单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5221	2024-12-23	GraCEImpute: A novel graph clustering autoencoder approach for imputation of single-cell RNA-seq data 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109400 PMID:39561511	研究论文	本文提出了一种基于图聚类自编码器（GCAE）的新方法GraCEImpute，用于单细胞RNA测序数据中的缺失数据插补	GraCEImpute模型在插补单细胞RNA测序数据中的缺失值方面优于现有方法，并显著提高了下游分析的质量	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于技术限制导致的高丢失率问题	单细胞RNA测序数据中的缺失数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图聚类自编码器（GCAE）	RNA测序数据	NA
5222	2024-12-23	Identification of IFITM3 as a diagnostic biomarker of systemic lupus erythematosus and its association with disease activity based on multi-omics and experimental verification 2025-Jan, Lupus IF:1.9Q3 DOI:10.1177/09612033241304454 PMID:39629611	研究论文	本研究旨在通过多组学和实验验证，识别系统性红斑狼疮的诊断生物标志物IFITM3，并探讨其与疾病活动的关系	首次通过多组学分析和实验验证，发现IFITM3在系统性红斑狼疮患者中的表达显著上调，并具有诊断价值和与疾病活动相关的潜力	研究样本量相对较小，且仅限于特定人群，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别系统性红斑狼疮的新型诊断生物标志物，并探讨其与疾病活动的关系	系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	RNA-seq, 定量实时聚合酶链反应, 蛋白质印迹, 流式细胞术	NA	RNA数据	68名系统性红斑狼疮患者和31名健康对照
5223	2024-12-23	The impact of PTEN status on glioblastoma multiforme: A glial cell type-specific study identifies unique prognostic markers 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109395 PMID:39531927	研究论文	本研究分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的影响，通过单细胞转录组和批量RNA表达谱数据，识别了与PTEN状态相关的独特分子通路和预后标志物	首次在胶质细胞类型水平上分析了PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制，并识别了与PTEN状态相关的独特预后标志物	研究依赖于公开的单细胞和批量RNA表达数据，可能无法完全代表所有胶质母细胞瘤患者的情况	探讨PTEN状态对胶质母细胞瘤的分子机制及其在不同胶质细胞类型中的预后标志物	PTEN野生型和缺失型的胶质母细胞瘤患者	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组分析，批量RNA表达谱分析	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA表达数据	公开的单细胞转录组和批量RNA表达数据
5224	2024-12-23	Integrative multi-omics analysis of Crohn's disease and metabolic syndrome: Unveiling the underlying molecular mechanisms of comorbidity 2025-Jan, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109365 PMID:39541897	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	本研究首次通过多组学分析揭示了克罗恩病和代谢综合征之间的共享基因及其在免疫反应和代谢调节中的作用	本研究主要依赖于公共数据库中的微阵列数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制	揭示克罗恩病和代谢综合征之间的潜在分子机制	克罗恩病和代谢综合征的共享基因及其功能	生物信息学	消化系统疾病	微阵列数据分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因本体论（GO）分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络构建、随机森林、最小绝对收缩和选择算子（LASSO）回归、极端梯度提升（XGBoost）算法、CIBERSORT、基因集变异分析（GSVA）、孟德尔随机化分析、共定位分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	极端梯度提升（XGBoost）	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的微阵列数据
5225	2024-12-23	Integrated machine learning reveals the role of tryptophan metabolism in clear cell renal cell carcinoma and its association with patient prognosis 2024-Dec-21, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00576-w PMID:39707545	研究论文	本研究探讨了色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用及其与患者预后的关联，并开发了一个基于色氨酸代谢的预测模型	首次开发了基于色氨酸代谢的预测模型，用于评估透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	实验验证仅限于少数基因和组织样本，需要进一步的临床验证	研究色氨酸代谢在透明细胞肾细胞癌中的作用，并开发预测模型以改善患者分层和个性化治疗	透明细胞肾细胞癌患者的预后和治疗反应	机器学习	肾细胞癌	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、qRT-PCR、Western blot、CCK8实验、transwell实验	机器学习模型	多组学数据	多个数据集和实验样本
5226	2024-12-23	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2024-Dec-21, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统描述了在COVID-19感染和不同疫苗接种情况下，基于单细胞研究的病毒诱导的免疫细胞类型和细胞状态的相对丰度及分子行为的失调	利用单细胞转录组学技术，高分辨率地研究了宿主对SARS-CoV-2感染的免疫反应	NA	探讨COVID-19感染和不同疫苗接种情况下宿主免疫反应的细胞和分子基础	COVID-19感染和不同疫苗接种情况下的免疫细胞类型和细胞状态	NA	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组	基于过去三到四年发表的单细胞研究
5227	2024-12-23	Single-cell transcriptomics reveal the prognostic roles of epithelial and T cells and DNA methylation-based prognostic models in pancreatic cancer 2024-Dec-21, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-024-01800-0 PMID:39709423	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序和DNA甲基化数据，揭示了胰腺癌中上皮细胞和T细胞的预后作用，并构建了基于DNA甲基化的预后模型	首次整合单细胞RNA测序和DNA甲基化数据，构建了基于上皮细胞和T细胞特异性甲基化模式的预后模型	研究主要基于TCGA数据集，可能存在样本偏倚，需要进一步在其他数据集上验证	探讨胰腺癌中不同细胞类型的预后作用，并开发基于DNA甲基化的预后模型	胰腺癌中的上皮细胞和T细胞，以及基于这些细胞的DNA甲基化特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序，DNA甲基化	NA	基因组数据，临床数据	使用了TCGA数据集进行验证
5228	2024-12-23	Low expression of CCKBR in the acinar cells is associated with insufficient starch hydrolysis in ruminants 2024-Dec-20, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07406-9 PMID:39706905	研究论文	本文研究了成年山羊和新生山羊胰腺外分泌功能的差异，并探讨了CCKBR受体表达与反刍动物淀粉消化能力的关系	首次结合scRNA-seq和蛋白质组学分析，揭示了成年山羊胰腺外分泌功能优于新生山羊，并发现CCKBR受体在腺泡细胞中的低表达与淀粉水解不足有关	研究仅限于山羊，未探讨其他反刍动物的情况	探讨反刍动物淀粉消化能力低下的生理机制，为提高淀粉利用率提供理论依据	成年山羊和新生山羊的胰腺外分泌功能及CCKBR受体表达	NA	NA	scRNA-seq, 蛋白质组学分析	NA	RNA, 蛋白质	成年山羊和新生山羊
5229	2024-12-23	Crosstalk between CD180-overexpression macrophages and glioma cells worsens patient survival through malignant phenotype promotion and immunosuppressive regulation 2024-Dec-20, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-024-01029-w PMID:39707188	研究论文	研究探讨了CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞之间的相互作用，揭示了其通过促进恶性表型和免疫抑制调控来恶化患者生存的机制	首次揭示了CD180在胶质瘤中的预后作用及其在免疫抑制调控和恶性表型促进中的作用，为胶质瘤的免疫治疗提供了新的靶点	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨CD180在胶质瘤中的分子机制及其对患者预后的影响	CD180过表达巨噬细胞与胶质瘤细胞的相互作用	数字病理学	脑肿瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	使用了三个胶质瘤细胞系进行共培养实验
5230	2024-12-23	Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation 2024-Dec-20, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03791-4 PMID:39707349	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织，揭示了FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少与功能性二尖瓣反流的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了功能性二尖瓣反流患者中FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞的减少，并验证了FABP4在促进瓣膜内皮细胞增殖和迁移中的作用	样本量较小，仅包括6名患者，且未探讨FABP4减少的具体机制	深入理解功能性二尖瓣反流的病理机制，并识别二尖瓣组织中各细胞亚型的分子变化	功能性二尖瓣反流患者的二尖瓣组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	6名患者（3名功能性二尖瓣反流患者和3名非疾病对照）
5231	2024-12-23	Integrating single-cell RNA-Seq and machine learning to dissect tryptophan metabolism in ulcerative colitis 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05934-w PMID:39707393	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和机器学习技术，解析了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性及其关键基因	首次在单细胞水平揭示了溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的异质性，并确定了关键基因CTSS、S100A11和TUBB	NA	解析溃疡性结肠炎中色氨酸代谢的调控机制及其关键基因	溃疡性结肠炎中的色氨酸代谢及其相关基因	机器学习	炎症性肠病	单细胞RNA测序	随机森林、Boruta算法、LASSO、SVM-RFE、GBM	RNA	NA
5232	2024-12-23	C3+ cancer-associated fibroblasts promote tumor growth and therapeutic resistance in gastric cancer via activation of the NF-κB signaling pathway 2024-Dec-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05939-5 PMID:39707456	研究论文	研究探讨了C3+癌症相关成纤维细胞通过激活NF-κB信号通路促进胃癌生长和治疗抵抗的作用	首次揭示了C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的具体标记物及其通过NF-κB信号通路促进肿瘤进展和治疗抵抗的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床试验中验证其治疗策略的有效性	探讨C3+癌症相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌中的C3+癌症相关成纤维细胞及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序、多重免疫荧光染色、RNA干扰	NA	RNA序列、免疫荧光图像	多个独立胃癌患者队列及体外细胞实验
5233	2024-12-23	Single-cell multi-omics analysis reveals candidate therapeutic drugs and key transcription factor specifically for the mesenchymal subtype of glioblastoma 2024-Dec-20, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01332-3 PMID:39707474	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、单核转座酶可及染色质测序和批量RNA测序数据，揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子	本研究首次通过多组学分析揭示了胶质母细胞瘤间质亚型的核心基因模块、候选治疗药物和关键转录因子，并验证了其在体外和人体样本中的有效性	本研究的局限性在于仅聚焦于胶质母细胞瘤的间质亚型，未涵盖其他亚型，且体外实验结果需进一步在临床试验中验证	研究胶质母细胞瘤间质亚型的详细特征，发现潜在的治疗策略，并提高对GBM患者的精准治疗	胶质母细胞瘤的间质亚型肿瘤细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核转座酶可及染色质测序（snATAC-seq）、批量RNA测序	NA	基因组数据	55,845个来自肿瘤和邻近正常组织的单细胞
5234	2024-12-23	A novel risk model consisting of nine platelet-related gene signatures for predicting prognosis, immune features and drug sensitivity in glioma 2024-Dec-20, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-024-00355-7 PMID:39707577	研究论文	本文构建了一个包含九个血小板相关基因特征的风险模型，用于预测胶质瘤的预后、免疫特征和药物敏感性	首次提出基于九个血小板相关基因的预后模型，并发现这些基因与肿瘤微环境密切相关，可能有助于指导胶质瘤的临床治疗和预后	NA	研究血小板相关基因在胶质瘤治疗和预后中的作用	胶质瘤患者的预后、免疫特征和药物敏感性	数字病理学	脑肿瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
5235	2024-12-23	Elaiophylin targets EIF4B to suppress the growth of esophageal squamous cell carcinoma via the PI3K/AKT signaling pathway 2024-Dec-16, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217401 PMID:39694222	研究论文	本研究探讨了elaiophylin在食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞中的作用，发现其通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制ESCC细胞的增殖和促进凋亡	首次报道了elaiophylin通过抑制EIF4B表达并激活PI3K/AKT信号通路来抑制食管鳞状细胞癌的增殖和促进凋亡	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏临床试验数据支持	探讨elaiophylin在食管鳞状细胞癌中的作用及其机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞	NA	食管癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 磷酸化抗体阵列, Gene Ontology, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics	NA	基因表达数据	体外和体内实验中使用了ESCC细胞
5236	2024-12-23	Epigenetic characterization of adult rhesus monkey spermatogonial stem cells identifies key regulators of stem cell homeostasis 2024-Dec-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1013 PMID:39535033	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和染色质状态分析，揭示了成年恒河猴精原干细胞（SSCs）的表观遗传特征，并鉴定了调控干细胞稳态的关键因子	首次在恒河猴模型中系统地表征了精原干细胞及其前体细胞的表观遗传特征，并揭示了TGF-β信号通路在促进精原干细胞自我更新中的作用	研究仅限于恒河猴模型，尚未在人类精原干细胞中验证这些发现	揭示精原干细胞稳态调控的表观遗传机制，为优化灵长类精原干细胞体外扩增条件提供线索	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序，染色质状态分析	NA	RNA序列，染色质状态	成年恒河猴的精原干细胞及其前体细胞样本
5237	2024-12-23	Exploring the Prognostic Value of Tumour-Associated Genes in Clear Cell Renal Cell Carcinoma Through Single-Cell RNA Sequencing Insights 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70297 PMID:39706820	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了透明细胞肾细胞癌中肿瘤相关基因的预后价值，并构建了一个结合Lasso回归和生存支持向量机的预后模型	首次通过单细胞RNA测序技术深入研究透明细胞肾细胞癌的复杂性，并构建了一个结合多种机器学习算法的预后模型，揭示了免疫细胞浸润对患者预后的重要影响	研究主要基于TCGA、ICGC和微阵列数据集，可能存在数据来源的局限性	探索透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境对治疗效果的影响，并识别关键的预后标志物	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境和肿瘤相关基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	Lasso回归和生存支持向量机	基因表达数据	多个队列的数据，包括TCGA、ICGC和微阵列数据集
5238	2024-12-23	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	研究论文	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	首次提出基因嵌入问题，并设计了一种基于扩散小波字典的图信号处理方法GSPA，用于学习单细胞数据中的基因表示	NA	开发一种新的计算方法来映射基因空间，并评估其在多种生物任务中的有效性	单细胞数据中的基因表示	生物信息学	NA	图信号处理	GSPA	单细胞数据	模拟单细胞数据
5239	2024-12-23	scRGCL: a cell type annotation method for single-cell RNA-seq data using residual graph convolutional neural network with contrastive learning 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae662 PMID:39708840	研究论文	提出了一种基于残差图卷积神经网络和对比学习的单细胞RNA测序数据细胞类型注释方法scRGCL	scRGCL通过残差图卷积神经网络提取复杂的高阶特征，利用对比学习学习有意义的细胞间差异特征，并通过权重冻结避免过拟合	现有的深度学习方法未能充分利用细胞间的差异特征，缺乏灵活性以整合高阶特征，且低维基因特征可能导致神经网络过拟合	开发一种新的深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	机器学习	NA	单细胞RNA测序	残差图卷积神经网络	基因表达数据	8个单细胞基准数据集，包括7个人类数据集和1个小鼠数据集
5240	2024-12-23	Metabolic transcriptomics dictate responses of cone photoreceptors to retinitis pigmentosa 2023-09-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113054 PMID:37656622	研究论文	本研究通过质谱分析和单细胞RNA测序，探讨了视网膜色素变性（RP）中视锥细胞的代谢转录组响应	首次将视锥细胞的代谢转录组与视网膜色素变性中的氧化磷酸化和糖酵解过程联系起来，揭示了不同类型视锥细胞在疾病进展中的不同代谢策略	研究主要集中在视锥细胞的代谢转录组，未深入探讨其他细胞类型的响应机制	探讨视网膜色素变性中视锥细胞的代谢转录组响应及其与疾病进展的关系	视网膜色素变性中的视锥细胞	NA	视网膜色素变性	质谱分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，转录组	NA