单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5241	2024-12-15	Multiparameter imaging reveals clinically relevant cancer cell-stroma interaction dynamics in head and neck cancer 2024-Dec-12, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.09.046 PMID:39471809	研究论文	本文报道了一种通过多参数成像量化头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中癌细胞与基质相互作用动态的方法	首次结合细胞状态标记与形态特征，以单细胞分辨率量化HNSCC的表型多样性，并揭示了部分上皮-间充质转化（pEMT）对疾病预后的影响	NA	研究癌细胞与基质相互作用对头颈部鳞状细胞癌表型多样性和临床特征的影响	头颈部鳞状细胞癌中的癌细胞与基质相互作用	数字病理学	头颈部癌症	多参数成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
5242	2024-12-15	Cell type and dynamic state govern genetic regulation of gene expression in heterogeneous differentiating cultures 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100701 PMID:39626676	研究论文	研究探讨了在异质性分化培养物中，细胞类型和动态状态如何调控基因表达的遗传机制	利用异质性分化培养物系统，研究了53个人类供体的单细胞RNA测序数据，揭示了与发育和疾病相关基因的新型调控变异	研究主要集中在体外系统，可能无法完全反映体内复杂的调控机制	探讨人类遗传变异在不同细胞环境中的分子效应，以理解与疾病相关位点的机制	异质性分化培养物中的细胞类型和发育阶段	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	53个人类供体的900,000多个细胞
5243	2024-12-15	Single-Cell RNA-Seq Reveals the Pseudo-temporal Dynamic Evolution Characteristics of ADSCs to Neuronal Differentiation 2024-Dec-11, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-024-01524-y PMID:39661257	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的伪时间动态进化特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了脂肪来源基质细胞向神经元分化的基因表达变化	研究仅限于体外实验，未涉及体内实验验证	揭示脂肪来源基质细胞向神经元分化的基因表达变化	脂肪来源基质细胞及其向神经元分化的过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	共收集了38,453个细胞，分为0-13个簇
5244	2024-12-15	Itaconate Ameliorates Experimental Autoimmune Uveitis by Modulating Teff/Treg Cell Imbalance Via the DNAJA1/CDC45 Axis 2024-Dec-02, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.14.23 PMID:39661355	研究论文	本研究探讨了衣康酸（ITA）对实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的影响及其潜在机制，并确定了潜在的治疗靶点	本研究首次揭示了衣康酸通过调节DNAJA1/CDC45轴来改善Teff/Treg细胞失衡，从而减轻EAU的炎症反应	本研究主要基于动物模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性	阐明衣康酸对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响及其潜在机制，并确定潜在的治疗靶点	实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）及其相关细胞和分子机制	NA	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型和葡萄膜炎患者样本
5245	2024-12-15	Single-cell RNA sequencing reveals the CRTAC1+ population actively contributes to the pathogenesis of spinal ligament degeneration by SPP1+ macrophage 2024-Dec, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14320 PMID:39158018	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CRTAC1+细胞群通过SPP1+巨噬细胞在脊柱韧带退行性变中的致病作用	首次揭示了CRTAC1+软骨细胞样细胞和SPP1+巨噬细胞在脊柱韧带退行性变中的关键作用，并发现了ATF3作为调控CRTAC1软骨细胞样细胞致病性的关键转录因子	研究仅限于特定类型的韧带样本，未来需要进一步验证这些发现是否适用于其他类型的韧带或更广泛的退行性疾病	建立韧带组织的综合转录组图谱，识别韧带退行性变的治疗靶点	脊柱韧带退行性变中的细胞异质性和关键致病机制	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	6个退行性韧带和3个创伤性韧带样本，共32,014个细胞
5246	2024-12-15	Single-cell transcriptomic atlas of taste papilla aging 2024-Dec, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14308 PMID:39169434	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了味蕾衰老的分子和细胞特征	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了味蕾衰老过程中差异表达的基因及其功能，并识别了与衰老相关的转录枢纽	研究仅限于味蕾细胞，未涉及其他感官细胞或整体衰老机制	揭示味蕾衰老的分子和细胞特征	味蕾细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	老年和年轻味蕾细胞
5247	2024-12-15	Unraveling the effects of prenatal anesthesia on neurodevelopment: A review of current evidence and future directions 2024-Dec, Neurotoxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.neuro.2024.09.003 PMID:39276873	综述	本文综述了当前关于产前麻醉对神经发育影响的证据，并提出了未来研究方向	引入脑类器官作为研究工具，结合单细胞测序技术，探索产前麻醉引发的潜在神经毒性机制	临床研究受伦理和技术限制，难以直接获取人类产前脑组织，导致结果与临床前数据存在差异	探讨产前麻醉对胎儿脑发育的影响，并总结现有证据	产前麻醉对人类胎儿脑发育的影响	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
5248	2024-12-15	Reliable estrogen-related prognostic signature for uterine corpus endometrial carcinoma 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108216 PMID:39326337	研究论文	本研究探讨了子宫内膜癌中与雌激素相关的关键基因，并构建了预测患者预后的风险评分	首次基于8个与雌激素相关的基因构建了预测子宫内膜癌患者预后的风险评分，并验证了其可靠性和临床价值	研究仅基于公开数据集，未进行临床试验验证	探索子宫内膜癌中与雌激素相关的关键基因，并构建预测患者预后的风险评分	子宫内膜癌患者及其与雌激素相关的基因	数字病理学	妇科肿瘤	scRNA-seq, bulk RNA, 单因素Cox回归分析, LASSO Cox回归分析, 多因素Cox回归分析, GO, KEGG, GSVA富集分析, CCK8检测	Cox回归模型	RNA数据	来自GEO, TCGA和Molecular Signature Database的子宫内膜癌scRNA-seq数据和bulk RNA数据
5249	2024-12-15	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-Dec, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	研究论文	本文通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光人胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能祖细胞Rgl1和ProgM	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光人胚胎干细胞系，用于分离特定的中脑多巴胺能祖细胞类型	NA	开发更精确的帕金森病细胞替代策略	中脑多巴胺能祖细胞Rgl1和ProgM	NA	帕金森病	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5250	2024-12-15	Batch effects correction in scRNA-seq based on biological-noise decoupling autoencoder and central-cross loss 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108261 PMID:39461162	研究论文	本文提出了一种基于生物噪声解耦自动编码器和中心交叉损失的单细胞RNA测序数据批次效应校正模型	该模型通过自动编码器重构数据，并使用层次聚类树逐步合并小簇，结合中心交叉损失在嵌入空间中形成更紧凑的聚类，从而在不丢失稀有细胞类型的情况下有效消除批次效应	NA	解决现有批次校正方法在降维过程中可能丢失稀有细胞类型的问题	单细胞RNA测序数据中的批次效应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	自动编码器	数据	NA
5251	2024-12-15	CopyMix: Mixture model based single-cell clustering and copy number profiling using variational inference 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108257 PMID:39500117	研究论文	本文提出了一种基于变分推断的混合模型CopyMix，用于单细胞聚类和拷贝数分析，旨在解决现有方法中存在的聚类伪影问题	CopyMix通过联合推断细胞簇及其拷贝数分布，避免了传统方法中预处理和后处理步骤引入的聚类伪影问题	NA	研究肿瘤异质性，通过单细胞测序技术揭示肿瘤细胞亚群的基因组特征	单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异和细胞聚类	数字病理学	癌症	单细胞DNA测序	混合模型	拷贝数数据	生物数据和模拟数据
5252	2024-12-15	Choroid Plexus as a Mediator of CNS Inflammation in Multiple Sclerosis 2024-Dec, Multiple sclerosis (Houndmills, Basingstoke, England) DOI:10.1177/13524585241292974 PMID:39503321	综述	本文综述了脉络丛在多发性硬化症（MS）中枢神经系统炎症中的作用	本文探讨了脉络丛作为免疫反应的调控者，并通过脑脊液传播与MS相关的神经炎症的新观点	NA	探讨脉络丛在多发性硬化症中枢神经系统炎症中的作用	脉络丛及其在脑脊液中的作用	NA	多发性硬化症	空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和脂质组学	NA	脑脊液样本	NA
5253	2024-12-15	Brca1 haploinsufficiency promotes early tumor onset and epigenetic alterations in a mouse model of hereditary breast cancer 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01958-6 PMID:39528827	研究论文	本文通过新的遗传工程小鼠模型研究了Brca1杂合性在乳腺癌发生中的作用	揭示了Brca1杂合性不足通过表观遗传改变加速肿瘤发生的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨Brca1杂合性不足在乳腺癌发生中的机制	Brca1杂合性小鼠的乳腺上皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	RNA、染色质可及性数据	Brca1杂合性小鼠的乳腺上皮细胞
5254	2024-12-15	Consensus prediction of cell type labels in single-cell data with popV 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01993-3 PMID:39567746	研究论文	本文提出了一种名为popV的集成预测模型，用于单细胞数据中的细胞类型标签共识预测，并提供了不确定性评分	popV通过基于本体的投票机制，实现了细胞类型标签的准确预测和不确定性评估，解决了现有方法在不确定性估计方面的不足	NA	提出一种新的方法来改进单细胞数据中细胞类型标签的预测和不确定性评估	单细胞数据的细胞类型标签	生物信息学	NA	单细胞测序	集成模型	单细胞数据	NA
5255	2024-12-15	A temporal cortex cell atlas highlights gene expression dynamics during human brain maturation 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01990-6 PMID:39567748	研究论文	本文通过单核RNA测序构建了人类颞叶组织中的细胞亚型图谱，揭示了基因表达在脑发育过程中的动态变化	首次使用单核RNA测序结合空间转录组学技术，构建了包括非洲裔样本在内的儿童和成人颞叶组织细胞亚型图谱	研究仅限于颞叶组织，未涵盖整个大脑的细胞类型	揭示人类大脑在发育过程中基因表达的动态变化	人类颞叶组织中的细胞亚型及其在儿童和成人阶段的差异	数字病理学	NA	单核RNA测序	NA	基因表达数据	包括非洲裔样本在内的颞叶组织样本
5256	2024-12-15	Multi-omic characteristics of longitudinal immune profiling after breakthrough infections caused by Omicron BA.5 sublineages 2024-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105428 PMID:39536392	研究论文	本研究通过临床评估、单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序和抗体质谱分析，监测了Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态	首次揭示了Omicron BA.5亚系突破性感染后个体免疫动态特征，包括免疫激活、抗病毒反应、抗体成熟和类别转换	研究样本量较小，可能无法完全代表所有突破性感染患者的免疫动态	探讨Omicron BA.5亚系突破性感染后第一个月内的免疫动态变化	Omicron BA.5亚系突破性感染患者的免疫动态	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序、T细胞受体/B细胞受体测序、抗体质谱分析	NA	RNA序列、TCR/BCR序列、抗体数据	纵向队列中的多个时间点样本
5257	2024-12-15	Cell state transitions are decoupled from cell division during early embryo development 2024-Dec, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01546-0 PMID:39516639	研究论文	本文研究了细胞分裂在早期胚胎发育中对细胞分化的作用	通过在斑马鱼胚胎中使用两种独立的方法阻断细胞周期，并在单细胞分辨率下进行分析，发现细胞分裂对从早期原肠胚形成到分节结束的所有胚胎组织的分化是可有可无的	阻断细胞分裂会减缓某些细胞类型的分化，并引发全局应激反应	确定细胞分裂在细胞分化中的作用	斑马鱼胚胎的细胞分裂和分化	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	斑马鱼胚胎
5258	2024-12-14	Hierarchical marker genes selection in scRNA-seq analysis 2024-Dec, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012643 PMID:39666603	研究论文	本文提出了一种分层标记基因选择策略，用于改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性	提出了分层标记基因选择策略，通过分组相似的细胞群并分层选择标记基因，解决了传统one-vs-all策略在区分紧密相关细胞类型时标记基因重叠的问题	未提及	改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性和可解释性	单细胞RNA测序数据中的异质细胞群	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	未提及
5259	2024-12-15	Deconvolution of cell-type-associated markers predictive of response to neoadjuvant radiotherapy 2024-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2024.108269 PMID:39520737	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据，对直肠癌术前新辅助放疗前的肿瘤转录组进行去卷积分析，揭示了与放疗反应相关的细胞类型特异性标记物	本研究首次通过去卷积分析揭示了直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物，并推断了与放疗反应相关的细胞类型特异性相互作用	本研究仅基于单细胞RNA测序数据进行分析，未考虑其他类型的数据或实验验证	揭示直肠癌放疗抵抗和复发中不同细胞来源的分子标记物及其与放疗反应的关系	直肠癌患者术前新辅助放疗前的肿瘤样本	数字病理学	直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个独立数据集，包括GSE119409、GSE35452和GSE45404
5260	2024-12-15	Vaccine-elicited IL-1R signaling results in Th17 TRM-mediated immunity 2024-04-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06138-0 PMID:38594380	研究论文	本文研究了疫苗引发的IL-1R信号传导如何导致Th17 TRM介导的免疫反应	首次揭示了IL-1α在疫苗介导的肺部Th17 TRM细胞生成中的关键作用，并证明了IL-1α可以作为分子佐剂独立于LTA1生成肺部Th17 TRM细胞	研究主要集中在IL-1α的作用，未探讨其他IL-1家族成员在Th17 TRM细胞生成中的潜在作用	探讨疫苗引发的IL-1R信号传导在肺部Th17 TRM细胞生成中的作用	疫苗引发的IL-1R信号传导、肺部Th17 TRM细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA