单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5241	2025-01-06	The order and logic of CD4 versus CD8 lineage choice and differentiation in mouse thymus 2021-01-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-20306-w PMID:33397934	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了小鼠胸腺中CD4和CD8谱系选择和分化的顺序和逻辑	使用单细胞RNA测序技术对小鼠胸腺细胞选择中间体进行分类，揭示了核心受体基因表达的时序模式及其对TCR信号强度的响应	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他物种	理解CD4/CD8谱系选择中核心受体表达与TCR特异性匹配的机制	小鼠胸腺细胞选择中间体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
5242	2025-01-05	Spatial transcriptomics in bone mechanomics: Exploring the mechanoregulation of fracture healing in the era of spatial omics 2025-Jan-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp8496 PMID:39742473	研究论文	本文介绍了一种基于空间转录组学的“力学组学”平台，用于探索骨折愈合中的机械调控机制	该平台整合了时间序列的体内微计算机断层扫描、空间转录组学和微有限元分析，能够在空间上解析细胞分子特征与其局部体内机械环境的关系	NA	研究骨折愈合过程中细胞对局部机械应力的转录组反应	骨折部位的细胞	数字病理学	骨折	空间转录组学、微计算机断层扫描、微有限元分析	NA	空间转录组数据、图像数据	NA
5243	2025-01-05	A joint analysis of single cell transcriptomics and proteomics using transformer 2025-Jan-02, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00484-9 PMID:39743530	研究论文	本文提出了一种基于Transformer编码器层的深度学习框架scTEL，用于从单细胞RNA测序数据预测未观察到的蛋白质表达	scTEL模型通过计算方式显著降低了蛋白质表达测序的实验成本，并提供了一个统一框架来整合多个CITE-seq数据集	未提及具体局限性	揭示细胞异质性，降低蛋白质表达测序的实验成本	单细胞RNA和蛋白质表达数据	机器学习	NA	CITE-seq, scRNA-seq	Transformer	RNA和蛋白质表达数据	公共CITE-seq数据集
5244	2025-01-05	A single-cell compendium of human cerebrospinal fluid identifies disease-associated immune cell populations 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177793 PMID:39744938	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，对人类脑脊液中的免疫细胞进行了全面分析，揭示了与神经系统疾病相关的免疫细胞群体	发现了一种新的AREG+树突状细胞亚群，该亚群仅在脑脊液中出现，并且在多发性硬化症患者中更为丰富	研究依赖于公开数据集和自身研究的结合，可能存在数据一致性和样本代表性的问题	阐明神经系统疾病的病理生理学，特别是脑脊液中的免疫细胞群体	脑脊液和血液样本中的免疫细胞	单细胞转录组学	多发性硬化症、阿尔茨海默病、帕金森病、COVID-19、自身免疫性脑炎	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	139名受试者，包括135份脑脊液样本和58份血液样本
5245	2025-01-02	Single-cell sequencing analysis reveals cetuximab resistance mechanism and salvage strategy in colorectal cancer 2025-Jan, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70151 PMID:39739554	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
5246	2025-01-05	CircMVP promotes METTL3 activation mediated CTNNB1 m6A modification in the inhibition of colorectal cancer in B7-H3 dependence antitumor immunity 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105324 PMID:39744434	研究论文	本研究探讨了环状RNA circMVP在结直肠癌（CRC）中通过促进METTL3激活介导的CTNNB1 m6A修饰，抑制B7-H3依赖的抗肿瘤免疫反应的机制	揭示了circMVP通过METTL3介导的m6A修饰调控β-catenin表达，进而影响B7-H3依赖的抗肿瘤免疫反应的新机制	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本的验证仍需进一步扩大	阐明circRNA与结直肠癌抗肿瘤免疫抑制之间的调控关系	结直肠癌患者样本和细胞系	肿瘤免疫学	结直肠癌	qRT-PCR、RNA pull-down、单细胞RNA测序、EMSA、RNA免疫沉淀、染色质免疫沉淀、多核糖体分析	NA	RNA测序数据、临床样本数据	结直肠癌患者样本和细胞系
5247	2025-01-05	Genetically Predicted Immune Cell Traits Mediate the Causal Association Between Plasma Metabolites and Colorectal Cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.101011 PMID:39744475	研究论文	本研究通过两步两样本孟德尔随机化方法，评估了1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌之间的因果关系，并探讨了免疫细胞特征在其中的中介作用	首次使用两步两样本孟德尔随机化方法，结合单细胞RNA测序技术，揭示了血浆代谢物通过特定免疫细胞特征影响结直肠癌的因果机制	研究依赖于GWAS汇总数据，可能受到混杂因素的影响，且样本量虽大但具体样本类型未明确说明	探讨血浆代谢物与结直肠癌之间的因果关系，以及免疫细胞特征在其中的中介作用	1400种血浆代谢物、731种免疫细胞特征与结直肠癌	生物信息学	结直肠癌	两步两样本孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组关联研究(GWAS)汇总数据、单细胞RNA测序数据	NA（未明确说明具体样本数量，但涉及1400种血浆代谢物和731种免疫细胞特征）
5248	2025-01-05	Mitochondrial Gene Scoring System: Predicting Prognosis and Precision Therapy for TACE Non-Response in Hepatocellular Carcinoma Patients 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103946 PMID:39744494	研究论文	本文开发了两个独立的线粒体评分系统，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和经动脉化疗栓塞（TACE）无反应的可能性	开发了两个独立的线粒体评分系统（RPS和RDS），用于预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性，并探索了TACE无反应患者的替代疗法	未提及具体样本量，可能限制了结果的普遍性	预测HCC患者的预后和TACE无反应的可能性，并探索替代疗法	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO Cox回归分析、LASSO逻辑回归分析	基因数据	NA
5249	2025-01-05	Cell-type-specific regulators landscape and regulatory mechanisms underlying pyroptosis in uterine corpus endometrial carcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.100547 PMID:39744500	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了子宫体子宫内膜癌（UCEC）中与细胞焦亡相关基因的景观及其调控机制	首次在UCEC组织中通过单细胞RNA测序揭示了细胞焦亡相关基因的表达模式，并验证了其在肿瘤组织中的异常病理特征	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探讨UCEC中细胞焦亡相关基因的表达模式及其在肿瘤发生和发展中的作用	6089个UCEC组织细胞	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），RNA测序，定量实时PCR，免疫组织化学	NA	RNA测序数据，病理图像	6089个UCEC组织细胞
5250	2025-01-05	The cellular signaling crosstalk between memory B cells and tumor cells in nasopharyngeal carcinoma cannot be overlooked: Their involvement in tumor progression and treatment strategy is significant 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.101420 PMID:39744570	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析探讨了鼻咽癌中B细胞亚群的分子生物标志物和预后因素，并研究了其潜在机制	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了鼻咽癌中B细胞亚群的多样性及其与肿瘤细胞的相互作用，揭示了C4 CD86+记忆B细胞在肿瘤进展中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证，且样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨鼻咽癌中B细胞亚群的分子机制及其在肿瘤进展和治疗中的作用	鼻咽癌患者肿瘤和血液样本中的B细胞亚群	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	PCA, Monocle, Slingshot, CellChat, LASSO回归, Cox回归	单细胞RNA测序数据	鼻咽癌患者的肿瘤和血液样本
5251	2025-01-05	Unveiling the Prognostic Power and Immune Landscape of MyD88 in Breast Cancer: an Integrative Bioinformatics and IHC Approach 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103403 PMID:39744584	研究论文	本研究结合生物信息学和免疫组织化学方法，探讨了MyD88在乳腺癌中的预后意义和免疫学影响	首次整合bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq和IHC技术，全面分析MyD88在乳腺癌中的表达及其与免疫景观的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认MyD88的机制和治疗潜力	探索MyD88在乳腺癌中的预后价值和免疫学作用	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学(IHC)	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组织化学图像	NA
5252	2025-01-05	PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102597 PMID:39744686	研究论文	本文探讨了PIM1在内皮-间质转化（EndMT）中的作用及其对动脉粥样硬化（AS）进展的影响	揭示了PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在促进AS进展中的关键作用，并提出了新的预防策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究PIM1在动脉粥样硬化中的作用机制	小鼠和人类动脉粥样硬化病变	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、定量PCR、Western blotting、免疫组化、Co-IP、H&E染色、Oil Red O染色、Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织染色数据	不同时间段高脂饮食喂养的小鼠动脉粥样硬化斑块
5253	2025-01-05	Integrated Mendelian Randomization and Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Critical Blood Biomarkers and Potential Mechanisms in Epilepsy 2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70172 PMID:39753851	研究论文	本研究通过整合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，识别了与癫痫相关的关键血液生物标志物和潜在机制	结合孟德尔随机化和单细胞转录组学分析，揭示了癫痫的遗传倾向和免疫环境动态，并开发了抗癫痫药物反应的预测模型	研究主要基于外周血样本和动物模型，可能无法完全反映人类大脑中的复杂情况	探索癫痫的遗传因素和免疫环境动态，识别关键基因和潜在机制	癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型	基因组学	癫痫	孟德尔随机化、单细胞转录组学分析、eQTLGen、全基因组关联研究、CIBERSORT	预测模型	基因表达数据、蛋白质组数据	癫痫患者的外周血样本和癫痫小鼠模型
5254	2025-01-05	Spatial transcriptomics reveals unique metabolic profile and key oncogenic regulators of cervical squamous cell carcinoma 2024-Dec-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06011-y PMID:39741285	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了宫颈鳞状细胞癌（CSCC）肿瘤微环境和代谢特征，揭示了不同肿瘤区域的代谢分布及其与肿瘤分化程度的关系	首次结合空间转录组学（ST）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，详细描绘了CSCC肿瘤边缘和核心区域的空间代谢分布，并发现了APP和TRPS1在肿瘤进展中的关键作用	研究样本量有限，且主要基于FFPE样本，可能影响结果的普适性	深入理解CSCC的肿瘤微环境和代谢特征，探索肿瘤进展的潜在机制	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）患者的FFPE肿瘤样本	数字病理学	宫颈癌	空间转录组学（ST）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	CSCC患者的FFPE肿瘤样本
5255	2025-01-05	Targeting AURKA with multifunctional nanoparticles in CRPC therapy 2024-Dec-30, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-03070-7 PMID:39734237	研究论文	本研究探讨了ART-T细胞膜包裹的AMS@AD纳米颗粒在光热-化疗-免疫联合治疗中对去势抵抗性前列腺癌（CRPC）的疗效	首次将光热、化疗和免疫治疗结合，使用T细胞膜仿生纳米颗粒靶向AURKA，为CRPC提供了一种新的三重联合治疗方法	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验，实际疗效和安全性仍需进一步验证	评估CM-AMS@AD纳米颗粒在CRPC治疗中的疗效和潜在临床应用	去势抵抗性前列腺癌（CRPC）	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、动态光散射、透射电子显微镜	NA	基因表达数据、细胞图像	TCGA-PRAD数据集和GEO数据库中的单细胞RNA测序数据
5256	2025-01-05	Single-cell RNA sequencing identifies the expression of hemoglobin in chondrocyte cell subpopulations in osteoarthritis 2024-Dec-30, BMC molecular and cell biology IF:2.4Q4 DOI:10.1186/s12860-024-00519-3 PMID:39736555	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	首次在软骨细胞中发现血红蛋白的表达，并揭示了其在骨关节炎进展中的潜在机制	研究依赖于公共数据库中的数据，未进行实验验证	探讨骨关节炎中软骨细胞亚群中血红蛋白的表达特征及其相关通路	正常人和骨关节炎患者的软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	从GEO数据库下载的正常人和骨关节炎患者的数据
5257	2025-01-05	Single-cell and spatial transcriptomics reveal SPP1-CD44 signaling drives primary resistance to immune checkpoint inhibitors in RCC 2024-Dec-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06018-5 PMID:39736762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的作用机制	首次整合单细胞RNA测序、空间转录组学和临床样本分析，揭示了SPP1-CD44信号在肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的具体机制	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	揭示肾细胞癌中对免疫检查点抑制剂原发性耐药的肿瘤-免疫相互作用和信号通路	肾细胞癌患者	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 基因集富集分析(GSEA)	细胞-细胞通信网络, 伪时间轨迹	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确提及具体样本数量
5258	2025-01-05	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间分析，定义了经典霍奇金淋巴瘤（cHL）对PD-1阻断的免疫反应的共享循环和微环境特征	揭示了cHL患者对PD-1阻断的免疫反应中CD4 T细胞、B细胞和IL1β单核细胞的互补作用，并提出了通过外周血检测捕捉这些特征的可能性	研究主要关注cHL患者，未涉及其他类型的癌症或更大范围的患者群体	探索cHL患者对PD-1阻断的免疫反应的机制	经典霍奇金淋巴瘤（cHL）患者	数字病理学	霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序，空间分析	NA	RNA测序数据	cHL患者和健康供体的样本
5259	2025-01-05	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的应用	通过单细胞RNA测序分析，揭示了巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中的作用，并提出了TNF信号通路作为潜在治疗靶点	样本量较小，仅包括25名ICI诱导的SJS/TEN患者	探讨ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及治疗方法	ICI诱导的SJS/TEN患者	免疫学	皮肤癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
5260	2025-01-05	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Dec-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	本文利用空间转录组学和蛋白质组学技术，选择胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶标，并开发了一种针对claudin-4的肽基分子成像剂	通过空间转录组学和蛋白质组学技术选择PDAC的分子靶标，并开发了一种新的肽基分子成像剂，用于PET成像	研究主要基于人类手术样本，可能无法完全代表所有PDAC病例	选择胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶标，并开发一种新的分子成像剂	胰腺导管腺癌（PDAC）的分子靶标	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学，蛋白质组学，PET成像	NA	分子成像数据，空间转录组数据，蛋白质组数据	人类手术样本