单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5201	2025-01-05	FB5P-seq-mAbs: monoclonal antibody production from FB5P-seq libraries for integrative single-cell analysis of B cells 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1505971 PMID:39742275	研究论文	本文提出了一种整合FACS-based 5'-end单细胞RNA测序（FB5P-seq）和单克隆抗体克隆的方法，用于单B细胞的综合分析	该方法结合了单细胞RNA测序和单克隆抗体克隆，能够从单B细胞中获取转录组和抗原受体序列，并生产相应的单克隆抗体进行功能分析	需要从单B细胞中克隆抗体并进行功能分析，过程较为复杂	开发一种用于单B细胞综合分析的集成方法，以追踪B细胞在免疫反应中的激活和成熟	B细胞	单细胞分析	NA	FACS-based 5'-end单细胞RNA测序（FB5P-seq），单克隆抗体克隆	NA	RNA-seq数据，抗体序列数据	卵清蛋白特异性小鼠生发中心B细胞
5202	2025-01-05	Development and validation of a programmed cell death index to predict the prognosis and drug sensitivity of gastric cancer 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1477363 PMID:39744132	研究论文	本研究开发并验证了一种基于程序性细胞死亡（PCD）的胃癌预后和药物敏感性预测指标	开发了一种新的十二基因标志物PCDI，用于预测胃癌患者的预后和药物敏感性，并建立了整合PCDI和临床特征的高性能列线图	研究依赖于公开的转录组数据和临床信息，可能受到数据质量和样本量的限制	开发一种基于PCD的胃癌预后和药物敏感性预测指标	胃癌患者	数字病理学	胃癌	转录组数据分析	LASSO回归分析	转录组数据和临床信息	TCGA-STAD数据集以及GSE62254、GSE15459和GSE26901微阵列数据用于验证，GSE183904单细胞转录组数据用于分析
5203	2025-01-05	ABCA1 promote tumor environment heterogeneity via epithelial mesenchymal transition in Huh7 and HepG2 liver cancer cell 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1498528 PMID:39749197	研究论文	本研究探讨了肝细胞癌（HCC）中细胞通讯的内在机制，通过单细胞测序分析了恶性细胞亚群和癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，揭示了它们通过受体-配体相互作用的相互作用，并特别关注了SPP1	通过单细胞测序和湿实验室实验揭示了ABCA1在肝细胞癌中的促癌作用，并开发了基因风险评分模型来预测患者预后	研究主要基于Huh7和HepG2肝癌细胞系，可能无法完全代表所有肝细胞癌的异质性	探讨肝细胞癌中细胞通讯的内在机制及其对肿瘤微环境异质性的影响	Huh7和HepG2肝癌细胞系	数字病理学	肝癌	单细胞测序	基因风险评分模型	单细胞数据	Huh7和HepG2肝癌细胞系
5204	2025-01-05	Single-cell and spatiotemporal transcriptomic profiling of brain immune infiltration following Venezuelan equine encephalitis virus infection 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1497839 PMID:39749347	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，在小鼠模型中全面分析了Venezuelan equine encephalitis virus (VEEV)感染后脑部免疫细胞的转录组特征	揭示了VEEV感染后脑部免疫细胞的不同亚群及其独特的转录特征，包括一种表达I型干扰素的小胶质细胞亚群，以及髓系细胞和细胞毒性淋巴细胞的顺序浸润	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	阐明VEEV感染后脑部免疫反应的机制，特别是特定免疫细胞亚群的作用	VEEV感染后的小鼠脑部免疫细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
5205	2025-01-04	CALB1 and RPL23 Are Essential for Maintaining Oocyte Quality and Function During Aging 2025-Jan-02, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14466 PMID:39748132	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和蛋白质组分析，揭示了小鼠卵母细胞衰老过程中钙离子稳态失调的关键机制，并鉴定了两个关键基因CALB1和RPL23	首次在单细胞分辨率下揭示了小鼠卵母细胞衰老的特定机制，并验证了CALB1和RPL23在维持卵母细胞质量和功能中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类卵母细胞中进行验证	探究卵母细胞衰老的分子机制及其对女性生育能力的影响	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组测序，蛋白质组分析	NA	转录组数据，蛋白质组数据	年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞
5206	2025-01-04	Single-cell RNA sequencing: an emerging tool revealing dysregulated innate and adaptive immune response at single cell level in Kawasaki disease 2025-Jan, Expert review of clinical immunology IF:3.9Q2 DOI:10.1080/1744666X.2024.2401105 PMID:39230194	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在揭示川崎病（KD）中失调的先天和适应性免疫反应中的关键作用	利用scRNA-seq技术，以比以往方法更高的分辨率揭示KD的病理生理学，特别是在免疫细胞转录组特征和信号/反应途径方面的应用	尽管scRNA-seq提供了高分辨率的细胞水平数据，但其在KD中的诊断、预后和治疗潜力仍需进一步研究验证	探讨scRNA-seq在KD中的诊断、预后和治疗潜力，并重新强调其在KD免疫细胞转录组特征和信号/反应途径中的关键作用	川崎病（KD）患者的免疫细胞	数字病理学	川崎病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
5207	2025-01-04	Efficacy of CTLA-4 checkpoint therapy is dependent on IL-21 signaling to mediate cytotoxic reprogramming of PD-1+CD8+ T cells 2025-Jan, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02027-0 PMID:39702858	研究论文	本文研究了抗PD-1和抗CTLA-4疗法在晚期黑色素瘤患者中的疗效机制，特别是IL-21信号在T细胞重编程中的作用	揭示了IL-21信号在抗CTLA-4疗法中的关键作用，并展示了与抗PD-1单药疗法的主要信号差异	研究主要基于晚期黑色素瘤患者，可能不适用于其他类型的癌症	探讨抗PD-1和抗CTLA-4疗法的疗效机制	晚期黑色素瘤患者的PD-1+CD8+ T细胞	免疫学	黑色素瘤	单细胞转录组分析、T细胞受体库分析	NA	基因表达数据、T细胞受体数据	晚期黑色素瘤患者的T细胞样本
5208	2025-01-04	Decreased miR-486-5p is involved in lipopolysaccharide-induced HTR-8/SVneo cell dysfunction by promoting SMAD2 expression 2025-Jan-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0502 PMID:39475824	研究论文	本研究揭示了miR-486-5p/Smad2通路在脂多糖（LPS）诱导的绒毛外滋养层细胞（EVT）功能障碍及早期妊娠丢失（EPL）发病机制中的作用	首次揭示了miR-486-5p通过调控SMAD2表达在LPS诱导的EVT功能障碍及EPL中的具体分子机制	研究主要基于细胞模型，缺乏体内实验验证	探讨miR-486-5p在早期妊娠丢失中的作用及其分子机制	HTR-8/SVneo细胞系及人类蜕膜单细胞RNA测序数据	分子生物学	妊娠并发症	单细胞RNA测序	细胞模型	RNA测序数据	人类蜕膜单细胞RNA测序数据集及GEO数据库中的转录组数据集
5209	2025-01-04	[Research progress of single-cell RNA sequencing in the immune microenvironment of spinal cord injury] 2024-Dec, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:39750053	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的研究进展	利用单细胞RNA测序技术揭示脊髓损伤后局部免疫微环境中的细胞异质性和复杂的细胞间相互作用	NA	探讨单细胞RNA测序技术在脊髓损伤免疫微环境中的应用，以更全面地理解脊髓损伤的病理生理过程	脊髓损伤后的局部免疫微环境	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
5210	2025-01-04	Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression 2024-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01802-x PMID:39048792	研究论文	本文通过单细胞多组学和空间分析技术，研究了人类肾脏在健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境在肾脏疾病进展中的作用	结合单细胞、单核、空间RNA表达和单核开放染色质数据，首次全面绘制了人类肾脏的空间分子图谱，并揭示了纤维化微环境在疾病分类和预后中的临床价值	研究样本数量有限（81个），且主要关注糖尿病和高血压相关的肾脏疾病，可能无法完全代表其他类型的肾脏疾病	揭示肾脏健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境的作用	人类肾脏样本（健康、糖尿病和高血压相关疾病）	数字病理学	肾脏疾病	单细胞多组学、空间RNA表达（Visium、CosMx）、单核开放染色质分析	NA	单细胞RNA表达数据、空间RNA表达数据、单核开放染色质数据	81个样本（包括健康、糖尿病和高血压相关疾病的肾脏样本）
5211	2025-01-04	Deciphering the heterogeneity of neutrophil cells within circulation and the lung cancer microenvironment pre- and post-operation 2024-02-06, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09850-z PMID:38319415	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌患者手术前后血液和肿瘤组织中的中性粒细胞亚群的分布，并开发了一种过表达率（OER）计算方法来评估中性粒细胞亚群的特异性	开发了过表达率（OER）计算方法，用于评估中性粒细胞亚群的特异性，并识别出具有潜在临床应用价值的基因组合	研究样本量有限，且仅针对非小细胞肺癌患者，未涵盖其他类型的癌症	评估非小细胞肺癌患者手术前后中性粒细胞亚群的分布及其特异性，以帮助诊断和预后评估	非小细胞肺癌患者手术前后的血液和肿瘤组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	非小细胞肺癌患者的肿瘤和癌旁组织、手术前后血液样本
5212	2025-01-04	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad173 PMID:37772937	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了与脊索瘤进展相关的内质网应激相关CAF亚群	首次在脊索瘤中识别出高表达缺氧基因且功能富集于内质网应激的CAF亚群，并揭示了其与肿瘤细胞的空间分布关系	样本量相对较小，且仅针对脊索瘤进行研究，可能限制了结果的普适性	探讨脊索瘤中CAF的异质性、空间分布及其临床意义	脊索瘤组织中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、多重定量免疫荧光（QIF）	NA	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、批量RNA测序数据、免疫荧光图像	72,097个单细胞（来自3个原发性和3个复发性肿瘤样本，以及3个髓核样本作为对照），126名患者的批量RNA测序数据，105名患者的QIF验证数据
5213	2025-01-04	Unique activities of two overlapping PAX6 retinal enhancers 2023-11, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202302126 PMID:37643867	研究论文	本文研究了两个重叠的PAX6视网膜增强子HS5和NRE的精确细胞类型和调控活性	通过活体成像和单细胞RNA测序的独特组合，揭示了这些增强子在时空活动上的差异	研究仅限于斑马鱼胚胎，未涉及其他模型或人类样本	探讨PAX6视网膜增强子的功能差异及其在眼发育中的作用	斑马鱼胚胎中的HS5和NRE增强子	发育生物学	NA	活体成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	斑马鱼胚胎
5214	2025-01-03	SpatialDeX Is a Reference-Free Method for Cell-Type Deconvolution of Spatial Transcriptomics Data in Solid Tumors 2025-Jan-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1472 PMID:39387817	研究论文	本文介绍了一种名为SpatialDeX的无参考方法，用于在实体瘤的空间转录组数据中进行细胞类型去卷积	SpatialDeX是一种无参考方法，能够在不需要单细胞RNA-seq参考的情况下，估计肿瘤空间转录组数据中的细胞类型比例，并在模拟和实验数据中表现出色	NA	开发一种无参考方法，用于在空间转录组数据中估计细胞类型比例，以揭示肿瘤微环境的动态	实体瘤的空间转录组数据	数字病理学	癌症	空间转录组学	回归模型	空间转录组数据	NA
5215	2025-01-03	Functional diversity of cardiac macrophages in health and disease 2025-Jan-02, Nature reviews. Cardiology DOI:10.1038/s41569-024-01109-8 PMID:39743564	综述	本文讨论了心脏巨噬细胞在健康和疾病中的功能多样性，以及它们在心脏稳态和疾病中的不同作用	利用单细胞RNA测序技术和空间转录组学技术，揭示了心脏巨噬细胞的多样性及其在疾病中的细胞间通讯作用	NA	探讨心脏巨噬细胞在健康和疾病中的功能多样性及其在心脏疾病发病机制中的作用	心脏巨噬细胞	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA	NA
5216	2025-01-03	FLI1 and GATA1 govern TLN1 transcription: new insights into FLI1-related platelet disorders 2025-01-02, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.286372 PMID:39744817	研究论文	本研究旨在阐明FLI1变异对人类巨核细胞和血小板的影响，揭示了FLI1变异与血小板功能障碍的新机制	发现了两个新的FLI1变异（p.G307R和p.R340C），并揭示了FLI1与GATA1在TLN1转录中的合作机制	研究主要基于体外实验和患者样本，未涉及大规模人群验证	探究FLI1变异对巨核细胞和血小板功能的影响	人类巨核细胞和血小板	NA	血小板功能障碍	单细胞RNA测序、染色质免疫共沉淀测序、荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	患者巨核细胞和血小板样本
5217	2025-01-03	Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2561-0 PMID:39060615	综述	本文全面总结了单细胞组学技术的最新进展，特别是方法学部分	单细胞组学技术在生物医学领域具有突破性进展，提供了对复杂疾病（如癌症）的深刻理解	NA	指导研究人员选择适当的单细胞测序及相关数据分析方法	单细胞组学技术	生物医学	癌症	单细胞测序	NA	单细胞组学数据	NA
5218	2025-01-03	A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy 2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-04939-9 PMID:38462549	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了人类扩张型心肌病（DCM）中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群，并探讨了其在炎症抑制中的作用	首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群（apFB），并揭示了其在炎症抑制中的关键作用	研究样本量较小，仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织	探讨扩张型心肌病（DCM）中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用	人类左心室组织，包括健康供体和DCM患者的心脏组织	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（ScRNA-Seq）	NA	RNA测序数据	10个心脏组织（4个健康供体和6个DCM患者）
5219	2025-01-03	The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus 2025-Jan, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13738 PMID:39189673	研究论文	本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本的代谢异质性	首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观，并确定了PVTT形成和发展的代谢特征	NA	研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性	肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化	NA	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据	NA
5220	2025-01-03	Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing 2025-Jan, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2638-9 PMID:39470923	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境	首次在单细胞水平上对卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境进行了全面解析，并识别了与疾病相关的关键细胞类型和分子特征	研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据	揭示卵巢子宫内膜异位囊肿的分子和细胞机制，以改善诊断和治疗策略	卵巢子宫内膜异位囊肿患者的子宫内膜组织	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过52,000个单细胞，来自卵巢子宫内膜异位囊肿患者和健康捐赠者的子宫内膜组织