单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5221	2025-03-15	Mitochondrial Regulator CRIF1 Plays a Critical Role in the Development and Homeostasis of Alveolar Macrophages via Maintaining Metabolic Fitness 2025-Feb, Immune network IF:4.3Q2 DOI:10.4110/in.2025.25.e9 PMID:40078782	研究论文	本研究探讨了线粒体调节因子CRIF1在肺泡巨噬细胞（AMs）发育和稳态中的关键作用，特别是通过维持代谢适应性来支持其功能	首次揭示了CRIF1作为特定调节因子在肺泡巨噬细胞中的独特作用，区别于其他广泛作用的线粒体调节因子	研究主要基于小鼠模型，未在人类样本中验证CRIF1的作用	探索CRIF1在肺泡巨噬细胞代谢适应性和功能维持中的具体作用	肺泡巨噬细胞（AMs）	细胞生物学	肺疾病	单细胞RNA测序和转录组分析	NA	RNA测序数据	NA
5222	2025-03-15	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomes uncovers clinically relevant molecular subtypes in human prostate cancer 2025-Jan-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu DOI:10.21147/j.issn.1000-9604.2025.01.07 PMID:40078560	研究论文	本文通过整合单细胞和批量转录组数据，揭示了人类前列腺癌中临床相关的分子亚型	整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，建立了一个分子分类系统，揭示了前列腺癌的分子亚型及其临床意义	样本量相对较小，特别是CRPC肿瘤的样本数量有限	揭示前列腺癌的分子亚型及其临床意义，以促进精准肿瘤学的发展	前列腺癌组织和正常前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	无监督聚类分析	转录组数据	10个未经治疗的原发性前列腺癌组织，3个正常前列腺组织，2个未经治疗的原发性前列腺癌组织，6个CRPC肿瘤
5223	2025-03-15	Intrinsic GATA4 expression sensitizes the aortic root to dilation in a Loeys-Dietz syndrome mouse model 2024-Dec, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00562-5 PMID:39567770	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究了Tgfbr1 LDS小鼠主动脉中血管平滑肌细胞的异质性，以确定主动脉根部易感性增加的分子决定因素	首次发现Gata4表达的血管平滑肌细胞在主动脉根部表现出较少分化和促炎性特征，并通过实验证明Gata4缺失可以减少LDS小鼠的主动脉根部扩张	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	探讨Loeys-Dietz综合征（LDS）中主动脉根部易感性增加的分子机制	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞	生物医学	Loeys-Dietz综合征	单细胞转录组学	小鼠模型	RNA测序数据	Tgfbr1 LDS小鼠的主动脉血管平滑肌细胞
5224	2025-03-15	Single-Cell Analysis Reveals Novel Immune Perturbations in Fibrotic Hypersensitivity Pneumonitis 2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202401-0078OC PMID:38924775	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了纤维化过敏性肺炎（FHP）中的新型免疫扰动	首次在单细胞分辨率下揭示了FHP中的免疫异常，包括未描述过的GZM细胞毒性CD4和CD8 T细胞的增加，以及S100A和CCL3/CCL4经典单核细胞的增加	样本来源仅限于美国和墨西哥的患者，可能限制了结果的普遍性	阐明FHP中的免疫异常机制	纤维化过敏性肺炎（FHP）患者、特发性肺纤维化（IPF）患者、非纤维化过敏性肺炎患者及健康对照	数字病理学	肺病	单细胞5' RNA测序	Seurat, DoRothEA-VIPER, Monocle3, Velocyto-scVelo-CellRank	RNA测序数据	45名FHP患者、63名IPF患者、4名非纤维化过敏性肺炎患者及36名健康对照，共501,534个外周血单核细胞和88,336个BAL细胞
5225	2025-03-15	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究探讨了肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的重要作用	揭示了肠道菌群失调与CFLD发病的直接关联，并提出了通过恢复肠道CFTR功能或调节菌群来预防或减轻肝病的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行临床验证	研究囊性纤维化相关肝病（CFLD）的发病机制，特别是肠道-肝脏轴的作用	野生型（WT）、全身性Cftr敲除（CFTR-KO）和肠道校正（CFTR-KO-GC）小鼠	NA	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、FITC-葡聚糖测定	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、微生物组数据	野生型、CFTR-KO和CFTR-KO-GC小鼠
5226	2025-03-15	Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC PMID:38717443	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描绘了特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化图谱	首次在单细胞分辨率下详细描绘了IPF患者外周血细胞群的变化，揭示了与疾病进展相关的免疫异常	样本量相对较小，且未探讨这些免疫变化的具体机制	研究特发性肺纤维化（IPF）患者外周免疫系统的变化，以揭示与疾病进展相关的免疫异常	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照者的外周血单核细胞（PBMCs）	数字病理学	肺纤维化	10× chromium 5' 单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	25名IPF患者和13名对照者的38个PBMC样本，共149,564个细胞
5227	2025-03-15	Zika virus exists in enterocytes and enteroendocrine cells of the Aedes aegypti midgut 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110353 PMID:39055935	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化	首次在细胞水平上识别了寨卡病毒感染后埃及伊蚊中肠的12个不同细胞群，并发现病毒主要存在于特定的肠上皮细胞和肠内分泌细胞中	研究仅关注了寨卡病毒感染后的中肠细胞变化，未涉及其他组织或器官	研究寨卡病毒感染埃及伊蚊中肠后的细胞水平变化及其对代谢、信号传导和免疫反应的影响	埃及伊蚊中肠细胞	生物信息学	寨卡病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	寨卡病毒感染后的埃及伊蚊中肠细胞
5228	2025-03-15	nf-core/airrflow: An adaptive immune receptor repertoire analysis workflow employing the Immcantation framework 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012265 PMID:39058741	研究论文	本文介绍了nf-core/airrflow，一个用于自适应免疫受体库分析的工作流，集成了Immcantation框架，用于处理B细胞和T细胞受体序列数据	开发了nf-core/airrflow工作流，解决了现有工具在样本并行化、可扩展性和高性能计算基础设施上的局限性	NA	开发一个高效的自适应免疫受体库分析工作流，以支持大规模AIRR-seq数据的处理	B细胞和T细胞受体序列数据	生物信息学	传染病、自身免疫疾病、癌症	AIRR-seq	NA	测序数据	97名COVID-19感染者和99名健康对照者，包括批量测序和单细胞测序数据集
5229	2025-03-15	Noninvasive assessment of the lung inflammation-fibrosis axis by targeted imaging of CMKLR1 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9817 PMID:38896611	研究论文	本文验证了CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的准确性，并探讨了其在特发性肺纤维化（IPF）患者中的应用	通过单细胞RNA测序数据集分析，发现CMKLR1在特发性肺纤维化患者中单核细胞来源的巨噬细胞（MDMφ）中表达，并验证了其在肺纤维化小鼠模型中的靶向成像潜力	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	探索CMKLR1作为肺部炎症-纤维化轴成像生物标志物的潜力，用于特发性肺纤维化的风险分层和治疗监测	特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序、正电子发射断层扫描（PET）	小鼠模型	RNA测序数据、成像数据	特发性肺纤维化患者和小鼠模型
5230	2025-03-15	Dupilumab-associated head and neck dermatitis shows a pronounced type 22 immune signature mediated by oligoclonally expanded T cells 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46540-0 PMID:38565563	研究论文	本文研究了dupilumab治疗特应性皮炎（AD）时出现的头颈部皮炎（DAHND）的免疫特征，通过单细胞RNA测序分析揭示了其与未治疗的AD和健康皮肤的区别	首次通过单细胞RNA测序揭示了dupilumab相关头颈部皮炎的免疫特征，特别是寡克隆扩增的T细胞中IL22相关标志物的显著增加	研究样本量有限，且未探讨dupilumab对其他类型皮炎的影响	探讨dupilumab治疗特应性皮炎时出现的头颈部皮炎的免疫机制	dupilumab相关头颈部皮炎（DAHND）患者、未治疗的AD患者和健康对照者的皮肤样本	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
5231	2025-03-15	Single-cell Transcriptomics Reveals Activation of Macrophages in All-trans Retinoic Acid (atRA)-induced Cleft Palate 2024 Jan-Feb 01, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000009782 PMID:38049149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地捕捉了全反式维甲酸（atRA）暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭的细胞组成，揭示了atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活	首次使用单细胞RNA测序技术揭示atRA诱导的腭裂中巨噬细胞的激活及其相关基因和信号通路	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	研究atRA暴露对腭组织发育的影响，为腭裂的诊断提供见解	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭	数字病理学	腭裂	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	atRA暴露和正常胚胎妊娠16.5天小鼠腭样本
5232	2025-03-15	Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384 PMID:38827745	研究论文	本文研究了TLR9信号在细菌性腹膜炎期间对CD55lo纤维网状细胞（FRCs）免疫调节功能的影响	首次发现TLR9信号在CD55lo FRCs中的主导表达及其对细胞增殖、细胞因子产生和视黄醇代谢的抑制作用	研究主要集中于小鼠模型，人类样本的研究较少	探讨TLR9信号在不同FRC亚群中的调控作用及其在腹膜炎治疗中的潜在应用	小鼠和人类脂肪组织来源的纤维网状细胞（FRCs）	免疫学	腹膜炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类脂肪组织样本
5233	2025-03-15	Image-based spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis 2023-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.15.571954 PMID:38168317	研究论文	本文利用基于图像的空间转录组学技术，分析了19个独特肺部的超过100万个细胞的基因表达，揭示了肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调	通过亚细胞分辨率的图像空间转录组学，首次在PF和对照肺中识别出多种分子定义的空间生态位，并利用机器学习和轨迹分析方法，从正常到最严重重塑的梯度上分段和排序空气空间，揭示了渐进性远端肺病理的组成和分子变化序列	研究样本量相对较小，仅包括19个肺部样本，可能限制了结果的普遍性	研究肺纤维化（PF）中远端肺重塑的分子生态失调及其与疾病进展的关系	19个独特肺部的超过100万个细胞	数字病理学	肺纤维化	基于图像的空间转录组学	机器学习	图像	19个肺部样本，超过100万个细胞
5234	2025-03-14	Integrated multi-omics characterization of neuroblastoma with bone or bone marrow metastasis 2025-May, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101511 PMID:40070366	研究论文	本文通过整合多组学方法，研究了伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）的发病机制及其复杂的免疫微环境	使用Swin-Transformer进行病理组织学特征识别，预测NB-BBM的发生，并通过单细胞转录组学识别与BBM密切相关的肿瘤细胞亚群和肿瘤相关巨噬细胞亚群，突出了转酮醇酶（TKT）作为NB转移进展的关键分子标志物	研究样本量较小，仅涉及142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像	阐明NB-BBM的发病机制及其免疫微环境，以促进更有效的风险预测和治疗策略的开发	伴有骨或骨髓转移的神经母细胞瘤（NB-BBM）	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞转录组学	Swin-Transformer	图像	142例石蜡包埋的苏木精-伊红染色肿瘤切片图像
5235	2025-03-14	Loss of N-6 adenine-specific DNA methyltransferase 1 leads to meiotic prophase abnormalities and male sub-fertility in mice 2025-Mar-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf052 PMID:40079145	研究论文	本文研究了N-6腺嘌呤特异性DNA甲基转移酶1（N6AMT1）在小鼠精子发生过程中对减数分裂进展的关键作用	首次揭示了N6AMT1在减数分裂前期中的关键作用，特别是在性染色体失活（MSCI）和DNA双链断裂（DSB）修复中的功能	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨N6AMT1在小鼠精子发生过程中的作用及其对雄性生育能力的影响	小鼠生殖细胞，特别是精母细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq，批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	N6amt1基因敲除小鼠及其对照小鼠
5236	2025-03-14	Single-cell RNA sequencing generates an atlas of normal tibia cartilage under mechanical loading conditions 2025-Mar-12, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-025-05234-x PMID:40072674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）深入探讨了机械负荷对软骨细胞的影响，并生成了正常胫骨软骨在机械负荷条件下的图谱	首次使用单细胞RNA测序技术系统地分析了机械负荷对软骨细胞的影响，并鉴定了不同负荷条件下的关键基因	样本量相对较小，仅涉及6名捐赠者的11个软骨组织样本	研究机械负荷对软骨细胞的影响及其生物学过程	胫骨软骨组织中的软骨细胞	单细胞测序	骨关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6名捐赠者的11个软骨组织样本，共132,685个细胞
5237	2025-03-14	Large-scale dependency and drug screens characterize the therapeutic vulnerabilities of Multiple Myeloma with 1q 2025-Mar-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025102 PMID:40073369	研究论文	本研究通过大规模依赖性和药物筛选，系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并展示了其对MCL1和PI3K抑制剂的敏感性增加	首次系统性地描述了1q+多发性骨髓瘤的治疗脆弱性，并揭示了MCL1和PI3K抑制剂在1q+多发性骨髓瘤中的协同作用及其作用机制	研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证	开发针对1q+多发性骨髓瘤的靶向治疗	1q+多发性骨髓瘤患者	癌症研究	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
5238	2025-03-14	ZNF385A was identified as a novel colorectal cancer-related functional gene by analysis of the interaction and immune characteristics of oxidative stress and the inflammatory response 2025-Mar-10, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02024-1 PMID:40064736	研究论文	本研究通过分析氧化应激和炎症反应的相互作用及免疫特性，识别出ZNF385A作为结直肠癌相关的新功能基因	首次发现ZNF385A作为结直肠癌的新型致癌基因，并构建了包含七个特征的预后风险模型	需要进一步研究以验证模型在其他数据集中的普适性及ZNF385A的具体作用机制	探讨氧化应激和炎症反应与结直肠癌的关系，并识别相关功能基因	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量聚合酶链反应（qPCR）、免疫组化	LASSO-Cox模型	RNA测序数据、临床病理参数	结直肠癌的单细胞RNA测序数据及肿瘤细胞样本
5239	2025-03-14	Tumor Prognostic Risk Model Related to Monocytes/Macrophages in Hepatocellular Carcinoma Based on Machine Learning and Multi-Omics 2025-Mar-10, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-025-00270-9 PMID:40065214	研究论文	本研究基于机器学习和多组学数据，探索了肝细胞癌中单核细胞/巨噬细胞相关基因表达谱，构建了一个预后模型，并研究了其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	首次基于单核细胞/巨噬细胞相关基因构建了肝细胞癌的预后模型，并验证了其与药物敏感性和免疫治疗反应的关系	样本量较小，仅使用了10个HCC组织活检样本的scRNA-seq数据	构建肝细胞癌的预后模型，并研究其与药物耐药性和免疫治疗反应的关系	肝细胞癌患者	机器学习	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), Western blot, 空间转录组学分析	单基因模型	RNA测序数据, 蛋白质印迹数据, 空间转录组数据	10个HCC组织活检样本，共24,597个细胞
5240	2025-03-14	Nuclear receptor 4A1 facilitates complete Freund's adjuvant-induced inflammatory pain in rats by promoting ferroptosis in spinal glial cells 2025-Mar, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.12.152 PMID:39722371	研究论文	本研究探讨了核受体4A1（NR4A1）在完全弗氏佐剂（CFA）诱导的炎症性疼痛中的作用，发现NR4A1通过促进脊髓胶质细胞的铁死亡来加剧疼痛	首次揭示了NR4A1在CFA诱导的炎症性疼痛中通过促进铁死亡的机制，并发现MAPK3是NR4A1的靶蛋白	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨炎症性疼痛中铁死亡发生的分子机制	大鼠脊髓胶质细胞（星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞）	神经科学	炎症性疼痛	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）、Western blotting、免疫染色、蛋白质组学分析、染色质免疫共沉淀、双荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据、蛋白质数据	CFA处理的大鼠