单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 5201 - 5220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5201 | 2024-12-24 |
Integrative Protocol for Generation of iPSC-Derived 3D Human Hepatic Organoids
2024-Dec-06, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67070
PMID:39714036
|
研究论文 | 本文描述了一种利用人诱导多能干细胞（hiPSCs）生成3D人肝类器官（HHOs）的优化方法 | 提出了一个从hiPSC生成HHOs的直接3D协议，模拟人类胚胎发育阶段，并优化了细胞解离策略以进行单细胞RNA测序 | NA | 开发一种稳定生成肝细胞培养物的方法，以用于肝脏研究 | 人诱导多能干细胞（hiPSCs）生成的3D人肝类器官（HHOs） | NA | NA | 免疫荧光、定量RT-PCR、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 5202 | 2024-12-24 |
Expanding GABAergic Neuronal Diversity in iPSC-Derived Disease Models
2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626438
PMID:39677822
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研究论文 | 本研究开发了一种新策略，通过过表达转录因子ASCL1和DLX2并结合双SMAD和WNT抑制，高效驱动人类多能干细胞分化为多种区域特异性的GABA能神经元类型 | 本研究创新性地整合了转录因子过表达与信号通路抑制，成功分化出多样化的GABA能神经元，并揭示了其命运调控机制 | 传统方法在神经分化、培养周期和PSC系间变异性方面存在挑战 | 开发一种新策略以克服传统方法的局限性，并研究GABA能神经元在神经发育和精神疾病中的作用 | 人类多能干细胞衍生的GABA能神经元及其在疾病模型中的应用 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种区域特异性的GABA能神经元类型 |
| 5203 | 2024-12-24 |
PRDM16 determines specification of ventricular cardiomyocytes by suppressing alternative cell fates
2024-Dec, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402719
PMID:39304345
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研究论文 | 本文研究了转录因子PRDM16在心脏发育早期阶段的作用，特别是其对心室心肌细胞特化的影响 | 首次证明了PRDM16在心肌细胞中通过抑制其他细胞命运来决定心室心肌细胞的特化 | NA | 探讨PRDM16在心脏发育中的作用及其对心室心肌细胞特化的影响 | PRDM16在心脏发育中的功能及其对心室心肌细胞特化的调控机制 | NA | 心血管疾病 | RNA+ATAC单细胞测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 5204 | 2024-12-24 |
IGF2BP2 Shapes the Tumor Microenvironment by Regulating Monocyte and Macrophage Recruitment in Bladder Cancer
2024-Dec, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70506
PMID:39711402
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研究论文 | 本研究探讨了IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用，特别是其对单核细胞和巨噬细胞招募的影响 | 首次揭示了IGF2BP2作为m6A阅读子在调节膀胱癌肿瘤微环境中对巨噬细胞招募和极化的关键作用 | 研究主要基于公共数据库的数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨IGF2BP2在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗效果的影响 | IGF2BP2在膀胱癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 来自公共数据库的转录组和单细胞RNA-seq数据 |
| 5205 | 2024-12-24 |
stHGC: a self-supervised graph representation learning for spatial domain recognition with hybrid graph and spatial regularization
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae666
PMID:39710435
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研究论文 | 提出了一种名为stHGC的自监督图表示学习框架，用于空间域识别，结合了混合图和空间正则化 | 创新点在于提出了stHGC框架，通过混合邻居图和自监督图表示学习方法，有效整合了空间位置和基因表达信息，并引入了空间正则化约束以保留空间邻居的结构信息 | 未提及具体的局限性 | 旨在解决空间转录组学中有效整合空间位置和基因表达信息的挑战，以准确识别空间域 | 研究对象是空间转录组数据中的空间域识别 | 空间转录组学 | NA | 自监督图表示学习 | 图注意力机制 | 空间转录组数据 | 未提及具体的样本数量 |
| 5206 | 2024-12-24 |
A scalable approach to topic modelling in single-cell data by approximate pseudobulk projection
2024-Oct, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402713
PMID:39107066
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研究论文 | 本文提出了一种可扩展的方法ASAP，用于单细胞数据中的主题建模，通过近似伪批量投影来减少计算资源需求 | ASAP方法比现有方法更准确，且计算时间大幅减少，内存消耗更低 | NA | 开发一种适用于单细胞RNA-seq数据分析的可扩展主题建模方法 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 主题模型 | 基因表达数据 | 大量单细胞 |
| 5207 | 2024-12-24 |
PD-L1 regulates inflammatory programs of macrophages from human pluripotent stem cells
2024-02, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302461
PMID:37949473
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研究论文 | 本文研究了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中的炎症调控作用 | 首次揭示了PD-L1在人类多能干细胞衍生的巨噬细胞中调控炎症程序的作用 | 实验中使用的PD-L1 KO细胞系和抑制剂的具体细节未在摘要中明确说明 | 探讨PD-L1在巨噬细胞发育和炎症调控中的作用 | 人类多能干细胞衍生的巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | PD-L1 KO人类多能干细胞及其衍生的巨噬细胞 |
| 5208 | 2024-12-24 |
MICA: a multi-omics method to predict gene regulatory networks in early human embryos
2024-01, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302415
PMID:37879938
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研究论文 | 本文评估了不同线性和非线性基因调控网络（GRN）预测方法在单细胞模拟和人类胚胎转录组数据集上的应用，并比较了表达归一化对GRN预测的影响 | 提出了基于互信息（MI）和染色质可及性（CA）的非线性方法MICA，用于单细胞转录组数据集的GRN预测，捕捉复杂的非单调依赖性和反馈回路 | NA | 在早期人类胚胎中预测基因调控网络 | 单细胞模拟数据集和人类胚胎转录组数据集 | 基因组学 | NA | 单细胞组学 | 非线性方法 | 转录组数据 | NA |
| 5209 | 2024-12-24 |
Current state and future prospects of spatial biology in colorectal cancer
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1513821
PMID:39711954
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综述 | 本文综述了空间生物学技术在结直肠癌研究中的最新进展，重点介绍了空间转录组学和蛋白质组学的方法及其在解析肿瘤微环境中的应用 | 本文强调了空间生物学技术在解析结直肠癌肿瘤微环境复杂性中的重要作用，并讨论了将这些技术整合到精准医学策略中的潜力 | 本文指出了当前方法在处理结直肠癌组织异质性方面的局限性，并强调了需要新的计算工具来管理和解释这些复杂数据 | 探讨空间生物学技术在结直肠癌研究中的应用及其未来前景 | 结直肠癌的肿瘤微环境及其分子机制 | NA | 结直肠癌 | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | 转录组数据，蛋白质组数据 | NA |
| 5210 | 2024-12-24 |
scFseCluster: a feature selection-enhanced clustering for single-cell RNA-seq data
2023-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302103
PMID:37788907
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scFseCluster的新型计算框架，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | scFseCluster通过量子松鼠搜索算法进行特征选择，提取最优基因集，从而提高细胞聚类的性能 | NA | 提高单细胞RNA测序数据聚类分析的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量子松鼠搜索算法 | 基因表达数据 | 八个基准单细胞RNA测序数据集 |
| 5211 | 2024-12-24 |
High-quality single-cell transcriptomics from ovarian histological sections during folliculogenesis
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301929
PMID:37722727
|
研究论文 | 本文开发了一种名为DRaqL的新方法，用于从卵巢组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，揭示了卵泡发生过程中的转录组异质性 | DRaqL方法实现了从酒精固定组织切片中进行高效的单细胞RNA测序，其效率与新鲜分离细胞的测序相当，并能有效进行外显子-外显子连接分析 | NA | 开发一种高效的方法，用于从组织切片中进行高质量的单细胞RNA测序，以研究卵泡发生过程中的转录组异质性 | 小鼠卵巢组织切片中的卵母细胞和颗粒细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 (RNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠卵巢组织切片 |
| 5212 | 2024-12-24 |
A targeted sequencing extension for transcript genotyping in single-cell transcriptomics
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202301971
PMID:37696578
|
研究论文 | 本文评估了一种直接的靶向测序方法，作为高吞吐量液滴单细胞RNA测序的扩展，用于转录基因分型 | 本文提出了一种新的靶向测序扩展方法，结合了特定基因座分型与高吞吐量单细胞RNA测序，填补了现有方法的空白 | 本文未详细讨论该方法在不同细胞类型或复杂组织中的适用性 | 研究如何通过靶向测序扩展方法，结合基因型信息与基因表达数据，来研究遗传变异的影响 | 单细胞RNA测序中的转录基因分型 | 基因组学 | NA | 靶向测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 5213 | 2024-12-24 |
c-JUN is a barrier in hESC to cardiomyocyte transition
2023-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302121
PMID:37604584
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研究论文 | 本文研究了c-JUN在人胚胎干细胞向心肌细胞转化中的作用 | 首次揭示了c-JUN通过调节H3K4me3修饰和染色质可及性来调控心肌细胞命运 | NA | 探讨c-JUN在人心肌细胞分化中的调控作用 | 人胚胎干细胞及其向心肌细胞的分化 | NA | NA | ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5214 | 2024-12-23 |
Integrating scRNA-seq and Visium HD for the analysis of the tumor microenvironment in the progression of colorectal cancer
2025-Jan-03, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113752
PMID:39642568
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和Visium HD空间转录组技术，分析了结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化 | 本文首次结合高分辨率空间转录组学技术，深入研究了结直肠癌肿瘤微环境的动态变化，并发现了NOTUM+上皮细胞和IGHG1/3+浆细胞在正常组织与腺瘤交界处的聚集现象 | 本文主要基于数据分析，缺乏实验验证，且样本量未明确说明 | 研究结直肠癌进展过程中肿瘤微环境的变化 | 结直肠癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，Visium HD空间转录组 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5215 | 2024-12-23 |
The prognostic significance and potential mechanism of PFDN4 in hepatocellular carcinoma
2025-Jan-03, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113761
PMID:39644788
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研究论文 | 本研究探讨了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制 | 首次系统研究了PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响，并揭示了其通过MAPK/ERK信号通路调控肝细胞癌行为的机制 | 研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏更大规模的临床样本验证 | 探讨PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对预后的影响和潜在机制 | PFDN4在肝细胞癌中的表达及其对肿瘤进展的影响 | NA | 肝细胞癌 | CCK-8, EdU, 伤口愈合, Transwell, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 多个数据库和临床样本, 稳定敲低和过表达PFDN4的肝细胞癌细胞系 |
| 5216 | 2024-12-23 |
An Integrative analysis of single-cell RNA-seq, transcriptome and Mendelian randomization for the Identification and validation of NAD+ Metabolism-Related biomarkers in ulcerative colitis
2025-Jan-03, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113765
PMID:39647286
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、转录组数据和孟德尔随机化分析，识别和验证了与烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD+）代谢相关的生物标志物在溃疡性结肠炎中的作用 | 首次通过多组学数据整合和孟德尔随机化分析，识别并验证了NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的生物标志物作用 | 研究依赖于现有数据集，可能存在样本偏倚和外部验证不足的问题 | 探索NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的潜在作用，并验证其作为生物标志物的可行性 | NAD+代谢相关基因在溃疡性结肠炎中的表达模式及其作为生物标志物的潜力 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序、转录组分析、孟德尔随机化分析、实时定量聚合酶链反应 | 机器学习 | 基因表达数据 | 使用了GSE87466、GSE75214和GSE224758等多个数据集，样本数量未明确提及 |
| 5217 | 2024-12-23 |
MSR1 in lung squamous cell carcinoma: Prognostic and immunological values in pan-cancer and single-cell analyses and a cohort study
2025-Jan-03, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.113811
PMID:39667048
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研究论文 | 研究探讨了巨噬细胞清道夫受体1（MSR1）在肺鳞状细胞癌（LUSC）中的预后和免疫学价值 | 首次系统分析了MSR1在泛癌和单细胞水平上的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了其在LUSC中的预后和诊断潜力 | 研究主要基于数据库分析和队列研究，缺乏体内实验验证 | 探讨MSR1在LUSC中的预后和免疫学价值，并评估其作为诊断和预后标志物的潜力 | MSR1在肺鳞状细胞癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 49,566名UK Biobank参与者 |
| 5218 | 2024-12-23 |
Unveiling Cancer-Related Metaplastic Cells in Both Helicobacter pylori Infection and Autoimmune Gastritis
2025-Jan, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.08.032
PMID:39236896
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研究论文 | 本文研究了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞，并探讨了其与胃癌风险的关系 | 首次揭示了幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎中表达ANPEP/CD13的癌相关化生细胞亚型，表明这两种疾病具有致癌潜力 | 研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌 | 探讨幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞及其与胃癌风险的关系 | 幽门螺杆菌感染和自身免疫性胃炎引起的胃化生细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组学 | NA | 组织样本 | 小鼠模型和人类患者活检样本 |
| 5219 | 2024-12-23 |
Transcriptomic heterogeneity of non-beta islet cells is associated with type 2 diabetes development in mouse models
2025-Jan, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06301-6
PMID:39508880
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研究论文 | 本研究探讨了非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用 | 揭示了非β细胞在不同糖尿病易感性小鼠模型中的转录异质性，并发现这种异质性与人类2型糖尿病的发展相关 | 研究主要基于小鼠模型和人类胰岛数据，可能无法完全反映人类2型糖尿病的复杂性 | 理解非β细胞在胰腺胰岛中早期2型糖尿病发病机制中的作用 | 肥胖小鼠模型和人类胰岛中的非β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 来自肥胖小鼠和人类胰岛的单细胞转录组数据 |
| 5220 | 2024-12-23 |
Osteoarthritis year in review 2024: Genetics, genomics, and epigenetics
2025-Jan, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2024.10.014
PMID:39537019
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综述 | 本文综述了过去12个月在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的进展 | 本文介绍了功能基因组学研究的增加，并确定了26个与骨关节炎病理相关的新基因，以及单细胞转录组学和两种新的组学技术（表观转录组学和线粒体基因组学）的应用 | 本文仅关注使用全基因组组学技术的人类材料研究 | 总结过去一年在骨关节炎遗传学、基因组学和表观遗传学领域的最新进展 | 骨关节炎的遗传学、基因组学和表观遗传学研究 | 基因组学 | 骨关节炎 | 全基因组组学技术、单细胞转录组学、表观转录组学、线粒体基因组学 | NA | 基因组数据 | 涉及多种骨关节炎相关组织的人类材料 |