	使用GEO数据库和TCGA NSCLC基因数据，具体样本数量未明确提及
5265	2024-12-20	Lhx2 specifically expressed in hepatic stellate cells promotes liver regeneration and inhibits liver fibrosis 2024-Dec-18, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001201 PMID:39693275	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞中特异性表达的转录因子Lhx2在促进肝再生和抑制肝纤维化中的作用及其分子机制	首次揭示了Lhx2在肝星状细胞中具有促进再生和抑制纤维化的双重功能，并阐明了其调控机制	NA	识别肝星状细胞中同时促进再生和抑制纤维化的特定靶点，并阐明其分子机制	肝星状细胞中的转录因子Lhx2及其在肝再生和纤维化中的作用	NA	肝病	RNA-seq	NA	RNA	急性肝损伤和慢性肝损伤的小鼠模型，以及健康和纤维化肝脏组织的肝星状细胞
5266	2024-12-20	Adenoviral-vectored neoantigen vaccine augments hyperexpanded CD8+ T cell control of tumor challenge in mice 2024-Dec-18, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009644 PMID:39694702	研究论文	本研究探讨了腺病毒载体的新抗原疫苗在增强小鼠肿瘤免疫控制中的作用	首次评估了腺病毒载体在传递新抗原疫苗中的效用，并展示了其相较于肽疫苗在诱导CD8+ T细胞免疫反应和肿瘤控制方面的优势	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	评估腺病毒载体新抗原疫苗在肿瘤免疫控制中的效果	腺病毒载体新抗原疫苗与肽疫苗在肿瘤免疫控制中的比较	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和T细胞受体测序（TCR-seq）	NA	RNA	小鼠模型
5267	2024-12-20	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2024-Dec-18, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	研究论文	本文研究了在抗中性粒细胞胞质抗体（ANCA）相关性肾小球肾炎（AGN）中，肾脏巨噬细胞亚群如何介导炎症和纤维化	首次通过单细胞转录组分析揭示了AGN中肾脏巨噬细胞的多样性，并识别出与疾病相关的特定巨噬细胞亚型	研究样本仅来自少数患者，可能限制了结果的普遍性	探讨肾脏巨噬细胞在ANCA相关性肾小球肾炎中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	25485个高质量的肾脏CD45+免疫细胞来自5名AGN患者
5268	2024-12-20	LINC02257 regulates malignant phenotypes of colorectal cancer via interacting with miR-1273g-3p and YB1 2024-Dec-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-07259-4 PMID:39695079	研究论文	本研究通过多层次生物信息学分析和功能验证，揭示了LINC02257在结直肠癌中的潜在致病作用及其调控机制	首次揭示了LINC02257通过与miR-1273g-3p和YB1相互作用调控结直肠癌恶性表型的机制	实验主要在体外细胞模型中进行，缺乏体内实验验证	识别结直肠癌中的潜在致病性长链非编码RNA并研究其功能	LINC02257在结直肠癌中的作用及其分子机制	NA	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5269	2024-12-20	Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma 2024-Dec-18, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-024-01199-0 PMID:39695118	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和成像质谱流式技术分析了复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境	首次揭示了复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中恶性T滤泡辅助细胞的增殖机制及其与不良预后的关联，并发现了B细胞的恶性转化中间状态以及髓系细胞的功能障碍	研究仅限于复发/难治性病例与新诊断病例的比较，未涉及其他类型淋巴瘤的分析	揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征及潜在治疗靶点	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤与新诊断病例的细胞组成和空间结构	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、成像质谱流式技术（IMC）	NA	转录组数据、图像数据	复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤与新诊断病例的样本
5270	2024-12-20	Prion protein regulates invasiveness in glioblastoma stem cells 2024-Dec-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13285-4 PMID:39695426	研究论文	本文研究了朊蛋白（PrPC）在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性的影响	首次揭示了PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤迁移、增殖和自我更新等关键肿瘤进展途径的调控作用	研究主要基于体外实验和基因组数据分析，缺乏体内实验验证	探讨PrPC在胶质母细胞瘤干细胞中的表达对肿瘤侵袭性和增殖的影响	胶质母细胞瘤干细胞及其朊蛋白表达	数字病理学	脑肿瘤	CRISPR-Cas9技术、RNA测序、免疫荧光、Western blot、流式细胞术、Transwell实验、生长曲线实验、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	U87和U251胶质母细胞瘤细胞系，以及来自TCGA和Broad Institute的单细胞数据
5271	2024-12-20	Vitamin D binding protein and receptor prevalence in a large population with periodontitis: single nucleotide polymorphism and transcriptomic profiling 2024-Dec-18, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-024-05227-0 PMID:39695565	研究论文	本文研究了维生素D结合蛋白（VDBP）和受体（VDR）基因在牙周炎患者中的单核苷酸多态性（SNP）及其转录组表达情况	首次通过大规模人群样本和转录组分析，揭示了VDR和VDBP基因的SNP与慢性牙周炎（CP）易感性的关系	研究仅分析了部分SNP位点，未涵盖所有可能的相关位点，且样本量有限	探讨VDR和VDBP基因的SNP及其转录组表达与慢性牙周炎易感性的关系	600名受试者（包括307名慢性牙周炎患者和293名健康对照）的基因组DNA和牙龈组织的转录组数据	NA	牙周炎	单核苷酸多态性检测（MassARRAY系统），转录组测序	回归分析模型	基因组数据，转录组数据	600名受试者（307名慢性牙周炎患者，293名健康对照）
5272	2024-12-20	Intestinal metaplasia key molecules and UPP1 activation via Helicobacter pylori /NF-kB: drivers of malignant progression in gastric cancer 2024-Dec-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03598-6 PMID:39695769	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序分析，研究了胃癌发展过程中的分子和细胞动态变化	首次构建了详细的单细胞图谱，揭示了胃上皮细胞在肠化生过程中获得类肠干细胞表型的现象，并发现了UPP1作为关键癌基因在胃癌进展中的作用	研究仅限于胃窦黏膜活检样本，未涵盖其他部位的胃黏膜	揭示胃癌发生过程中分子和细胞的动态变化，探索癌前病变的关键分子	胃窦黏膜的单细胞RNA测序数据，涵盖非萎缩性胃炎、慢性萎缩性胃炎、肠化生和早期胃癌等多个阶段	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	26,028个高质量的胃窦黏膜细胞
5273	2024-12-20	Spall: accurate and robust unveiling cellular landscapes from spatially resolved transcriptomics data using a decomposition network 2024-Dec-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-06003-1 PMID:39695962	研究论文	本文提出了一种名为Spall的新型分解网络，用于从空间转录组数据中准确推断细胞类型比例，并揭示细胞分布模式	Spall引入了GATv2模块，采用灵活的动态注意力机制来捕捉spots之间的关系，并结合跳跃连接以减少细胞特异性信息的丢失，从而提高了对稀有细胞类型的预测能力	NA	解决现有计算方法在细胞分布的空间连续性与细胞特异性特征保留之间的平衡问题	空间转录组数据中的细胞分布模式	机器学习	胰腺导管腺癌	空间转录组学	分解网络	转录组数据	多个数据集，包括人类胰腺导管腺癌样本、小鼠大脑皮层和小鼠小脑样本
5274	2024-12-20	New insights into the role of mitophagy related gene affecting the metastasis of osteosarcoma through scRNA-seq and CRISPR-Cas9 genome editing 2024-Dec-18, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01989-w PMID:39696352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，探讨了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤转移中的作用	首次通过整合单细胞测序和CRISPR-Cas9基因编辑技术，识别出与骨肉瘤转移相关的线粒体自噬关键基因，并构建了预测患者预后的mitophagy_score模型	研究主要集中在细胞和动物实验层面，尚未在临床试验中验证这些发现	揭示线粒体自噬在骨肉瘤转移过程中的作用，并开发相关的预后模型和治疗策略	骨肉瘤细胞中的线粒体自噬相关基因及其在转移中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	单细胞RNA测序数据、批量测序数据	数百个配体-受体相互作用、细胞生物学实验和动物研究
5275	2024-12-20	Spatial transcriptome profiling identifies DTX3L and BST2 as key biomarkers in esophageal squamous cell carcinoma tumorigenesis 2024-Dec-18, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01422-4 PMID:39696540	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定了关键的生物标志物DTX3L和BST2	首次通过数字空间分析（DSP）和单细胞空间转录组学（SMI）技术，系统性地研究了ESCC从正常组织到癌变的分子和免疫特征，并发现了与ESCC进展相关的关键生物标志物DTX3L和BST2	研究样本量较小，且主要集中在早期ESCC（pT1）患者，可能无法完全代表所有ESCC患者的特征	揭示食管鳞状细胞癌（ESCC）发生过程中的转录和免疫变化，并鉴定临床上有意义的生物标志物	食管鳞状细胞癌（ESCC）的转录和免疫变化，以及相关的生物标志物	数字病理学	食管癌	数字空间分析（DSP）、单细胞空间转录组学（SMI）、免疫组化（IHC）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	11名早期ESCC（pT1）患者和4名pT1 ESCC患者的单细胞空间转录组数据，以及20名pT1 ESCC患者的免疫组化分析
5276	2024-12-20	Cell Type Differentiation Using Network Clustering Algorithms 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626793 PMID:39677670	研究论文	本文研究了使用网络聚类算法在单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的方法	本文引入了Infomap算法，并发现其在单细胞RNA测序数据中对细胞类型的分类效果优于其他方法	本文仅使用了PBMC和ROSMAP两个数据集进行验证，可能需要更多数据集来进一步验证方法的普适性	开发和比较不同的算法以准确识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（scGNN）	基因表达数据	两个独立数据集：PBMC和ROSMAP
5277	2024-12-20	MerQuaCo: a computational tool for quality control in image-based spatial transcriptomics 2024-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.04.626766 PMID:39677693	研究论文	本文介绍了一种名为MerQuaCo的计算工具，用于图像为基础的空间转录组学数据的质量控制	开发了MerQuaCo，这是一种开源代码，能够自动检测和量化数据中的缺陷，无需用户输入，从而简化了数据质量评估过程	本文主要集中在新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集上，可能限制了其在其他类型样本或实验中的应用	开发和验证一种自动化的工具，用于评估和提高空间转录组学数据的质量	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片的数据集	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	图像	641个新鲜冷冻成年小鼠大脑切片
5278	2024-12-20	Endoplasmic Reticulum Stress Induces ROS Production and Activates NLRP3 Inflammasome Via the PERK-CHOP Signaling Pathway in Dry Eye Disease 2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.14.34 PMID:39699913	研究论文	本研究探讨了内质网（ER）应激在干眼病（DED）发展中的潜在作用	首次揭示了内质网应激通过PERK-CHOP信号通路诱导ROS产生并激活NLRP3炎症小体，从而在干眼病中发挥作用	研究主要基于小鼠模型和细胞模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨内质网应激在干眼病发展中的作用及其潜在治疗靶点	干眼病小鼠模型和人类角膜上皮细胞	NA	干眼病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括干眼小鼠模型的角膜组织和人类角膜上皮细胞（HCECs和HCE-2细胞）
5279	2024-12-20	A novel multi-omics approach for identifying key genes in intervertebral disc degeneration 2024-Dec, SLAS technology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.slast.2024.100223 PMID:39528158	研究论文	本文采用多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，研究了椎间盘退变的关键基因	首次通过多组学方法结合单细胞RNA测序、差异基因表达分析和孟德尔随机化，揭示了椎间盘退变的遗传基础，并识别出可能调控椎间盘退变的关键基因	研究依赖于公开的单细胞数据集，可能存在数据偏倚；基因网络分析和功能富集分析的结果需要进一步实验验证	揭示椎间盘退变的遗传基础，并识别可能的调控基因	椎间盘退变相关的不同细胞类型及其分子通路	数字病理学	脊柱疾病	单细胞RNA测序、差异基因表达分析、孟德尔随机化	NA	基因表达数据	1,164个差异表达基因，涉及四种与椎间盘退变相关的重要细胞类型
5280	2024-12-20	Formation of CSE-YAP complex drives FOXD3-mediated transition of neurotoxic astrocytes in Parkinson's disease 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107507 PMID:39547464	研究论文	本文揭示了胱硫醚γ-裂解酶（CSE）在帕金森病（PD）中通过形成CSE-YAP复合物驱动FOXD3介导的神经毒性星形胶质细胞转变的作用	首次揭示了CSE在PD中通过形成CSE-YAP复合物驱动神经毒性星形胶质细胞转变的作用，并发现了FOXD3作为调控星形胶质细胞表型的新型转录因子	研究主要基于体外和体内实验，缺乏临床试验验证	探讨帕金森病进展中神经毒性星形胶质细胞的分子机制	帕金森病中的星形胶质细胞及其分子机制	NA	帕金森病	单细胞测序，RNA测序，无标记质谱	NA	基因表达数据	来自PD患者的单细胞测序数据和MPP处理的星形胶质细胞的RNA测序数据