单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5221	2024-12-16	Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-Nov-25, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjae023 PMID:38862197	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了14名未经治疗的肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织，揭示了肿瘤内异质性，并发现LGALS1+成纤维细胞在促进肝内胆管癌恶性表型中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了LGALS1+成纤维细胞在肝内胆管癌中的特异性作用，并提出了通过阻断LGALS1作为潜在治疗策略的可能性	研究仅在体外和体内模型中验证了LGALS1的沉默效应，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探讨肝内胆管癌肿瘤内异质性及其潜在治疗策略	肝内胆管癌患者的肿瘤和邻近正常组织中的单细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	14名未经治疗的肝内胆管癌患者
5222	2024-12-16	Single-cell RNA-seq Reveals the Inhibitory Effect of Methamphetamine on Liver Immunity with the Involvement of Dopamine Receptor D1 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae060 PMID:39196711	研究论文	研究通过单细胞RNA测序探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	首次通过单细胞RNA测序揭示了甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的抑制作用，并发现多巴胺受体D1在其中的调节作用	研究仅限于慢性甲基苯丙胺暴露模型，未探讨急性暴露的影响	探讨甲基苯丙胺对肝脏免疫细胞的影响及多巴胺受体D1的参与	肝脏免疫细胞及多巴胺受体D1	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种肝脏免疫细胞类型
5223	2024-12-16	A specialized population of monocyte-derived tracheal macrophages promote airway epithelial regeneration through a CCR2-dependent mechanism 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110169 PMID:38993668	研究论文	本文研究了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用，并揭示了CCR2依赖的机制	首次揭示了单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其CCR2依赖的招募和激活机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨单核细胞衍生的气管巨噬细胞在气道上皮再生中的作用及其机制	小鼠气管巨噬细胞及其在气道损伤后的再生作用	NA	NA	单细胞RNA测序和流式细胞术	NA	RNA	小鼠模型
5224	2024-12-16	Integration of Pan-Cancer Cell Line and Single-Cell Transcriptomic Profiles Enables Inference of Therapeutic Vulnerabilities in Heterogeneous Tumors 2024-06-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3005 PMID:38581448	研究论文	本文开发了一种名为scIDUC的计算框架，通过整合单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据，预测个体细胞的药物疗效	提出了scIDUC框架，能够高效地将单细胞转录组数据转化为个体细胞的药物反应预测，为异质性肿瘤的治疗提供了新工具	需要进一步验证该框架在更多疾病类型和更大样本量中的适用性和准确性	开发一种能够预测异质性肿瘤中个体细胞药物反应的计算工具	单细胞转录组数据和泛癌细胞系筛选数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗性前列腺癌三种不同疾病的细胞系
5225	2024-12-16	Charting the cellular landscape of pulmonary arterial hypertension through single-cell omics 2024-May-03, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02823-0 PMID:38702687	综述	本文综述了单细胞组学技术，特别是单细胞RNA测序（scRNAseq），如何增强我们对肺动脉高压（PAH）的理解	scRNAseq提供了更精细的视角，详细描述了PAH中的细胞多样性，识别了独特的细胞亚群、基因网络和驱动疾病的分子通路	本文主要讨论了现有研究的结果，未涉及具体的实验数据或方法	探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用及其对疾病理解的影响	肺动脉高压（PAH）的细胞病理学	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	涉及人类、大鼠和小鼠模型
5226	2024-12-16	CXCR6-positive circulating mucosal-associated invariant T cells can identify patients with non-small cell lung cancer responding to anti-PD-1 immunotherapy 2024-May-03, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03046-3 PMID:38698468	研究论文	研究探讨了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）在非小细胞肺癌（NSCLC）中的免疫特征及其与抗PD-1免疫治疗疗效的相关性	首次揭示了CXCR6阳性CD8+MAIT细胞在预测NSCLC患者对PD-1免疫治疗反应中的潜在作用	研究样本量较小，需要进一步验证结果的普适性	探讨MAIT细胞在NSCLC中的免疫特征及其与免疫检查点抑制剂治疗疗效的相关性	非小细胞肺癌患者及其对PD-1免疫治疗的反应	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光检测	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞术数据、免疫荧光数据	转移性非小细胞肺癌患者的血液和肺组织样本
5227	2024-12-16	Molecular mechanisms reconstruction from single-cell multi-omics data with HuMMuS 2024-05-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae143 PMID:38460192	研究论文	本文介绍了一种名为HuMMuS的新方法，用于从单细胞多组学数据中推断调控机制	HuMMuS能够捕捉生物大分子之间的合作，并可以轻松包含额外的分子调控层，这是与现有技术的主要区别	NA	开发一种新方法来推断单细胞多组学数据中的调控机制	单细胞多组学数据中的调控机制	生物信息学	NA	单细胞测序技术	NA	多组学数据	小鼠大脑皮层的snmC-seq、scATAC-seq和scRNA-seq数据
5228	2024-12-16	Analyzing scRNA-seq data by CCP-assisted UMAP and tSNE 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0311791 PMID:39671349	研究论文	本文研究了如何通过CCP辅助的UMAP和tSNE方法分析scRNA-seq数据，以提高可视化和准确性	本文引入了CCP方法作为UMAP和tSNE的初始化工具，显著提高了这两种降维技术的可视化和准确性	NA	提高scRNA-seq数据分析的准确性和可视化效果	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	21个公开数据集
5229	2024-12-15	Modulating Treg cell activity in prostate cancer via chitosan nanoparticles loaded with si-BATF/PRDM1 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113445 PMID:39577215	研究论文	本研究探讨了通过装载si-BATF/PRDM1的壳聚糖纳米颗粒调节调节性T细胞活性以抑制前列腺癌发展的潜力	首次展示了壳聚糖纳米颗粒在体内外实验中有效递送siRNA，抑制BATF和PRDM1表达，从而抑制肿瘤生长和转移	研究主要集中在体外和体内实验，尚未进行临床试验验证其疗效	探索通过调节Treg细胞活性来抑制前列腺癌发展的方法	前列腺癌中的Treg细胞活性	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序、基因沉默	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
5230	2024-12-15	ITGB4/GNB5 axis promotes M2 macrophage reprogramming in NSCLC metastasis 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113564 PMID:39577216	研究论文	研究探讨了ITGB4/GNB5轴在调节M2巨噬细胞重编程及影响非小细胞肺癌（NSCLC）转移中的作用和潜在机制	首次揭示了ITGB4/GNB5轴通过促进M2巨噬细胞极化，增强其在肿瘤微环境中的功能，从而促进NSCLC的侵袭和转移	研究主要集中在体外细胞实验和体内小鼠模型，尚未在临床样本中验证其机制	探讨ITGB4/GNB5轴在NSCLC转移中的作用及其分子机制	非小细胞肺癌（NSCLC）中的M2巨噬细胞及其相关分子ITGB4和GNB5	数字病理学	肺癌	单细胞测序技术、流式细胞术、免疫组化、RNA测序、蛋白质组分析	NA	单细胞数据、RNA数据、蛋白质数据	包括体外细胞实验和体内小鼠模型
5231	2024-12-15	Downregulation of CD36 alleviates IgA nephropathy by promoting autophagy and inhibiting extracellular matrix accumulation in mesangial cells 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113672 PMID:39616852	研究论文	本研究探讨了CD36在IgA肾病中的作用，发现CD36下调通过促进自噬和抑制细胞外基质积累减轻了肾小球系膜细胞的损伤	首次揭示了CD36在IgA肾病中的关键作用，并证明了CD36下调通过抑制细胞外基质积累和恢复自噬来减轻肾小球系膜细胞的损伤	研究主要基于细胞实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨CD36在IgA肾病中的作用及其潜在的治疗价值	IgA肾病患者肾组织和肾小球系膜细胞	NA	肾病	单细胞测序 RNA-seq	NA	基因表达数据	包括IgA肾病患者和正常对照的肾组织数据，以及小鼠肾小球系膜细胞
5232	2024-12-15	Identification of an immune-related gene panel for the diagnosis of pulmonary arterial hypertension using bioinformatics and machine learning 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113694 PMID:39616855	研究论文	本研究旨在通过生物信息学和机器学习筛选与肺动脉高压（PAH）诊断相关的免疫相关基因（IRG）面板，并开发一种新的诊断方法	本研究首次通过机器学习算法筛选出与PAH诊断相关的免疫相关基因面板，并验证了其在肺组织和外周血单核细胞中的诊断效用	本研究主要基于小鼠模型和公共数据库中的基因表达数据，未来需要在更大规模的人类样本中进行验证	筛选与肺动脉高压诊断相关的免疫相关基因面板，并开发新的诊断方法	肺动脉高压（PAH）的诊断	生物信息学	肺动脉高压	机器学习	LASSO, 随机森林, 提升回归树, XGBoost, 支持向量机递归特征消除	基因表达数据	36个上调和17个下调的免疫相关基因差异表达基因（IRG-DEGs），以及来自PAH小鼠模型的肺组织样本和外周血单核细胞样本
5233	2024-12-15	SARS-CoV-2 N protein induces alveolar epithelial apoptosis via NLRP3 pathway in ARDS 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113503 PMID:39591821	研究论文	本研究探讨了SARS-CoV-2核衣壳蛋白N通过NLRP3途径诱导肺泡上皮细胞凋亡，从而加重急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的分子机制	首次揭示了SARS-CoV-2 N蛋白通过激活NLRP3信号通路，促进M1巨噬细胞极化和释放促炎因子，导致肺泡上皮细胞凋亡	研究主要集中在体外和动物模型中，尚未在人体中进行验证	探讨SARS-CoV-2 N蛋白如何通过NLRP3途径诱导肺泡上皮细胞凋亡，从而加重ARDS	SARS-CoV-2 N蛋白、肺泡巨噬细胞、肺泡上皮细胞、ARDS患者和ARDS小鼠模型	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序、免疫沉淀、拉下实验、酶联免疫吸附测定（ELISA）、逆转录定量PCR（RT-qPCR）、蛋白质印迹、流式细胞术	NA	RNA	ARDS患者的单细胞RNA测序数据、MH-S巨噬细胞和MLE-12上皮细胞的体外实验、CLP手术或N蛋白给药诱导的ARDS小鼠模型
5234	2024-12-15	FAP+ gastric cancer mesenchymal stromal cells via paracrining INHBA and remodeling ECM promote tumor progression 2025-Jan-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113697 PMID:39615112	研究论文	研究探讨了FAP阳性胃癌间质细胞通过旁分泌INHBA和重塑ECM促进肿瘤进展的机制	首次揭示了FAP阳性胃癌间质细胞通过旁分泌INHBA和重塑ECM促进胃癌进展的机制	研究主要基于体外实验和临床病理数据，缺乏体内实验验证	探讨FAP阳性胃癌间质细胞在胃癌进展中的作用及其分子机制	FAP阳性胃癌间质细胞及其对胃癌细胞的影响	数字病理学	胃癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、ELISA、免疫组化、Masson三色染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据	临床病理数据和胃癌患者的单细胞RNA测序数据库
5235	2024-12-15	Immunogenic clearance combined with PD-1 blockade elicits antitumor effect by promoting the recruitment and expansion of the effector memory-like CD8+T cell 2025-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102209 PMID:39608213	研究论文	本研究探讨了免疫原性清除与PD-1阻断联合治疗在促进效应记忆样CD8+T细胞招募和扩增中的抗肿瘤作用	本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫原性清除联合PD-1阻断治疗在肿瘤微环境中增加效应记忆样CD8+T细胞的机制	研究中对免疫原性清除增强ICB反应的具体机制仍不完全清楚	阐明免疫原性清除增强免疫检查点阻断反应的细胞机制	效应记忆样CD8+T细胞在肿瘤微环境中的作用	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
5236	2024-12-15	Dynamic changes in serum adenosine and the adenosine metabolism-based signature for prognosis in HER2-positive metastatic breast cancer patients 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39545 PMID:39669152	研究论文	研究探讨了HER2阳性转移性乳腺癌患者中血清腺苷及其代谢相关标志物在预后中的作用	首次动态监测HER2阳性转移性乳腺癌患者的血清腺苷水平，并验证了其在曲妥珠单抗治疗中的预测价值	研究样本量较小，且仅限于HER2阳性转移性乳腺癌患者	探索腺苷在HER2阳性转移性乳腺癌中的预后意义及其在曲妥珠单抗治疗中的预测作用	HER2阳性转移性乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	DESeq2	Cox回归模型	基因表达数据	109名HER2阳性转移性乳腺癌患者
5237	2024-12-15	Cancer specific up-regulated lactate genes associated with immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Dec-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e39491 PMID:39669156	研究论文	本文通过比较TCGA队列中的恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌上调乳酸评分，并评估了其在非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤中的免疫治疗效果	首次识别出癌症内在的乳酸特征，并揭示了其与免疫检查点抑制剂抵抗的相关性	研究主要基于TCGA和CPTAC数据集，可能存在数据偏倚；验证性研究仅限于NSCLC队列	识别与免疫治疗抵抗相关的癌症特异性上调乳酸基因，并探讨其潜在机制	非小细胞肺癌、转移性肾癌、膀胱癌和黑色素瘤患者	数字病理学	肺癌	单细胞测序(scRNA-seq)	NA	转录组学和蛋白质组学数据	涉及TCGA、CPTAC以及内部NSCLC队列的多个样本
5238	2024-12-15	O-GlcNAcylation stabilized WTAP promotes GBM malignant progression in an N6-methyladenosine-dependent manner 2024-Dec-13, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae268 PMID:39671515	研究论文	本文研究了O-GlcNAcylation稳定WTAP通过N6-甲基腺苷依赖的方式促进胶质母细胞瘤恶性进展的机制	首次揭示了WTAP通过O-GlcNAcylation和去泛素化协同增强其蛋白稳定性，进而通过m6A修饰促进LOXL2 mRNA稳定性和蛋白分泌，从而调控胶质母细胞瘤干细胞和巨噬细胞的相互作用	实验主要在体外和体内模型中进行，缺乏更大规模的人体临床试验验证	探讨WTAP在胶质母细胞瘤恶性进展中的作用及其机制，并评估其作为免疫治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤干细胞、巨噬细胞及其相互作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、bulk RNA-seq、质谱、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA	涉及单细胞和bulk RNA测序数据，具体样本数量未明确
5239	2024-12-15	Elevated Fcy receptor expression augments pro-inflammatory macrophage phagocytosis in systemic sclerosis and associated rheumatic diseases 2024-Dec-13, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keae688 PMID:39672802	研究论文	研究系统性硬化症（SSc）和其他风湿性疾病中巨噬细胞的促吞噬表型，揭示其激活、信号通路和治疗反应的机制	首次揭示了FcγR表达的巨噬细胞在SSc中的促吞噬和促炎作用，并提出了尼达尼布可能的治疗潜力	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	揭示驱动系统性硬化症和其他风湿性疾病中巨噬细胞增强吞噬作用的机制	系统性硬化症（SSc）、类风湿性关节炎（RA）、银屑病关节炎（PsA）和轴性脊柱炎（axSpA）患者的巨噬细胞	NA	风湿性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RT-qPCR、Western blot	NA	RNA	健康对照和SSc患者的皮肤和肺巨噬细胞，以及来自健康对照、SSc、RA、PsA和axSpA患者的单核细胞衍生的巨噬细胞
5240	2024-12-15	A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia 2024-Dec-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92091 PMID:39665620	研究论文	本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经元再生的化合物	利用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子 profiling，筛选并验证了两种促进体内神经发生的化合物	目前该过程的效率有限	提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经元再生能力	小鼠Müller胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	92种化合物